CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp5A-B : CodonNum = 232

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp5A-B232L232FL3495FnonsynCttTtt10001000110748-10750
ORF1ab/nsp5A-B232L232LL3495LsynctTctC5104920.96470610748-10750
ORF1ab/nsp5A-B232L232LL3495LsynctTctA510120.023529410748-10750
ORF1ab/nsp5A-B232L232LL3495LsynctTctG51060.011764710748-10750
ORF1ab/nsp5A-B232L232IL3495InonsynCttAtt386386110748-10750
ORF1ab/nsp5A-B232L232delL3495deldelCTT---4343110748-10750
ORF1ab/nsp5A-B232L232PL3495PnonsyncTtcCt12100.83333310748-10750
ORF1ab/nsp5A-B232L232PL3495PnonsyncTTcCA1220.16666710748-10750
ORF1ab/nsp5A-B232L232VL3495VnonsynCttGtt420.510748-10750
ORF1ab/nsp5A-B232L232AL3495AnonsynCTTGCA420.510748-10750
ORF1ab/nsp5A-B232L232AL3495AnonsynCTtGCt420.510748-10750
ORF1ab/nsp5A-B232L232VL3495VnonsynCtTGtA420.510748-10750
ORF1ab/nsp5A-B232L232RL3495RnonsyncTtcGt33110748-10750
ORF1ab/nsp5A-B232L232del1L3495del1delctTct-210.510748-10750
ORF1ab/nsp5A-B232L232del1L3495del1delCtt-tt210.510748-10750
ORF1ab/nsp5A-B232L232HL3495HnonsyncTtcAt11110748-10750
ORF1ab/nsp5A-B232L232del2L3495del2delcTTc--11110748-10750
ORF1ab/nsp5A-B232L232DL3495DnonsynCTtGAt11110748-10750
ORF1ab/nsp5A-B232L232CL3495CnonsynCTtTGt11110748-10750

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt10001000All0.000191
ORF1ab/nsp5A-B232L232LctTctC492510All0.000094
ORF1ab/nsp5A-B232L232LctTctA12510All0.000002
ORF1ab/nsp5A-B232L232LctTctG6510All0.000001
ORF1ab/nsp5A-B232L232LctTctC390391B.1.1.70.000349
ORF1ab/nsp5A-B232L232LctTctG1391B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp5A-B232L232ICttAtt386386All0.000074
ORF1ab/nsp5A-B232L232ICttAtt206206B.1.617.20.000776
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt205205B.1.1.70.000184
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt113113B.1.20.000995
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt8282B.1.5960.007145
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt8080AY.40.000125
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt7373B.1.351.20.022088
ORF1ab/nsp5A-B232L232ICttAtt6060AY.430.000266
ORF1ab/nsp5A-B232L232delCTT---4343All0.000008
ORF1ab/nsp5A-B232L232ICttAtt4040B.1.1.70.000036
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt4040B.1.617.20.000151
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt3535AY.430.000155
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt3434B.1.1.1650.523077
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt2929B.1.2650.036849
ORF1ab/nsp5A-B232L232LctTctC2424B.1.1.5130.296296
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt2323AY.470.000715
ORF1ab/nsp5A-B232L232ICttAtt2020AY.260.000566
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt2020B.1.1770.000263
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt1818AY.4.20.00039
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt1818P.10.000284
ORF1ab/nsp5A-B232L232delCTT---1616B.1.1.70.000014
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt1515AY.440.000091
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt1515B.1.5260.000353
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt1414AY.420.000563
ORF1ab/nsp5A-B232L232LctTctC1414B.1.617.20.000053
ORF1ab/nsp5A-B232L232LctTctC1313AY.200.000505
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt1313AY.250.000078
ORF1ab/nsp5A-B232L232PcTtcCt1012All0.000002
ORF1ab/nsp5A-B232L232PcTTcCA212All0
ORF1ab/nsp5A-B232L232ICttAtt1212AY.46.60.000866
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt1111AY.30.000109
ORF1ab/nsp5A-B232L232LctTctC1111AY.440.000067
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt1010B.10.000092
ORF1ab/nsp5A-B232L232LctTctC68B.10.000055
ORF1ab/nsp5A-B232L232LctTctA28B.10.000018
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt88B.1.3510.000238
ORF1ab/nsp5A-B232L232ICttAtt77B.1.1.2140.000388
ORF1ab/nsp5A-B232L232ICttAtt77B.1.1600.000218
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt77P.1.140.000335
