CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp5A-B : CodonNum = 108

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	P3371S	nonsyn	Cca	Tca	20257	20243	0.999309	10376-10378
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	P3371S	nonsyn	CcA	TcG	20257	14	0.000691119	10376-10378
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	P3371L	nonsyn	cCa	cTa	2981	2973	0.997316	10376-10378
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	P3371L	nonsyn	CCa	TTa	2981	6	0.00201275	10376-10378
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	P3371L	nonsyn	CCA	TTG	2981	1	0.000335458	10376-10378
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	P3371L	nonsyn	cCA	cTG	2981	1	0.000335458	10376-10378
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108Q	P3371Q	nonsyn	cCa	cAa	171	171	1	10376-10378
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108P	P3371P	syn	ccA	ccG	164	109	0.664634	10376-10378
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108P	P3371P	syn	ccA	ccT	164	40	0.243902	10376-10378
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108P	P3371P	syn	ccA	ccC	164	15	0.0914634	10376-10378
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108T	P3371T	nonsyn	Cca	Aca	101	100	0.990099	10376-10378
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108T	P3371T	nonsyn	CcA	AcC	101	1	0.00990099	10376-10378
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108del	P3371del	del	CCA	---	27	27	1	10376-10378
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108R	P3371R	nonsyn	cCa	cGa	10	10	1	10376-10378
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108A	P3371A	nonsyn	Cca	Gca	8	8	1	10376-10378
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108del1	P3371del1	del	cCA	cT-	4	2	0.5	10376-10378
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108del1	P3371del1	del	Cca	-ca	4	1	0.25	10376-10378
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108del1	P3371del1	del	ccA	cc-	4	1	0.25	10376-10378
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108K	P3371K	nonsyn	CCa	AAa	1	1	1	10376-10378
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108N	P3371N	nonsyn	CCA	AAC	1	1	1	10376-10378
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108H	P3371H	nonsyn	cCA	cAC	1	1	1	10376-10378

