CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp4 : CodonNum = 345

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp4345I345VI3108VnonsynAttGtt5765750.9982649587-9589
ORF1ab/nsp4345I345VI3108VnonsynAtTGtG57610.001736119587-9589
ORF1ab/nsp4345I345delI3108deldelATT---16316319587-9589
ORF1ab/nsp4345I345SI3108SnonsynaTtaGt15315319587-9589
ORF1ab/nsp4345I345TI3108TnonsynaTtaCt14414419587-9589
ORF1ab/nsp4345I345MI3108MnonsynatTatG656519587-9589
ORF1ab/nsp4345I345II3108IsynatTatC50330.669587-9589
ORF1ab/nsp4345I345II3108IsynatTatA50170.349587-9589
ORF1ab/nsp4345I345del1I3108del1delaTta-t1080.89587-9589
ORF1ab/nsp4345I345del1I3108del1delAtt-tt1010.19587-9589
ORF1ab/nsp4345I345del1I3108del1delatTat-1010.19587-9589
ORF1ab/nsp4345I345FI3108FnonsynAttTtt6619587-9589
ORF1ab/nsp4345I345LI3108LnonsynAttCtt5519587-9589
ORF1ab/nsp4345I345RI3108RnonsynaTTaGG4419587-9589
ORF1ab/nsp4345I345GI3108GnonsynATtGGt4419587-9589
ORF1ab/nsp4345I345del2I3108del2delATTG--320.6666679587-9589
ORF1ab/nsp4345I345del2I3108del2delaTTa--310.3333339587-9589
ORF1ab/nsp4345I345NI3108NnonsynaTtaAt2219587-9589
ORF1ab/nsp4345I345KI3108KnonsynaTTaAA1119587-9589

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt575576All0.00011
ORF1ab/nsp4345I345VAtTGtG1576All0
ORF1ab/nsp4345I345delATT---163163All0.000031
ORF1ab/nsp4345I345SaTtaGt153153All0.000029
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt147147Q.40.066849
ORF1ab/nsp4345I345TaTtaCt144144All0.000028
ORF1ab/nsp4345I345SaTtaGt112112B.1.2430.007793
ORF1ab/nsp4345I345delATT---8787B.1.1.70.000078
ORF1ab/nsp4345I345MatTatG6565All0.000012
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt6464B.1.1.70.000057
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt6464B.1.4230.653061
ORF1ab/nsp4345I345IatTatC3350All0.000006
ORF1ab/nsp4345I345IatTatA1750All0.000003
ORF1ab/nsp4345I345MatTatG4747B.1.1600.001466
ORF1ab/nsp4345I345TaTtaCt3636AY.700.007506
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt3232AY.250.000192
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt3131AY.340.003006
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt1919AY.430.000084
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt1919AY.440.000116
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt1818AY.40.000028
ORF1ab/nsp4345I345IatTatA1618B.1.1600.000499
ORF1ab/nsp4345I345IatTatC218B.1.1600.000062
ORF1ab/nsp4345I345delATT---1717B.1.1770.000224
ORF1ab/nsp4345I345TaTtaCt1616AY.440.000097
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt1515AY.1020.000398
ORF1ab/nsp4345I345TaTtaCt1515AY.40.000023
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt1414B.1.617.20.000053
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt1313AY.470.000404
ORF1ab/nsp4345I345TaTtaCt1313B.10.000119
ORF1ab/nsp4345I345TaTtaCt1212B.1.1.70.000011
ORF1ab/nsp4345I345IatTatC1212B.1.1.70.000011
ORF1ab/nsp4345I345del1aTta-t810All0.000002
ORF1ab/nsp4345I345del1atTat-110All0
ORF1ab/nsp4345I345del1Att-tt110All0
ORF1ab/nsp4345I345delATT---1010AY.40.000016
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt1010B.10.000092
ORF1ab/nsp4345I345SaTtaGt99B.1.1.70.000008
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt88AY.99.20.000737
ORF1ab/nsp4345I345SaTtaGt77AY.30.00007
ORF1ab/nsp4345I345delATT---77AY.4.50.000752
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt77Q.80.001154
ORF1ab/nsp4345I345FAttTtt66All0.000001
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt66AY.420.000241
ORF1ab/nsp4345I345delATT---66AY.430.000027
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt66B.1.1.5190.000238
ORF1ab/nsp4345I345LAttCtt55All0.000001
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt55AY.1000.00023
ORF1ab/nsp4345I345TaTtaCt55AY.30.00005
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt55AY.30.00005
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt55AY.330.000334
ORF1ab/nsp4345I345MatTatG55B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp4345I345TaTtaCt55B.1.1770.000066
ORF1ab/nsp4345I345TaTtaCt55B.1.20.000044
ORF1ab/nsp4345I345RaTTaGG440.222222
ORF1ab/nsp4345I345RaTTaGG44All0.000001
ORF1ab/nsp4345I345GATtGGt44All0.000001
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt44AY.1130.00057
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt44AY.390.000099
