CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp4 : CodonNum = 6

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp46W6CW2769CnonsyntgGtgT473047200.9978868570-8572
ORF1ab/nsp46W6CW2769CnonsyntgGtgC4730100.002114168570-8572
ORF1ab/nsp46W6RW2769RnonsynTggAgg118640.5423738570-8572
ORF1ab/nsp46W6RW2769RnonsynTggCgg118540.4576278570-8572
ORF1ab/nsp46W6delW2769deldelTGG---999918570-8572
ORF1ab/nsp46W6LW2769LnonsyntGgtTg81800.9876548570-8572
ORF1ab/nsp46W6LW2769LnonsyntGGtTA8110.01234578570-8572
ORF1ab/nsp46W6XW2769XnonsyntgGtgA1570.4666678570-8572
ORF1ab/nsp46W6XW2769XnonsyntGgtAg1550.3333338570-8572
ORF1ab/nsp46W6XW2769XnonsyntGGtAA1530.28570-8572
ORF1ab/nsp46W6GW2769GnonsynTggGgg14120.8571438570-8572
ORF1ab/nsp46W6GW2769GnonsynTgGGgA1410.07142868570-8572
ORF1ab/nsp46W6GW2769GnonsynTgGGgC1410.07142868570-8572
ORF1ab/nsp46W6SW2769SnonsyntGgtCg760.8571438570-8572
ORF1ab/nsp46W6SW2769SnonsyntGGtCA710.1428578570-8572
ORF1ab/nsp46W6del1W2769del1deltgGtg-4418570-8572
ORF1ab/nsp46W6del2W2769del2delTGg--g2218570-8572
ORF1ab/nsp46W6VW2769VnonsynTGgGTg210.58570-8572
ORF1ab/nsp46W6VW2769VnonsynTGGGTA210.58570-8572
ORF1ab/nsp46W6AW2769AnonsynTGgGCg210.58570-8572
ORF1ab/nsp46W6AW2769AnonsynTGGGCA210.58570-8572
ORF1ab/nsp46W6YW2769YnonsyntGGtAT1118570-8572
ORF1ab/nsp46W6EW2769EnonsynTGgGAg1118570-8572
ORF1ab/nsp46W6KW2769KnonsynTGGAAA1118570-8572
ORF1ab/nsp46W6QW2769QnonsynTGGCAA1118570-8572

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT47204730All0.000903
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgC104730All0.000002
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT40234024B.1.1.70.003601
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgC14024B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT154154B.1.1.3890.933333
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT144144AY.440.000876
ORF1ab/nsp46W6RTggAgg64118All0.000012
ORF1ab/nsp46W6RTggCgg54118All0.00001
ORF1ab/nsp46W6delTGG---9999All0.000019
ORF1ab/nsp46W6LtGgtTg8081All0.000015
ORF1ab/nsp46W6LtGGtTA181All0
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT5859AY.40.00009
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgC159AY.40.000002
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT5959B.1.1.1590.275701
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT3838AY.7.20.021253
ORF1ab/nsp46W6RTggCgg2438B.1.1.70.000021
ORF1ab/nsp46W6RTggAgg1438B.1.1.70.000013
ORF1ab/nsp46W6LtGgtTg3333B.1.1.70.00003
ORF1ab/nsp46W6delTGG---2525B.1.1.70.000022
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT2121AY.430.000093
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT1717AY.690.003173
ORF1ab/nsp46W6XtgGtgA715All0.000001
ORF1ab/nsp46W6XtGgtAg515All0.000001
ORF1ab/nsp46W6XtGGtAA315All0.000001
ORF1ab/nsp46W6GTggGgg1214All0.000002
ORF1ab/nsp46W6GTgGGgA114All0
ORF1ab/nsp46W6GTgGGgC114All0
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT1414B.1.617.20.000053
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT1313AY.30.000129
ORF1ab/nsp46W6RTggAgg1313B.1.6310.043771
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT1212AY.1030.000075
ORF1ab/nsp46W6RTggCgg1111B.1.1.2140.00061
ORF1ab/nsp46W6RTggAgg1111B.1.1.4200.011066
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT1111B.1.3620.016949
ORF1ab/nsp46W6LtGgtTg99B.10.000082
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT99B.1.351.20.002723
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT88AY.1180.000501
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT88B.1.1.1890.012103
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT88B.1.177.240.010363
ORF1ab/nsp46W6StGgtCg67All0.000001
ORF1ab/nsp46W6StGGtCA17All0
ORF1ab/nsp46W6delTGG---77AY.40.000011
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT77B.10.000064
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT77P.10.00011
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT77Q.80.001154
ORF1ab/nsp46W6delTGG---66B.10.000055
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT66B.1.10.000109
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT66B.1.20.000053
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT45AY.1020.000106
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgC15AY.1020.000027
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT55AY.1170.000423
ORF1ab/nsp46W6LtGgtTg55AY.40.000008
ORF1ab/nsp46W6delTGG---55AY.4.50.000537
