CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp5A-B : CodonNum = 205

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp5A-B205L205VL3468VnonsynTtaGta527252710.9998110667-10669
ORF1ab/nsp5A-B205L205VL3468VnonsynTtAGtG527210.00018968110667-10669
ORF1ab/nsp5A-B205L205LL3468LsynttAttG1531040.67973910667-10669
ORF1ab/nsp5A-B205L205LL3468LsynTtaCta153490.32026110667-10669
ORF1ab/nsp5A-B205L205delL3468deldelTTA---4040110667-10669
ORF1ab/nsp5A-B205L205IL3468InonsynTtaAta77110667-10669
ORF1ab/nsp5A-B205L205FL3468FnonsynttAttT44110667-10669
ORF1ab/nsp5A-B205L205KL3468KnonsynTTaAAa33110667-10669
ORF1ab/nsp5A-B205L205del2L3468del2delTTA--N210.510667-10669
ORF1ab/nsp5A-B205L205del2L3468del2delTTA--W210.510667-10669
ORF1ab/nsp5A-B205L205XL3468XnonsyntTatAa210.510667-10669
ORF1ab/nsp5A-B205L205XL3468XnonsyntTatGa210.510667-10669
ORF1ab/nsp5A-B205L205GL3468GnonsynTTaGGa11110667-10669
ORF1ab/nsp5A-B205L205SL3468SnonsyntTatCa11110667-10669
ORF1ab/nsp5A-B205L205YL3468YnonsyntTAtAT11110667-10669

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp5A-B205L205VTtaGta52715272All0.001008
ORF1ab/nsp5A-B205L205VTtAGtG15272All0
ORF1ab/nsp5A-B205L205VTtaGta52075208P.20.971818
ORF1ab/nsp5A-B205L205VTtAGtG15208P.20.000187
ORF1ab/nsp5A-B205L205LttAttG104153All0.00002
ORF1ab/nsp5A-B205L205LTtaCta49153All0.000009
ORF1ab/nsp5A-B205L205delTTA---4040All0.000008
ORF1ab/nsp5A-B205L205LttAttG1321AY.250.000078
ORF1ab/nsp5A-B205L205LTtaCta821AY.250.000048
ORF1ab/nsp5A-B205L205VTtaGta2020B.10.000183
ORF1ab/nsp5A-B205L205LttAttG1420B.1.1.70.000013
ORF1ab/nsp5A-B205L205LTtaCta620B.1.1.70.000005
ORF1ab/nsp5A-B205L205LTtaCta1217B.1.617.20.000045
ORF1ab/nsp5A-B205L205LttAttG517B.1.617.20.000019
ORF1ab/nsp5A-B205L205LttAttG1414B.1.2580.000932
ORF1ab/nsp5A-B205L205VTtaGta1212B.1.10.000218
ORF1ab/nsp5A-B205L205delTTA---1111B.1.1.70.00001
ORF1ab/nsp5A-B205L205LttAttG78AY.40.000011
ORF1ab/nsp5A-B205L205LTtaCta18AY.40.000002
ORF1ab/nsp5A-B205L205LttAttG68AY.4.20.00013
ORF1ab/nsp5A-B205L205LTtaCta28AY.4.20.000043
ORF1ab/nsp5A-B205L205LttAttG88B.1.1770.000105
ORF1ab/nsp5A-B205L205ITtaAta77All0.000001
ORF1ab/nsp5A-B205L205VTtaGta77B.1.1.70.000006
ORF1ab/nsp5A-B205L205LTtaCta46AY.430.000018
ORF1ab/nsp5A-B205L205LttAttG26AY.430.000009
ORF1ab/nsp5A-B205L205FttAttT44All0.000001
ORF1ab/nsp5A-B205L205LTtaCta44AY.1000.000184
ORF1ab/nsp5A-B205L205LttAttG44AY.1030.000025
ORF1ab/nsp5A-B205L205LTtaCta34AY.440.000018
ORF1ab/nsp5A-B205L205LttAttG14AY.440.000006
ORF1ab/nsp5A-B205L205VTtaGta44B.1.1.2610.034483
ORF1ab/nsp5A-B205L205delTTA---44B.1.617.20.000015
ORF1ab/nsp5A-B205L205VTtaGta44P.1.10.001271
ORF1ab/nsp5A-B205L205KTTaAAa33All0.000001
ORF1ab/nsp5A-B205L205delTTA---33AY.40.000005
ORF1ab/nsp5A-B205L205LttAttG33AY.610.000314
ORF1ab/nsp5A-B205L205LttAttG23B.10.000018
ORF1ab/nsp5A-B205L205LTtaCta13B.10.000009
ORF1ab/nsp5A-B205L205VTtaGta33P.60.009434
ORF1ab/nsp5A-B205L205FttAttT220.111111
ORF1ab/nsp5A-B205L205delTTA---220.111111
ORF1ab/nsp5A-B205L205KTTaAAa220.111111
ORF1ab/nsp5A-B205L205del2TTA--W12All0
ORF1ab/nsp5A-B205L205del2TTA--N12All0
ORF1ab/nsp5A-B205L205XtTatGa12All0
ORF1ab/nsp5A-B205L205XtTatAa12All0
ORF1ab/nsp5A-B205L205LTtaCta12AY.1020.000027
ORF1ab/nsp5A-B205L205LttAttG12AY.1020.000027
ORF1ab/nsp5A-B205L205LttAttG22AY.260.000057
ORF1ab/nsp5A-B205L205delTTA---22AY.4.50.000215
ORF1ab/nsp5A-B205L205delTTA---22B.10.000018
ORF1ab/nsp5A-B205L205ITtaAta22B.1.1.2220.000408
ORF1ab/nsp5A-B205L205VTtaGta22B.1.1.280.000622
ORF1ab/nsp5A-B205L205LttAttG22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp5A-B205L205LttAttG22B.1.4240.016129
