CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp4 : CodonNum = 381

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp4381Y381YY3144YsyntaTtaC30630619695-9697
ORF1ab/nsp4381Y381delY3144deldelTAT---10910919695-9697
ORF1ab/nsp4381Y381HY3144HnonsynTatCat8819695-9697
ORF1ab/nsp4381Y381FY3144FnonsyntAttTt7719695-9697
ORF1ab/nsp4381Y381del2Y3144del2delTAt--t7719695-9697
ORF1ab/nsp4381Y381CY3144CnonsyntAttGt7719695-9697
ORF1ab/nsp4381Y381XY3144XnonsyntaTtaA6619695-9697
ORF1ab/nsp4381Y381NY3144NnonsynTatAat430.759695-9697
ORF1ab/nsp4381Y381del1Y3144del1delTat-at420.59695-9697
ORF1ab/nsp4381Y381del1Y3144del1deltAtt-t420.59695-9697
ORF1ab/nsp4381Y381NY3144NnonsynTaTAaC410.259695-9697
ORF1ab/nsp4381Y381LY3144LnonsyntATtTA3319695-9697
ORF1ab/nsp4381Y381DY3144DnonsynTatGat3319695-9697
ORF1ab/nsp4381Y381EY3144EnonsynTaTGaG2219695-9697
ORF1ab/nsp4381Y381SY3144SnonsyntAttCt2219695-9697
ORF1ab/nsp4381Y381AY3144AnonsynTAtGCt1119695-9697

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC306306All0.000059
ORF1ab/nsp4381Y381delTAT---109109All0.000021
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC7373B.1.1.70.000065
ORF1ab/nsp4381Y381delTAT---5151B.1.1.70.000046
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC4848AY.40.000075
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC2121AY.430.000093
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC2020B.1.1801
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC1414B.1.617.20.000053
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC1111AY.30.000109
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC99B.1.1.5190.000357
ORF1ab/nsp4381Y381HTatCat88All0.000002
ORF1ab/nsp4381Y381delTAT---88AY.40.000012
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC88B.10.000073
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC88B.1.1770.000105
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC88B.1.177.860.001468
ORF1ab/nsp4381Y381del2TAt--t77All0.000001
ORF1ab/nsp4381Y381CtAttGt77All0.000001
ORF1ab/nsp4381Y381FtAttTt77All0.000001
ORF1ab/nsp4381Y381delTAT---77AY.4.50.000752
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC77B.1.1600.000218
ORF1ab/nsp4381Y381delTAT---77B.1.1770.000092
ORF1ab/nsp4381Y381XtaTtaA66All0.000001
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC66P.10.000095
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC55AY.1030.000031
ORF1ab/nsp4381Y381NTatAat34All0.000001
ORF1ab/nsp4381Y381del1Tat-at24All0
ORF1ab/nsp4381Y381del1tAtt-t24All0
ORF1ab/nsp4381Y381NTaTAaC14All0
ORF1ab/nsp4381Y381delTAT---44AY.430.000018
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC44AY.470.000124
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC44B.1.4990.004202
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC44B.1.6370.000292
ORF1ab/nsp4381Y381FtAttTt330.166667
ORF1ab/nsp4381Y381LtATtTA330.166667
ORF1ab/nsp4381Y381XtaTtaA330.166667
ORF1ab/nsp4381Y381LtATtTA33All0.000001
ORF1ab/nsp4381Y381DTatGat33All0.000001
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC33AY.340.000291
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC33AY.440.000018
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC33B.1.221.30.0025
ORF1ab/nsp4381Y381ETaTGaG220.111111
ORF1ab/nsp4381Y381StAttCt22All0
ORF1ab/nsp4381Y381ETaTGaG22All0
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC22AY.1020.000053
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC22AY.260.000057
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC22AY.390.000049
ORF1ab/nsp4381Y381FtAttTt22AY.40.000003
ORF1ab/nsp4381Y381CtAttGt22AY.40.000003
ORF1ab/nsp4381Y381delTAT---22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp4381Y381NTaTAaC12B.1.10.000018
ORF1ab/nsp4381Y381NTatAat12B.1.10.000018
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC22B.1.1.3180.000604
ORF1ab/nsp4381Y381CtAttGt22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp4381Y381del1Tat-at22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp4381Y381delTAT---22B.1.177.690.002967
ORF1ab/nsp4381Y381delTAT---22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp4381Y381delTAT---22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp4381Y381CtAttGt22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC22P.1.140.000096
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC11A0.000387
ORF1ab/nsp4381Y381ATAtGCt11All0
ORF1ab/nsp4381Y381StAttCt11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp4381Y381delTAT---11AY.1060.000335
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC11AY.1100.000113
ORF1ab/nsp4381Y381CtAttGt11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC11AY.120.20.001285
ORF1ab/nsp4381Y381delTAT---11AY.190.00114
