CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp4 : CodonNum = 50

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp450D50DD2813DsyngaTgaC1811181118702-8704
ORF1ab/nsp450D50AD2813AnonsyngAtgCt43243218702-8704
ORF1ab/nsp450D50delD2813deldelGAT---929218702-8704
ORF1ab/nsp450D50GD2813GnonsyngAtgGt676718702-8704
ORF1ab/nsp450D50ED2813EnonsyngaTgaA47330.7021288702-8704
ORF1ab/nsp450D50ED2813EnonsyngaTgaG47140.2978728702-8704
ORF1ab/nsp450D50VD2813VnonsyngAtgTt33310.9393948702-8704
ORF1ab/nsp450D50VD2813VnonsyngATgTC3310.0303038702-8704
ORF1ab/nsp450D50VD2813VnonsyngATgTG3310.0303038702-8704
ORF1ab/nsp450D50YD2813YnonsynGatTat31300.9677428702-8704
ORF1ab/nsp450D50YD2813YnonsynGaTTaC3110.03225818702-8704
ORF1ab/nsp450D50ND2813NnonsynGatAat8818702-8704
ORF1ab/nsp450D50del2D2813del2delgATg--3318702-8704
ORF1ab/nsp450D50del1D2813del1delgaTga-320.6666678702-8704
ORF1ab/nsp450D50del1D2813del1delGat-at310.3333338702-8704
ORF1ab/nsp450D50FD2813FnonsynGAtTTt210.58702-8704
ORF1ab/nsp450D50FD2813FnonsynGATTTC210.58702-8704
ORF1ab/nsp450D50HD2813HnonsynGatCat1118702-8704

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC18111811All0.000346
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC16121612B.1.6230.864807
ORF1ab/nsp450D50AgAtgCt432432All0.000083
ORF1ab/nsp450D50AgAtgCt209209B.1.1.70.000187
ORF1ab/nsp450D50AgAtgCt182182B.1.517.10.957895
ORF1ab/nsp450D50delGAT---9292All0.000018
ORF1ab/nsp450D50GgAtgGt6767All0.000013
ORF1ab/nsp450D50EgaTgaA3347All0.000006
ORF1ab/nsp450D50EgaTgaG1447All0.000003
ORF1ab/nsp450D50VgAtgTt3133All0.000006
ORF1ab/nsp450D50VgATgTC133All0
ORF1ab/nsp450D50VgATgTG133All0
ORF1ab/nsp450D50delGAT---3232B.1.1.70.000029
ORF1ab/nsp450D50YGatTat3031All0.000006
ORF1ab/nsp450D50YGaTTaC131All0
ORF1ab/nsp450D50VgAtgTt2828AY.50.000578
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC2323B.1.1.70.000021
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC1818B.10.000165
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC1717B.1.20.00015
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC1515AY.40.000023
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC1515B.1.3240.024077
ORF1ab/nsp450D50GgAtgGt1414B.1.1.70.000013
ORF1ab/nsp450D50AgAtgCt1212B.1.5960.001046
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC1111AU.10.013924
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC1010B.1.5740.021505
ORF1ab/nsp450D50NGatAat88All0.000002
ORF1ab/nsp450D50YGatTat88AY.1030.00005
ORF1ab/nsp450D50EgaTgaA67AY.260.00017
ORF1ab/nsp450D50EgaTgaG17AY.260.000028
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC77AY.430.000031
ORF1ab/nsp450D50GgAtgGt77AY.99.20.000645
ORF1ab/nsp450D50EgaTgaA66AY.40.000009
ORF1ab/nsp450D50delGAT---66B.10.000055
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC66B.1.617.20.000023
ORF1ab/nsp450D50AgAtgCt55AY.1030.000031
ORF1ab/nsp450D50GgAtgGt55AY.1030.000031
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC55AY.1030.000031
ORF1ab/nsp450D50delGAT---55AY.40.000008
ORF1ab/nsp450D50delGAT---55AY.430.000022
ORF1ab/nsp450D50EgaTgaA35AY.430.000013
ORF1ab/nsp450D50EgaTgaG25AY.430.000009
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC55B.1.1600.000156
ORF1ab/nsp450D50AgAtgCt55B.1.20.000044
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC55B.1.3670.003962
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC55B.1.5960.000436
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC44AY.1020.000106
ORF1ab/nsp450D50GgAtgGt44AY.200.000155
ORF1ab/nsp450D50GgAtgGt44AY.40.000006
ORF1ab/nsp450D50GgAtgGt44AY.440.000024
ORF1ab/nsp450D50YGatTat44B.1.617.20.000015
ORF1ab/nsp450D50EgaTgaA34B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp450D50EgaTgaG14B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp450D50del2gATg--33All0.000001
ORF1ab/nsp450D50del1gaTga-23All0
ORF1ab/nsp450D50del1Gat-at13All0
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC33AY.250.000018
ORF1ab/nsp450D50YGatTat33AY.430.000013
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC33AY.440.000018
ORF1ab/nsp450D50AgAtgCt33B.10.000027
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC33B.1.10.000054
