CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp5A-B : CodonNum = 140

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp5A-B140F140FF3403FsynttCttT15051505110472-10474
ORF1ab/nsp5A-B140F140delF3403deldelTTC---7979110472-10474
ORF1ab/nsp5A-B140F140LF3403LnonsynttCttA24150.62510472-10474
ORF1ab/nsp5A-B140F140LF3403LnonsynTtcCtc2460.2510472-10474
ORF1ab/nsp5A-B140F140LF3403LnonsynttCttG2430.12510472-10474
ORF1ab/nsp5A-B140F140SF3403SnonsyntTctCc1111110472-10474
ORF1ab/nsp5A-B140F140CF3403CnonsyntTctGc980.88888910472-10474
ORF1ab/nsp5A-B140F140CF3403CnonsyntTCtGT910.11111110472-10474
ORF1ab/nsp5A-B140F140VF3403VnonsynTtcGtc320.66666710472-10474
ORF1ab/nsp5A-B140F140del1F3403del1delTtC-tT310.33333310472-10474
ORF1ab/nsp5A-B140F140del1F3403del1deltTCtC-310.33333310472-10474
ORF1ab/nsp5A-B140F140VF3403VnonsynTtCGtA310.33333310472-10474
ORF1ab/nsp5A-B140F140del1F3403del1delTtc-tc310.33333310472-10474
ORF1ab/nsp5A-B140F140XF3403XnonsyntTCtAG11110472-10474
ORF1ab/nsp5A-B140F140TF3403TnonsynTTcACc11110472-10474

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT15051505All0.000288
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT585585B.1.4040.761719
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT148148AY.390.003657
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT119119B.1.36.170.058794
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT9898B.1.1.70.000088
ORF1ab/nsp5A-B140F140delTTC---7979All0.000015
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT6262AY.250.000373
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT5454B.10.000495
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT5050AY.260.001416
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT5050B.1.1.3680.154321
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT3838B.1.3510.00113
ORF1ab/nsp5A-B140F140delTTC---3333AZ.20.027094
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT3131B.1.20.000273
ORF1ab/nsp5A-B140F140LttCttA1524All0.000003
ORF1ab/nsp5A-B140F140LTtcCtc624All0.000001
ORF1ab/nsp5A-B140F140LttCttG324All0.000001
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT2424AY.440.000146
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT2020P.10.000315
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT1818B.1.617.20.000068
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT1717AY.40.000026
ORF1ab/nsp5A-B140F140delTTC---1717B.1.1.70.000015
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT1414AY.290.000221
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT1313AY.1020.000345
ORF1ab/nsp5A-B140F140StTctCc1111All0.000002
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT1111AY.850.004699
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT1111B.1.1770.000145
ORF1ab/nsp5A-B140F140CtTctGc89All0.000002
ORF1ab/nsp5A-B140F140CtTCtGT19All0
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT88AY.1200.000297
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT88AY.30.00008
ORF1ab/nsp5A-B140F140LttCttA58B.10.000046
ORF1ab/nsp5A-B140F140LTtcCtc28B.10.000018
ORF1ab/nsp5A-B140F140LttCttG18B.10.000009
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT77AY.1030.000043
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT77B.1.5960.00061
ORF1ab/nsp5A-B140F140delTTC---660.333333
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT66AY.430.000027
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT66B.1.360.000875
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT55B.1.10.000091
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT55B.1.4290.000118
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT44AY.4.20.000087
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT44B.1.1600.000125
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT44P.1.140.000191
ORF1ab/nsp5A-B140F140VTtcGtc23All0
ORF1ab/nsp5A-B140F140del1tTCtC-13All0
ORF1ab/nsp5A-B140F140del1TtC-tT13All0
ORF1ab/nsp5A-B140F140del1Ttc-tc13All0
ORF1ab/nsp5A-B140F140VTtCGtA13All0
ORF1ab/nsp5A-B140F140delTTC---33AY.40.000005
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT33B0.000383
ORF1ab/nsp5A-B140F140StTctCc33B.10.000027
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT33B.1.1.3610.136364
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT33B.1.1.390.001529
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT33B.1.177.530.007177
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT33B.1.2340.000396
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT33B.1.2410.002435
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT22AY.1060.00067
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT22AY.1170.000169
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT22AY.1190.000071
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT22AY.3.10.000171
ORF1ab/nsp5A-B140F140LttCttA22AY.430.000009
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT22AY.580.001815
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT22AY.60.000082
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT22AY.620.000871
ORF1ab/nsp5A-B140F140delTTC---22AY.700.000417
ORF1ab/nsp5A-B140F140CtTctGc22AY.9.20.000073
ORF1ab/nsp5A-B140F140delTTC---22B.1.1.510.003436