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT55B.1.1.500.003394
ORF1ab/nsp46W6delTGG---55B.1.1770.000066
ORF1ab/nsp46W6delTGG---440.222222
ORF1ab/nsp46W6del1tgGtg-44All0.000001
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT44AY.1110.000733
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT44AY.390.000099
ORF1ab/nsp46W6RTggAgg44AY.4.20.000087
ORF1ab/nsp46W6XtgGtgA24B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp46W6XtGgtAg14B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp46W6XtGGtAA14B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp46W6LtGgtTg230.111111
ORF1ab/nsp46W6LtGGtTA130.055556
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgC33AY.1080.003308
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgC33AY.1130.000427
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT33AY.1200.000112
ORF1ab/nsp46W6RTggCgg33AY.330.0002
ORF1ab/nsp46W6RTggAgg23AY.40.000003
ORF1ab/nsp46W6RTggCgg13AY.40.000002
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT33AY.420.000121
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT33AY.860.00249
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT33B0.000383
ORF1ab/nsp46W6RTggAgg23B.1.10.000036
ORF1ab/nsp46W6RTggCgg13B.1.10.000018
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT33B.1.1.2770.002276
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT33B.1.1770.00004
ORF1ab/nsp46W6LtGgtTg33B.1.177.770.002179
ORF1ab/nsp46W6delTGG---33B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp46W6RTggAgg33P.20.00056
ORF1ab/nsp46W6GTgGGgA120.055556
ORF1ab/nsp46W6GTggGgg120.055556
ORF1ab/nsp46W6ATGgGCg120.055556
ORF1ab/nsp46W6VTGGGTA120.055556
ORF1ab/nsp46W6VTGgGTg120.055556
ORF1ab/nsp46W6StGGtCA120.055556
ORF1ab/nsp46W6StGgtCg120.055556
ORF1ab/nsp46W6ATGGGCA120.055556
ORF1ab/nsp46W6del2TGg--g22All0
ORF1ab/nsp46W6ATGGGCA12All0
ORF1ab/nsp46W6ATGgGCg12All0
ORF1ab/nsp46W6VTGGGTA12All0
ORF1ab/nsp46W6VTGgGTg12All0
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT22AY.120.000632
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT22AY.230.000139
ORF1ab/nsp46W6XtgGtgA22AY.23.10.000835
ORF1ab/nsp46W6delTGG---22AY.250.000012
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT22AY.250.000012
ORF1ab/nsp46W6LtGgtTg22AY.320.001065
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT22AY.4.20.000043
ORF1ab/nsp46W6delTGG---22AY.420.00008
ORF1ab/nsp46W6delTGG---22AY.430.000009
ORF1ab/nsp46W6GTggGgg12AY.430.000004
ORF1ab/nsp46W6GTgGGgC12AY.430.000004
ORF1ab/nsp46W6RTggAgg22AY.440.000012
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT22AY.610.00021
ORF1ab/nsp46W6delTGG---22AY.90.000135
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT22AY.980.000158
ORF1ab/nsp46W6RTggCgg22B.10.000018
ORF1ab/nsp46W6XtGgtAg12B.10.000009
ORF1ab/nsp46W6XtgGtgA12B.10.000009
ORF1ab/nsp46W6delTGG---22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT22B.1.1.280.000622
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT22B.1.1.3060.000877
ORF1ab/nsp46W6delTGG---22B.1.1.3060.000877
ORF1ab/nsp46W6GTggGgg22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp46W6del1tgGtg-22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp46W6RTggAgg22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp46W6LtGgtTg22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp46W6RTggCgg22B.1.2210.000142
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT22B.1.6090.000959
ORF1ab/nsp46W6delTGG---22P.10.000032
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT22P.1.140.000096
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT22P.50.027397
ORF1ab/nsp46W6RTggAgg110.055556
ORF1ab/nsp46W6XtgGtgA110.055556
ORF1ab/nsp46W6delTGG---11A0.000387
ORF1ab/nsp46W6delTGG---11A.2.40.003367
ORF1ab/nsp46W6GTggGgg11A.30.002096
ORF1ab/nsp46W6StGgtCg11A.50.001923
ORF1ab/nsp46W6ETGgGAg11All0
ORF1ab/nsp46W6YtGGtAT11All0
ORF1ab/nsp46W6QTGGCAA11All0
ORF1ab/nsp46W6KTGGAAA11All0
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT11AM.40.003571
ORF1ab/nsp46W6XtGgtAg11AU.20.002421
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT11AY.1010.00049
ORF1ab/nsp46W6RTggAgg11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp46W6delTGG---11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp46W6LtGgtTg11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp46W6RTggCgg11AY.1100.000113
