CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp5A-B : CodonNum = 209

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YY3472YsyntaCtaT62356235110679-10681
ORF1ab/nsp5A-B209Y209HY3472HnonsynTacCac36320.88888910679-10681
ORF1ab/nsp5A-B209Y209HY3472HnonsynTaCCaT3640.11111110679-10681
ORF1ab/nsp5A-B209Y209delY3472deldelTAC---3434110679-10681
ORF1ab/nsp5A-B209Y209FY3472FnonsyntActTc540.810679-10681
ORF1ab/nsp5A-B209Y209FY3472FnonsyntACtTT510.210679-10681
ORF1ab/nsp5A-B209Y209XY3472XnonsyntaCtaA44110679-10681
ORF1ab/nsp5A-B209Y209LY3472LnonsyntACtTA22110679-10681
ORF1ab/nsp5A-B209Y209NY3472NnonsynTaCAaT22110679-10681
ORF1ab/nsp5A-B209Y209EY3472EnonsynTaCGaA11110679-10681
ORF1ab/nsp5A-B209Y209DY3472DnonsynTacGac11110679-10681
ORF1ab/nsp5A-B209Y209del1Y3472del1deltACt-T11110679-10681
ORF1ab/nsp5A-B209Y209AY3472AnonsynTAcGCc11110679-10681

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT62356235All0.001193
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT24002400AY.40.003735
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT10501050B.1.617.20.003954
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT760760B.1.1.70.00068
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT380380AY.430.001684
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT154154AY.410.045267
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT152152AY.440.000925
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT8686AY.250.000517
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT7979AY.1030.000491
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT6969B.1.10.001252
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT6464AY.1200.002379
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT5757AY.200.002215
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT5757B.1.177.330.09375
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT4848AY.390.001186
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT4444B.1.20.000387
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT4343AY.30.000428
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT4242AY.1020.001114
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT4242AY.230.002929
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT4242AY.4.20.000911
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT4040B.10.000366
ORF1ab/nsp5A-B209Y209HTacCac3236All0.000006
ORF1ab/nsp5A-B209Y209HTaCCaT436All0.000001
ORF1ab/nsp5A-B209Y209delTAC---3434All0.000007
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT3131B.1.1770.000408
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT3131B.1.3510.000922
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT2828P.10.000441
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT2626AY.420.001046
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT2121AY.460.002186
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT2121B.1.1.3450.913043
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT1919C.370.002205
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT1616AY.360.002371
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT1515B.1.2580.000998
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT1414B.1.5260.000329
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT1313AY.270.000841
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT1313B.1.5960.001133
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT1212B.1.6210.001062
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT1111AY.50.000227
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT1111AY.630.004255
ORF1ab/nsp5A-B209Y209delTAC---1111B.1.1.70.00001
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT1111B.1.2430.000765
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT1010AY.290.000158
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT1010D.20.00075
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT99AY.99.20.000829
ORF1ab/nsp5A-B209Y209HTacCac480.222222
ORF1ab/nsp5A-B209Y209HTaCCaT480.222222
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT88AY.330.000534
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT88B.1.1.500.005431
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT88B.1.1600.00025
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT77AY.1190.000247
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT77AY.590.003708
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT77B.1.177.180.008121
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT77B.1.360.001021
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT66AY.46.40.000987
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT66B0.000767
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT66P.1.140.000287
ORF1ab/nsp5A-B209Y209FtActTc45All0.000001
ORF1ab/nsp5A-B209Y209FtACtTT15All0
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT55AY.1170.000423
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT55AY.260.000142
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT55AY.340.000485
ORF1ab/nsp5A-B209Y209HTacCac55B.10.000046
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT55B.1.1.5190.000199
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT55B.1.466.20.001956
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT55B.1.5950.001305
ORF1ab/nsp5A-B209Y209XtaCtaA44All0.000001
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT44AY.1000.000184
ORF1ab/nsp5A-B209Y209delTAC---44AY.40.000006
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT44AY.510.003636
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT44AY.60.000165
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT44AY.750.000224
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT44AY.9.20.000147
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT44B.1.1.540.012085
ORF1ab/nsp5A-B209Y209HTacCac44B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp5A-B209Y209HTacCac44P.10.000063
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT44P.20.000747
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT33AY.1150.015625
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT33AY.1160.00086
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT33AY.450.000365
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT33AY.470.000093
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT33AY.5.40.00083
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT33AY.530.000863
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT33AY.70.000588
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT33AY.98.10.000145
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT33B.1.1.2140.000166
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT33B.1.1.330.001263
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT33B.1.2210.000213
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT33B.1.2230.008333
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT33B.1.5250.000339
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT33B.1.6090.001438
ORF1ab/nsp5A-B209Y209delTAC---33B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT33P.1.120.001452
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT220.111111
ORF1ab/nsp5A-B209Y209NTaCAaT220.111111
ORF1ab/nsp5A-B209Y209HTacCac22A.70.111111
ORF1ab/nsp5A-B209Y209LtACtTA22All0
ORF1ab/nsp5A-B209Y209NTaCAaT22All0
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT22AY.1140.000462
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT22AY.130.000322
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT22AY.140.000176
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT22AY.160.000759
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT22AY.39.10.000079
ORF1ab/nsp5A-B209Y209HTacCac22AY.40.000003
ORF1ab/nsp5A-B209Y209delTAC---22AY.4.50.000215
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT22AY.4.50.000215
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT22AY.520.001629
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT22AY.610.00021
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT22AY.690.000373
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT22AY.740.000231
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT22AY.880.001768