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC33B.1.1.5190.000119
ORF1ab/nsp450D50EgaTgaG23B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp450D50YGatTat23B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp450D50EgaTgaA13B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp450D50YGaTTaC13B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp450D50EgaTgaA33B.1.1770.00004
ORF1ab/nsp450D50delGAT---33B.1.1770.00004
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC33B.1.4290.000071
ORF1ab/nsp450D50GgAtgGt33B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp450D50del2gATg--33B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp450D50delGAT---220.111111
ORF1ab/nsp450D50AgAtgCt220.111111
ORF1ab/nsp450D50delGAT---22A.20.001324
ORF1ab/nsp450D50FGAtTTt12All0
ORF1ab/nsp450D50FGATTTC12All0
ORF1ab/nsp450D50EgaTgaG12AY.1200.000037
ORF1ab/nsp450D50EgaTgaA12AY.1200.000037
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC22AY.330.000134
ORF1ab/nsp450D50YGatTat22AY.40.000003
ORF1ab/nsp450D50NGatAat22AY.40.000003
ORF1ab/nsp450D50AgAtgCt22AY.440.000012
ORF1ab/nsp450D50EgaTgaG12AY.440.000006
ORF1ab/nsp450D50EgaTgaA12AY.440.000006
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC22AY.75.10.000361
ORF1ab/nsp450D50GgAtgGt22AY.98.10.000097
ORF1ab/nsp450D50GgAtgGt22B.10.000018
ORF1ab/nsp450D50delGAT---22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC22B.1.1.1900.1
ORF1ab/nsp450D50delGAT---22B.1.1.3150.016949
ORF1ab/nsp450D50FGAtTTt12B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp450D50VgAtgTt12B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp450D50VgATgTC12B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp450D50FGATTTC12B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp450D50delGAT---22B.1.177.570.000562
ORF1ab/nsp450D50delGAT---22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp450D50YGatTat22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp450D50GgAtgGt22B.1.351.30.001753
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC22B.1.36.170.000988
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC22B.1.5250.000226
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC22B.1.5260.000047
ORF1ab/nsp450D50EgaTgaA22B.1.5260.000047
ORF1ab/nsp450D50AgAtgCt22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp450D50delGAT---22B.1.6210.000177
ORF1ab/nsp450D50GgAtgGt22P.10.000032
ORF1ab/nsp450D50AgAtgCt22W.10.017391
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC11A0.000387
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC11A.10.000282
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC11AD.20.000219
ORF1ab/nsp450D50HGatCat11All0
ORF1ab/nsp450D50EgaTgaG11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp450D50GgAtgGt11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp450D50YGatTat11AY.230.00007
ORF1ab/nsp450D50GgAtgGt11AY.230.00007
ORF1ab/nsp450D50VgAtgTt11AY.23.10.000417
ORF1ab/nsp450D50GgAtgGt11AY.250.000006
ORF1ab/nsp450D50EgaTgaA11AY.250.000006
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC11AY.270.000065
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC11AY.290.000016
ORF1ab/nsp450D50NGatAat11AY.30.00001
ORF1ab/nsp450D50GgAtgGt11AY.30.00001
ORF1ab/nsp450D50EgaTgaG11AY.30.00001
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC11AY.30.00001
ORF1ab/nsp450D50EgaTgaG11AY.300.000396
ORF1ab/nsp450D50delGAT---11AY.34.10.00051
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC11AY.390.000025
ORF1ab/nsp450D50AgAtgCt11AY.40.000002
ORF1ab/nsp450D50YGatTat11AY.4.40.000409
ORF1ab/nsp450D50delGAT---11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp450D50AgAtgCt11AY.420.00004
ORF1ab/nsp450D50delGAT---11AY.420.00004
ORF1ab/nsp450D50GgAtgGt11AY.430.000004
ORF1ab/nsp450D50AgAtgCt11AY.430.000004
ORF1ab/nsp450D50NGatAat11AY.440.000006
ORF1ab/nsp450D50YGatTat11AY.440.000006
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC11AY.450.000122
ORF1ab/nsp450D50GgAtgGt11AY.460.000104
ORF1ab/nsp450D50delGAT---11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp450D50GgAtgGt11AY.470.000031
ORF1ab/nsp450D50AgAtgCt11AY.470.000031
