CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp5A-B : CodonNum = 131

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	R3394R	syn	agG	agA	1150	1056	0.918261	10445-10447
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	R3394R	syn	Agg	Cgg	1150	94	0.0817391	10445-10447
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131del	R3394del	del	AGG	---	75	75	1	10445-10447
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131M	R3394M	nonsyn	aGg	aTg	24	24	1	10445-10447
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131S	R3394S	nonsyn	agG	agT	24	18	0.75	10445-10447
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131S	R3394S	nonsyn	agG	agC	24	6	0.25	10445-10447
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131W	R3394W	nonsyn	Agg	Tgg	17	17	1	10445-10447
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131G	R3394G	nonsyn	Agg	Ggg	12	12	1	10445-10447
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131K	R3394K	nonsyn	aGg	aAg	6	6	1	10445-10447
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131del1	R3394del1	del	aGg	a-g	5	4	0.8	10445-10447
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131del1	R3394del1	del	Agg	-gg	5	1	0.2	10445-10447
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131T	R3394T	nonsyn	aGg	aCg	3	3	1	10445-10447
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131I	R3394I	nonsyn	aGG	aTA	3	2	0.666667	10445-10447
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131I	R3394I	nonsyn	aGG	aTT	3	1	0.333333	10445-10447
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131L	R3394L	nonsyn	AGg	TTg	2	2	1	10445-10447
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131V	R3394V	nonsyn	AGg	GTg	2	2	1	10445-10447
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131Q	R3394Q	nonsyn	AGG	CAA	2	1	0.5	10445-10447
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131Q	R3394Q	nonsyn	AGg	CAg	2	1	0.5	10445-10447
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131C	R3394C	nonsyn	AgG	TgT	1	1	1	10445-10447
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131del2	R3394del2	del	aGG	a--	1	1	1	10445-10447