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt66B.1.221.20.024096
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt66B.1.4290.000141
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt66B.1.6370.000438
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt55A0.001935
ORF1ab/nsp5A-B232L232VCttGtt240.111111
ORF1ab/nsp5A-B232L232VCtTGtA240.111111
ORF1ab/nsp5A-B232L232ACTtGCt240.111111
ORF1ab/nsp5A-B232L232PcTTcCA240.111111
ORF1ab/nsp5A-B232L232ACTTGCA240.111111
ORF1ab/nsp5A-B232L232PcTtcCt240.111111
ORF1ab/nsp5A-B232L232VCtTGtA24All0
ORF1ab/nsp5A-B232L232VCttGtt24All0
ORF1ab/nsp5A-B232L232ACTTGCA24All0
ORF1ab/nsp5A-B232L232ACTtGCt24All0
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt44AY.1030.000025
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt44AY.1210.000541
ORF1ab/nsp5A-B232L232ICttAtt44AY.330.000267
ORF1ab/nsp5A-B232L232PcTtcCt44AY.40.000006
ORF1ab/nsp5A-B232L232delCTT---44AY.40.000006
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt44AY.460.000416
ORF1ab/nsp5A-B232L232LctTctC44B.1.3460.005242
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt33A.270.004967
ORF1ab/nsp5A-B232L232RcTtcGt33All0.000001
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt33AY.1020.00008
ORF1ab/nsp5A-B232L232LctTctC33AY.1030.000019
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt33AY.130.000483
ORF1ab/nsp5A-B232L232LctTctC33AY.40.000005
ORF1ab/nsp5A-B232L232ICttAtt33AY.40.000005
ORF1ab/nsp5A-B232L232delCTT---33AY.4.50.000322
ORF1ab/nsp5A-B232L232ICttAtt33AY.440.000018
ORF1ab/nsp5A-B232L232ICttAtt33B.10.000027
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt33B.1.10.000054
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt33B.1.1.4340.001046
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt33B.1.1.5190.000119
ORF1ab/nsp5A-B232L232delCTT---33B.1.1770.00004
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt33B.1.177.60.00293
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt33B.1.3890.003006
ORF1ab/nsp5A-B232L232LctTctA220.111111
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt22A.2.50.000998
ORF1ab/nsp5A-B232L232del1ctTct-12All0
ORF1ab/nsp5A-B232L232del1Ctt-tt12All0
ORF1ab/nsp5A-B232L232ICttAtt22AY.1000.000092
ORF1ab/nsp5A-B232L232ICttAtt22AY.1030.000012
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt22AY.1050.001286
ORF1ab/nsp5A-B232L232ICttAtt22AY.1110.000366
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt22AY.1130.000285
ORF1ab/nsp5A-B232L232LctTctA12AY.1200.000037
ORF1ab/nsp5A-B232L232LctTctG12AY.1200.000037
ORF1ab/nsp5A-B232L232ICttAtt22AY.140.000176
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt22AY.260.000057
ORF1ab/nsp5A-B232L232LctTctG22AY.260.000057
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt22AY.290.000032
ORF1ab/nsp5A-B232L232ICttAtt22AY.30.00002
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt22AY.330.000134
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt22AY.39.10.000079
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt22AY.510.001818
ORF1ab/nsp5A-B232L232delCTT---22AY.90.000135
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt22B.1.1.2160.001781
ORF1ab/nsp5A-B232L232ICttAtt22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp5A-B232L232LctTctC22B.1.177.330.003289
ORF1ab/nsp5A-B232L232LctTctC22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt22B.1.2210.000142
ORF1ab/nsp5A-B232L232LctTctC22B.1.30.005236
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt22B.1.351.50.001199
ORF1ab/nsp5A-B232L232LctTctC22B.1.4290.000047
ORF1ab/nsp5A-B232L232LctTctA12B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp5A-B232L232LctTctC12B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt22B.1.6280.000705
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt22C.360.001821
ORF1ab/nsp5A-B232L232CCTtTGt11All0
ORF1ab/nsp5A-B232L232del2cTTc--11All0
ORF1ab/nsp5A-B232L232DCTtGAt11All0
ORF1ab/nsp5A-B232L232HcTtcAt11All0
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp5A-B232L232ICttAtt11AY.1010.00049
