CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp4 : CodonNum = 395

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp4395S395TS3158TnonsynaGtaCt19580195780.9998989737-9739
ORF1ab/nsp4395S395TS3158TnonsynaGTaCG1958020.0001021459737-9739
ORF1ab/nsp4395S395GS3158GnonsynAgtGgt1848184819737-9739
ORF1ab/nsp4395S395NS3158NnonsynaGtaAt1671660.9940129737-9739
ORF1ab/nsp4395S395NS3158NnonsynaGTaAC16710.005988029737-9739
ORF1ab/nsp4395S395delS3158deldelAGT---10110119737-9739
ORF1ab/nsp4395S395SS3158SsynagTagC565619737-9739
ORF1ab/nsp4395S395IS3158InonsynaGtaTt444419737-9739
ORF1ab/nsp4395S395RS3158RnonsynagTagA950.5555569737-9739
ORF1ab/nsp4395S395RS3158RnonsynAgtCgt930.3333339737-9739
ORF1ab/nsp4395S395RS3158RnonsynagTagG910.1111119737-9739
ORF1ab/nsp4395S395YS3158YnonsynAGtTAt530.69737-9739
ORF1ab/nsp4395S395YS3158YnonsynAGTTAC520.49737-9739
ORF1ab/nsp4395S395CS3158CnonsynAgtTgt4419737-9739
ORF1ab/nsp4395S395del1S3158del1delAgt-gt320.6666679737-9739
ORF1ab/nsp4395S395del1S3158del1delagTag-310.3333339737-9739
ORF1ab/nsp4395S395del2S3158del2delAGt--t2219737-9739
ORF1ab/nsp4395S395FS3158FnonsynAGtTTt2219737-9739
ORF1ab/nsp4395S395LS3158LnonsynAGTTTG2219737-9739

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp4395S395TaGtaCt1957819580All0.003745
ORF1ab/nsp4395S395TaGTaCG219580All0
ORF1ab/nsp4395S395TaGtaCt1913819138B.1.4270.966419
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt18481848All0.000353
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt309309B.1.617.20.001164
ORF1ab/nsp4395S395TaGtaCt254254B.10.002327
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt192192AY.440.001169
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt175175B.1.20.001541
ORF1ab/nsp4395S395NaGtaAt166167All0.000032
ORF1ab/nsp4395S395NaGTaAC1167All0
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt121121B.1.1.70.000108
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt107107AY.40.000167
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt106106AY.1020.00281
ORF1ab/nsp4395S395NaGtaAt103103B.1.1.70.000092
ORF1ab/nsp4395S395delAGT---101101All0.000019
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt8080AY.200.003109
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt6060B.1.177.40.012664
ORF1ab/nsp4395S395SagTagC5656All0.000011
ORF1ab/nsp4395S395TaGtaCt5555B.1.4290.001294
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt5252B.1.1770.000685
ORF1ab/nsp4395S395delAGT---4646B.1.1.70.000041
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt4545P.10.000709
ORF1ab/nsp4395S395IaGtaTt4444All0.000008
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt4343B.1.1600.001341
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt4242AY.250.000253
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt3030AY.390.000741
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt2626B.10.000238
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt2222AY.30.000219
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt2121AY.1030.00013
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt2020AY.260.000566
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt1919AY.430.000084
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt1818B.1.10.000327
ORF1ab/nsp4395S395IaGtaTt1717AY.140.001496
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt1717AY.290.000268
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt1717B.1.5960.001481
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt1717B.1.6210.001505
ORF1ab/nsp4395S395SagTagC1616AY.40.000025
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt1616AY.46.50.003175
ORF1ab/nsp4395S395TaGtaCt1616B.1.5950.004175
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt1414AY.610.001467
ORF1ab/nsp4395S395TaGtaCt1414B.1.3360.034146
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt1313B.1.2580.000865
ORF1ab/nsp4395S395TaGtaCt1212B.1.1.4160.01086
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt1111AY.1190.000388
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt1111B.1.1.670.050228
ORF1ab/nsp4395S395SagTagC1111B.1.160.160.010223
ORF1ab/nsp4395S395TaGtaCt1111B.1.575.10.026829
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt1010AY.1000.00046
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt1010AY.980.00079
