CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp4 : CodonNum = 399

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp4399K399EK3162EnonsynAagGag150731507319749-9751
ORF1ab/nsp4399K399RK3162RnonsynaAgaGg68868819749-9751
ORF1ab/nsp4399K399KK3162KsynaaGaaA13313319749-9751
ORF1ab/nsp4399K399delK3162deldelAAG---969619749-9751
ORF1ab/nsp4399K399NK3162NnonsynaaGaaT54520.9629639749-9751
ORF1ab/nsp4399K399NK3162NnonsynaaGaaC5420.0370379749-9751
ORF1ab/nsp4399K399TK3162TnonsynaAgaCg9919749-9751
ORF1ab/nsp4399K399MK3162MnonsynaAgaTg5519749-9751
ORF1ab/nsp4399K399QK3162QnonsynAagCag540.89749-9751
ORF1ab/nsp4399K399QK3162QnonsynAaGCaA510.29749-9751
ORF1ab/nsp4399K399XK3162XnonsynAaGTaA320.6666679749-9751
ORF1ab/nsp4399K399del1K3162del1delaaGaa-320.6666679749-9751
ORF1ab/nsp4399K399XK3162XnonsynAagTag310.3333339749-9751
ORF1ab/nsp4399K399del1K3162del1delAag-ag310.3333339749-9751
ORF1ab/nsp4399K399del2K3162del2delAAg--g2219749-9751
ORF1ab/nsp4399K399GK3162GnonsynAAGGGA2219749-9751
ORF1ab/nsp4399K399IK3162InonsynaAGaTT1119749-9751
ORF1ab/nsp4399K399HK3162HnonsynAaGCaT1119749-9751

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag1507315073All0.002883
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag1355513555B.1.6370.990501
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag722722B.10.006613
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg688688All0.000132
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag345345B.1.1.3510.963687
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg223223AY.440.001357
ORF1ab/nsp4399K399KaaGaaA133133All0.000025
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag110110B.1.1.70.000098
ORF1ab/nsp4399K399delAAG---9696All0.000018
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg8484B.1.5960.00732
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg6060B.1.1.70.000054
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg5757AY.40.000089
ORF1ab/nsp4399K399NaaGaaT5254All0.00001
ORF1ab/nsp4399K399NaaGaaC254All0
ORF1ab/nsp4399K399KaaGaaA4545B.1.1.70.00004
ORF1ab/nsp4399K399delAAG---4343B.1.1.70.000038
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg3737B.1.177.240.047927
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag3636B.1.10.000653
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag3030B.1.20.000264
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag2626B.400.009472
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag2525B.1.1.2310.077399
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg2525B.1.1770.000329
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg2323B.1.617.20.000087
ORF1ab/nsp4399K399NaaGaaT2222B.1.1.250.012507
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag2222B.1.5260.000517
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag2121B.1.177.70.003462
ORF1ab/nsp4399K399KaaGaaA2020B.1.1.700.006821
ORF1ab/nsp4399K399KaaGaaA2020B.1.617.20.000075
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg1515AY.850.006408
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg1515B.1.2210.001065
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag1313AY.1170.001099
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg1313B.10.000119
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag1212B0.001534
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg1111B.1.177.450.004194
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag1010B.1.1600.000312
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag1010B.1.1770.000132
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag1010P.10.000158
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg1010P.10.000158
ORF1ab/nsp4399K399TaAgaCg99All0.000002
ORF1ab/nsp4399K399NaaGaaT99AY.430.00004
ORF1ab/nsp4399K399delAAG---99B.1.1770.000119
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg88AY.30.00008
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg88B.1.1.2140.000444
ORF1ab/nsp4399K399KaaGaaA77AY.40.000011
ORF1ab/nsp4399K399delAAG---77AY.40.000011
ORF1ab/nsp4399K399NaaGaaT77B.1.1.70.000006
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag77B.1.177.730.003964
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag77B.1.214.20.004197
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag77B.1.6360.04698
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg66AY.250.000036
ORF1ab/nsp4399K399delAAG---66AY.4.50.000645
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg66AY.430.000027
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag66AY.440.000037
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag66B.1.1.1210.014563
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg66B.1.20.000053
ORF1ab/nsp4399K399TaAgaCg66P.1.140.000287
ORF1ab/nsp4399K399MaAgaTg55All0.000001
ORF1ab/nsp4399K399QAagCag45All0.000001
ORF1ab/nsp4399K399QAaGCaA15All0
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg55AY.1020.000133
ORF1ab/nsp4399K399NaaGaaT45B.1.20.000035
ORF1ab/nsp4399K399NaaGaaC15B.1.20.000009
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg44AY.10.001583
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg44AY.1030.000025
ORF1ab/nsp4399K399delAAG---44AY.430.000018
ORF1ab/nsp4399K399KaaGaaA44AY.50.000083
ORF1ab/nsp4399K399KaaGaaA44AY.940.001771
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag44B.1.1.5070.034783
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag44B.1.4000.001716
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg44B.1.4290.000094