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt11AY.1140.000231
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp5A-B232L232LctTctC11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp5A-B232L232delCTT---11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp5A-B232L232LctTctA11AY.120.2.10.000498
ORF1ab/nsp5A-B232L232ICttAtt11AY.230.00007
ORF1ab/nsp5A-B232L232delCTT---11AY.250.000006
ORF1ab/nsp5A-B232L232RcTtcGt11AY.270.000065
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt11AY.270.000065
ORF1ab/nsp5A-B232L232ICttAtt11AY.270.000065
ORF1ab/nsp5A-B232L232LctTctC11AY.290.000016
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt11AY.360.000148
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt11AY.370.000316
ORF1ab/nsp5A-B232L232ICttAtt11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp5A-B232L232del1ctTct-11AY.40.000002
ORF1ab/nsp5A-B232L232RcTtcGt11AY.40.000002
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp5A-B232L232del1Ctt-tt11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp5A-B232L232LctTctC11AY.430.000004
ORF1ab/nsp5A-B232L232CCTtTGt11AY.440.000006
ORF1ab/nsp5A-B232L232delCTT---11AY.450.000122
ORF1ab/nsp5A-B232L232LctTctC11AY.460.000104
ORF1ab/nsp5A-B232L232LctTctA11AY.470.000031
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt11AY.50.000021
ORF1ab/nsp5A-B232L232LctTctC11AY.50.000021
ORF1ab/nsp5A-B232L232LctTctG11AY.5.30.000337
ORF1ab/nsp5A-B232L232ICttAtt11AY.5.30.000337
ORF1ab/nsp5A-B232L232LctTctC11AY.540.000095
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt11AY.590.00053
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt11AY.640.000595
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt11AY.650.000533
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt11AY.70.000196
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt11AY.740.000116
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt11AY.750.000056
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp5A-B232L232delCTT---11AY.810.001992
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt11AY.850.000427
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt11AY.920.000287
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt11AY.950.000761
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt11AY.99.20.000092
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt11AZ.20.000821
ORF1ab/nsp5A-B232L232PcTtcCt11B.10.000009
ORF1ab/nsp5A-B232L232DCTtGAt11B.10.000009
ORF1ab/nsp5A-B232L232delCTT---11B.10.000009
ORF1ab/nsp5A-B232L232delCTT---11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt11B.1.1.10.000327
ORF1ab/nsp5A-B232L232ICttAtt11B.1.1.1960.005714
ORF1ab/nsp5A-B232L232LctTctC11B.1.1.1980.001468
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt11B.1.1.280.000311
ORF1ab/nsp5A-B232L232LctTctG11B.1.1.2910.000742
ORF1ab/nsp5A-B232L232LctTctA11B.1.1.390.00051
ORF1ab/nsp5A-B232L232LctTctC11B.1.1.4340.000349
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt11B.1.1.450.014085
ORF1ab/nsp5A-B232L232LctTctC11B.1.1.460.004367
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt11B.1.1.500.000679
ORF1ab/nsp5A-B232L232PcTtcCt11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp5A-B232L232RcTtcGt11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp5A-B232L232del2cTTc--11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt11B.1.1.700.000341
ORF1ab/nsp5A-B232L232LctTctA11B.1.1180.006711
ORF1ab/nsp5A-B232L232LctTctC11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp5A-B232L232FCttTtt11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp5A-B232L232LctTctC11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp5A-B232L232delCTT---11B.1.177.160.000664
ORF1ab/nsp5A-B232L232ICttAtt11B.1.177.40.000211
ORF1ab/nsp5A-B232L232delCTT---11B.1.177.40.000211
ORF1ab/nsp5A-B232L232LctTctC11B.1.177.570.000281
ORF1ab/nsp5A-B232L232delCTT---11B.1.177.60.000977
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