CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp5A-B : CodonNum = 15

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	G3278S	nonsyn	Ggt	Agt	26017	26016	0.999962	10097-10099
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	G3278S	nonsyn	GgT	AgC	26017	1	0.0000384364	10097-10099
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15C	G3278C	nonsyn	Ggt	Tgt	1363	1363	1	10097-10099
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15D	G3278D	nonsyn	gGt	gAt	262	262	1	10097-10099
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15G	G3278G	syn	ggT	ggC	216	202	0.935185	10097-10099
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15G	G3278G	syn	ggT	ggG	216	9	0.0416667	10097-10099
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15G	G3278G	syn	ggT	ggA	216	5	0.0231481	10097-10099
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15V	G3278V	nonsyn	gGt	gTt	89	88	0.988764	10097-10099
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15V	G3278V	nonsyn	gGT	gTC	89	1	0.011236	10097-10099
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15del	G3278del	del	GGT	---	54	54	1	10097-10099
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15I	G3278I	nonsyn	GGt	ATt	6	5	0.833333	10097-10099
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15I	G3278I	nonsyn	GGT	ATC	6	1	0.166667	10097-10099
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15F	G3278F	nonsyn	GGt	TTt	4	4	1	10097-10099
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15del2	G3278del2	del	GGt	--t	4	4	1	10097-10099
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15R	G3278R	nonsyn	Ggt	Cgt	4	3	0.75	10097-10099
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15R	G3278R	nonsyn	GgT	CgG	4	1	0.25	10097-10099
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15A	G3278A	nonsyn	gGt	gCt	3	3	1	10097-10099
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15del1	G3278del1	del	ggT	gg-	3	2	0.666667	10097-10099
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15del1	G3278del1	del	GgT	Ag-	3	1	0.333333	10097-10099
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15E	G3278E	nonsyn	gGT	gAG	2	1	0.5	10097-10099
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15X	G3278X	nonsyn	GgT	TgA	2	1	0.5	10097-10099
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15X	G3278X	nonsyn	GGT	TAA	2	1	0.5	10097-10099
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15E	G3278E	nonsyn	gGT	gAA	2	1	0.5	10097-10099
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15Y	G3278Y	nonsyn	GGt	TAt	1	1	1	10097-10099
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15Q	G3278Q	nonsyn	GGT	CAG	1	1	1	10097-10099
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15P	G3278P	nonsyn	GGt	CCt	1	1	1	10097-10099
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15H	G3278H	nonsyn	GGt	CAt	1	1	1	10097-10099

