CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp5A-B : CodonNum = 15

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp5A-B15G15SG3278SnonsynGgtAgt26017260160.99996210097-10099
ORF1ab/nsp5A-B15G15SG3278SnonsynGgTAgC2601710.000038436410097-10099
ORF1ab/nsp5A-B15G15CG3278CnonsynGgtTgt13631363110097-10099
ORF1ab/nsp5A-B15G15DG3278DnonsyngGtgAt262262110097-10099
ORF1ab/nsp5A-B15G15GG3278GsynggTggC2162020.93518510097-10099
ORF1ab/nsp5A-B15G15GG3278GsynggTggG21690.041666710097-10099
ORF1ab/nsp5A-B15G15GG3278GsynggTggA21650.023148110097-10099
ORF1ab/nsp5A-B15G15VG3278VnonsyngGtgTt89880.98876410097-10099
ORF1ab/nsp5A-B15G15VG3278VnonsyngGTgTC8910.01123610097-10099
ORF1ab/nsp5A-B15G15delG3278deldelGGT---5454110097-10099
ORF1ab/nsp5A-B15G15IG3278InonsynGGtATt650.83333310097-10099
ORF1ab/nsp5A-B15G15IG3278InonsynGGTATC610.16666710097-10099
ORF1ab/nsp5A-B15G15FG3278FnonsynGGtTTt44110097-10099
ORF1ab/nsp5A-B15G15del2G3278del2delGGt--t44110097-10099
ORF1ab/nsp5A-B15G15RG3278RnonsynGgtCgt430.7510097-10099
ORF1ab/nsp5A-B15G15RG3278RnonsynGgTCgG410.2510097-10099
ORF1ab/nsp5A-B15G15AG3278AnonsyngGtgCt33110097-10099
ORF1ab/nsp5A-B15G15del1G3278del1delggTgg-320.66666710097-10099
ORF1ab/nsp5A-B15G15del1G3278del1delGgTAg-310.33333310097-10099
ORF1ab/nsp5A-B15G15EG3278EnonsyngGTgAG210.510097-10099
ORF1ab/nsp5A-B15G15XG3278XnonsynGgTTgA210.510097-10099
ORF1ab/nsp5A-B15G15XG3278XnonsynGGTTAA210.510097-10099
ORF1ab/nsp5A-B15G15EG3278EnonsyngGTgAA210.510097-10099
ORF1ab/nsp5A-B15G15YG3278YnonsynGGtTAt11110097-10099
ORF1ab/nsp5A-B15G15QG3278QnonsynGGTCAG11110097-10099
ORF1ab/nsp5A-B15G15PG3278PnonsynGGtCCt11110097-10099
ORF1ab/nsp5A-B15G15HG3278HnonsynGGtCAt11110097-10099

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt2601626017All0.004976
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgTAgC126017All0
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt84648464C.370.982358
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt29692969B.1.1.10.969944
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt22302230B.1.1.3690.995091
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt17091709C.36.30.96937
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt13721372B.1.1.3720.944904
ORF1ab/nsp5A-B15G15CGgtTgt13631363All0.000261
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt12061206C.350.933437
ORF1ab/nsp5A-B15G15CGgtTgt11951195B.1.221.30.995833
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt10171017C.360.92623
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt914914C.160.969247
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt578578C.300.998273
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt449449AY.40.000699
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt399399C.10.954545
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt380380C.180.984456
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt357357C.36.3.10.970109
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt347347C.37.10.908377
ORF1ab/nsp5A-B15G15DgGtgAt262262All0.00005
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt240240C.36.10.995851
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt231231C.141
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt224224C.81
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt222222C.1.20.944681
ORF1ab/nsp5A-B15G15GggTggC202216All0.000039
ORF1ab/nsp5A-B15G15GggTggG9216All0.000002
ORF1ab/nsp5A-B15G15GggTggA5216All0.000001
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt170170C.230.988372
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt161161B.10.001475
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt150150C.2.11
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt149149C.30.11
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt139139C.121
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt136136C.261
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt131131C.31
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt116116C.380.935484
ORF1ab/nsp5A-B15G15DgGtgAt100100AY.40.000156
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt9898C.40.98
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt9494C.111
ORF1ab/nsp5A-B15G15VgGtgTt8889All0.000017
ORF1ab/nsp5A-B15G15VgGTgTC189All0
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt8989B.1.10.001615