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt44AY.4.20.000087
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt44B.1.1770.000053
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt44B.1.4970.001259
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt44P.20.000747
ORF1ab/nsp4345I345del2ATTG--23All0
ORF1ab/nsp4345I345del2aTTa--13All0
ORF1ab/nsp4345I345TaTtaCt33AY.1030.000019
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt33AY.1030.000019
ORF1ab/nsp4345I345SaTtaGt33AY.40.000005
ORF1ab/nsp4345I345MatTatG33AY.40.000005
ORF1ab/nsp4345I345IatTatC23AY.40.000003
ORF1ab/nsp4345I345IatTatA13AY.40.000002
ORF1ab/nsp4345I345TaTtaCt33AY.430.000013
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt33B.1.1.4400.035294
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt33B.1.1.5250.016393
ORF1ab/nsp4345I345LAttCtt33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp4345I345delATT---33B.1.177.40.000633
ORF1ab/nsp4345I345del1aTta-t33B.1.20.000026
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt33B.1.2210.000213
ORF1ab/nsp4345I345delATT---33B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt33B.1.6370.000219
ORF1ab/nsp4345I345SaTtaGt33P.10.000047
ORF1ab/nsp4345I345MatTatG33P.10.000047
ORF1ab/nsp4345I345GATtGGt220.111111
ORF1ab/nsp4345I345del2ATTG--220.111111
ORF1ab/nsp4345I345NaTtaAt22All0
ORF1ab/nsp4345I345del1aTta-t22AY.1030.000012
ORF1ab/nsp4345I345SaTtaGt22AY.1180.000125
ORF1ab/nsp4345I345TaTtaCt22AY.1190.000071
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt22AY.230.000139
ORF1ab/nsp4345I345IatTatC22AY.30.00002
ORF1ab/nsp4345I345TaTtaCt22AY.3.10.000171
ORF1ab/nsp4345I345IatTatC22AY.39.10.000079
ORF1ab/nsp4345I345delATT---22AY.440.000012
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt22AY.50.000041
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt22AY.640.00119
ORF1ab/nsp4345I345TaTtaCt22AY.920.000575
ORF1ab/nsp4345I345TaTtaCt22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt22B.1.1.2140.000111
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt22B.1.1.2650.006309
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt22B.1.1.3480.001592
ORF1ab/nsp4345I345IatTatC22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp4345I345delATT---22B.1.177.170.001642
ORF1ab/nsp4345I345delATT---22B.1.177.870.001456
ORF1ab/nsp4345I345delATT---22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp4345I345SaTtaGt22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt22B.1.258.170.000208
ORF1ab/nsp4345I345TaTtaCt22B.1.2980.004228
ORF1ab/nsp4345I345TaTtaCt22B.1.4090.001563
ORF1ab/nsp4345I345del1aTta-t22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp4345I345TaTtaCt22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp4345I345IatTatC22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp4345I345TaTtaCt22B.1.6200.001892
ORF1ab/nsp4345I345TaTtaCt22C.370.000232
ORF1ab/nsp4345I345MatTatG22Q.40.00091
ORF1ab/nsp4345I345delATT---11AD.20.000219
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt11AE.80.000489
ORF1ab/nsp4345I345KaTTaAA11All0
ORF1ab/nsp4345I345MatTatG11AU.10.001266
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt11AY.1090.00074
ORF1ab/nsp4345I345SaTtaGt11AY.1100.000113
ORF1ab/nsp4345I345delATT---11AY.1110.000183
ORF1ab/nsp4345I345TaTtaCt11AY.1170.000085
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp4345I345delATT---11AY.190.00114
ORF1ab/nsp4345I345IatTatC11AY.200.000039
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt11AY.200.000039
ORF1ab/nsp4345I345SaTtaGt11AY.230.00007
ORF1ab/nsp4345I345SaTtaGt11AY.250.000006
ORF1ab/nsp4345I345TaTtaCt11AY.250.000006
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt11AY.260.000028
ORF1ab/nsp4345I345MatTatG11AY.290.000016
ORF1ab/nsp4345I345IatTatC11AY.290.000016
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp4345I345TaTtaCt11AY.300.000396
ORF1ab/nsp4345I345TaTtaCt11AY.320.000532
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt11AY.320.000532
ORF1ab/nsp4345I345FAttTtt11AY.360.000148
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp4345I345IatTatC11AY.420.00004
ORF1ab/nsp4345I345MatTatG11AY.420.00004
ORF1ab/nsp4345I345IatTatC11AY.430.000004
ORF1ab/nsp4345I345MatTatG11AY.440.000006
ORF1ab/nsp4345I345delATT---11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp4345I345NaTtaAt11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp4345I345SaTtaGt11AY.50.000021