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	20243	20257	All	0.003872
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	CcA	TcG	14	20257	All	0.000003
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	9310	9311	B.1.1.284	0.999893
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	CcA	TcG	1	9311	B.1.1.284	0.000107
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	3553	3553	B.1.1.7	0.003181
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	cCa	cTa	2973	2981	All	0.000569
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	CCa	TTa	6	2981	All	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	CCA	TTG	1	2981	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	cCA	cTG	1	2981	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	831	831	AY.77	0.936866
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	690	690	AY.4	0.001074
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	616	616	AY.26	0.017439
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	cCa	cTa	531	532	AY.25	0.003194
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	CCa	TTa	1	532	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	cCa	cTa	508	508	B.1.1.288	0.97318
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	cCa	cTa	501	501	AY.4	0.00078
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	367	367	B.1.526	0.008626
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	287	287	AY.54	0.027365
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	283	283	B.1.2	0.002492
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	262	262	B.1.617.2	0.000987
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	235	235	AY.70	0.048999
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	228	228	B.1.1	0.004136
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	212	212	B.1.1.135	0.995305
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108Q	cCa	cAa	171	171	All	0.000033
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	168	168	B.1.177.81	0.031806
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108P	ccA	ccG	109	164	All	0.000021
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108P	ccA	ccT	40	164	All	0.000008
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108P	ccA	ccC	15	164	All	0.000003
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	155	155	AY.103	0.000962
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	cCa	cTa	147	148	B.1.1.7	0.000132
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	CCa	TTa	1	148	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	146	146	P.1.1	0.046379
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	141	141	B.1.177	0.001857
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	128	128	B.1.160	0.003992
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	cCa	cTa	125	125	B.1.1.348	0.099522
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	119	119	B.1.44	0.991667
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	117	117	AY.25	0.000704
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	111	111	AY.44	0.000676
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	104	104	B.1	0.000953
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108T	Cca	Aca	100	101	All	0.000019
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108T	CcA	AcC	1	101	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	100	100	P.1	0.001575
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	93	93	B.1.351	0.002765
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	cCa	cTa	91	91	AY.43	0.000403
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	79	79	B.1.1.519	0.003137
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	67	79	B.1.258	0.004459
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	CcA	TcG	12	79	B.1.258	0.000799
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	79	79	B.1.429	0.001859
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	72	72	B.1.240	0.015521
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	cCa	cTa	69	69	B.1	0.000632
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	66	66	B.1.637	0.004823
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	63	63	AY.3	0.000627
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	62	62	AY.5	0.00128
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	cCa	cTa	62	62	B.1.429	0.001459
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	cCa	cTa	59	60	B.1.617.2	0.000222
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	CCa	TTa	1	60	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	58	58	AY.43	0.000257
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108Q	cCa	cAa	57	57	N.5	0.100707
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	55	55	B.1.221	0.003907
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	51	51	B.1.1.320	0.927273
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	49	49	B.1.258.15	0.924528
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	cCa	cTa	47	47	AY.3	0.000467
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	cCa	cTa	46	46	AY.5	0.00095
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	cCa	cTa	45	45	AY.44	0.000274
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	43	43	B.1.564.1	0.067823
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	42	42	B.1.1.160	1
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	41	41	B.1.1.37	0.007907
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	39	39	AY.4.2	0.000846
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	cCa	cTa	38	38	AY.39	0.000939
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	cCa	cTa	37	37	AY.103	0.00023
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	cCa	cTa	37	37	B.1.177	0.000487
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	cCa	cTa	36	36	AY.20	0.001399
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	36	36	AY.29	0.000568
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	35	35	AY.20	0.00136
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	cCa	cTa	35	35	B.1.221.1	0.101744
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108Q	cCa	cAa	34	34	R.1	0.00306
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	33	33	AY.29.1	0.007277
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108P	ccA	ccG	23	31	B.1.1.7	0.000021
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108P	ccA	ccT	4	31	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108P	ccA	ccC	4	31	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	30	30	N.10	0.882353
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	28	28	AY.39	0.000692
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	cCa	cTa	28	28	B.1.351	0.000832
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108P	ccA	ccT	21	28	B.1.617.2	0.000079
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108P	ccA	ccG	7	28	B.1.617.2	0.000026
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108del	CCA	---	27	27	All	0.000005
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	cCa	cTa	27	27	B.1.438.1	0.002896
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	27	27	Q.4	0.012278
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	cCa	cTa	26	26	B.1.1.519	0.001032
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	26	26	B.1.318	1
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	cCa	cTa	24	24	B.1.1	0.000435
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	24	24	B.1.1.241	0.049689
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	cCa	cTa	23	23	B.1.2	0.000203
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	23	23	B.1.258.17	0.002391
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	22	22	AY.47	0.000684
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	cCa	cTa	21	21	AY.52	0.017101
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	cCa	cTa	21	21	AY.75	0.001176
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	21	21	B.1.258.11	0.008323
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108P	ccA	ccG	18	20	AY.4	0.000028
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108P	ccA	ccC	1	20	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108P	ccA	ccT	1	20	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	20	20	AY.9.1	0.001674
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108Q	cCa	cAa	20	20	B.1.1	0.000363
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	19	19	AY.9	0.001284
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108T	Cca	Aca	18	18	B.1.2	0.000158
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	cCa	cTa	18	18	B.1.596	0.001568
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	17	17	AY.106	0.005693
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	17	17	AY.62	0.007407
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	17	17	B.1.36	0.00248
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	17	17	C.37	0.001973
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	16	16	AY.119	0.000565
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	16	16	AY.42	0.000644
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	16	16	AY.99.2	0.001475
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	16	16	B.1.320	0.019925
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	15	15	B.1.1.318	0.004526
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	cCa	cTa	15	15	B.1.221	0.001065
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	cCa	cTa	14	14	AY.114	0.003235
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	14	14	AY.33	0.000935
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	14	14	AY.98	0.001106
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	14	14	B.1.1.33	0.005892
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	14	14	B.1.1.392	0.736842
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	14	14	B.1.243	0.000974
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	13	13	AY.39.1	0.000515
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	13	13	AY.75	0.000728
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	13	13	B.1.177.21	0.000994
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	12	12	AY.117	0.001014
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	12	12	AY.36	0.001779
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108Q	cCa	cAa	12	12	B.1.1.128	0.085106
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	cCa	cTa	12	12	B.1.258	0.000799
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	cCa	cTa	11	11	AY.120	0.000409
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	cCa	cTa	11	11	AY.26	0.000311
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	cCa	cTa	11	11	AY.9.2	0.000404
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108L	cCa	cTa	11	11	B.1.177.60	0.002403
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	11	11	C.35	0.008514
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108R	cCa	cGa	10	10	All	0.000002
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108P	ccA	ccG	7	10	AY.103	0.000043
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108P	ccA	ccC	3	10	AY.103	0.000019
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	10	10	AY.6	0.000411
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

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