CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp5A-B : CodonNum = 132

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	P3395P	syn	ccC	ccT	9367	9293	0.9921	10448-10450
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	P3395P	syn	ccC	ccA	9367	72	0.00768656	10448-10450
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	P3395P	syn	ccC	ccG	9367	2	0.000213516	10448-10450
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	P3395L	nonsyn	cCc	cTc	6122	6117	0.999183	10448-10450
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	P3395L	nonsyn	cCC	cTT	6122	5	0.000816727	10448-10450
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	P3395S	nonsyn	Ccc	Tcc	5645	5631	0.99752	10448-10450
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	P3395S	nonsyn	CcC	TcT	5645	13	0.00230292	10448-10450
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	P3395S	nonsyn	CcC	TcA	5645	1	0.000177148	10448-10450
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132H	P3395H	nonsyn	cCc	cAc	405	404	0.997531	10448-10450
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132H	P3395H	nonsyn	cCC	cAT	405	1	0.00246914	10448-10450
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132del	P3395del	del	CCC	---	77	77	1	10448-10450
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132T	P3395T	nonsyn	Ccc	Acc	54	54	1	10448-10450
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132A	P3395A	nonsyn	Ccc	Gcc	40	40	1	10448-10450
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132del1	P3395del1	del	Ccc	-cc	4	3	0.75	10448-10450
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132del1	P3395del1	del	CcC	Gc-	4	1	0.25	10448-10450
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132R	P3395R	nonsyn	cCc	cGc	1	1	1	10448-10450
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132Q	P3395Q	nonsyn	cCC	cAA	1	1	1	10448-10450

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccT	9293	9367	All	0.001777
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccA	72	9367	All	0.000014
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccG	2	9367	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	6117	6122	All	0.00117
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCC	cTT	5	6122	All	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	Ccc	Tcc	5631	5645	All	0.001077
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	CcC	TcT	13	5645	All	0.000002
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	CcC	TcA	1	5645	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	1790	1791	AY.9.2	0.065746
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCC	cTT	1	1791	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccT	1468	1468	B.1.526	0.034505
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccT	875	875	B.1.568	0.972222
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccT	851	860	B.1.1.7	0.000762
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccA	9	860	B.1.1.7	0.000008
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccT	823	829	AY.4	0.001281
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccA	6	829	AY.4	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	Ccc	Tcc	670	671	AY.4	0.001043
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	CcC	TcT	1	671	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	650	650	AP.1	0.975976
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	Ccc	Tcc	642	642	B.1.243	0.044673
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	Ccc	Tcc	623	623	B.1.1.7	0.000558
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	Ccc	Tcc	592	593	B.1.177	0.007795
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	CcC	TcT	1	593	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	539	539	B.1.617.2	0.00203
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccT	523	532	B.1.617.2	0.001969
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccA	9	532	B.1.617.2	0.000034
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccT	522	526	AY.25	0.00314
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccA	4	526	AY.25	0.000024
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccT	523	523	B.1.582	0.256624
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	468	468	B.1.1.7	0.000419
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	451	451	AY.4	0.000702
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	Ccc	Tcc	417	419	B.1.617.2	0.00157
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	CcC	TcA	1	419	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	CcC	TcT	1	419	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132H	cCc	cAc	404	405	All	0.000077
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132H	cCC	cAT	1	405	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccT	401	402	AY.43	0.001777
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccA	1	402	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccT	283	283	AY.9	0.019129
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	281	281	B.1.561	0.111552
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	Ccc	Tcc	275	275	AY.43	0.001218
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccT	251	251	P.1	0.003954
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccT	242	242	B.1.499	0.254202
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccT	213	215	B.1	0.001951
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccA	2	215	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	Ccc	Tcc	203	204	B.1.1	0.003683
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	CcC	TcT	1	204	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	Ccc	Tcc	187	187	B.1.177.81	0.035403
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	Ccc	Tcc	141	141	AY.29	0.002224
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccT	135	137	B.1.2	0.001189
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccA	2	137	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccT	123	124	AY.44	0.000749
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccA	1	124	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	123	123	AY.29	0.00194
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132H	cCc	cAc	113	113	R.1	0.010171
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	110	110	AY.43	0.000487
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	106	106	AY.103	0.000658
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	Ccc	Tcc	104	104	B.1.2	0.000916
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	103	103	B.1.2	0.000907
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccT	93	101	AY.102	0.002466
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccA	8	101	AY.102	0.000212