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg44B.1.5260.000094
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag44B.1.6180.016129
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg33AE.80.001467
ORF1ab/nsp4399K399XAaGTaA23All0
ORF1ab/nsp4399K399del1aaGaa-23All0
ORF1ab/nsp4399K399del1Aag-ag13All0
ORF1ab/nsp4399K399XAagTag13All0
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg33AY.39.10.000119
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag33B.1.1.2220.000612
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag33B.1.2400.000647
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg33B.1.3510.000089
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg33B.1.4270.000151
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag33B.1.6270.006061
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag33B.370.085714
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg33P.1.70.000958
ORF1ab/nsp4399K399KaaGaaA33Q.80.000495
ORF1ab/nsp4399K399XAaGTaA220.111111
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg220.111111
ORF1ab/nsp4399K399KaaGaaA220.111111
ORF1ab/nsp4399K399GAAGGGA220.111111
ORF1ab/nsp4399K399QAagCag120.055556
ORF1ab/nsp4399K399QAaGCaA120.055556
ORF1ab/nsp4399K399del2AAg--g22All0
ORF1ab/nsp4399K399GAAGGGA22All0
ORF1ab/nsp4399K399KaaGaaA22AY.1210.000271
ORF1ab/nsp4399K399KaaGaaA22AY.250.000012
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag22AY.40.000003
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag22AY.430.000009
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg22AY.590.001059
ORF1ab/nsp4399K399KaaGaaA22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg22B.1.1.3980.006452
ORF1ab/nsp4399K399KaaGaaA22B.1.1600.000062
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg22B.1.1600.000062
ORF1ab/nsp4399K399delAAG---22B.1.177.580.002663
ORF1ab/nsp4399K399delAAG---22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag22B.1.2430.000139
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag22B.1.243.10.044444
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag22B.1.2580.000133
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag22B.1.258.170.000208
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag22B.1.3360.004878
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag22B.1.350.016949
ORF1ab/nsp4399K399KaaGaaA22B.1.3620.003082
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag22B.1.3690.00057
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag22B.1.3750.001639
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag22B.1.4130.008511
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag22B.1.4290.000047
ORF1ab/nsp4399K399KaaGaaA22B.1.5260.000047
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag22B.1.6230.001073
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg22B.1.6280.000705
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag22B.4.50.02381
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg22D.20.00015
ORF1ab/nsp4399K399KaaGaaA22P.10.000032
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag22P.1.170.000324
ORF1ab/nsp4399K399KaaGaaA22P.20.000373
ORF1ab/nsp4399K399HAaGCaT110.055556
ORF1ab/nsp4399K399NaaGaaT110.055556
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg11A0.000387
ORF1ab/nsp4399K399XAagTag11A.2.30.004739
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg11A.2.50.000499
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg11A.210.00277
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg11A.270.001656
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg11A.30.002096
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg11A.50.001923
ORF1ab/nsp4399K399delAAG---11AD.20.000219
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag11AL.10.012987
ORF1ab/nsp4399K399HAaGCaT11All0
ORF1ab/nsp4399K399IaAGaTT11All0
ORF1ab/nsp4399K399KaaGaaA11AY.10.000396
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp4399K399KaaGaaA11AY.1140.000231
ORF1ab/nsp4399K399KaaGaaA11AY.1160.000287
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg11AY.1170.000085
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp4399K399delAAG---11AY.190.00114
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg11AY.230.00007
ORF1ab/nsp4399K399TaAgaCg11AY.260.000028
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag11AY.260.000028
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg11AY.300.000396
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg11AY.330.000067
ORF1ab/nsp4399K399KaaGaaA11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp4399K399delAAG---11AY.4.30.000842
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg11AY.450.000122
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg11AY.480.000465
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg11AY.60.000041
ORF1ab/nsp4399K399delAAG---11AY.60.000041
ORF1ab/nsp4399K399QAagCag11AY.610.000105
ORF1ab/nsp4399K399delAAG---11AY.680.000274
ORF1ab/nsp4399K399MaAgaTg11AY.750.000056
ORF1ab/nsp4399K399IaAGaTT11AY.840.000437
ORF1ab/nsp4399K399NaaGaaT11AY.840.000437
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg11AY.860.00083
ORF1ab/nsp4399K399delAAG---11AY.90.000068
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag11AY.90.000068
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag11AY.9.10.000084
ORF1ab/nsp4399K399del1aaGaa-11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp4399K399delAAG---11AY.99.10.001553
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg11B0.000128
