CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp4 : Mut = L329L

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp4329L329LL3092LsynctCctT275326320.9560489539-9541
ORF1ab/nsp4329L329LL3092LsynctCctA2753960.0348719539-9541
ORF1ab/nsp4329L329LL3092LsynctCctG2753250.0090819539-9541

Details of the mutation L329L within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT26322753All0.000503
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA962753All0.000018
ORF1ab/nsp4329L329LctCctG252753All0.000005
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT784791B.1.1.70.000702
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA6791B.1.1.70.000005
ORF1ab/nsp4329L329LctCctG1791B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT336352AY.440.002045
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA16352AY.440.000097
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT182182B.1.177.850.98913
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT153153B.1.36.180.064286
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT134140AY.40.000209
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA6140AY.40.000009
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT105105B.1.1770.001383
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT101101B.1.1.3800.990196
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT6676B.1.617.20.000249
ORF1ab/nsp4329L329LctCctG776B.1.617.20.000026
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA376B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT7171AY.250.000427
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA3467B.1.4290.0008
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT3367B.1.4290.000776
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT5353AY.470.001649
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT4953B.1.10.000889
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA253B.1.10.000036
ORF1ab/nsp4329L329LctCctG253B.1.10.000036
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT5051AY.1030.00031
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA151AY.1030.000006
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT3943B.10.000357
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA343B.10.000027
ORF1ab/nsp4329L329LctCctG143B.10.000009
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT4141AZ.50.14386
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT3031AY.430.000133
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA131AY.430.000004
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT2727B.1.1.5190.001072
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT2020AY.540.001907
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT1818AY.1020.000477
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT1517B.1.20.000132
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA217B.1.20.000018
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT1616P.20.002986
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT1114AY.390.000272
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA314AY.390.000074
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT1414P.10.000221
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT1313B.1.2210.000923
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT1212AY.750.000672
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT1111AY.30.000109
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT1111B.1.2180.056701
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT1010AY.300.003957
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT1010P.1.140.000478
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA99AY.1010.004414
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT99AY.1200.000335
ORF1ab/nsp4329L329LctCctG89AY.200.000311
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT19AY.200.000039
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT99B.1.160.320.038627
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT88AY.50.000165
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT77B.1.160.150.034653
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT66AD.20.001314
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT66AY.290.000095
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT66AY.590.003178
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT55AY.1110.000916
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT55B.1.2340.00066
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT55B.1.2580.000333
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT45B.1.3510.000119
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA15B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT55B.1.5640.002129
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT55B.1.5960.000436
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT55Q.80.000825
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT44AY.1180.000251
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT44AY.230.000279
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT44B.1.1.1860.013746
ORF1ab/nsp4329L329LctCctG44B.1.3290.00243
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT33AY.1000.000138
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT23AY.1060.00067
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA13AY.1060.000335
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT23AY.700.000417
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA13AY.700.000209
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT33AY.9.20.00011
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT33B0.000383
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT33B.1.177.120.000455
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT33B.1.177.790.007026
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT33B.1.360.000438
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA12A0.000387
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT12A0.000387
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT22AY.1140.000462
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT22AY.1190.000071
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT22AY.140.000176
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT22AY.240.000862
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT22AY.260.000057
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT22AY.380.000999
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT22AY.4.20.000043
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA12AY.460.000104
ORF1ab/nsp4329L329LctCctG12AY.460.000104
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT22AY.46.60.000144
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT22AY.610.00021
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT22AY.680.000547
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT22AY.98.10.000097
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT22AY.990.002099
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT22B.1.1.3180.000604
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT12B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA12B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT22B.1.177.210.000153
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA22B.1.258.40.006897
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT22B.1.4270.000101
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT22B.1.466.20.000782
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT22B.1.6090.000959
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT22B.1.6320.013423
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT22D.20.00015
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT22Q.30.00029
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11A.2.20.001689
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11AU.10.001266
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11AY.1050.000643
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11AY.1070.000466
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11AY.1090.00074
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11AY.23.10.000417
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11AY.29.10.000221
ORF1ab/nsp4329L329LctCctG11AY.320.000532
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11AY.450.000122
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11AY.580.000907
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11AY.820.001357
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11AY.880.000884
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11AY.920.000287
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11AY.950.000761
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.1.1590.004673
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.1.2070.001182
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.1.2160.00089
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.1.2220.000204
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.1.2410.00207
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.1.250.000569
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.1.2840.000107
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.1.3060.000438
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.1.4640.001473
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.160.140.002119
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.177.350.000691
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.177.40.000211
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.177.430.001477
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.177.810.000189
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.177.820.000477
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.2060.000816
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.214.20.0006
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.2360.002053
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.2400.000216
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.2430.00007
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.258.170.000104
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.258.30.001675
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.3240.001605
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.36.170.000494
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.3610.001289
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.3690.000285
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.4680.005714
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.5000.052632
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.5170.000427
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.5250.000113
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.5610.000397
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.5650.00081
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.5750.000303
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.5810.009434
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.5970.00463
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.6030.010638
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.6250.002353
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA11B.1.9.40.006135
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.400.000364
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA11B.60.00091
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11C.140.004329
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11Q.70.001111

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.