CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp4 : CodonNum = 384

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp4384C384FC3147FnonsyntGttTt47747719704-9706
ORF1ab/nsp4384C384CC3147CsyntgTtgC25025019704-9706
ORF1ab/nsp4384C384LC3147LnonsynTGtCTt100950.959704-9706
ORF1ab/nsp4384C384LC3147LnonsyntGTtTG10020.029704-9706
ORF1ab/nsp4384C384LC3147LnonsyntGTtTA10020.029704-9706
ORF1ab/nsp4384C384LC3147LnonsynTGTCTG10010.019704-9706
ORF1ab/nsp4384C384delC3147deldelTGT---949419704-9706
ORF1ab/nsp4384C384SC3147SnonsynTgtAgt23190.8260879704-9706
ORF1ab/nsp4384C384SC3147SnonsyntGttCt2340.1739139704-9706
ORF1ab/nsp4384C384YC3147YnonsyntGttAt222219704-9706
ORF1ab/nsp4384C384RC3147RnonsynTgtCgt1170.6363649704-9706
ORF1ab/nsp4384C384XC3147XnonsyntgTtgA1150.4545459704-9706
ORF1ab/nsp4384C384XC3147XnonsyntGTtAA1140.3636369704-9706
ORF1ab/nsp4384C384RC3147RnonsynTgTAgG1120.1818189704-9706
ORF1ab/nsp4384C384XC3147XnonsyntGTtAG1120.1818189704-9706
ORF1ab/nsp4384C384RC3147RnonsynTgTAgA1120.1818189704-9706
ORF1ab/nsp4384C384GC3147GnonsynTgtGgt950.5555569704-9706
ORF1ab/nsp4384C384GC3147GnonsynTgTGgA920.2222229704-9706
ORF1ab/nsp4384C384GC3147GnonsynTgTGgG920.2222229704-9706
ORF1ab/nsp4384C384WC3147WnonsyntgTtgG6619704-9706
ORF1ab/nsp4384C384VC3147VnonsynTGTGTG620.3333339704-9706
ORF1ab/nsp4384C384VC3147VnonsynTGTGTA620.3333339704-9706
ORF1ab/nsp4384C384VC3147VnonsynTGtGTt620.3333339704-9706
ORF1ab/nsp4384C384IC3147InonsynTGtATt530.69704-9706
ORF1ab/nsp4384C384IC3147InonsynTGTATA520.49704-9706
ORF1ab/nsp4384C384EC3147EnonsynTGTGAA420.59704-9706
ORF1ab/nsp4384C384EC3147EnonsynTGTGAG420.59704-9706
ORF1ab/nsp4384C384KC3147KnonsynTGTAAG420.59704-9706
ORF1ab/nsp4384C384KC3147KnonsynTGTAAA420.59704-9706
ORF1ab/nsp4384C384DC3147DnonsynTGtGAt2219704-9706
ORF1ab/nsp4384C384MC3147MnonsynTGTATG2219704-9706
ORF1ab/nsp4384C384NC3147NnonsynTGtAAt2219704-9706
ORF1ab/nsp4384C384del2C3147del2delTGt--t1119704-9706
ORF1ab/nsp4384C384del1C3147del1delTgt-gt1119704-9706

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp4384C384FtGttTt477477All0.000091
ORF1ab/nsp4384C384FtGttTt314314B.1.4250.94012
ORF1ab/nsp4384C384CtgTtgC250250All0.000048
ORF1ab/nsp4384C384LTGtCTt95100All0.000018
ORF1ab/nsp4384C384LtGTtTA2100All0
ORF1ab/nsp4384C384LtGTtTG2100All0
ORF1ab/nsp4384C384LTGTCTG1100All0
ORF1ab/nsp4384C384delTGT---9494All0.000018
ORF1ab/nsp4384C384CtgTtgC9191AY.1030.000565
ORF1ab/nsp4384C384CtgTtgC6565B.1.1.70.000058
ORF1ab/nsp4384C384LTGtCTt5151AY.920.014651
ORF1ab/nsp4384C384delTGT---4444B.1.1.70.000039
ORF1ab/nsp4384C384FtGttTt3636AY.40.000056
ORF1ab/nsp4384C384CtgTtgC2929B.1.3510.000862
ORF1ab/nsp4384C384STgtAgt1923All0.000004
ORF1ab/nsp4384C384StGttCt423All0.000001
