CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp5A-B : CodonNum = 186

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	V3449F	nonsyn	Gtt	Ttt	1777	1777	1	10610-10612
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	V3449V	syn	gtT	gtA	598	433	0.72408	10610-10612
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	V3449V	syn	gtT	gtC	598	102	0.170569	10610-10612
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	V3449V	syn	gtT	gtG	598	63	0.105351	10610-10612
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	V3449I	nonsyn	Gtt	Att	271	270	0.99631	10610-10612
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	V3449I	nonsyn	GtT	AtA	271	1	0.00369004	10610-10612
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186del	V3449del	del	GTT	---	40	40	1	10610-10612
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186A	V3449A	nonsyn	gTt	gCt	29	29	1	10610-10612
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186L	V3449L	nonsyn	Gtt	Ctt	12	11	0.916667	10610-10612
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186L	V3449L	nonsyn	GtT	TtA	12	1	0.0833333	10610-10612
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186del1	V3449del1	del	Gtt	-tt	11	10	0.909091	10610-10612
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186del1	V3449del1	del	gTt	g-t	11	1	0.0909091	10610-10612
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186G	V3449G	nonsyn	gTt	gGt	2	2	1	10610-10612
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186C	V3449C	nonsyn	GTt	TGt	1	1	1	10610-10612
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186X	V3449X	nonsyn	GTT	TGA	1	1	1	10610-10612
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186T	V3449T	nonsyn	GTt	ACt	1	1	1	10610-10612
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186D	V3449D	nonsyn	gTt	gAt	1	1	1	10610-10612
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186N	V3449N	nonsyn	GTt	AAt	1	1	1	10610-10612
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186K	V3449K	nonsyn	GTT	AAA	1	1	1	10610-10612

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1777	1777	All	0.00034
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	983	983	P.1.13	0.883199
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtA	433	598	All	0.000083
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtC	102	598	All	0.00002
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtG	63	598	All	0.000012
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	Gtt	Att	270	271	All	0.000052
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	GtT	AtA	1	271	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtA	210	211	AY.43	0.00093
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtC	1	211	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	172	172	B.1.427	0.008686
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtA	109	127	B.1.617.2	0.00041
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtG	10	127	B.1.617.2	0.000038
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtC	8	127	B.1.617.2	0.00003
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	126	126	B.1.1.7	0.000113
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	70	70	AY.4	0.000109
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	Gtt	Att	68	68	AY.23	0.004743
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtA	45	68	B.1.1.7	0.00004
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtC	23	68	B.1.1.7	0.000021
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	45	45	AY.43	0.000199
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtG	36	44	AY.44	0.000219
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtA	7	44	AY.44	0.000043
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtC	1	44	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186del	GTT	---	40	40	All	0.000008
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	40	40	B.1.240.1	1
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	32	32	B.1.617.2	0.00012
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtC	31	31	AY.33	0.00207
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186A	gTt	gCt	29	29	All	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	Gtt	Att	28	28	AY.39	0.000692
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	27	27	AY.3	0.000269
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	Gtt	Att	23	23	AY.25	0.000138
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	22	22	P.1	0.000347
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	Gtt	Att	19	19	AY.120	0.000706
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtA	17	17	B.1.177	0.000224
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	16	16	B.1.438.1	0.001716
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	15	15	B.1	0.000137
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	14	14	AY.9.2	0.000514
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtA	9	13	AY.4	0.000014
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtC	4	13	AY.4	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186L	Gtt	Ctt	11	12	All	0.000002
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186L	GtT	TtA	1	12	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	Gtt	Att	12	12	AY.4	0.000019
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	Gtt	Att	12	12	AY.4.2	0.00026
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	12	12	AY.44	0.000073
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	Gtt	Att	12	12	B.1.1.519	0.000477
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186del1	Gtt	-tt	10	11	All	0.000002
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186del1	gTt	g-t	1	11	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	11	11	AY.3.1	0.000938
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186A	gTt	gCt	11	11	B.1.1.7	0.00001
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	11	11	B.1.160	0.000343
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	10	10	AY.102	0.000265
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtC	9	10	B.1.1	0.000163
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtA	1	10	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtG	9	9	B.1.1.519	0.000357
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	9	9	N.5	0.015901
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtC	7	8	AY.119	0.000247
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtA	1	8	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	Gtt	Att	8	8	AY.43	0.000035
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	Gtt	Att	8	8	AY.44	0.000049
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	8	8	B.1.177.17	0.006568
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtA	7	7	AY.46	0.000729
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186del	GTT	---	7	7	B.1.1.7	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	7	7	B.1.221	0.000497
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	Gtt	Att	6	6	AY.103	0.000037
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	6	6	AY.103	0.000037
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	Gtt	Att	6	6	AY.6	0.000247
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	Gtt	Att	6	6	AY.75	0.000336
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	6	6	B.1.177	0.000079