ORF1ab/nsp5A-B205L205LTtaCta12B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp5A-B205L205LttAttG12B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp5A-B205L205ITtaAta22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp5A-B205L205LttAttG12B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp5A-B205L205LTtaCta12B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp5A-B205L205LttAttG11A.10.000282
ORF1ab/nsp5A-B205L205YtTAtAT11All0
ORF1ab/nsp5A-B205L205StTatCa11All0
ORF1ab/nsp5A-B205L205GTTaGGa11All0
ORF1ab/nsp5A-B205L205VTtaGta11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp5A-B205L205VTtaGta11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp5A-B205L205LttAttG11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp5A-B205L205KTTaAAa11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp5A-B205L205LTtaCta11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp5A-B205L205LttAttG11AY.160.00038
ORF1ab/nsp5A-B205L205VTtaGta11AY.200.000039
ORF1ab/nsp5A-B205L205del2TTA--W11AY.230.00007
ORF1ab/nsp5A-B205L205StTatCa11AY.250.000006
ORF1ab/nsp5A-B205L205delTTA---11AY.30.00001
ORF1ab/nsp5A-B205L205LttAttG11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp5A-B205L205LttAttG11AY.330.000067
ORF1ab/nsp5A-B205L205LttAttG11AY.420.00004
ORF1ab/nsp5A-B205L205delTTA---11AY.430.000004
ORF1ab/nsp5A-B205L205delTTA---11AY.440.000006
ORF1ab/nsp5A-B205L205ITtaAta11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp5A-B205L205YtTAtAT11AY.5.30.000337
ORF1ab/nsp5A-B205L205FttAttT11AY.5.30.000337
ORF1ab/nsp5A-B205L205VTtaGta11AY.60.000041
ORF1ab/nsp5A-B205L205delTTA---11AY.60.000041
ORF1ab/nsp5A-B205L205LttAttG11AY.700.000209
ORF1ab/nsp5A-B205L205LttAttG11AY.740.000116
ORF1ab/nsp5A-B205L205delTTA---11B0.000128
ORF1ab/nsp5A-B205L205LttAttG11B0.000128
ORF1ab/nsp5A-B205L205GTTaGGa11B.10.000009
ORF1ab/nsp5A-B205L205delTTA---11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp5A-B205L205LttAttG11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp5A-B205L205VTtaGta11B.1.1.1280.007092
ORF1ab/nsp5A-B205L205delTTA---11B.1.1.2880.001916
ORF1ab/nsp5A-B205L205XtTatGa11B.1.1.3000.010753
ORF1ab/nsp5A-B205L205VTtaGta11B.1.1.440.00241
ORF1ab/nsp5A-B205L205LttAttG11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp5A-B205L205LttAttG11B.1.1.5210.005348
ORF1ab/nsp5A-B205L205del2TTA--N11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp5A-B205L205LTtaCta11B.1.160.300.002976
ORF1ab/nsp5A-B205L205delTTA---11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp5A-B205L205XtTatAa11B.1.177.320.00135
ORF1ab/nsp5A-B205L205delTTA---11B.1.177.40.000211
ORF1ab/nsp5A-B205L205delTTA---11B.1.177.60.000977
ORF1ab/nsp5A-B205L205VTtaGta11B.1.177.730.000566
ORF1ab/nsp5A-B205L205delTTA---11B.1.177.760.002494
ORF1ab/nsp5A-B205L205VTtaGta11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp5A-B205L205VTtaGta11B.1.2430.00007
ORF1ab/nsp5A-B205L205delTTA---11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp5A-B205L205LttAttG11B.1.351.50.0006
ORF1ab/nsp5A-B205L205VTtaGta11B.1.4070.035714
ORF1ab/nsp5A-B205L205LTtaCta11B.1.416.10.001563
ORF1ab/nsp5A-B205L205ITtaAta11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp5A-B205L205LttAttG11B.1.4700.001404
ORF1ab/nsp5A-B205L205LttAttG11B.1.5950.000261
ORF1ab/nsp5A-B205L205delTTA---11B.1.60.017241
ORF1ab/nsp5A-B205L205FttAttT11B.1.6090.000479
ORF1ab/nsp5A-B205L205VTtaGta11B.1.6180.004032
ORF1ab/nsp5A-B205L205ITtaAta11B.1.621.10.000506
ORF1ab/nsp5A-B205L205LTtaCta11B.1.6330.041667
ORF1ab/nsp5A-B205L205VTtaGta11B.1.910.002075
ORF1ab/nsp5A-B205L205LTtaCta11B.40.002208
ORF1ab/nsp5A-B205L205delTTA---11C.360.000911
ORF1ab/nsp5A-B205L205delTTA---11N.40.004255
ORF1ab/nsp5A-B205L205delTTA---11Q.10.000126
ORF1ab/nsp5A-B205L205LttAttG11R.10.00009