ORF1ab/nsp4384C384YtGttAt2222All0.000004
ORF1ab/nsp4384C384CtgTtgC2020B.1.20.000176
ORF1ab/nsp4384C384FtGttTt1616B.1.1.70.000014
ORF1ab/nsp4384C384FtGttTt1616B.1.6280.005638
ORF1ab/nsp4384C384STgtAgt1212B.1.4290.000282
ORF1ab/nsp4384C384RTgtCgt711All0.000001
ORF1ab/nsp4384C384XtgTtgA511All0.000001
ORF1ab/nsp4384C384XtGTtAA411All0.000001
ORF1ab/nsp4384C384RTgTAgG211All0
ORF1ab/nsp4384C384RTgTAgA211All0
ORF1ab/nsp4384C384XtGTtAG211All0
ORF1ab/nsp4384C384FtGttTt1111B.1.20.000097
ORF1ab/nsp4384C384XtGTtAA4100.222222
ORF1ab/nsp4384C384XtgTtgA4100.222222
ORF1ab/nsp4384C384XtGTtAG2100.111111
ORF1ab/nsp4384C384FtGttTt1010AY.1170.000845
ORF1ab/nsp4384C384GTgtGgt59All0.000001
ORF1ab/nsp4384C384GTgTGgG29All0
ORF1ab/nsp4384C384GTgTGgA29All0
ORF1ab/nsp4384C384FtGttTt99B.1.10.000163
ORF1ab/nsp4384C384LTGtCTt88B.1.360.001167
ORF1ab/nsp4384C384delTGT---77AY.4.50.000752
ORF1ab/nsp4384C384GTgtGgt260.111111
ORF1ab/nsp4384C384VTGTGTA260.111111
ORF1ab/nsp4384C384VTGtGTt260.111111
ORF1ab/nsp4384C384VTGTGTG260.111111
ORF1ab/nsp4384C384GTgTGgG260.111111
ORF1ab/nsp4384C384GTgTGgA260.111111
ORF1ab/nsp4384C384WtgTtgG66All0.000001
ORF1ab/nsp4384C384VTGtGTt26All0
ORF1ab/nsp4384C384VTGTGTG26All0
ORF1ab/nsp4384C384VTGTGTA26All0
ORF1ab/nsp4384C384delTGT---66B.1.1770.000079
ORF1ab/nsp4384C384LTGtCTt66B.1.4270.000303
ORF1ab/nsp4384C384FtGttTt66B.1.617.20.000023
ORF1ab/nsp4384C384ITGtATt35All0.000001
ORF1ab/nsp4384C384ITGTATA25All0
ORF1ab/nsp4384C384FtGttTt55AY.230.000349
ORF1ab/nsp4384C384CtgTtgC55AY.40.000008
ORF1ab/nsp4384C384FtGttTt55B.10.000046
ORF1ab/nsp4384C384LTGtCTt55B.1.1.2220.00102
ORF1ab/nsp4384C384YtGttAt440.222222
ORF1ab/nsp4384C384WtgTtgG440.222222
ORF1ab/nsp4384C384KTGTAAG240.111111
ORF1ab/nsp4384C384RTgTAgG240.111111
ORF1ab/nsp4384C384KTGTAAA240.111111
ORF1ab/nsp4384C384ITGTATA240.111111
ORF1ab/nsp4384C384ITGtATt240.111111
ORF1ab/nsp4384C384ETGTGAA240.111111
ORF1ab/nsp4384C384ETGTGAG240.111111
ORF1ab/nsp4384C384LtGTtTG240.111111
ORF1ab/nsp4384C384LtGTtTA240.111111
ORF1ab/nsp4384C384RTgTAgA240.111111
ORF1ab/nsp4384C384KTGTAAG24All0
ORF1ab/nsp4384C384ETGTGAG24All0
ORF1ab/nsp4384C384KTGTAAA24All0
ORF1ab/nsp4384C384ETGTGAA24All0
ORF1ab/nsp4384C384CtgTtgC44AY.30.00004
ORF1ab/nsp4384C384delTGT---44AY.40.000006
ORF1ab/nsp4384C384CtgTtgC44AY.4.20.000087
ORF1ab/nsp4384C384delTGT---44AY.430.000018
ORF1ab/nsp4384C384CtgTtgC44B.10.000037
ORF1ab/nsp4384C384LTGtCTt44B.1.4290.000094
ORF1ab/nsp4384C384YtGttAt44B.1.617.20.000015
ORF1ab/nsp4384C384FtGttTt330.166667
ORF1ab/nsp4384C384FtGttTt33AY.120.000948
ORF1ab/nsp4384C384YtGttAt33AY.250.000018
ORF1ab/nsp4384C384CtgTtgC33AY.260.000085
ORF1ab/nsp4384C384YtGttAt33AY.40.000005
ORF1ab/nsp4384C384FtGttTt33AY.440.000018
