CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp5A-B : CodonNum = 232

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	L3495F	nonsyn	Ctt	Ttt	1000	1000	1	10748-10750
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	L3495L	syn	ctT	ctC	510	492	0.964706	10748-10750
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	L3495L	syn	ctT	ctA	510	12	0.0235294	10748-10750
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	L3495L	syn	ctT	ctG	510	6	0.0117647	10748-10750
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232I	L3495I	nonsyn	Ctt	Att	386	386	1	10748-10750
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232del	L3495del	del	CTT	---	43	43	1	10748-10750
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232P	L3495P	nonsyn	cTt	cCt	12	10	0.833333	10748-10750
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232P	L3495P	nonsyn	cTT	cCA	12	2	0.166667	10748-10750
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232V	L3495V	nonsyn	Ctt	Gtt	4	2	0.5	10748-10750
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232A	L3495A	nonsyn	CTT	GCA	4	2	0.5	10748-10750
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232A	L3495A	nonsyn	CTt	GCt	4	2	0.5	10748-10750
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232V	L3495V	nonsyn	CtT	GtA	4	2	0.5	10748-10750
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232R	L3495R	nonsyn	cTt	cGt	3	3	1	10748-10750
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232del1	L3495del1	del	ctT	ct-	2	1	0.5	10748-10750
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232del1	L3495del1	del	Ctt	-tt	2	1	0.5	10748-10750
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232H	L3495H	nonsyn	cTt	cAt	1	1	1	10748-10750
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232del2	L3495del2	del	cTT	c--	1	1	1	10748-10750
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232D	L3495D	nonsyn	CTt	GAt	1	1	1	10748-10750
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232C	L3495C	nonsyn	CTt	TGt	1	1	1	10748-10750

