CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp5A-B : CodonNum = 18

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp5A-B18V18VV3281VsyngtAgtG393039140.99592910106-10108
ORF1ab/nsp5A-B18V18VV3281VsyngtAgtT3930130.0033078910106-10108
ORF1ab/nsp5A-B18V18VV3281VsyngtAgtC393030.00076335910106-10108
ORF1ab/nsp5A-B18V18IV3281InonsynGtaAta604604110106-10108
ORF1ab/nsp5A-B18V18AV3281AnonsyngTagCa198198110106-10108
ORF1ab/nsp5A-B18V18LV3281LnonsynGtaTta1431330.9300710106-10108
ORF1ab/nsp5A-B18V18LV3281LnonsynGtaCta143100.069930110106-10108
ORF1ab/nsp5A-B18V18delV3281deldelGTA---4747110106-10108
ORF1ab/nsp5A-B18V18del2V3281del2delgTAg--44110106-10108
ORF1ab/nsp5A-B18V18del1V3281del1delgtAgt-11110106-10108

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG39143930All0.000749
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtT133930All0.000002
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtC33930All0.000001
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG35883588B.1.258.170.373051
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta604604All0.000116
ORF1ab/nsp5A-B18V18AgTagCa198198All0.000038
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta173173B.1.617.20.000651
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta166166AY.200.006452
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaTta133143All0.000025
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaCta10143All0.000002
ORF1ab/nsp5A-B18V18AgTagCa6262B.1.2580.004126
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta6161AY.1030.000379
ORF1ab/nsp5A-B18V18delGTA---4747All0.000009
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG4545AY.40.00007
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG3940B.1.1.70.000035
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtT140B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG3838B.10.000348
ORF1ab/nsp5A-B18V18AgTagCa3232B.1.1.4030.820513
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaTta2929AY.40.000045
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta2727AY.250.000162
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG2525B.1.2580.001664
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta2323AY.40.000036
ORF1ab/nsp5A-B18V18AgTagCa2222B.1.2430.001531
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG2020B.1.617.20.000075
ORF1ab/nsp5A-B18V18delGTA---1818B.1.1.70.000016
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG1717AY.290.000268
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta1616B.1.1.70.000014
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaTta1415B.1.1.70.000013
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaCta115B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp5A-B18V18AgTagCa1414B.1.10.000254
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG1414B.1.20.000123
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaTta1213D.20.0009
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaCta113D.20.000075
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG1212AY.50.000248
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaTta1212B0.001534
ORF1ab/nsp5A-B18V18AgTagCa1111AY.40.000017
ORF1ab/nsp5A-B18V18AgTagCa1111B.1.2340.001451
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta1111B.1.2580.000732
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta1010AY.1170.000845
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG910B.1.1600.000281
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtT110B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG1010B.1.360.001459
ORF1ab/nsp5A-B18V18AgTagCa99AY.1170.000761
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG99AY.1200.000335
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG99B.1.258.240.096774
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtT99B.1.5960.000784
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaTta99B.1.617.20.000034
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta88AY.1020.000212
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta88AY.440.000049
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaTta77AY.30.00007
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta77AY.5.40.001937
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG77B.4.10.132075
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta66AY.480.002791
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta55AY.1200.000186
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG55AY.430.000022
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaTta55AY.440.00003
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta55AY.980.000395
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG45B.1.10.000073
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtT15B.1.10.000018
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaTta55B.1.1.5190.000199
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta55B.1.20.000044
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta55B.1.5260.000118
ORF1ab/nsp5A-B18V18del2gTAg--44All0.000001
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG44AY.1030.000025
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG44AY.250.000024
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaTta44AY.330.000267
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta44AY.390.000099
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta44AY.4.2.10.000596
ORF1ab/nsp5A-B18V18delGTA---44AY.4.50.00043
ORF1ab/nsp5A-B18V18delGTA---44AY.430.000018
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaTta44AY.430.000018
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta44AY.430.000018
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta44AY.450.000487
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaTta44AY.470.000124
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta44AY.550.00367
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG44B0.000511
ORF1ab/nsp5A-B18V18AgTagCa44B.10.000037
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta44B.10.000037
ORF1ab/nsp5A-B18V18delGTA---44B.1.1770.000053
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG44B.1.438.10.000429
ORF1ab/nsp5A-B18V18AgTagCa44B.1.5900.018182
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta33AY.1180.000188
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG33AY.1180.000188
ORF1ab/nsp5A-B18V18AgTagCa33AY.30.00003
ORF1ab/nsp5A-B18V18AgTagCa33AY.440.000018
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG33AY.440.000018
ORF1ab/nsp5A-B18V18AgTagCa33AY.98.10.000145
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaTta33B.10.000027
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtC33B.1.1.3480.002389
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG33B.1.1770.00004
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta33B.1.3510.000089
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG23B.1.3510.000059
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtT13B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG33B.1.4290.000071