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt7676B.1.2580.005058
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt6767B.1.1.3750.797619
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt6262C.21
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt5959B.1.1.2050.219331
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt5656C.311
ORF1ab/nsp5A-B15G15delGGT---5454All0.00001
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt5454C.271
ORF1ab/nsp5A-B15G15GggTggC5151AY.1020.001352
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt4949C.390.924528
ORF1ab/nsp5A-B15G15DgGtgAt4848AY.30.000477
ORF1ab/nsp5A-B15G15GggTggC4848B.1.617.20.000181
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt4343C.321
ORF1ab/nsp5A-B15G15DgGtgAt4242P.20.007839
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt3939C.131
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt3737C.191
ORF1ab/nsp5A-B15G15CGgtTgt3636AY.420.001448
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt3636C.401
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt3535B.1.3510.00104
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt3333B.1.1.70.00003
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt3232C.90.969697
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt3030AY.30.000298
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt2929C.71
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt2828C.36.20.965517
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt2727C.341
ORF1ab/nsp5A-B15G15VgGtgTt2626AY.40.00004
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt2626C.60.962963
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt2525B.1.617.20.000094
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt2525C.281
ORF1ab/nsp5A-B15G15DgGtgAt2424B.1.2580.001597
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt2323B0.00294
ORF1ab/nsp5A-B15G15delGGT---2323B.1.1.70.000021
ORF1ab/nsp5A-B15G15GggTggC2323B.1.1.70.000021
ORF1ab/nsp5A-B15G15CGgtTgt2222B.1.20.000194
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt2020B.1.214.20.01199
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt1717C.331
ORF1ab/nsp5A-B15G15DgGtgAt1616B.1.177.40.003377
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt1616B.1.177.400.082474
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt1414C.170.777778
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt1414C.221
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt1414C.290.875
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt1313AY.1030.000081
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt1313C.201
ORF1ab/nsp5A-B15G15CGgtTgt1212AY.1030.000075
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt1212AY.9.20.000441
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt1212B.1.20.000106
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt1212C.1.10.923077
ORF1ab/nsp5A-B15G15VgGtgTt1212D.20.0009
ORF1ab/nsp5A-B15G15VgGtgTt1111AY.470.000342
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt1111C.51
ORF1ab/nsp5A-B15G15GggTggC99AY.1030.000056
ORF1ab/nsp5A-B15G15CGgtTgt99AY.250.000054
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt99AY.250.000054
ORF1ab/nsp5A-B15G15CGgtTgt88AY.1000.000368
ORF1ab/nsp5A-B15G15GggTggC88AY.840.0035
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt88C.251
ORF1ab/nsp5A-B15G15CGgtTgt77AY.200.000272
ORF1ab/nsp5A-B15G15CGgtTgt77AY.430.000031
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt77AY.430.000031
ORF1ab/nsp5A-B15G15CGgtTgt77B.10.000064
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt77B.1.160.300.020833
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt77B.1.177.230.022654
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt77B.1.230.042424
ORF1ab/nsp5A-B15G15CGgtTgt77B.1.6090.003356
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt77C.211
ORF1ab/nsp5A-B15G15IGGtATt56All0.000001
ORF1ab/nsp5A-B15G15IGGTATC16All0
ORF1ab/nsp5A-B15G15GggTggC66AY.230.000418
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt66AY.330.000401
ORF1ab/nsp5A-B15G15CGgtTgt66AY.390.000148
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt66AY.390.000148
ORF1ab/nsp5A-B15G15GggTggC66AY.440.000037
ORF1ab/nsp5A-B15G15GggTggC66B.1.1.630.002315