ORF1ab/nsp4384C384FtGttTt33B.1.1.5190.000119
ORF1ab/nsp4384C384LTGtCTt33B.1.20.000026
ORF1ab/nsp4384C384LTGtCTt33B.1.2580.0002
ORF1ab/nsp4384C384FtGttTt33B.1.5640.001278
ORF1ab/nsp4384C384DTGtGAt220.111111
ORF1ab/nsp4384C384MTGTATG220.111111
ORF1ab/nsp4384C384NTGtAAt220.111111
ORF1ab/nsp4384C384STgtAgt220.111111
ORF1ab/nsp4384C384MTGTATG22All0
ORF1ab/nsp4384C384NTGtAAt22All0
ORF1ab/nsp4384C384DTGtGAt22All0
ORF1ab/nsp4384C384CtgTtgC22AY.1020.000053
ORF1ab/nsp4384C384CtgTtgC22AY.1040.003968
ORF1ab/nsp4384C384FtGttTt22AY.200.000078
ORF1ab/nsp4384C384FtGttTt22AY.260.000057
ORF1ab/nsp4384C384FtGttTt22AY.30.00002
ORF1ab/nsp4384C384LTGtCTt22AY.30.00002
ORF1ab/nsp4384C384CtgTtgC22AY.320.001065
ORF1ab/nsp4384C384FtGttTt22AY.39.10.000079
ORF1ab/nsp4384C384FtGttTt22AY.430.000009
ORF1ab/nsp4384C384CtgTtgC22AY.50.000041
ORF1ab/nsp4384C384CtgTtgC22AY.9.10.000167
ORF1ab/nsp4384C384CtgTtgC22AY.91.10.00813
ORF1ab/nsp4384C384RTgtCgt22B.10.000018
ORF1ab/nsp4384C384YtGttAt22B.10.000018
ORF1ab/nsp4384C384StGttCt12B.1.10.000018
ORF1ab/nsp4384C384STgtAgt12B.1.10.000018
ORF1ab/nsp4384C384STgtAgt22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp4384C384LTGtCTt22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp4384C384CtgTtgC22B.1.177.120.000303
ORF1ab/nsp4384C384delTGT---22B.1.177.690.002967
ORF1ab/nsp4384C384FtGttTt22B.1.177.820.000955
ORF1ab/nsp4384C384delTGT---22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp4384C384LTGtCTt22B.1.3510.000059
ORF1ab/nsp4384C384delTGT---22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp4384C384LTGtCTt22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp4384C384LTGtCTt11A.10.000282
ORF1ab/nsp4384C384del1Tgt-gt11All0
ORF1ab/nsp4384C384del2TGt--t11All0
ORF1ab/nsp4384C384FtGttTt11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp4384C384YtGttAt11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp4384C384delTGT---11AY.1060.000335
ORF1ab/nsp4384C384CtgTtgC11AY.1090.00074
ORF1ab/nsp4384C384FtGttTt11AY.1110.000183
ORF1ab/nsp4384C384FtGttTt11AY.1140.000231
ORF1ab/nsp4384C384YtGttAt11AY.1170.000085
ORF1ab/nsp4384C384YtGttAt11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp4384C384YtGttAt11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp4384C384delTGT---11AY.190.00114
ORF1ab/nsp4384C384CtgTtgC11AY.200.000039
ORF1ab/nsp4384C384FtGttTt11AY.220.002092
ORF1ab/nsp4384C384FtGttTt11AY.240.000431
ORF1ab/nsp4384C384CtgTtgC11AY.250.000006
ORF1ab/nsp4384C384LTGtCTt11AY.260.000028
ORF1ab/nsp4384C384RTgtCgt11AY.260.000028
ORF1ab/nsp4384C384YtGttAt11AY.290.000016
ORF1ab/nsp4384C384RTgtCgt11AY.30.00001
ORF1ab/nsp4384C384LTGtCTt11AY.330.000067
ORF1ab/nsp4384C384FtGttTt11AY.340.000097