ORF1ab/nsp5A-B18V18AgTagCa33N.50.0053
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG22AY.1000.000092
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta22AY.230.000139
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta22AY.30.00002
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta22AY.330.000134
ORF1ab/nsp5A-B18V18delGTA---22AY.40.000003
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta22AY.420.00008
ORF1ab/nsp5A-B18V18del2gTAg--22AY.440.000012
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta22AY.46.10.002053
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaTta22AY.50.000041
ORF1ab/nsp5A-B18V18AgTagCa22AY.7.10.000225
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta22B.1.1.4200.002012
ORF1ab/nsp5A-B18V18del2gTAg--22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta22B.1.1600.000062
ORF1ab/nsp5A-B18V18AgTagCa22B.1.1600.000062
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG22B.1.177.440.001038
ORF1ab/nsp5A-B18V18AgTagCa22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG22B.1.3670.001585
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG22B.1.4270.000101
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta22B.1.5610.000794
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaCta22B.1.5820.000981
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta22B.1.6300.010471
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta22P.10.000032
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaCta12P.1.140.000048
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaTta12P.1.140.000048
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaCta11A0.000387
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaTta11A.10.000282
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG11A.2.50.000499
ORF1ab/nsp5A-B18V18del1gtAgt-11All0
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG11AU.20.002421
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaTta11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaTta11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp5A-B18V18AgTagCa11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaCta11AY.1080.001103
ORF1ab/nsp5A-B18V18delGTA---11AY.1110.000183
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta11AY.16.10.00047
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG11AY.20.000356
ORF1ab/nsp5A-B18V18delGTA---11AY.250.000006
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta11AY.290.000016
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaTta11AY.320.000532
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaTta11AY.360.000148
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaTta11AY.370.000316
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG11AY.390.000025
ORF1ab/nsp5A-B18V18AgTagCa11AY.4.2.10.000149
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaTta11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp5A-B18V18AgTagCa11AY.430.000004
ORF1ab/nsp5A-B18V18delGTA---11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaTta11AY.46.40.000165
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta11AY.46.40.000165
ORF1ab/nsp5A-B18V18delGTA---11AY.50.000021
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta11AY.530.000288
ORF1ab/nsp5A-B18V18AgTagCa11AY.680.000274
ORF1ab/nsp5A-B18V18delGTA---11AY.70.000196
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta11AY.730.000665
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG11AY.740.000116
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaTta11AY.750.000056
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta11AY.770.001127
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta11AY.780.001541
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaTta11AY.99.20.000092
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaTta11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG11B.1.1.10.000327
ORF1ab/nsp5A-B18V18AgTagCa11B.1.1.10.000327
ORF1ab/nsp5A-B18V18delGTA---11B.1.1.1590.004673
ORF1ab/nsp5A-B18V18AgTagCa11B.1.1.1610.003534
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG11B.1.1.2140.000055
ORF1ab/nsp5A-B18V18AgTagCa11B.1.1.2140.000055
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG11B.1.1.2220.000204
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta11B.1.1.280.000311
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaTta11B.1.1.3110.000358
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta11B.1.1.3290.003846
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG11B.1.1.330.000421
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaTta11B.1.1.3370.003597
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta11B.1.1.390.00051
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG11B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG11B.1.1.700.000341
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaCta11B.1.160.140.002119
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG11B.1.160.150.00495
ORF1ab/nsp5A-B18V18delGTA---11B.1.1610.017241
ORF1ab/nsp5A-B18V18delGTA---11B.1.177.100.000878
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG11B.1.177.120.000152
ORF1ab/nsp5A-B18V18delGTA---11B.1.177.180.00116
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaTta11B.1.177.230.003236
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaTta11B.1.177.350.000691
ORF1ab/nsp5A-B18V18delGTA---11B.1.177.690.001484
ORF1ab/nsp5A-B18V18AgTagCa11B.1.177.70.000165
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaTta11B.1.177.70.000165
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG11B.1.177.810.000189
ORF1ab/nsp5A-B18V18delGTA---11B.1.177.810.000189
ORF1ab/nsp5A-B18V18delGTA---11B.1.1790.003759
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaCta11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp5A-B18V18AgTagCa11B.1.214.20.0006
ORF1ab/nsp5A-B18V18delGTA---11B.1.258.30.001675
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG11B.1.36.240.006173
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaTta11B.1.3690.000285
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG11B.1.3750.00082
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaTta11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp5A-B18V18AgTagCa11B.1.466.20.000391
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaTta11B.1.4970.000315
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG11B.1.5250.000113
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG11B.1.5760.000907
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta11B.1.5910.010638
ORF1ab/nsp5A-B18V18del1gtAgt-11B.1.5950.000261
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG11B.1.5950.000261
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaTta11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta11B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaCta11B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp5A-B18V18IGtaAta11B.1.6370.000073
ORF1ab/nsp5A-B18V18VgtAgtG11B.370.028571
ORF1ab/nsp5A-B18V18LGtaTta11C.350.000774
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