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	26016	26017	All	0.004976
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	GgT	AgC	1	26017	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	8464	8464	C.37	0.982358
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	2969	2969	B.1.1.1	0.969944
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	2230	2230	B.1.1.369	0.995091
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	1709	1709	C.36.3	0.96937
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	1372	1372	B.1.1.372	0.944904
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15C	Ggt	Tgt	1363	1363	All	0.000261
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	1206	1206	C.35	0.933437
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15C	Ggt	Tgt	1195	1195	B.1.221.3	0.995833
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	1017	1017	C.36	0.92623
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	914	914	C.16	0.969247
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	578	578	C.30	0.998273
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	449	449	AY.4	0.000699
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	399	399	C.1	0.954545
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	380	380	C.18	0.984456
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	357	357	C.36.3.1	0.970109
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	347	347	C.37.1	0.908377
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15D	gGt	gAt	262	262	All	0.00005
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	240	240	C.36.1	0.995851
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	231	231	C.14	1
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	224	224	C.8	1
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	222	222	C.1.2	0.944681
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15G	ggT	ggC	202	216	All	0.000039
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15G	ggT	ggG	9	216	All	0.000002
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15G	ggT	ggA	5	216	All	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	170	170	C.23	0.988372
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	161	161	B.1	0.001475
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	150	150	C.2.1	1
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	149	149	C.30.1	1
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	139	139	C.12	1
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	136	136	C.26	1
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	131	131	C.3	1
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	116	116	C.38	0.935484
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15D	gGt	gAt	100	100	AY.4	0.000156
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	98	98	C.4	0.98
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	94	94	C.11	1
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15V	gGt	gTt	88	89	All	0.000017
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15V	gGT	gTC	1	89	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	89	89	B.1.1	0.001615
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	76	76	B.1.258	0.005058
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	67	67	B.1.1.375	0.797619
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	62	62	C.2	1
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	59	59	B.1.1.205	0.219331
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	56	56	C.31	1
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15del	GGT	---	54	54	All	0.00001
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	54	54	C.27	1
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15G	ggT	ggC	51	51	AY.102	0.001352
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	49	49	C.39	0.924528
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15D	gGt	gAt	48	48	AY.3	0.000477
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15G	ggT	ggC	48	48	B.1.617.2	0.000181
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	43	43	C.32	1
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15D	gGt	gAt	42	42	P.2	0.007839
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	39	39	C.13	1
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	37	37	C.19	1
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15C	Ggt	Tgt	36	36	AY.42	0.001448
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	36	36	C.40	1
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	35	35	B.1.351	0.00104
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	33	33	B.1.1.7	0.00003
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	32	32	C.9	0.969697
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	30	30	AY.3	0.000298
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	29	29	C.7	1
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	28	28	C.36.2	0.965517
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	27	27	C.34	1
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15V	gGt	gTt	26	26	AY.4	0.00004
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	26	26	C.6	0.962963
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	25	25	B.1.617.2	0.000094
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	25	25	C.28	1
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15D	gGt	gAt	24	24	B.1.258	0.001597
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	23	23	B	0.00294
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15del	GGT	---	23	23	B.1.1.7	0.000021
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15G	ggT	ggC	23	23	B.1.1.7	0.000021
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15C	Ggt	Tgt	22	22	B.1.2	0.000194
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	20	20	B.1.214.2	0.01199
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	17	17	C.33	1
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15D	gGt	gAt	16	16	B.1.177.4	0.003377
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	16	16	B.1.177.40	0.082474
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	14	14	C.17	0.777778
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	14	14	C.22	1
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	14	14	C.29	0.875
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	13	13	AY.103	0.000081
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	13	13	C.20	1
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15C	Ggt	Tgt	12	12	AY.103	0.000075
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	12	12	AY.9.2	0.000441
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	12	12	B.1.2	0.000106
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	12	12	C.1.1	0.923077
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15V	gGt	gTt	12	12	D.2	0.0009
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15V	gGt	gTt	11	11	AY.47	0.000342
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	11	11	C.5	1
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15G	ggT	ggC	9	9	AY.103	0.000056
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15C	Ggt	Tgt	9	9	AY.25	0.000054
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	9	9	AY.25	0.000054
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15C	Ggt	Tgt	8	8	AY.100	0.000368
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15G	ggT	ggC	8	8	AY.84	0.0035
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	8	8	C.25	1
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15C	Ggt	Tgt	7	7	AY.20	0.000272
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15C	Ggt	Tgt	7	7	AY.43	0.000031
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	7	7	AY.43	0.000031
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15C	Ggt	Tgt	7	7	B.1	0.000064
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	7	7	B.1.160.30	0.020833
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	7	7	B.1.177.23	0.022654
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	7	7	B.1.23	0.042424
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15C	Ggt	Tgt	7	7	B.1.609	0.003356
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	7	7	C.21	1
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15I	GGt	ATt	5	6	All	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15I	GGT	ATC	1	6	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15G	ggT	ggC	6	6	AY.23	0.000418
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	6	6	AY.33	0.000401
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15C	Ggt	Tgt	6	6	AY.39	0.000148
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	6	6	AY.39	0.000148
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15G	ggT	ggC	6	6	AY.44	0.000037
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15G	ggT	ggC	6	6	B.1.1.63	0.002315
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	6	6	B.1.517	0.002562
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15C	Ggt	Tgt	6	6	B.1.617.2	0.000023
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15G	ggT	ggC	5	5	AY.100	0.00023
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15G	ggT	ggC	4	5	AY.4	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15G	ggT	ggG	1	5	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15D	gGt	gAt	5	5	B	0.000639
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15G	ggT	ggG	3	5	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15G	ggT	ggC	1	5	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15G	ggT	ggA	1	5	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	5	5	B.1.1.294	0.006329
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	5	5	B.1.1.348	0.003981
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	5	5	B.1.160	0.000156
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	5	5	B.1.524	0.007032
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15C	Ggt	Tgt	5	5	D.2	0.000375
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15G	ggT	ggA	2	4		0.111111
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15G	ggT	ggC	1	4		0.055556
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15G	ggT	ggG	1	4		0.055556
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15del2	GGt	--t	4	4	All	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15F	GGt	TTt	4	4	All	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15R	Ggt	Cgt	3	4	All	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15R	GgT	CgG	1	4	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15del	GGT	---	4	4	AY.4.5	0.00043
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15del	GGT	---	4	4	AY.43	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	4	4	B.1.1.220	0.007435
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	4	4	B.1.1.448	0.00813
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15del	GGT	---	4	4	B.1.177	0.000053
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	4	4	C.10	1
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15F	GGt	TTt	4	4	D.2	0.0003
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	2	3		0.111111
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	GgT	AgC	1	3		0.055556
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15A	gGt	gCt	3	3	All	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15del1	ggT	gg-	2	3	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15del1	GgT	Ag-	1	3	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	3	3	AY.18	0.030303
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	3	3	AY.26	0.000085
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15V	gGt	gTt	3	3	AY.3	0.00003
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ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	1	1	B.1.210	0.002132
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ORF1ab/nsp5A-B	15	G15D	gGt	gAt	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15H	GGt	CAt	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15Q	GGT	CAG	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15E	gGT	gAG	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	1	1	B.1.221.3	0.000833
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	1	1	B.1.234	0.000132
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15V	gGt	gTt	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15del	GGT	---	1	1	B.1.258.3	0.001675
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	1	1	B.1.324	0.001605
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15V	gGt	gTt	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15V	gGt	gTt	1	1	B.1.351.3	0.000876
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ORF1ab/nsp5A-B	15	G15C	Ggt	Tgt	1	1	B.1.621.1	0.000506
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ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	1	1	B.1.9.4	0.006135
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15I	GGt	ATt	1	1	C.35	0.000774
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15I	GGt	ATt	1	1	C.37	0.000116
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15G	ggT	ggC	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15A	gGt	gCt	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15del	GGT	---	1	1	N.4	0.004255
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	1	1	N.4	0.004255
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	1	1	N.6	0.007092
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15G	ggT	ggC	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	1	1	P.1.12	0.000484
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	1	1	P.1.14	0.000048
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	1	1	P.1.2	0.001156
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	1	1	P.1.4	0.000977
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15D	gGt	gAt	1	1	P.6	0.003145
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15del	GGT	---	1	1	Q.2	0.000613
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15V	gGt	gTt	1	1	Q.3	0.000145
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15D	gGt	gAt	1	1	Q.4	0.000455
ORF1ab/nsp5A-B	15	G15S	Ggt	Agt	1	1	Q.7	0.001111

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.