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT22AY.920.000575
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT22AY.940.000885
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT22AY.950.001522
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT22AY.980.000158
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT22B.1.1.440.004819
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT22B.1.1.4640.002946
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT22B.1.1120.010363
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT22B.1.2340.000264
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT22B.1.2400.000431
ORF1ab/nsp5A-B209Y209FtActTc12B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp5A-B209Y209FtACtTT12B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT22B.1.5800.00813
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT22P.1.150.000465
ORF1ab/nsp5A-B209Y209HTacCac22P.1.170.000324
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT22P.30.00319
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT22Q.80.00033
ORF1ab/nsp5A-B209Y209LtACtTA110.055556
ORF1ab/nsp5A-B209Y209XtaCtaA110.055556
ORF1ab/nsp5A-B209Y209FtActTc110.055556
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11A.10.000282
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11A.2.40.003367
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11A.2.50.000499
ORF1ab/nsp5A-B209Y209DTacGac11All0
ORF1ab/nsp5A-B209Y209ATAcGCc11All0
ORF1ab/nsp5A-B209Y209del1tACt-T11All0
ORF1ab/nsp5A-B209Y209ETaCGaA11All0
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11AU.20.002421
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11AY.10.000396
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11AY.100.00053
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11AY.1010.00049
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11AY.1080.001103
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11AY.120.20.001285
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11AY.16.10.00047
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11AY.240.000431
ORF1ab/nsp5A-B209Y209HTacCac11AY.30.00001
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11AY.320.000532
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11AY.350.000233
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11AY.380.000499
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11AY.4.2.10.000149
ORF1ab/nsp5A-B209Y209delTAC---11AY.430.000004
ORF1ab/nsp5A-B209Y209delTAC---11AY.440.000006
ORF1ab/nsp5A-B209Y209ATAcGCc11AY.440.000006
ORF1ab/nsp5A-B209Y209HTacCac11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11AY.480.000465
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11AY.5.30.000337
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11AY.540.000095
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11AY.550.000917
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11AY.620.000436
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11AY.670.000464
ORF1ab/nsp5A-B209Y209HTacCac11AY.670.000464
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11AY.840.000437
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11AY.850.000427
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11AY.860.00083
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11AY.90.000068
ORF1ab/nsp5A-B209Y209delTAC---11AY.90.000068
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11AY.960.002075
ORF1ab/nsp5A-B209Y209delTAC---11B.10.000009
ORF1ab/nsp5A-B209Y209delTAC---11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp5A-B209Y209HTacCac11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11B.1.1.10.000327
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11B.1.1.100.001115
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11B.1.1.2160.00089
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11B.1.1.250.000569
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11B.1.1.2840.000107
ORF1ab/nsp5A-B209Y209delTAC---11B.1.1.2880.001916
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11B.1.1.2940.001266
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11B.1.1.3030.002762
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11B.1.1.3060.000438
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11B.1.1.3160.000925
ORF1ab/nsp5A-B209Y209HTacCac11B.1.1.3180.000302
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11B.1.1.3180.000302
ORF1ab/nsp5A-B209Y209del1tACt-T11B.1.1.3720.000689
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11B.1.1.3980.003226
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11B.1.1.4290.004608
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11B.1.1.4870.005587
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11B.1.1.5140.038462
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11B.1.1.630.000386
ORF1ab/nsp5A-B209Y209FtActTc11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11B.1.160.230.004831
ORF1ab/nsp5A-B209Y209delTAC---11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11B.1.177.100.000878
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11B.1.177.390.015385
ORF1ab/nsp5A-B209Y209delTAC---11B.1.177.40.000211
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11B.1.177.420.000894
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11B.1.177.570.000281
ORF1ab/nsp5A-B209Y209delTAC---11B.1.177.60.000977
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11B.1.177.700.005917
ORF1ab/nsp5A-B209Y209delTAC---11B.1.177.760.002494
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11B.1.177.810.000189
ORF1ab/nsp5A-B209Y209HTacCac11B.1.177.90.001332
ORF1ab/nsp5A-B209Y209FtActTc11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11B.1.2140.003663
ORF1ab/nsp5A-B209Y209LtACtTA11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp5A-B209Y209delTAC---11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp5A-B209Y209XtaCtaA11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11B.1.258.110.000396
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11B.1.3360.002439
ORF1ab/nsp5A-B209Y209HTacCac11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11B.1.351.20.000303
ORF1ab/nsp5A-B209Y209HTacCac11B.1.351.50.0006
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11B.1.36.100.004785
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11B.1.36.170.000494
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11B.1.36.220.001208
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11B.1.36.250.002208
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11B.1.36.290.000517
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11B.1.3610.001289
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11B.1.3810.007812
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11B.1.4000.000429
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11B.1.4560.003268
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11B.1.4690.00361
ORF1ab/nsp5A-B209Y209ETaCGaA11B.1.5250.000113
ORF1ab/nsp5A-B209Y209DTacGac11B.1.5250.000113
ORF1ab/nsp5A-B209Y209XtaCtaA11B.1.5250.000113
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11B.1.5580.004566
ORF1ab/nsp5A-B209Y209HTacCac11B.1.5640.000426
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11B.1.5710.009709
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11B.1.5760.000907
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11B.1.5770.000687
ORF1ab/nsp5A-B209Y209XtaCtaA11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11B.1.940.027027
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11C.160.00106
ORF1ab/nsp5A-B209Y209delTAC---11C.360.000911
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11N.40.004255
ORF1ab/nsp5A-B209Y209delTAC---11N.40.004255
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11P.1.160.000374
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11P.1.170.000162
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11P.1.40.000977
ORF1ab/nsp5A-B209Y209delTAC---11Q.10.000126
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11Q.20.000613
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11Q.30.000145
ORF1ab/nsp5A-B209Y209YtaCtaT11Q.60.006623