ORF1ab/nsp450D50GgAtgGt11AY.50.000021
ORF1ab/nsp450D50AgAtgCt11AY.530.000288
ORF1ab/nsp450D50GgAtgGt11AY.570.000656
ORF1ab/nsp450D50EgaTgaG11AY.580.000907
ORF1ab/nsp450D50delGAT---11AY.590.00053
ORF1ab/nsp450D50delGAT---11AY.600.000938
ORF1ab/nsp450D50del1gaTga-11AY.620.000436
ORF1ab/nsp450D50AgAtgCt11AY.690.000187
ORF1ab/nsp450D50GgAtgGt11AY.730.000665
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC11AY.750.000056
ORF1ab/nsp450D50GgAtgGt11AY.840.000437
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC11AY.850.000427
ORF1ab/nsp450D50EgaTgaG11AY.90.000068
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC11AY.90.000068
ORF1ab/nsp450D50GgAtgGt11AY.910.00073
ORF1ab/nsp450D50NGatAat11AY.940.000443
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC11AY.980.000079
ORF1ab/nsp450D50EgaTgaA11AY.980.000079
ORF1ab/nsp450D50EgaTgaA11B.10.000009
ORF1ab/nsp450D50YGatTat11B.10.000009
ORF1ab/nsp450D50NGatAat11B.10.000009
ORF1ab/nsp450D50GgAtgGt11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC11B.1.1.10.000327
ORF1ab/nsp450D50delGAT---11B.1.1.1920.002309
ORF1ab/nsp450D50GgAtgGt11B.1.1.2140.000055
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC11B.1.1.2220.000204
ORF1ab/nsp450D50EgaTgaA11B.1.1.2370.005405
ORF1ab/nsp450D50delGAT---11B.1.1.3060.000438
ORF1ab/nsp450D50YGatTat11B.1.1.3690.000446
ORF1ab/nsp450D50delGAT---11B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp450D50delGAT---11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp450D50del1gaTga-11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp450D50NGatAat11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC11B.1.1.700.000341
ORF1ab/nsp450D50delGAT---11B.1.1.700.000341
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC11B.1.1390.000733
ORF1ab/nsp450D50EgaTgaG11B.1.1390.000733
ORF1ab/nsp450D50delGAT---11B.1.1400.018868
ORF1ab/nsp450D50delGAT---11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp450D50YGatTat11B.1.160.160.000929
ORF1ab/nsp450D50EgaTgaA11B.1.177.320.00135
ORF1ab/nsp450D50delGAT---11B.1.177.620.001192
ORF1ab/nsp450D50VgATgTG11B.1.177.70.000165
ORF1ab/nsp450D50delGAT---11B.1.177.70.000165
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC11B.1.177.730.000566
ORF1ab/nsp450D50delGAT---11B.1.177.830.001481
ORF1ab/nsp450D50EgaTgaA11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp450D50del1Gat-at11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp450D50GgAtgGt11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp450D50delGAT---11B.1.221.10.002907
ORF1ab/nsp450D50AgAtgCt11B.1.258.160.001637
ORF1ab/nsp450D50AgAtgCt11B.1.2650.001271
ORF1ab/nsp450D50GgAtgGt11B.1.3110.000275
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC11B.1.3110.000275
ORF1ab/nsp450D50YGatTat11B.1.3370.005587
ORF1ab/nsp450D50delGAT---11B.1.360.000146
ORF1ab/nsp450D50delGAT---11B.1.36.170.000494
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC11B.1.36.180.00042
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC11B.1.400.10.015152
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC11B.1.4270.00005
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC11B.1.4620.007246
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC11B.1.5060.02381
ORF1ab/nsp450D50delGAT---11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp450D50HGatCat11B.1.6120.002653
ORF1ab/nsp450D50delGAT---11B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp450D50delGAT---11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp450D50EgaTgaA11B.1.619.10.000641
ORF1ab/nsp450D50NGatAat11B.1.619.10.000641
ORF1ab/nsp450D50YGatTat11B.1.6230.000536
ORF1ab/nsp450D50VgAtgTt11B.1.6280.000352
ORF1ab/nsp450D50delGAT---11C.170.055556
ORF1ab/nsp450D50delGAT---11C.350.000774
ORF1ab/nsp450D50delGAT---11C.360.000911
ORF1ab/nsp450D50GgAtgGt11D.20.000075
ORF1ab/nsp450D50YGatTat11D.20.000075
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC11P.10.000016
ORF1ab/nsp450D50delGAT---11P.10.000016
ORF1ab/nsp450D50GgAtgGt11P.20.000187
ORF1ab/nsp450D50DgaTgaC11P.20.000187
ORF1ab/nsp450D50delGAT---11Q.80.000165

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.