ORF1ab/nsp4384C384FtGttTt11AY.390.000025
ORF1ab/nsp4384C384YtGttAt11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp4384C384GTgtGgt11AY.40.000002
ORF1ab/nsp4384C384LTGtCTt11AY.40.000002
ORF1ab/nsp4384C384FtGttTt11AY.420.00004
ORF1ab/nsp4384C384CtgTtgC11AY.430.000004
ORF1ab/nsp4384C384LTGtCTt11AY.450.000122
ORF1ab/nsp4384C384FtGttTt11AY.460.000104
ORF1ab/nsp4384C384CtgTtgC11AY.460.000104
ORF1ab/nsp4384C384delTGT---11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp4384C384FtGttTt11AY.470.000031
ORF1ab/nsp4384C384FtGttTt11AY.50.000021
ORF1ab/nsp4384C384StGttCt11AY.590.00053
ORF1ab/nsp4384C384delTGT---11AY.60.000041
ORF1ab/nsp4384C384del2TGt--t11AY.670.000464
ORF1ab/nsp4384C384delTGT---11AY.680.000274
ORF1ab/nsp4384C384delTGT---11AY.90.000068
ORF1ab/nsp4384C384delTGT---11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp4384C384delTGT---11AY.99.10.001553
ORF1ab/nsp4384C384StGttCt11B.10.000009
ORF1ab/nsp4384C384ITGtATt11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp4384C384delTGT---11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp4384C384RTgtCgt11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp4384C384delTGT---11B.1.1.1390.022727
ORF1ab/nsp4384C384delTGT---11B.1.1.2360.006897
ORF1ab/nsp4384C384GTgtGgt11B.1.1.2630.001558
ORF1ab/nsp4384C384FtGttTt11B.1.1.280.000311
ORF1ab/nsp4384C384LTGtCTt11B.1.1.280.000311
ORF1ab/nsp4384C384FtGttTt11B.1.1.3070.002532
ORF1ab/nsp4384C384RTgtCgt11B.1.1.3070.002532
ORF1ab/nsp4384C384CtgTtgC11B.1.1.3110.000358
ORF1ab/nsp4384C384GTgtGgt11B.1.1.3260.001761
ORF1ab/nsp4384C384LTGTCTG11B.1.1.3720.000689
ORF1ab/nsp4384C384WtgTtgG11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp4384C384XtgTtgA11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp4384C384delTGT---11B.1.1.700.000341
ORF1ab/nsp4384C384CtgTtgC11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp4384C384del1Tgt-gt11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp4384C384delTGT---11B.1.177.110.001698
ORF1ab/nsp4384C384FtGttTt11B.1.177.120.000152
ORF1ab/nsp4384C384STgtAgt11B.1.177.160.000664
ORF1ab/nsp4384C384delTGT---11B.1.177.170.000821
ORF1ab/nsp4384C384delTGT---11B.1.177.40.000211
ORF1ab/nsp4384C384delTGT---11B.1.177.550.002331
ORF1ab/nsp4384C384delTGT---11B.1.177.560.000668
ORF1ab/nsp4384C384delTGT---11B.1.177.580.001332
ORF1ab/nsp4384C384delTGT---11B.1.177.760.002494
ORF1ab/nsp4384C384StGttCt11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp4384C384CtgTtgC11B.1.3460.001311
ORF1ab/nsp4384C384FtGttTt11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp4384C384delTGT---11B.1.36.380.001642
ORF1ab/nsp4384C384FtGttTt11B.1.4000.000429
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