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	Gtt	Att	6	6	B.1.617.2	0.000023
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186L	Gtt	Ctt	5	5	AY.26	0.000142
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	Gtt	Att	5	5	AY.39.1	0.000198
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	Gtt	Att	5	5	AY.74	0.000578
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186del	GTT	---	5	5	AZ.2	0.004105
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	5	5	B.1.1	0.000091
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtC	3	5	B.1.2	0.000026
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtA	2	5	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	5	5	B.1.36.29	0.002587
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtA	5	5	B.6.6	0.004444
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186del1	Gtt	-tt	5	5	P.1.13	0.004492
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186del	GTT	---	4	4		0.222222
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtA	4	4	AY.39	0.000099
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186A	gTt	gCt	4	4	AY.4	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	Gtt	Att	4	4	AY.45	0.000487
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	4	4	AY.45	0.000487
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	4	4	AY.98	0.000316
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	4	4	B.1.1.50	0.002716
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	Gtt	Att	4	4	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	4	4	B.1.149	0.013699
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	Gtt	Att	4	4	B.1.36.1	0.004561
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	4	4	B.4	0.00883
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	3	3	AY.120	0.000112
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	3	3	AY.20	0.000117
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtC	2	3	AY.25	0.000012
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtG	1	3	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	Gtt	Att	3	3	AY.26	0.000085
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	3	3	B.1.170	0.012931
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	Gtt	Att	3	3	B.1.177	0.00004
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	3	3	B.1.177.81	0.000568
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	Gtt	Att	3	3	B.1.2	0.000026
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	3	3	B.1.2	0.000026
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	3	3	B.1.351.3	0.002629
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	3	3	B.1.526	0.000071
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186del	GTT	---	3	3	B.1.617.2	0.000011
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	3	3	P.1.1	0.000953
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	3	3	P.2	0.00056
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtC	3	3	Q.8	0.000495
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	2	2	AE.8	0.000978
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186G	gTt	gGt	2	2	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	Gtt	Att	2	2	AY.1	0.000791
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	2	2	AY.25	0.000012
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	2	2	AY.29	0.000032
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	2	2	AY.36	0.000296
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	2	2	AY.39	0.000049
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186L	Gtt	Ctt	2	2	AY.4	0.000003
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtA	2	2	AY.41	0.000588
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	Gtt	Att	2	2	AY.42	0.00008
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	2	2	AY.98.1	0.000097
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtC	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186del	GTT	---	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	Gtt	Att	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186del1	Gtt	-tt	1	2	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186del1	gTt	g-t	1	2	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186L	Gtt	Ctt	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	GtT	AtA	1	2	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	Gtt	Att	1	2	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.1.216	0.001781
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.1.33	0.000842
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtA	2	2	B.1.160	0.000062
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtA	2	2	B.1.177.12	0.000303
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.177.41	0.005
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtG	2	2	B.1.177.77	0.001452
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.429	0.000047
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.470	0.002809
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	Gtt	Att	2	2	B.1.562	0.037037
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.597	0.009259
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.621	0.000177
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	Gtt	Att	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186A	gTt	gCt	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186C	GTt	TGt	1	1	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186X	GTT	TGA	1	1	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186T	GTt	ACt	1	1	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186D	gTt	gAt	1	1	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186N	GTt	AAt	1	1	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186K	GTT	AAA	1	1	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	Gtt	Att	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtC	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	AY.101	0.00049
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtA	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186del	GTT	---	1	1	AY.111	0.000183
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	AY.116.1	0.000311
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	AY.117	0.000085
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtA	1	1	AY.117	0.000085
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186del	GTT	---	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	Gtt	Att	1	1	AY.121	0.000135
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	AY.2	0.000356
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtG	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	AY.24	0.000431
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186del	GTT	---	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	AY.33	0.000067
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtC	1	1	AY.34	0.000097
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtC	1	1	AY.36	0.000148
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186L	Gtt	Ctt	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtA	1	1	AY.39.2	0.001541
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186G	gTt	gGt	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186T	GTt	ACt	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186del	GTT	---	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186del	GTT	---	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186del	GTT	---	1	1	AY.40	0.000964