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccT	98	99	B.1.258	0.006522
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccA	1	99	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	Ccc	Tcc	98	98	AY.102	0.002598
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	Ccc	Tcc	97	97	AS.1	0.92381
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132H	cCc	cAc	97	97	AY.74	0.011218
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccT	96	96	AY.32	0.051118
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	Ccc	Tcc	93	93	B.1	0.000852
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	Ccc	Tcc	89	89	AY.103	0.000553
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	89	89	AY.44	0.000542
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccT	89	89	B.1.1.519	0.003534
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	84	85	B.1	0.000769
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCC	cTT	1	85	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	Ccc	Tcc	82	82	AY.44	0.000499
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132H	cCc	cAc	79	79	AY.4	0.000123
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132del	CCC	---	77	77	All	0.000015
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	Ccc	Tcc	77	77	AY.25	0.000463
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccT	77	77	AY.3	0.000766
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	76	76	B.1.1.221	0.767677
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	70	70	AY.25	0.000421
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccT	69	70	B.1.1	0.001252
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccA	1	70	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	Ccc	Tcc	69	69	AY.47	0.002146
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccT	68	69	B.1.429	0.0016
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccA	1	69	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccT	68	68	B.1.1.141	0.136821
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	Ccc	Tcc	67	67	B.1.466.1	0.482014
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	Ccc	Tcc	61	61	B.1.1.39	0.031091
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccT	60	60	AY.103	0.000373
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccT	60	60	B.1.239	0.07326
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	Ccc	Tcc	60	60	B.1.610	0.212766
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	56	56	B.1.177	0.000737
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	Ccc	Tcc	55	55	AY.39	0.001359
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132T	Ccc	Acc	54	54	All	0.00001
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	Ccc	Tcc	53	53	B.1.429	0.001247
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccT	52	52	B.1.351	0.001546
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	51	51	AY.3	0.000507
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	51	51	R.1	0.00459
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccT	46	46	AY.5	0.00095
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	43	43	AY.26	0.001217
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	42	43	B.1.1	0.000762
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCC	cTT	1	43	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	42	42	AY.5	0.000867
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132A	Ccc	Gcc	40	40	All	0.000008
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132A	Ccc	Gcc	35	35	AY.6	0.001439
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132del	CCC	---	35	35	AZ.2	0.028736
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132H	cCc	cAc	34	34	B.1.617.2	0.000128
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccT	31	33	AY.39	0.000766
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccA	2	33	AY.39	0.000049
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccT	33	33	AY.42	0.001328
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccT	33	33	B.1.177	0.000435
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	32	32	AY.121	0.00433
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	32	32	AY.98.1	0.00155
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	31	31	AY.113	0.004414
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccT	31	31	AY.26	0.000878
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	Ccc	Tcc	29	29	AY.118	0.001817
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	Ccc	Tcc	28	29	AY.23	0.001953
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	CcC	TcT	1	29	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	Ccc	Tcc	29	29	N.10	0.852941
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	29	29	P.1	0.000457
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccT	27	27	B.1.1.70	0.009209
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccT	25	26	AY.47	0.000778
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccA	1	26	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	25	25	AY.47	0.000778
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	Ccc	Tcc	25	25	B.1.1.316	0.023127
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	25	25	B.1.497	0.007869
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	25	25	L.1	0.047619
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	24	24	AY.100	0.001104
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccT	24	24	AY.29	0.000379
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccT	24	24	AY.39.1	0.000951
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	Ccc	Tcc	24	24	C.30.1	0.161074
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	Ccc	Tcc	23	23	AY.98	0.001817
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccT	23	23	B.1.1.1	0.007514
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	Ccc	Tcc	22	22	AY.100	0.001012
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	Ccc	Tcc	22	22	AY.121	0.002977
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	22	22	B.1.243	0.001531
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccT	21	21	AY.119	0.000741
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccT	21	21	AY.36	0.003112
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	21	21	B.1.160	0.000655
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132H	cCc	cAc	20	20	B.1.1.28	0.006225
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccT	19	19	A.28	0.050265
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccT	19	19	AY.100	0.000874
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132S	Ccc	Tcc	19	19	AY.20	0.000738
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132P	ccC	ccT	19	19	AY.3.1	0.00162
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