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1056	1150	All	0.000202
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	Agg	Cgg	94	1150	All	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	283	284	AY.103	0.001757
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	Agg	Cgg	1	284	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	170	170	B.1.1.222	0.03468
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	89	90	AY.4	0.000139
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	Agg	Cgg	1	90	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	87	89	B.1.1.7	0.000078
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	Agg	Cgg	2	89	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131del	AGG	---	75	75	All	0.000014
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	63	64	B.1.617.2	0.000237
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	Agg	Cgg	1	64	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	53	53	A.15	0.84127
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	42	42	P.1.14	0.002008
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131del	AGG	---	36	36	AZ.2	0.029557
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	Agg	Cgg	29	30	B.1.243	0.002018
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	30	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	Agg	Cgg	25	29	AY.29	0.000394
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	4	29	AY.29	0.000063
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	29	29	AY.5	0.000599
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131M	aGg	aTg	24	24	All	0.000005
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131S	agG	agT	18	24	All	0.000003
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131S	agG	agC	6	24	All	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	20	21	B.1.2	0.000176
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	Agg	Cgg	1	21	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	10	20	AY.44	0.000061
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	Agg	Cgg	10	20	AY.44	0.000061
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	20	20	B.1.609	0.009588
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131W	Agg	Tgg	17	17	All	0.000003
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	16	17	AY.43	0.000071
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	Agg	Cgg	1	17	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131del	AGG	---	15	15	B.1.1.7	0.000013
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	13	13	B.1	0.000119
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131W	Agg	Tgg	13	13	B.1	0.000119
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	11	13	B.1.1	0.0002
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	Agg	Cgg	2	13	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131G	Agg	Ggg	12	12	All	0.000002
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	8	11	B.1.177	0.000105
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	Agg	Cgg	3	11	B.1.177	0.00004
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	11	11	B.1.240	0.002371
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	10	10	AY.25	0.00006
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	Agg	Cgg	9	9	AY.9.1	0.000754
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	8	8	AY.26	0.000226
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131G	Agg	Ggg	7	7	B.1	0.000064
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131K	aGg	aAg	6	6	All	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131M	aGg	aTg	6	6	B.1	0.000055
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	6	6	B.1.1.519	0.000238
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131del1	aGg	a-g	4	5	All	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131del1	Agg	-gg	1	5	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	5	5	B.1.596	0.000436
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131S	agG	agT	4	5	D.2	0.0003
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131S	agG	agC	1	5	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131del	AGG	---	4	4		0.222222
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	4	4	AY.100	0.000184
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131del	AGG	---	4	4	AY.4	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	4	4	AY.75	0.000224
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	4	4	AY.86	0.00332
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131S	agG	agT	3	4	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131S	agG	agC	1	4	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	4	4	B.1.1.269	0.005413
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	4	4	P.1	0.000063
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131T	aGg	aCg	3	3	All	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131I	aGG	aTA	2	3	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131I	aGG	aTT	1	3	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	3	3	AY.102	0.00008
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	Agg	Cgg	3	3	AY.114	0.000693
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	2	3	AY.20	0.000078
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	Agg	Cgg	1	3	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	3	3	AY.27	0.000194
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	3	3	AY.3.1	0.000256
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	3	3	AY.58	0.002722
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	3	3	AY.6	0.000123
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131S	agG	agC	2	3	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131S	agG	agT	1	3	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131M	aGg	aTg	3	3	B.1.2	0.000026
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	3	3	C.37	0.000348
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131I	aGG	aTA	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131L	AGg	TTg	2	2	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131V	AGg	GTg	2	2	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131Q	AGg	CAg	1	2	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131Q	AGG	CAA	1	2	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	2	2	AY.117	0.000169
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	2	2	AY.120	0.000074
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	2	2	AY.14	0.000176
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	2	2	AY.23	0.000139
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	Agg	Cgg	1	2	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	2	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	Agg	Cgg	1	2	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	2	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131S	agG	agT	1	2	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131S	agG	agC	1	2	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131del	AGG	---	2	2	AY.70	0.000417
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131V	AGg	GTg	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131L	AGg	TTg	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131del	AGG	---	2	2	B.1.1.51	0.003436
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131M	aGg	aTg	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131M	aGg	aTg	2	2	B.1.177	0.000026
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	2	2	B.1.177.10	0.001756
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131M	aGg	aTg	2	2	B.1.232	0.001075
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	2	2	B.1.36	0.000292
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131K	aGg	aAg	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	2	2	B.1.621	0.000177
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	1	A.21	0.00277
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	1	A.23.1	0.000704
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131S	agG	agT	1	1	A.5	0.001923
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	1	A.5	0.001923
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131del	AGG	---	1	1	AD.2	0.000219
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	1	AE.8	0.000489
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131C	AgG	TgT	1	1	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131del2	aGG	a--	1	1	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	1	AY.10	0.00053
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	1	AY.105	0.000643
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	1	AY.106	0.000335
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131del	AGG	---	1	1	AY.108	0.001103
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	1	AY.116	0.000287
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131I	aGG	aTT	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	1	AY.120.1	0.000321
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131S	agG	agT	1	1	AY.13	0.000161
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	Agg	Cgg	1	1	AY.16.1	0.00047
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	1	AY.24	0.000431
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131del	AGG	---	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131M	aGg	aTg	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	1	AY.33	0.000067
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	1	AY.36	0.000148
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	1	AY.4.3	0.000842
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131del2	aGG	a--	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131del	AGG	---	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131S	agG	agT	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131M	aGg	aTg	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	1	AY.46.2	0.000635
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131K	aGg	aAg	1	1	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	1	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	1	AY.7	0.000196
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131del	AGG	---	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131M	aGg	aTg	1	1	AY.98	0.000079
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131del1	aGg	a-g	1	1	AY.99.1	0.001553
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131K	aGg	aAg	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131C	AgG	TgT	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131K	aGg	aAg	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131Q	AGG	CAA	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131del1	aGg	a-g	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131S	agG	agT	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131T	aGg	aCg	1	1	B.1.1.164	0.005155
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	1	B.1.1.28	0.000311
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	1	B.1.1.291	0.000742
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	1	B.1.1.301	0.001179
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	1	B.1.1.500	0.02
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131G	Agg	Ggg	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131W	Agg	Tgg	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131M	aGg	aTg	1	1	B.1.117	0.0125
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131S	agG	agT	1	1	B.1.118	0.006711
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	1	B.1.149	0.003425
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131S	agG	agT	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131G	Agg	Ggg	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	Agg	Cgg	1	1	B.1.160.14	0.002119
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131del	AGG	---	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131M	aGg	aTg	1	1	B.1.177.33	0.001645
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131del	AGG	---	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131K	aGg	aAg	1	1	B.1.177.55	0.002331
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131del1	aGg	a-g	1	1	B.1.177.77	0.000726
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131M	aGg	aTg	1	1	B.1.177.87	0.000728
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131del1	aGg	a-g	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131T	aGg	aCg	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131W	Agg	Tgg	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131G	Agg	Ggg	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	1	B.1.210	0.002132
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	1	B.1.232	0.000537
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	1	B.1.234	0.000132
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131M	aGg	aTg	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131W	Agg	Tgg	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131S	agG	agT	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131del	AGG	---	1	1	B.1.258.3	0.001675
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	Agg	Cgg	1	1	B.1.265	0.001271
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	1	B.1.36.12	0.009615
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131del	AGG	---	1	1	B.1.36.17	0.000494
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131M	aGg	aTg	1	1	B.1.396	0.000706
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131del	AGG	---	1	1	B.1.415	0.014286
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131G	Agg	Ggg	1	1	B.1.417	0.028571
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131W	Agg	Tgg	1	1	B.1.417	0.028571
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	1	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	1	B.1.560	0.00463
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131S	agG	agC	1	1	B.1.595	0.000261
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131del	AGG	---	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131Q	AGg	CAg	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131del1	Agg	-gg	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	1	B.1.620	0.000946
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	1	B.1.637	0.000073
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131S	agG	agT	1	1	B.39	0.002331
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131G	Agg	Ggg	1	1	B.6.6	0.000889
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131S	agG	agT	1	1	C.35	0.000774
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131M	aGg	aTg	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131T	aGg	aCg	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131del	AGG	---	1	1	N.4	0.004255
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	1	P.1.12	0.000484
ORF1ab/nsp5A-B	131	R131R	agG	agA	1	1	P.1.16	0.000374

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.