CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp4 : Mut = C88C

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp488C88CC2851CsyntgCtgT3919391918816-8818

Details of the mutation C88C within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT39193919All0.00075
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11981198B.1.1.70.001072
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT295295AE.80.144254
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT222222AY.40.000346
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT172172AY.140.015138
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT169169AY.470.005257
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT121121B.1.20.001065
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT108108B.10.000989
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT105105AY.30.001044
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT103103B.1.1340.562842
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT9898B.1.617.20.000369
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT9696AY.430.000425
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT6969B.1.1600.002152
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT6262AY.260.001755
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT4949B.1.4290.001153
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT4848AY.250.000289
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT4747AY.440.000286
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT4343B.1.10.00078
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT4141B.1.1.3490.42268
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT3535AY.98.10.001695
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT3434AY.1100.003831
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT3434AY.46.50.006746
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT3434B.1.1.290.350515
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT2929B.1.3300.828571
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT2828AY.1030.000174
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT2222AY.1180.001378
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT2222B.1.3510.000654
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT2222B.1.466.20.008607
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT2020P.10.000315
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT1919AY.130.003059
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT1818AY.750.001008
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT1818B.1.1.2220.003672
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT1818B.1.1770.000237
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT1616B.1.5960.001394
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT1515AY.1020.000398
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT1515AY.1200.000558
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT1515AY.200.000583
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT1515AY.390.000371
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT1414AY.290.000221
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT1212AY.1110.002198
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT1212B.1.1.280.003735
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT1212B.1.360.001751
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT1111B.1.6390.23913
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT1010AY.39.10.000396
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT1010B.60.009099
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT99AY.50.000186
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT99AY.540.000858
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT99B.1.1.4340.003137
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT99B.1.5820.004416
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT99P.20.00168
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT88B.1.1.3060.003507
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT88B.1.2580.000532
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT88B.1.6320.053691
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT77AY.1210.000947
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT77AY.230.000488
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT66AY.120.10.001926
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT66AY.330.000401
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT66AY.980.000474
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT66B.1.1.3050.023166
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT66B.1.2210.000426
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT66B.1.258.170.000624
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT66B.1.4270.000303
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT66B.1.6370.000438
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT55A.23.10.003521
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT55AY.1060.001674
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT55AY.1190.000177
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT55AY.300.001979
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT55AY.4.20.000108
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT55B.1.5610.001985
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT55P.1.70.001596
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT55R.10.00045
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT44AY.1130.00057
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT44AY.570.002625
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT44AY.840.00175
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT44B.1.177.810.000757
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT44B.1.2410.003247
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT44B.1.2430.000278
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT44B.1.617.10.000516
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT44P.1.140.000191
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT33AU.20.007264
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT33AY.1000.000138
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT33AY.160.001139
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT33AY.9.20.00011
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT33B.1.1.2140.000166
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT33B.1.1.3180.000905
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT33B.1.1.4860.004732
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT33B.1.1100.013575
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT33B.1.177.50.003727
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT33B.1.177.570.000843
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT33B.1.177.70.000495
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT33B.1.5260.000071
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT33B.1.5750.00091
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT33B.1.6280.001057
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT22A.2.50.000998
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT22AD.20.000438
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT22AY.1090.001479
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT22AY.270.000129
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT22AY.3.10.000171
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT22AY.340.000194
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT22AY.460.000208
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT22AY.46.60.000144
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT22AY.510.001818
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT22AY.60.000082
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT22AY.75.10.000361
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT22AY.770.002255
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT22AY.90.000135
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT22B.1.1.10.000653
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT22B.1.1.250.001137
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT22B.1.1.2690.002706
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT22B.1.1.2940.002532
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT22B.1.1.3880.090909
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT22B.1.1.4160.00181
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT22B.1.1.5190.000079
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT22B.1.1.630.000772
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT22B.1.2340.000264
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT22B.1.3460.002621
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT22B.1.5250.000226
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT22B.1.910.004149
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT22C.36.30.001134
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT22N.50.003534
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT22Q.10.000253
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT22Q.80.00033
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11AY.100.00053
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11AY.120.000316
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11AY.16.10.00047
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11AY.23.10.000417
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11AY.240.000431
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11AY.29.10.000221
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11AY.380.000499
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11AY.4.2.10.000149
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11AY.4.40.000409
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11AY.420.00004
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11AY.450.000122
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11AY.610.000105
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11AY.7.20.000559
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11AY.700.000209
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11AY.740.000116
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11AY.880.000884
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11AY.890.004902
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11AY.940.000443
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11AY.99.20.000092
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11B0.000128
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11B.1.1.100.001115
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11B.1.1.1440.028571
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11B.1.1.1920.002309
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11B.1.1.2790.001121
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11B.1.1.2840.000107
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11B.1.1.2890.002083
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11B.1.1.330.000421
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11B.1.1.3690.000446
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11B.1.1.4020.011111
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11B.1.1.4200.001006
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11B.1.1.4640.001473
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11B.1.1110.001175
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11B.1.1400.018868
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11B.1.160.160.000929
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11B.1.177.120.000152
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11B.1.177.210.000076
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11B.1.177.330.001645
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11B.1.177.430.001477
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11B.1.177.690.001484
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11B.1.177.820.000477
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11B.1.2100.002132
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11B.1.351.20.000303
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11B.1.3980.002976
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11B.1.4000.000429
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11B.1.4160.001269
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11B.1.4430.004673
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11B.1.4620.007246
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11B.1.5170.000427
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11B.1.5640.000426
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11B.1.5950.000261
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11B.1.6000.005848
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11B.1.6090.000479
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11B.1.621.10.000506
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11B.1.6270.00202
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11B.3.10.001658
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11B.580.010204
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11C.370.000116
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11P.1.150.000232
ORF1ab/nsp488C88CtgCtgT11W.10.008696

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.