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1000	1000	All	0.000191
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctC	492	510	All	0.000094
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctA	12	510	All	0.000002
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctG	6	510	All	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctC	390	391	B.1.1.7	0.000349
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctG	1	391	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232I	Ctt	Att	386	386	All	0.000074
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232I	Ctt	Att	206	206	B.1.617.2	0.000776
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	205	205	B.1.1.7	0.000184
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	113	113	B.1.2	0.000995
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	82	82	B.1.596	0.007145
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	80	80	AY.4	0.000125
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	73	73	B.1.351.2	0.022088
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232I	Ctt	Att	60	60	AY.43	0.000266
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232del	CTT	---	43	43	All	0.000008
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232I	Ctt	Att	40	40	B.1.1.7	0.000036
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	40	40	B.1.617.2	0.000151
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	35	35	AY.43	0.000155
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	34	34	B.1.1.165	0.523077
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	29	29	B.1.265	0.036849
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctC	24	24	B.1.1.513	0.296296
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	23	23	AY.47	0.000715
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232I	Ctt	Att	20	20	AY.26	0.000566
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	20	20	B.1.177	0.000263
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	18	18	AY.4.2	0.00039
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	18	18	P.1	0.000284
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232del	CTT	---	16	16	B.1.1.7	0.000014
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	15	15	AY.44	0.000091
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	15	15	B.1.526	0.000353
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	14	14	AY.42	0.000563
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctC	14	14	B.1.617.2	0.000053
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctC	13	13	AY.20	0.000505
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	13	13	AY.25	0.000078
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232P	cTt	cCt	10	12	All	0.000002
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232P	cTT	cCA	2	12	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232I	Ctt	Att	12	12	AY.46.6	0.000866
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	11	11	AY.3	0.000109
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctC	11	11	AY.44	0.000067
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	10	10	B.1	0.000092
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctC	6	8	B.1	0.000055
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctA	2	8	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	8	8	B.1.351	0.000238
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232I	Ctt	Att	7	7	B.1.1.214	0.000388
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232I	Ctt	Att	7	7	B.1.160	0.000218
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	7	7	P.1.14	0.000335
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	6	6	B.1.221.2	0.024096
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	6	6	B.1.429	0.000141
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	6	6	B.1.637	0.000438
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	5	5	A	0.001935
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232V	Ctt	Gtt	2	4		0.111111
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232V	CtT	GtA	2	4		0.111111
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232A	CTt	GCt	2	4		0.111111
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232P	cTT	cCA	2	4		0.111111
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232A	CTT	GCA	2	4		0.111111
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232P	cTt	cCt	2	4		0.111111
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232V	CtT	GtA	2	4	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232V	Ctt	Gtt	2	4	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232A	CTT	GCA	2	4	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232A	CTt	GCt	2	4	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	4	4	AY.103	0.000025
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	4	4	AY.121	0.000541
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232I	Ctt	Att	4	4	AY.33	0.000267
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232P	cTt	cCt	4	4	AY.4	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232del	CTT	---	4	4	AY.4	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	4	4	AY.46	0.000416
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctC	4	4	B.1.346	0.005242
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	3	3	A.27	0.004967
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232R	cTt	cGt	3	3	All	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	3	3	AY.102	0.00008
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctC	3	3	AY.103	0.000019
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	3	3	AY.13	0.000483
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctC	3	3	AY.4	0.000005
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232I	Ctt	Att	3	3	AY.4	0.000005
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232del	CTT	---	3	3	AY.4.5	0.000322
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232I	Ctt	Att	3	3	AY.44	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232I	Ctt	Att	3	3	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	3	3	B.1.1	0.000054
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	3	3	B.1.1.434	0.001046
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	3	3	B.1.1.519	0.000119
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232del	CTT	---	3	3	B.1.177	0.00004
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	3	3	B.1.177.6	0.00293
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	3	3	B.1.389	0.003006
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctA	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	2	2	A.2.5	0.000998
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232del1	ctT	ct-	1	2	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232del1	Ctt	-tt	1	2	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232I	Ctt	Att	2	2	AY.100	0.000092
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232I	Ctt	Att	2	2	AY.103	0.000012
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	2	2	AY.105	0.001286
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232I	Ctt	Att	2	2	AY.111	0.000366
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	2	2	AY.113	0.000285
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctA	1	2	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctG	1	2	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232I	Ctt	Att	2	2	AY.14	0.000176
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	2	2	AY.26	0.000057
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctG	2	2	AY.26	0.000057
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	2	2	AY.29	0.000032
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232I	Ctt	Att	2	2	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	2	2	AY.33	0.000134
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	2	2	AY.39.1	0.000079
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	2	2	AY.51	0.001818
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232del	CTT	---	2	2	AY.9	0.000135
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	2	2	B.1.1.216	0.001781
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232I	Ctt	Att	2	2	B.1.177	0.000026
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctC	2	2	B.1.177.33	0.003289
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctC	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	2	2	B.1.221	0.000142
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctC	2	2	B.1.3	0.005236
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	2	2	B.1.351.5	0.001199
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctC	2	2	B.1.429	0.000047
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctA	1	2	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctC	1	2	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	2	2	B.1.628	0.000705
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	2	2	C.36	0.001821
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232C	CTt	TGt	1	1	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232del2	cTT	c--	1	1	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232D	CTt	GAt	1	1	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232H	cTt	cAt	1	1	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232I	Ctt	Att	1	1	AY.101	0.00049
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	AY.114	0.000231
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	AY.118	0.000063
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctC	1	1	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232del	CTT	---	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctA	1	1	AY.120.2.1	0.000498
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232I	Ctt	Att	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232del	CTT	---	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232R	cTt	cGt	1	1	AY.27	0.000065
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	AY.27	0.000065
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232I	Ctt	Att	1	1	AY.27	0.000065
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctC	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	AY.36	0.000148
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	AY.37	0.000316
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232I	Ctt	Att	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232del1	ctT	ct-	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232R	cTt	cGt	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232del1	Ctt	-tt	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctC	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232C	CTt	TGt	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232del	CTT	---	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctC	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctA	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctC	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctG	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232I	Ctt	Att	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctC	1	1	AY.54	0.000095
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	AY.59	0.00053
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	AY.64	0.000595
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	AY.65	0.000533
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	AY.7	0.000196
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	AY.74	0.000116
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	AY.75	0.000056
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232del	CTT	---	1	1	AY.81	0.001992
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	AY.85	0.000427
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	AY.92	0.000287
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	AY.95	0.000761
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	AZ.2	0.000821
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232P	cTt	cCt	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232D	CTt	GAt	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232del	CTT	---	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232del	CTT	---	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232I	Ctt	Att	1	1	B.1.1.196	0.005714
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctC	1	1	B.1.1.198	0.001468
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	B.1.1.28	0.000311
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctG	1	1	B.1.1.291	0.000742
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctA	1	1	B.1.1.39	0.00051
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctC	1	1	B.1.1.434	0.000349
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	B.1.1.45	0.014085
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctC	1	1	B.1.1.46	0.004367
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	B.1.1.50	0.000679
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232P	cTt	cCt	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232R	cTt	cGt	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232del2	cTT	c--	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctA	1	1	B.1.118	0.006711
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctC	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctC	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232del	CTT	---	1	1	B.1.177.16	0.000664
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232I	Ctt	Att	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232del	CTT	---	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctC	1	1	B.1.177.57	0.000281
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232del	CTT	---	1	1	B.1.177.6	0.000977
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232del	CTT	---	1	1	B.1.177.76	0.002494
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	B.1.177.81	0.000189
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232del	CTT	---	1	1	B.1.177.87	0.000728
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	B.1.22	0.001318
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctC	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232I	Ctt	Att	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	B.1.239	0.001221
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	B.1.240	0.000216
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232P	cTt	cCt	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232del	CTT	---	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232del	CTT	---	1	1	B.1.258.17	0.000104
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	B.1.311	0.000275
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	B.1.361	0.001289
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	B.1.397	0.004854
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctA	1	1	B.1.433	0.003195
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	B.1.487	0.019608
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	B.1.503	0.002488
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	B.1.544	0.006024
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	B.1.577	0.000687
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	B.1.595	0.000261
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	B.1.609	0.000479
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctA	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232P	cTt	cCt	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232del	CTT	---	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	B.1.619.1	0.000641
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	B.1.623	0.000536
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	B.1.625	0.002353
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	C.35	0.000774
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	C.36.3	0.000567
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232H	cTt	cAt	1	1	K.1	0.02381
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232del	CTT	---	1	1	N.4	0.004255
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232I	Ctt	Att	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctC	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	P.1.7	0.000319
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	Q.1	0.000126
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232L	ctT	ctC	1	1	Q.8	0.000165
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	Q.8	0.000165
ORF1ab/nsp5A-B	232	L232F	Ctt	Ttt	1	1	R.1	0.00009

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.