CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp4 : CodonNum = 37 & Codon = aTt

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp4	37	T37I	T2800I	nonsyn	aCt	aTt	3810	3810	1	8663-8665

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	3810	3810	All	0.000729
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	956	956	AY.4	0.001488
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	745	745	B.1.1.7	0.000667
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	325	325	B.1.617.2	0.001224
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	163	163	B.1.177.70	0.964497
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	162	162	AY.43	0.000718
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	161	161	B.1.2	0.001418
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	142	142	AY.4.2	0.00308
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	82	82	AY.23	0.005719
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	65	65	B.1.177	0.000856
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	56	56	B.1	0.000513
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	51	51	B.1.525	0.005771
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	48	48	AY.47	0.001493
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	46	46	B.1.460	0.821429
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	42	42	AY.120	0.001562
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	42	42	AY.3	0.000418
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	37	37	AY.44	0.000225
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	34	34	B.1.429	0.0008
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	33	33	AY.103	0.000205
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	30	30	AY.25	0.00018
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	29	29	AY.32	0.015442
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	22	22	B.1.1.70	0.007503
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	22	22	B.1.351	0.000654
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	21	21	AY.5	0.000434
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	20	20	A.2.5	0.00998
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	19	19	AY.117	0.001606
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	19	19	P.1.14	0.000908
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	17	17	B.1.1	0.000308
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	16	16	AY.39	0.000395
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	16	16	P.1	0.000252
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	15	15	B.1.160	0.000468
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	13	13	AY.102	0.000345
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	13	13	AY.29.1	0.002867
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	13	13	AY.75	0.000728
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	13	13	B.1.1.519	0.000516
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	12	12	AY.98.1	0.000581
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	12	12	B.1.526	0.000282
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	11	11	AY.29	0.000174
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	11	11	B.1.1.318	0.003319
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	9	9	B.1.1.434	0.003137
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	8	8	AY.119	0.000282
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	7	7	B.1.517	0.002989
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	6	6	AY.12	0.001896
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	6	6	AY.121	0.000812
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	6	6	AY.26	0.00017
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	6	6	AY.67	0.002786
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	6	6	B.1.177.44	0.003114
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	6	6	B.1.400	0.002574
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	5	5	AY.100	0.00023
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	5	5	AY.111	0.000916
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	5	5	B.1.627	0.010101
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	4	4	A.28	0.010582
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	4	4	AY.118	0.000251
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	4	4	AY.27	0.000259
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	4	4	AY.46	0.000416
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	4	4	AY.61	0.000419
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	4	4	B.1.1.1	0.001307
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	4	4	B.1.1.28	0.001245
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	3	3	AY.33	0.0002
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	3	3	AY.34	0.000291
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	3	3	AY.36	0.000445
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	3	3	AY.42	0.000121
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	3	3	AY.9.1	0.000251
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	3	3	B.1.1.317	0.001235
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	3	3	B.1.1.50	0.002037
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	3	3	B.1.221	0.000213
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	3	3	B.1.234	0.000396
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	3	3	B.1.240	0.000647
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	3	3	B.1.258	0.0002
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	3	3	B.1.311	0.000824
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	3	3	B.1.349	0.002144
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	3	3	B.1.427	0.000151
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	3	3	B.1.588	0.00273
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	3	3	B.1.596	0.000261
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	3	3	B.1.617.1	0.000387
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	3	3	B.1.621	0.000266
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	3	3	C.36.3	0.001702
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	3	3	C.37	0.000348
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	2	2	AY.114	0.000462
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	2	2	AY.20	0.000078
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	2	2	AY.30	0.000791
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	2	2	AY.39.1	0.000079
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	2	2	AY.6	0.000082
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	2	2	AY.98	0.000158
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	2	2	AY.99	0.002099
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.214	0.000111
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.222	0.000408
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.284	0.000215
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.63	0.000772
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	2	2	B.1.177.43	0.002954
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	2	2	B.1.177.57	0.000562
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	2	2	B.1.177.75	0.002081
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	2	2	B.1.177.86	0.000367
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	2	2	B.1.206	0.001631
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	2	2	B.1.279	0.001027
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	2	2	B.1.36	0.000292
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	2	2	B.1.389	0.002004
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	2	2	B.1.396	0.001411
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	2	2	B.1.576	0.001813
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	2	2	C.36.1	0.008299
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	2	2	C.36.2	0.068966
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	2	2	P.2	0.000373
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	AE.8	0.000489
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	AY.106	0.000335
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	AY.11	0.001339
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	AY.113	0.000142
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	AY.16.1	0.00047
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	AY.34.1	0.00051
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	AY.35	0.000233
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	AY.38	0.000499
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	AY.39.2	0.001541
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	AY.4.4	0.000409
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	AY.48	0.000465
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	AY.55	0.000917
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	AY.69	0.000187
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	AY.7	0.000196
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	AY.7.2	0.000559
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	AY.84	0.000437
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	AY.85	0.000427
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.170	0.001247
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.194	0.00495
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.196	0.005714
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.200	0.007463
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.216	0.00089
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.258	0.003257
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.265	0.003155
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.269	0.001353
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.332	0.03125
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.355	0.015385
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.37	0.000193
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.467	0.019231
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.52	0.012195
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	B.1.126	0.001276
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	B.1.160.30	0.002976
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.11	0.001698
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.82	0.000477
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.9	0.001332
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	B.1.195	0.005025
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	B.1.314	0.007519
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	B.1.336	0.002439
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	B.1.351.2	0.000303
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.1	0.00114
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.29	0.000517
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	B.1.456	0.003268
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	B.1.497	0.000315
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	B.1.521	0.004975
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	B.1.527	0.003704
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	B.1.551	0.00129
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	B.1.564	0.000426
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	B.1.575	0.000303
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	B.1.577	0.000687
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	B.1.637	0.000073
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	B.4	0.002208
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	B.61	0.005747
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	N.3	0.005814
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	P.1.15	0.000232
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	Q.8	0.000165
ORF1ab/nsp4	37	T37I	aCt	aTt	1	1	R.1	0.00009

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.