ORF1ab/nsp4345I345TaTtaCt11AY.5.40.000277
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt11AY.550.000917
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt11AY.570.000656
ORF1ab/nsp4345I345delATT---11AY.60.000041
ORF1ab/nsp4345I345delATT---11AY.600.000938
ORF1ab/nsp4345I345delATT---11AY.680.000274
ORF1ab/nsp4345I345TaTtaCt11AY.790.001211
ORF1ab/nsp4345I345LAttCtt11AY.840.000437
ORF1ab/nsp4345I345TaTtaCt11AY.840.000437
ORF1ab/nsp4345I345SaTtaGt11AY.850.000427
ORF1ab/nsp4345I345GATtGGt11AY.850.000427
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt11AY.850.000427
ORF1ab/nsp4345I345delATT---11AY.90.000068
ORF1ab/nsp4345I345SaTtaGt11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp4345I345IatTatC11AY.940.000443
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt11AY.980.000079
ORF1ab/nsp4345I345IatTatC11AY.990.001049
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt11AY.990.001049
ORF1ab/nsp4345I345delATT---11AY.99.10.001553
ORF1ab/nsp4345I345del1aTta-t11B.10.000009
ORF1ab/nsp4345I345SaTtaGt11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp4345I345KaTTaAA11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp4345I345GATtGGt11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp4345I345LAttCtt11B.1.1.10.000327
ORF1ab/nsp4345I345del2aTTa--11B.1.1.1390.022727
ORF1ab/nsp4345I345FAttTtt11B.1.1.2940.001266
ORF1ab/nsp4345I345delATT---11B.1.1.3120.001912
ORF1ab/nsp4345I345TaTtaCt11B.1.1.3500.04
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt11B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt11B.1.1.4130.006897
ORF1ab/nsp4345I345SaTtaGt11B.1.1.4480.002033
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt11B.1.1.50.008333
ORF1ab/nsp4345I345delATT---11B.1.1.510.001718
ORF1ab/nsp4345I345del1atTat-11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp4345I345delATT---11B.1.1.700.000341
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt11B.1.160.160.000929
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt11B.1.160.260.002421
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt11B.1.177.150.000631
ORF1ab/nsp4345I345delATT---11B.1.177.160.000664
ORF1ab/nsp4345I345delATT---11B.1.177.180.00116
ORF1ab/nsp4345I345delATT---11B.1.177.190.001431
ORF1ab/nsp4345I345delATT---11B.1.177.560.000668
ORF1ab/nsp4345I345delATT---11B.1.177.690.001484
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt11B.1.177.70.000165
ORF1ab/nsp4345I345delATT---11B.1.177.760.002494
ORF1ab/nsp4345I345TaTtaCt11B.1.177.860.000183
ORF1ab/nsp4345I345IatTatC11B.1.1890.004292
ORF1ab/nsp4345I345FAttTtt11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp4345I345SaTtaGt11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp4345I345SaTtaGt11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt11B.1.2980.002114
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt11B.1.3140.007519
ORF1ab/nsp4345I345SaTtaGt11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp4345I345SaTtaGt11B.1.360.000146
ORF1ab/nsp4345I345IatTatC11B.1.36.160.001425
ORF1ab/nsp4345I345IatTatC11B.1.36.350.002604
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt11B.1.3700.008
ORF1ab/nsp4345I345TaTtaCt11B.1.5250.000113
ORF1ab/nsp4345I345FAttTtt11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp4345I345del1Att-tt11B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp4345I345FAttTtt11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp4345I345MatTatG11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt11B.1.6230.000536
ORF1ab/nsp4345I345TaTtaCt11B.1.6280.000352
ORF1ab/nsp4345I345SaTtaGt11B.1.6370.000073
ORF1ab/nsp4345I345delATT---11B.150.017544
ORF1ab/nsp4345I345delATT---11B.550.00295
ORF1ab/nsp4345I345delATT---11C.170.055556
ORF1ab/nsp4345I345VAtTGtG11C.350.000774
ORF1ab/nsp4345I345SaTtaGt11C.370.000116
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt11C.370.000116
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt11C.37.10.002618
ORF1ab/nsp4345I345SaTtaGt11D.20.000075
ORF1ab/nsp4345I345TaTtaCt11D.20.000075
ORF1ab/nsp4345I345TaTtaCt11P.10.000016
ORF1ab/nsp4345I345FAttTtt11P.1.10.000318
ORF1ab/nsp4345I345VAttGtt11P.1.170.000162
ORF1ab/nsp4345I345NaTtaAt11P.1.20.001156
ORF1ab/nsp4345I345delATT---11Q.10.000126