ORF1ab/nsp5A-B140F140CtTCtGT12B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp5A-B140F140CtTctGc12B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp5A-B140F140LttCttA12B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp5A-B140F140LTtcCtc12B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT22B.1.1460.008475
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT22B.1.3240.00321
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT22B.1.4270.000101
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT22B.1.466.20.000782
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT22B.1.5610.000794
ORF1ab/nsp5A-B140F140CtTctGc22B.1.617.10.000258
ORF1ab/nsp5A-B140F140LttCttA11A0.000387
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT11A.23.10.000704
ORF1ab/nsp5A-B140F140StTctCc11AD.20.000219
ORF1ab/nsp5A-B140F140XtTCtAG11All0
ORF1ab/nsp5A-B140F140TTTcACc11All0
ORF1ab/nsp5A-B140F140LTtcCtc11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp5A-B140F140delTTC---11AY.1080.001103
ORF1ab/nsp5A-B140F140CtTctGc11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp5A-B140F140CtTctGc11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT11AY.140.000088
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT11AY.200.000039
ORF1ab/nsp5A-B140F140VTtcGtc11AY.240.000431
ORF1ab/nsp5A-B140F140delTTC---11AY.250.000006
ORF1ab/nsp5A-B140F140XtTCtAG11AY.260.000028
ORF1ab/nsp5A-B140F140LttCttA11AY.30.00001
ORF1ab/nsp5A-B140F140StTctCc11AY.30.00001
ORF1ab/nsp5A-B140F140StTctCc11AY.330.000067
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp5A-B140F140delTTC---11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp5A-B140F140LTtcCtc11AY.410.000294
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT11AY.470.000031
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT11AY.510.000909
ORF1ab/nsp5A-B140F140LttCttA11AY.520.000814
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT11AY.610.000105
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT11AY.630.000387
ORF1ab/nsp5A-B140F140delTTC---11AY.750.000056
ORF1ab/nsp5A-B140F140CtTctGc11AY.750.000056
ORF1ab/nsp5A-B140F140delTTC---11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp5A-B140F140delTTC---11AY.990.001049
ORF1ab/nsp5A-B140F140LttCttA11B0.000128
ORF1ab/nsp5A-B140F140VTtcGtc11B0.000128
ORF1ab/nsp5A-B140F140VTtCGtA11B.10.000009
ORF1ab/nsp5A-B140F140del1tTCtC-11B.10.000009
ORF1ab/nsp5A-B140F140delTTC---11B.10.000009
ORF1ab/nsp5A-B140F140LttCttG11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp5A-B140F140StTctCc11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp5A-B140F140delTTC---11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT11B.1.1.130.035714
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT11B.1.1.2140.000055
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT11B.1.1.2290.005747
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT11B.1.1.250.000569
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT11B.1.1.2540.011236
ORF1ab/nsp5A-B140F140delTTC---11B.1.1.3150.008475
ORF1ab/nsp5A-B140F140LttCttG11B.1.1.3260.001761
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT11B.1.1.3480.000796
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT11B.1.1.4020.011111
ORF1ab/nsp5A-B140F140delTTC---11B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT11B.1.1.5180.006329
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT11B.1.1.580.005376
ORF1ab/nsp5A-B140F140del1Ttc-tc11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp5A-B140F140delTTC---11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT11B.1.177.100.000878
ORF1ab/nsp5A-B140F140delTTC---11B.1.177.40.000211
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT11B.1.177.810.000189
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT11B.1.177.90.001332
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT11B.1.2430.00007
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp5A-B140F140StTctCc11B.1.258.170.000104
ORF1ab/nsp5A-B140F140LttCttA11B.1.3010.005917
ORF1ab/nsp5A-B140F140LTtcCtc11B.1.3360.002439
ORF1ab/nsp5A-B140F140del1TtC-tT11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp5A-B140F140delTTC---11B.1.36.170.000494
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT11B.1.36.20.010753
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT11B.1.36.360.000602
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT11B.1.3960.000706
ORF1ab/nsp5A-B140F140delTTC---11B.1.4150.014286
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT11B.1.5250.000113
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT11B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT11B.1.5670.003333
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT11B.1.5820.000491
ORF1ab/nsp5A-B140F140TTTcACc11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp5A-B140F140delTTC---11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT11B.1.6200.000946
ORF1ab/nsp5A-B140F140StTctCc11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp5A-B140F140LttCttA11B.1.6230.000536
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT11B.1.810.021277
ORF1ab/nsp5A-B140F140StTctCc11B.310.003731
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT11C.60.037037
ORF1ab/nsp5A-B140F140delTTC---11N.40.004255
ORF1ab/nsp5A-B140F140StTctCc11P.1.10.000318
ORF1ab/nsp5A-B140F140LttCttA11P.1.150.000232
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT11P.20.000187
ORF1ab/nsp5A-B140F140FttCttT11Q.80.000165