ORF1ab/nsp4395S395TaGtaCt1010B.1.20.000088
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt1010B.1.5260.000235
ORF1ab/nsp4395S395RagTagA59All0.000001
ORF1ab/nsp4395S395RAgtCgt39All0.000001
ORF1ab/nsp4395S395RagTagG19All0
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt99AY.50.000186
ORF1ab/nsp4395S395delAGT---99B.1.1770.000119
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt99B.1.2210.000639
ORF1ab/nsp4395S395NaGtaAt88AY.1030.00005
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt88AY.1200.000297
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt88C.360.007286
ORF1ab/nsp4395S395delAGT---77AY.40.000011
ORF1ab/nsp4395S395delAGT---77AY.4.50.000752
ORF1ab/nsp4395S395TaGtaCt77B.1.1.1920.016166
ORF1ab/nsp4395S395TaGtaCt77B.1.1.2200.013011
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt77B.1.5290.388889
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt66AY.4.20.00013
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt66AY.470.000187
ORF1ab/nsp4395S395TaGtaCt66B.1.10.000109
ORF1ab/nsp4395S395TaGtaCt66B.1.5960.000523
ORF1ab/nsp4395S395NaGtaAt66B.1.617.20.000023
ORF1ab/nsp4395S395SagTagC66B.1.617.20.000023
ORF1ab/nsp4395S395YAGtTAt350.166667
ORF1ab/nsp4395S395YAGTTAC250.111111
ORF1ab/nsp4395S395YAGtTAt35All0.000001
ORF1ab/nsp4395S395YAGTTAC25All0
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt55AY.1180.000313
ORF1ab/nsp4395S395SagTagC55AY.330.000334
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt55AY.7.10.000564
ORF1ab/nsp4395S395TaGtaCt55B.1.1.3350.064935
ORF1ab/nsp4395S395SagTagC55B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp4395S395NaGtaAt55B.1.3360.012195
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt55B.1.3960.003529
ORF1ab/nsp4395S395IaGtaTt55B.1.4270.000252
ORF1ab/nsp4395S395NaGtaAt55B.1.5250.000566
ORF1ab/nsp4395S395CAgtTgt44All0.000001
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt44AY.330.000267
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt44AY.420.000161
ORF1ab/nsp4395S395delAGT---44AY.430.000018
ORF1ab/nsp4395S395SagTagC44AY.440.000024
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt44AY.450.000487
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt44AY.480.00186
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt44AY.500.003197
ORF1ab/nsp4395S395IaGtaTt44B.10.000037
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt44B.1.1.5190.000159
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt44B.1.2180.020619
ORF1ab/nsp4395S395del1Agt-gt23All0
ORF1ab/nsp4395S395del1agTag-13All0
ORF1ab/nsp4395S395RAgtCgt33AY.390.000074
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt33B.1.1.330.001263
ORF1ab/nsp4395S395NaGtaAt33B.1.1770.00004
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt33B.1.177.210.000229
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt33B.1.177.810.000568
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt33B.1.2430.000209
ORF1ab/nsp4395S395NaGtaAt33B.1.4270.000151
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt33B.400.001093
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt33C.370.000348
ORF1ab/nsp4395S395NaGtaAt33P.20.00056
ORF1ab/nsp4395S395LAGTTTG220.111111
ORF1ab/nsp4395S395IaGtaTt220.111111
ORF1ab/nsp4395S395TaGTaCG220.111111
ORF1ab/nsp4395S395LAGTTTG22All0
ORF1ab/nsp4395S395FAGtTTt22All0
ORF1ab/nsp4395S395del2AGt--t22All0
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt22AY.1160.000574
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt22AY.1170.000169
ORF1ab/nsp4395S395NaGtaAt22AY.290.000032
ORF1ab/nsp4395S395NaGtaAt22AY.360.000296
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt22AY.39.10.000079
ORF1ab/nsp4395S395IaGtaTt22AY.40.000003
ORF1ab/nsp4395S395NaGtaAt22AY.40.000003
ORF1ab/nsp4395S395NaGtaAt22AY.430.000009
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt22AY.46.40.000329
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt22AY.60.000082
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt22AY.750.000112
ORF1ab/nsp4395S395NaGtaAt22B.10.000018
ORF1ab/nsp4395S395IaGtaTt22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt22B.1.1.1740.006757
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt22B.1.1.280.000622
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt22B.1.1.3170.000823
