CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | G2987G | syn | ggC | ggT | 2134 | 2092 | 0.980319 | 9224-9226 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | G2987G | syn | ggC | ggA | 2134 | 31 | 0.0145267 | 9224-9226 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | G2987G | syn | ggC | ggG | 2134 | 11 | 0.00515464 | 9224-9226 |
Details of the mutation G224G within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 2092 | 2134 | All | 0.0004 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggA | 31 | 2134 | All | 0.000006 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggG | 11 | 2134 | All | 0.000002 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 642 | 642 | B.1.1.7 | 0.000575 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 159 | 160 | AY.5 | 0.003283 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggG | 1 | 160 | AY.5 | 0.000021 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 141 | 141 | A | 0.054567 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 116 | 116 | B.1.631 | 0.390572 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 97 | 99 | AY.103 | 0.000602 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggA | 2 | 99 | AY.103 | 0.000012 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 98 | 99 | B.1.617.2 | 0.000369 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggA | 1 | 99 | B.1.617.2 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 82 | 88 | AY.25 | 0.000493 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggA | 6 | 88 | AY.25 | 0.000036 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 60 | 63 | B.1 | 0.00055 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggG | 2 | 63 | B.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggA | 1 | 63 | B.1 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 61 | 61 | AY.46.6 | 0.004405 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 41 | 41 | B.1.177 | 0.00054 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 40 | 41 | B.1.2 | 0.000352 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggA | 1 | 41 | B.1.2 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 26 | 39 | AY.4 | 0.00004 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggA | 13 | 39 | AY.4 | 0.00002 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 34 | 34 | AY.43 | 0.000151 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 27 | 27 | B.1.177.49 | 1 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 26 | 26 | AY.3 | 0.000259 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 22 | 22 | AY.44 | 0.000134 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 17 | 17 | AY.35 | 0.003962 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 17 | 17 | AY.46.3 | 0.015873 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 16 | 17 | B.1.1 | 0.00029 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggG | 1 | 17 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 16 | 16 | AY.39 | 0.000395 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 16 | 16 | B.1.160 | 0.000499 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 15 | 15 | P.1 | 0.000236 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 12 | 12 | B.1.596 | 0.001046 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 12 | 12 | Q.1 | 0.001516 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 11 | 11 | AY.110 | 0.00124 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 9 | 9 | AY.4.5 | 0.000967 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 9 | 9 | B.1.258 | 0.000599 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 8 | 8 | B.1.1.1 | 0.002614 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 8 | 8 | B.1.243 | 0.000557 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 7 | 7 | AY.117 | 0.000592 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 7 | 7 | AY.119 | 0.000247 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 7 | 7 | B.1.1.519 | 0.000278 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 7 | 7 | B.1.351 | 0.000208 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggG | 5 | 6 | 0.277778 | |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 6 | 0.055556 | |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 6 | 6 | AY.29 | 0.000095 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 6 | 6 | AY.75 | 0.000336 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 6 | 6 | B.1.36 | 0.000875 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 6 | 6 | B.1.466.2 | 0.002347 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 6 | 6 | B.1.575 | 0.00182 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 5 | 5 | AY.106 | 0.001674 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 5 | 5 | AY.120 | 0.000186 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 5 | 5 | AY.24 | 0.002155 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 4 | 5 | AY.26 | 0.000113 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggA | 1 | 5 | AY.26 | 0.000028 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 5 | 5 | AY.42 | 0.000201 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 5 | 5 | B.1.429 | 0.000118 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 5 | 5 | B.1.609 | 0.002397 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 4 | 4 | AY.102 | 0.000106 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 4 | 4 | AY.34 | 0.000388 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 4 | 4 | AY.68 | 0.001095 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 4 | 4 | B.1.36.29 | 0.002069 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 4 | 4 | B.1.427 | 0.000202 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 4 | 4 | B.1.517 | 0.001708 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 4 | 4 | B.1.637 | 0.000292 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 4 | 4 | P.1.14 | 0.000191 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 4 | 4 | Q.4 | 0.001819 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 3 | 3 | AY.16.1 | 0.00141 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 3 | 3 | AY.23 | 0.000209 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 3 | 3 | AY.37 | 0.000948 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 3 | 3 | AY.54 | 0.000286 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 3 | 3 | AY.80 | 0.003386 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 2 | 3 | C.37 | 0.000232 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggA | 1 | 3 | C.37 | 0.000116 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 2 | 2 | A.1 | 0.000564 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 