ORF1ab/nsp46W6YtGGtAT11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp46W6GTggGgg11AY.1160.000287
ORF1ab/nsp46W6delTGG---11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp46W6GTggGgg11AY.160.00038
ORF1ab/nsp46W6RTggCgg11AY.230.00007
ORF1ab/nsp46W6LtGgtTg11AY.230.00007
ORF1ab/nsp46W6RTggCgg11AY.23.10.000417
ORF1ab/nsp46W6RTggCgg11AY.240.000431
ORF1ab/nsp46W6RTggAgg11AY.250.000006
ORF1ab/nsp46W6LtGgtTg11AY.250.000006
ORF1ab/nsp46W6LtGgtTg11AY.260.000028
ORF1ab/nsp46W6XtGgtAg11AY.390.000025
ORF1ab/nsp46W6LtGgtTg11AY.4.2.10.000149
ORF1ab/nsp46W6RTggAgg11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp46W6GTggGgg11AY.420.00004
ORF1ab/nsp46W6XtGgtAg11AY.430.000004
ORF1ab/nsp46W6del2TGg--g11AY.430.000004
ORF1ab/nsp46W6RTggCgg11AY.430.000004
ORF1ab/nsp46W6GTggGgg11AY.440.000006
ORF1ab/nsp46W6LtGgtTg11AY.440.000006
ORF1ab/nsp46W6delTGG---11AY.440.000006
ORF1ab/nsp46W6StGgtCg11AY.460.000104
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT11AY.460.000104
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT11AY.50.000021
ORF1ab/nsp46W6delTGG---11AY.50.000021
ORF1ab/nsp46W6del1tgGtg-11AY.50.000021
ORF1ab/nsp46W6delTGG---11AY.520.000814
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgC11AY.540.000095
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT11AY.60.000041
ORF1ab/nsp46W6delTGG---11AY.600.000938
ORF1ab/nsp46W6RTggCgg11AY.670.000464
ORF1ab/nsp46W6LtGgtTg11AY.680.000274
ORF1ab/nsp46W6delTGG---11AY.720.001361
ORF1ab/nsp46W6ETGgGAg11AY.790.001211
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT11AY.840.000437
ORF1ab/nsp46W6delTGG---11AY.840.000437
ORF1ab/nsp46W6RTggCgg11AY.90.000068
ORF1ab/nsp46W6GTggGgg11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp46W6RTggAgg11AY.910.00073
ORF1ab/nsp46W6LtGgtTg11AY.950.000761
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp46W6delTGG---11AY.990.001049
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT11AZ.10.000867
ORF1ab/nsp46W6delTGG---11B0.000128
ORF1ab/nsp46W6XtgGtgA11B0.000128
ORF1ab/nsp46W6del1tgGtg-11B.10.000009
ORF1ab/nsp46W6LtGgtTg11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp46W6KTGGAAA11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp46W6StGgtCg11B.1.1.10.000327
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT11B.1.1.1870.00885
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT11B.1.1.2160.00089
ORF1ab/nsp46W6delTGG---11B.1.1.2360.006897
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT11B.1.1.2410.00207
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT11B.1.1.2840.000107
ORF1ab/nsp46W6delTGG---11B.1.1.3110.000358
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT11B.1.1.3160.000925
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT11B.1.1.3720.000689
ORF1ab/nsp46W6delTGG---11B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp46W6RTggAgg11B.1.1.5170.006803
ORF1ab/nsp46W6LtGgtTg11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp46W6StGgtCg11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp46W6LtGgtTg11B.1.1280.000635
ORF1ab/nsp46W6LtGgtTg11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp46W6delTGG---11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp46W6LtGgtTg11B.1.160.160.000929
ORF1ab/nsp46W6delTGG---11B.1.160.70.002079
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT11B.1.1620.005025
ORF1ab/nsp46W6LtGgtTg11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp46W6delTGG---11B.1.177.110.001698
ORF1ab/nsp46W6RTggAgg11B.1.177.160.000664
ORF1ab/nsp46W6delTGG---11B.1.177.170.000821
ORF1ab/nsp46W6delTGG---11B.1.177.210.000076
ORF1ab/nsp46W6delTGG---11B.1.177.630.002703
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT11B.1.177.70.000165
ORF1ab/nsp46W6RTggAgg11B.1.177.730.000566
ORF1ab/nsp46W6delTGG---11B.1.177.730.000566
ORF1ab/nsp46W6delTGG---11B.1.177.830.001481
ORF1ab/nsp46W6delTGG---11B.1.177.90.001332
ORF1ab/nsp46W6delTGG---11B.1.1790.003759
ORF1ab/nsp46W6delTGG---11B.1.230.006061
ORF1ab/nsp46W6RTggCgg11B.1.2340.000132
ORF1ab/nsp46W6LtGgtTg11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT11B.1.258.170.000104
ORF1ab/nsp46W6XtGGtAA11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT11B.1.3990.001934
ORF1ab/nsp46W6LtGgtTg11B.1.4270.00005
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT11B.1.4740.001901
ORF1ab/nsp46W6CtgGtgT11B.1.5260.000024
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