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt22B.1.1.390.001019
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt22B.1.1.4340.000697
ORF1ab/nsp4395S395NaGtaAt22B.1.1.460.008734
ORF1ab/nsp4395S395IaGtaTt22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp4395S395CAgtTgt22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp4395S395del2AGt--t22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt22B.1.160.300.005952
ORF1ab/nsp4395S395delAGT---22B.1.177.40.000422
ORF1ab/nsp4395S395SagTagC22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp4395S395NaGtaAt22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp4395S395delAGT---22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp4395S395TaGtaCt22B.1.2340.000264
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt22B.1.3110.000549
ORF1ab/nsp4395S395IaGtaTt22B.1.3510.000059
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt22B.1.351.20.000605
ORF1ab/nsp4395S395TaGtaCt22B.1.3670.001585
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt22B.1.3690.00057
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt22B.1.4290.000047
ORF1ab/nsp4395S395TaGtaCt22B.1.6230.001073
ORF1ab/nsp4395S395TaGtaCt22B.1.6370.000146
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt22B.100.016529
ORF1ab/nsp4395S395NaGtaAt22D.20.00015
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt22P.1.120.000968
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt22P.1.150.000465
ORF1ab/nsp4395S395NaGtaAt110.055556
ORF1ab/nsp4395S395FAGtTTt110.055556
ORF1ab/nsp4395S395CAgtTgt110.055556
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt11A.10.000282
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt11A.280.002646
ORF1ab/nsp4395S395delAGT---11AD.20.000219
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt11AY.10.000396
ORF1ab/nsp4395S395IaGtaTt11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp4395S395SagTagC11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt11AY.1150.005208
ORF1ab/nsp4395S395NaGtaAt11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt11AY.160.00038
ORF1ab/nsp4395S395delAGT---11AY.190.00114
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt11AY.210.001898
ORF1ab/nsp4395S395SagTagC11AY.250.000006
ORF1ab/nsp4395S395NaGtaAt11AY.260.000028
ORF1ab/nsp4395S395NaGtaAt11AY.270.000065
ORF1ab/nsp4395S395TaGtaCt11AY.30.00001
ORF1ab/nsp4395S395IaGtaTt11AY.30.00001
ORF1ab/nsp4395S395SagTagC11AY.30.00001
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt11AY.340.000097
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt11AY.370.000316
ORF1ab/nsp4395S395NaGtaAt11AY.390.000025
ORF1ab/nsp4395S395TaGtaCt11AY.40.000002
ORF1ab/nsp4395S395NaGtaAt11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp4395S395delAGT---11AY.4.30.000842
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp4395S395IaGtaTt11AY.430.000004
ORF1ab/nsp4395S395IaGtaTt11AY.440.000006
ORF1ab/nsp4395S395NaGtaAt11AY.440.000006
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt11AY.46.30.000934
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt11AY.5.30.000337
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt11AY.5.40.000277
ORF1ab/nsp4395S395delAGT---11AY.60.000041
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt11AY.640.000595
ORF1ab/nsp4395S395FAGtTTt11AY.670.000464
ORF1ab/nsp4395S395delAGT---11AY.680.000274
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt11AY.700.000209
ORF1ab/nsp4395S395SagTagC11AY.700.000209
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt11AY.80.000606
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt11AY.840.000437
ORF1ab/nsp4395S395delAGT---11AY.90.000068
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt11AY.9.10.000084
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp4395S395delAGT---11AY.990.001049
ORF1ab/nsp4395S395delAGT---11AY.99.10.001553
ORF1ab/nsp4395S395TaGtaCt11B0.000128
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt11B0.000128
ORF1ab/nsp4395S395RagTagA11B0.000128
ORF1ab/nsp4395S395SagTagC11B.10.000009
ORF1ab/nsp4395S395RagTagG11B.10.000009
ORF1ab/nsp4395S395RagTagA11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp4395S395delAGT---11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp4395S395GAgtGgt11B.1.1.100.001115
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