CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | S3158G | nonsyn | Agt | Ggt | 1848 | 1848 | 1 | 9737-9739 |
Details of the mutation S395G within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1848 | 1848 | All | 0.000353 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 309 | 309 | B.1.617.2 | 0.001164 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 192 | 192 | AY.44 | 0.001169 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 175 | 175 | B.1.2 | 0.001541 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 121 | 121 | B.1.1.7 | 0.000108 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 107 | 107 | AY.4 | 0.000167 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 106 | 106 | AY.102 | 0.00281 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 80 | 80 | AY.20 | 0.003109 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 60 | 60 | B.1.177.4 | 0.012664 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 52 | 52 | B.1.177 | 0.000685 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 45 | 45 | P.1 | 0.000709 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 43 | 43 | B.1.160 | 0.001341 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 42 | 42 | AY.25 | 0.000253 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 30 | 30 | AY.39 | 0.000741 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 26 | 26 | B.1 | 0.000238 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 22 | 22 | AY.3 | 0.000219 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 21 | 21 | AY.103 | 0.00013 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 20 | 20 | AY.26 | 0.000566 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 19 | 19 | AY.43 | 0.000084 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 18 | 18 | B.1.1 | 0.000327 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 17 | 17 | AY.29 | 0.000268 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 17 | 17 | B.1.596 | 0.001481 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 17 | 17 | B.1.621 | 0.001505 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 16 | 16 | AY.46.5 | 0.003175 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 14 | 14 | AY.61 | 0.001467 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 13 | 13 | B.1.258 | 0.000865 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 11 | 11 | AY.119 | 0.000388 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 11 | 11 | B.1.1.67 | 0.050228 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 10 | 10 | AY.100 | 0.00046 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 10 | 10 | AY.98 | 0.00079 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 10 | 10 | B.1.526 | 0.000235 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 9 | 9 | AY.5 | 0.000186 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 9 | 9 | B.1.221 | 0.000639 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 8 | 8 | AY.120 | 0.000297 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 8 | 8 | C.36 | 0.007286 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 7 | 7 | B.1.529 | 0.388889 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 6 | 6 | AY.4.2 | 0.00013 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 6 | 6 | AY.47 | 0.000187 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 5 | 5 | AY.118 | 0.000313 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 5 | 5 | AY.7.1 | 0.000564 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 5 | 5 | B.1.396 | 0.003529 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 4 | 4 | AY.33 | 0.000267 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 4 | 4 | AY.42 | 0.000161 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 4 | 4 | AY.45 | 0.000487 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 4 | 4 | AY.48 | 0.00186 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 4 | 4 | AY.50 | 0.003197 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 4 | 4 | B.1.1.519 | 0.000159 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 4 | 4 | B.1.218 | 0.020619 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 3 | 3 | B.1.1.33 | 0.001263 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 3 | 3 | B.1.177.21 | 0.000229 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 3 | 3 | B.1.177.81 | 0.000568 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 3 | 3 | B.1.243 | 0.000209 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 3 | 3 | B.40 | 0.001093 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 3 | 3 | C.37 | 0.000348 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 2 | 2 | AY.116 | 0.000574 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 2 | 2 | AY.117 | 0.000169 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 2 | 2 | AY.39.1 | 0.000079 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 2 | 2 | AY.46.4 | 0.000329 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 2 | 2 | AY.6 | 0.000082 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 2 | 2 | AY.75 | 0.000112 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 2 | 2 | B.1.1.174 | 0.006757 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 2 | 2 | B.1.1.28 | 0.000622 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 2 | 2 | B.1.1.317 | 0.000823 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 2 | 2 | B.1.1.39 | 0.001019 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 2 | 2 | B.1.1.434 | 0.000697 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 2 | 2 | B.1.160.30 | 0.005952 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 2 | 2 | B.1.311 | 0.000549 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 2 | 2 | B.1.351.2 | 0.000605 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 2 | 2 | B.1.369 | 0.00057 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 2 | 2 | B.1.429 | 0.000047 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 2 | 2 | B.10 | 0.016529 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 2 | 2 | P.1.12 | 0.000968 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 2 | 2 | P.1.15 | 0.000465 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | A.1 | 0.000282 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | A.28 | 0.002646 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.1 | 0.000396 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.115 | 0.005208 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.16 | 0.00038 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.21 | 0.001898 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.3.1 | 0.000085 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.34 | 0.000097 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.37 | 0.000316 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.4.5 | 0.000107 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.46.2 | 0.000635 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.46.3 | 0.000934 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.5.3 | 0.000337 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.5.4 | 0.000277 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.64 | 0.000595 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.70 | 0.000209 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.8 | 0.000606 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.84 | 0.000437 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.9.1 | 0.000084 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.98.1 | 0.000048 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B | 0.000128 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.1.10 | 0.001115 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.1.129 | 0.009174 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.1.134 | 0.011364 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.1.170 | 0.001247 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.1.243 | 0.004082 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.1.312 | 0.001912 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.1.37 | 0.000193 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.1.389 | 0.006061 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.1.397 | 0.002252 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.1.416 | 0.000905 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.1.63 | 0.000386 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.1.97 | 0.029412 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.110.3 | 0.000718 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.160.26 | 0.002421 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.177.10 | 0.000878 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.177.12 | 0.000152 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.177.18 | 0.00116 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.177.48 | 0.003125 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.177.50 | 0.004695 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.177.60 | 0.000218 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.177.65 | 0.000665 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.237 | 0.004975 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.320 | 0.001245 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.351 | 0.00003 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.36.29 | 0.000517 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.36.8 | 0.001 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.409 | 0.000781 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.471 | 0.002732 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.517 | 0.000427 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.543 | 0.01 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.575 | 0.000303 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.582 | 0.000491 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.595 | 0.000261 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.602 | 0.006536 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.617.1 | 0.000129 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.623 | 0.000536 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.35 | 0.007812 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.6.8 | 0.008264 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | C.1.2 | 0.004255 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | N.3 | 0.005814 |
ORF1ab/nsp4 | 395 | S395G | Agt | Ggt | 1 | 1 | P.5 | 0.013699 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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