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186del	GTT	---	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186A	gTt	gCt	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186A	gTt	gCt	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtG	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	Gtt	Att	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186A	gTt	gCt	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	AY.5.4	0.000277
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtA	1	1	AY.52	0.000814
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	AY.59	0.00053
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186del	GTT	---	1	1	AY.60	0.000938
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186C	GTt	TGt	1	1	AY.67	0.000464
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	AY.68	0.000274
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	Gtt	Att	1	1	AY.68	0.000274
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186del	GTT	---	1	1	AY.70	0.000209
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	AY.71	0.000475
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtA	1	1	AY.74	0.000116
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186del	GTT	---	1	1	AY.75	0.000056
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtC	1	1	AY.75	0.000056
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186A	gTt	gCt	1	1	AY.75	0.000056
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtG	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186A	gTt	gCt	1	1	AY.79	0.001211
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtA	1	1	AY.89	0.004902
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtA	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186del	GTT	---	1	1	AY.99	0.001049
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186A	gTt	gCt	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186del	GTT	---	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186A	gTt	gCt	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.163	0.007634
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.207	0.001182
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.222	0.000204
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186del	GTT	---	1	1	B.1.1.236	0.006897
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186D	gTt	gAt	1	1	B.1.1.25	0.000569
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.284	0.000107
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.294	0.001266
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.316	0.000925
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.37	0.000193
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.375	0.011905
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	Gtt	Att	1	1	B.1.1.397	0.002252
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.416	0.000905
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186G	gTt	gGt	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186del1	Gtt	-tt	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186N	GTt	AAt	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.110.3	0.000718
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	Gtt	Att	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtA	1	1	B.1.160.32	0.004292
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186A	gTt	gCt	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186del	GTT	---	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.177.12	0.000152
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.177.15	0.000631
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtC	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.177.47	0.012987
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtA	1	1	B.1.177.65	0.000665
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186del	GTT	---	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186del	GTT	---	1	1	B.1.177.76	0.002494
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtG	1	1	B.1.177.79	0.002342
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.177.82	0.000477
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186del1	Gtt	-tt	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.221.3	0.000833
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.234	0.000132
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.236	0.002053
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186A	gTt	gCt	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtA	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	Gtt	Att	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.324	0.001605
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	Gtt	Att	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186del	GTT	---	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtC	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.367	0.000792
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186A	gTt	gCt	1	1	B.1.426	0.001009
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186del1	Gtt	-tt	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186del1	Gtt	-tt	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtG	1	1	B.1.517	0.000427
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtC	1	1	B.1.525	0.000113
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.551	0.00129
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.561	0.000397
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.564	0.000426
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	Gtt	Att	1	1	B.1.577	0.000687
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.595	0.000261
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186A	gTt	gCt	1	1	B.1.596.1	0.009346
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	Gtt	Att	1	1	B.1.609	0.000479
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	Gtt	Att	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186K	GTT	AAA	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186L	GtT	TtA	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186X	GTT	TGA	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	Gtt	Att	1	1	C.31	0.017857
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186V	gtT	gtC	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186L	Gtt	Ctt	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	K.2	0.04
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	Gtt	Att	1	1	N.3	0.005814
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186del	GTT	---	1	1	N.4	0.004255
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	P.1.12	0.000484
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186I	Gtt	Att	1	1	P.1.16	0.000374
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	P.1.17	0.000162
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	P.1.7	0.000319
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186del	GTT	---	1	1	Q.2	0.000613
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186A	gTt	gCt	1	1	Q.4	0.000455
ORF1ab/nsp5A-B	186	V186F	Gtt	Ttt	1	1	Q.8	0.000165

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.