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC11AY.200.000039
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC11AY.250.000006
ORF1ab/nsp4381Y381del2TAt--t11AY.250.000006
ORF1ab/nsp4381Y381HTatCat11AY.260.000028
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC11AY.270.000065
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC11AY.290.000016
ORF1ab/nsp4381Y381del2TAt--t11AY.30.00001
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC11AY.320.000532
ORF1ab/nsp4381Y381XtaTtaA11AY.40.000002
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC11AY.420.00004
ORF1ab/nsp4381Y381HTatCat11AY.430.000004
ORF1ab/nsp4381Y381delTAT---11AY.440.000006
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC11AY.460.000104
ORF1ab/nsp4381Y381delTAT---11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp4381Y381HTatCat11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC11AY.50.000021
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC11AY.5.40.000277
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC11AY.550.000917
ORF1ab/nsp4381Y381delTAT---11AY.60.000041
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC11AY.610.000105
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC11AY.630.000387
ORF1ab/nsp4381Y381delTAT---11AY.680.000274
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC11AY.710.000475
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC11AY.810.001992
ORF1ab/nsp4381Y381delTAT---11AY.90.000068
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp4381Y381delTAT---11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp4381Y381XtaTtaA11AY.900.000684
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC11AY.980.000079
ORF1ab/nsp4381Y381XtaTtaA11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp4381Y381delTAT---11AY.990.001049
ORF1ab/nsp4381Y381delTAT---11AY.99.10.001553
ORF1ab/nsp4381Y381NTatAat11B.10.000009
ORF1ab/nsp4381Y381del1tAtt-t11B.10.000009
ORF1ab/nsp4381Y381delTAT---11B.10.000009
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp4381Y381delTAT---11B.1.1.1390.022727
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC11B.1.1.1760.000439
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC11B.1.1.2200.001859
ORF1ab/nsp4381Y381delTAT---11B.1.1.2360.006897
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC11B.1.1.3720.000689
ORF1ab/nsp4381Y381del2TAt--t11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp4381Y381DTatGat11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp4381Y381del1tAtt-t11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp4381Y381FtAttTt11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp4381Y381delTAT---11B.1.1.700.000341
ORF1ab/nsp4381Y381FtAttTt11B.1.1390.000733
ORF1ab/nsp4381Y381HTatCat11B.1.160.160.000929
ORF1ab/nsp4381Y381del2TAt--t11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp4381Y381delTAT---11B.1.177.110.001698
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC11B.1.177.120.000152
ORF1ab/nsp4381Y381delTAT---11B.1.177.170.000821
ORF1ab/nsp4381Y381delTAT---11B.1.177.40.000211
ORF1ab/nsp4381Y381delTAT---11B.1.177.550.002331
ORF1ab/nsp4381Y381delTAT---11B.1.177.560.000668
ORF1ab/nsp4381Y381delTAT---11B.1.177.580.001332
ORF1ab/nsp4381Y381delTAT---11B.1.177.760.002494
ORF1ab/nsp4381Y381HTatCat11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp4381Y381del2TAt--t11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp4381Y381del2TAt--t11B.1.2060.000816
ORF1ab/nsp4381Y381HTatCat11B.1.2060.000816
ORF1ab/nsp4381Y381del2TAt--t11B.1.2340.000132
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC11B.1.258.170.000104
ORF1ab/nsp4381Y381DTatGat11B.1.3320.003497
ORF1ab/nsp4381Y381DTatGat11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp4381Y381ATAtGCt11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp4381Y381StAttCt11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp4381Y381delTAT---11B.1.36.380.001642
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC11B.1.4040.001302
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC11B.1.4090.000781
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC11B.1.4800.002488
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC11B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp4381Y381HTatCat11B.1.5320.006211
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC11B.1.5770.000687
ORF1ab/nsp4381Y381HTatCat11B.1.6120.002653
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC11B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp4381Y381NTatAat11B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp4381Y381YtaTtaC11P.1.10.10.00813
ORF1ab/nsp4381Y381delTAT---11Q.10.000126
ORF1ab/nsp4381Y381delTAT---11U.30.003861