2 | 2 | AY.100 | 0.000092 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 2 | 2 | AY.121 | 0.000271 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 2 | 2 | AY.20 | 0.000078 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 2 | 2 | AY.4.2 | 0.000043 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 2 | 2 | AY.48 | 0.00093 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 2 | 2 | AY.53 | 0.000575 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 2 | 2 | AY.61 | 0.00021 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 2 | 2 | AY.9 | 0.000135 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 2 | 2 | AY.9.1 | 0.000167 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 2 | 2 | AY.93 | 0.000546 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 2 | 2 | B.1.1.222 | 0.000408 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 2 | 2 | B.1.1.286 | 0.005797 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 2 | 2 | B.1.1.33 | 0.000842 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 2 | 2 | B.1.1.419 | 0.014815 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggA | 2 | 2 | B.1.1.420 | 0.002012 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 2 | 2 | B.1.177.21 | 0.000153 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 2 | 2 | B.1.177.4 | 0.000422 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 2 | 2 | B.1.177.60 | 0.000437 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggG | 2 | 2 | B.1.221 | 0.000142 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 2 | 2 | B.1.324 | 0.00321 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 2 | 2 | B.1.36.26 | 0.005714 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 2 | 2 | B.1.369 | 0.00057 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 2 | 2 | B.1.525 | 0.000226 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 2 | 2 | B.1.621 | 0.000177 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 2 | 2 | R.1 | 0.00018 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | A.2.5 | 0.000499 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | A.2.5.2 | 0.001572 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | AY.107 | 0.000466 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | AY.14 | 0.000088 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | AY.16 | 0.00038 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | AY.34.1 | 0.00051 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | AY.4.1 | 0.000737 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | AY.46 | 0.000104 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | AY.46.1 | 0.001027 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | AY.46.4 | 0.000165 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | AY.47 | 0.000031 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | AY.6 | 0.000041 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | AY.62 | 0.000436 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | AY.75.1 | 0.00018 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | AY.8 | 0.000606 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | AY.85 | 0.000427 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggA | 1 | 1 | AY.9.2 | 0.000037 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | AY.92 | 0.000287 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | AY.98.1 | 0.000048 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | AY.99.2 | 0.000092 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggA | 1 | 1 | B | 0.000128 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.1.101 | 0.01 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.1.121 | 0.002427 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.1.192 | 0.002309 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.1.207 | 0.001182 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.1.214 | 0.000055 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.1.230 | 0.009174 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.1.28 | 0.000311 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.1.284 | 0.000107 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.1.303 | 0.002762 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.1.31 | 0.066667 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.1.318 | 0.000302 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.1.354 | 0.004386 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.1.57 | 0.011494 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.1.63 | 0.000386 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.157 | 0.002985 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.160.8 | 0.001289 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.177.32 | 0.00135 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.177.57 | 0.000281 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.177.73 | 0.000566 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.320 | 0.001245 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.351.5 | 0.0006 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.36.18 | 0.00042 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.36.31 | 0.001751 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.36.8 | 0.001 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.360 | 0.012658 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.381 | 0.007812 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.400 | 0.000429 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.415.1 | 0.007576 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.462 | 0.007246 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.516 | 0.001957 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.588 | 0.00091 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.595 | 0.000261 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.604 | 0.017241 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggA | 1 | 1 | B.1.617.1 | 0.000129 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.620 | 0.000946 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.623 | 0.000536 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.4 | 0.002208 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | C.1 | 0.002392 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | P.1.4 | 0.000977 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | P.2 | 0.000187 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | Q.3 | 0.000145 |
ORF1ab/nsp4 | 224 | G224G | ggC | ggT | 1 | 1 | Q.8 | 0.000165 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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