ORF1ab/nsp4399K399NaaGaaT11B0.000128
ORF1ab/nsp4399K399MaAgaTg11B.10.000009
ORF1ab/nsp4399K399KaaGaaA11B.10.000009
ORF1ab/nsp4399K399del1aaGaa-11B.10.000009
ORF1ab/nsp4399K399NaaGaaT11B.10.000009
ORF1ab/nsp4399K399NaaGaaT11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp4399K399MaAgaTg11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp4399K399delAAG---11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg11B.1.1.1390.022727
ORF1ab/nsp4399K399KaaGaaA11B.1.1.2140.000055
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag11B.1.1.2770.000759
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag11B.1.1.3010.001179
ORF1ab/nsp4399K399TaAgaCg11B.1.1.330.000421
ORF1ab/nsp4399K399delAAG---11B.1.1.370.000193
ORF1ab/nsp4399K399KaaGaaA11B.1.1.370.000193
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg11B.1.1.370.000193
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag11B.1.1.3980.003226
ORF1ab/nsp4399K399KaaGaaA11B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag11B.1.1.4160.000905
ORF1ab/nsp4399K399KaaGaaA11B.1.1.4330.001425
ORF1ab/nsp4399K399QAagCag11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp4399K399MaAgaTg11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp4399K399del1Aag-ag11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp4399K399TaAgaCg11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp4399K399del2AAg--g11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp4399K399delAAG---11B.1.1.700.000341
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag11B.1.1340.005464
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag11B.1.1470.000756
ORF1ab/nsp4399K399QAagCag11B.1.160.70.002079
ORF1ab/nsp4399K399NaaGaaT11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp4399K399KaaGaaA11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp4399K399delAAG---11B.1.177.110.001698
ORF1ab/nsp4399K399delAAG---11B.1.177.170.000821
ORF1ab/nsp4399K399delAAG---11B.1.177.40.000211
ORF1ab/nsp4399K399del2AAg--g11B.1.177.40.000211
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag11B.1.177.530.002392
ORF1ab/nsp4399K399delAAG---11B.1.177.560.000668
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg11B.1.177.650.000665
ORF1ab/nsp4399K399delAAG---11B.1.177.690.001484
ORF1ab/nsp4399K399delAAG---11B.1.177.760.002494
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg11B.1.177.770.000726
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag11B.1.177.810.000189
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag11B.1.177.860.000183
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag11B.1.177.870.000728
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp4399K399KaaGaaA11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag11B.1.2360.002053
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg11B.1.2400.000216
ORF1ab/nsp4399K399delAAG---11B.1.258.30.001675
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg11B.1.2790.000514
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag11B.1.2800.007143
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag11B.1.3240.001605
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag11B.1.3370.005587
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag11B.1.3380.008621
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag11B.1.3500.002933
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag11B.1.3560.001727
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg11B.1.3560.001727
ORF1ab/nsp4399K399KaaGaaA11B.1.360.000146
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag11B.1.360.000146
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg11B.1.360.000146
ORF1ab/nsp4399K399MaAgaTg11B.1.36.170.000494
ORF1ab/nsp4399K399delAAG---11B.1.36.380.001642
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag11B.1.3670.000792
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag11B.1.3990.001934
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag11B.1.4110.003704
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag11B.1.4150.014286
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag11B.1.4270.00005
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag11B.1.438.10.000107
ORF1ab/nsp4399K399NaaGaaT11B.1.438.10.000107
ORF1ab/nsp4399K399NaaGaaC11B.1.4970.000315
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag11B.1.4990.00105
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg11B.1.5170.000427
ORF1ab/nsp4399K399NaaGaaT11B.1.5760.000907
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag11B.1.5770.000687
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg11B.1.5800.004065
ORF1ab/nsp4399K399delAAG---11B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp4399K399delAAG---11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag11B.1.80.001972
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag11B.290.003509
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag11B.40.002208
ORF1ab/nsp4399K399NaaGaaT11B.60.00091
ORF1ab/nsp4399K399delAAG---11C.350.000774
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg11C.350.000774
ORF1ab/nsp4399K399NaaGaaT11P.10.000016
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag11P.1.10.000318
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag11P.1.100.000269
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg11P.1.140.000048
ORF1ab/nsp4399K399RaAgaGg11P.20.000187
ORF1ab/nsp4399K399delAAG---11Q.10.000126
ORF1ab/nsp4399K399EAagGag11Q.80.000165
ORF1ab/nsp4399K399delAAG---11U.30.003861