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt66B.1.5170.002562
ORF1ab/nsp5A-B15G15CGgtTgt66B.1.617.20.000023
ORF1ab/nsp5A-B15G15GggTggC55AY.1000.00023
ORF1ab/nsp5A-B15G15GggTggC45AY.40.000006
ORF1ab/nsp5A-B15G15GggTggG15AY.40.000002
ORF1ab/nsp5A-B15G15DgGtgAt55B0.000639
ORF1ab/nsp5A-B15G15GggTggG35B.10.000027
ORF1ab/nsp5A-B15G15GggTggC15B.10.000009
ORF1ab/nsp5A-B15G15GggTggA15B.10.000009
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt55B.1.1.2940.006329
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt55B.1.1.3480.003981
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt55B.1.1600.000156
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt55B.1.5240.007032
ORF1ab/nsp5A-B15G15CGgtTgt55D.20.000375
ORF1ab/nsp5A-B15G15GggTggA240.111111
ORF1ab/nsp5A-B15G15GggTggC140.055556
ORF1ab/nsp5A-B15G15GggTggG140.055556
ORF1ab/nsp5A-B15G15del2GGt--t44All0.000001
ORF1ab/nsp5A-B15G15FGGtTTt44All0.000001
ORF1ab/nsp5A-B15G15RGgtCgt34All0.000001
ORF1ab/nsp5A-B15G15RGgTCgG14All0
ORF1ab/nsp5A-B15G15delGGT---44AY.4.50.00043
ORF1ab/nsp5A-B15G15delGGT---44AY.430.000018
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt44B.1.1.2200.007435
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt44B.1.1.4480.00813
ORF1ab/nsp5A-B15G15delGGT---44B.1.1770.000053
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt44C.101
ORF1ab/nsp5A-B15G15FGGtTTt44D.20.0003
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt230.111111
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgTAgC130.055556
ORF1ab/nsp5A-B15G15AgGtgCt33All0.000001
ORF1ab/nsp5A-B15G15del1ggTgg-23All0
ORF1ab/nsp5A-B15G15del1GgTAg-13All0
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt33AY.180.030303
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt33AY.260.000085
ORF1ab/nsp5A-B15G15VgGtgTt33AY.30.00003
ORF1ab/nsp5A-B15G15GggTggC33AY.390.000074
ORF1ab/nsp5A-B15G15CGgtTgt33AY.40.000005
ORF1ab/nsp5A-B15G15GggTggC33AY.920.000862
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt33B.1.1.4090.008499
ORF1ab/nsp5A-B15G15GggTggC33B.1.1.5060.111111
ORF1ab/nsp5A-B15G15CGgtTgt33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp5A-B15G15VgGtgTt33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt33B.1.1770.00004
ORF1ab/nsp5A-B15G15VgGtgTt33B.1.1770.00004
ORF1ab/nsp5A-B15G15CGgtTgt33B.1.2210.000213
ORF1ab/nsp5A-B15G15GggTggG23B.1.2210.000142
ORF1ab/nsp5A-B15G15GggTggA13B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp5A-B15G15GggTggC33B.1.351.20.000908
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt33B.1.5260.000071
ORF1ab/nsp5A-B15G15VgGtgTt33P.10.000047
ORF1ab/nsp5A-B15G15CGgtTgt220.111111
ORF1ab/nsp5A-B15G15IGGtATt120.055556
ORF1ab/nsp5A-B15G15VgGTgTC120.055556
ORF1ab/nsp5A-B15G15XGGTTAA120.055556
ORF1ab/nsp5A-B15G15IGGTATC120.055556
ORF1ab/nsp5A-B15G15VgGtgTt120.055556
ORF1ab/nsp5A-B15G15XGgTTgA120.055556
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt22A0.000774
ORF1ab/nsp5A-B15G15XGGTTAA12All0
ORF1ab/nsp5A-B15G15XGgTTgA12All0
ORF1ab/nsp5A-B15G15EgGTgAG12All0
ORF1ab/nsp5A-B15G15EgGTgAA12All0
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt22AY.1020.000053
ORF1ab/nsp5A-B15G15VgGtgTt22AY.1020.000053
ORF1ab/nsp5A-B15G15IGGtATt22AY.1030.000012
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt22AY.230.000139
ORF1ab/nsp5A-B15G15delGGT---22AY.250.000012
ORF1ab/nsp5A-B15G15CGgtTgt22AY.30.00002
ORF1ab/nsp5A-B15G15CGgtTgt22AY.330.000134
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt22AY.39.10.000079
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt22AY.420.00008
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt22AY.440.000012
ORF1ab/nsp5A-B15G15GggTggC22AY.460.000208
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt22AY.470.000062
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt22AY.620.000871
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt22AY.670.000929
ORF1ab/nsp5A-B15G15GggTggC12B.1.10.000018
ORF1ab/nsp5A-B15G15GggTggG12B.1.10.000018
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt22B.1.1.3060.000877
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt22B.1.1.5260.007092
ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt22B.1.1.830.00542
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ORF1ab/nsp5A-B15G15SGgtAgt22B.1.1700.008621
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