CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp4 : CodonNum = 344

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp4344V344IV3107InonsynGttAtt51851819584-9586
ORF1ab/nsp4344V344FV3107FnonsynGttTtt30230219584-9586
ORF1ab/nsp4344V344VV3107VsyngtTgtC2231080.4843059584-9586
ORF1ab/nsp4344V344VV3107VsyngtTgtG223750.3363239584-9586
ORF1ab/nsp4344V344VV3107VsyngtTgtA223400.1793729584-9586
ORF1ab/nsp4344V344AV3107AnonsyngTtgCt16316319584-9586
ORF1ab/nsp4344V344delV3107deldelGTT---16116119584-9586
ORF1ab/nsp4344V344GV3107GnonsyngTtgGt10710719584-9586
ORF1ab/nsp4344V344LV3107LnonsynGttCtt870.8759584-9586
ORF1ab/nsp4344V344del1V3107del1delgTtg-t840.59584-9586
ORF1ab/nsp4344V344del1V3107del1delGtt-tt830.3759584-9586
ORF1ab/nsp4344V344LV3107LnonsynGtTTtG810.1259584-9586
ORF1ab/nsp4344V344del1V3107del1delgtTgt-810.1259584-9586
ORF1ab/nsp4344V344SV3107SnonsynGTtAGt3319584-9586
ORF1ab/nsp4344V344del2V3107del2delGTt--t320.6666679584-9586
ORF1ab/nsp4344V344del2V3107del2delgTTg--310.3333339584-9586
ORF1ab/nsp4344V344DV3107DnonsyngTtgAt1119584-9586
ORF1ab/nsp4344V344TV3107TnonsynGTTACC1119584-9586

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt518518All0.000099
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt302302All0.000058
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC108223All0.000021
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtG75223All0.000014
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtA40223All0.000008
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt163163All0.000031
ORF1ab/nsp4344V344delGTT---161161All0.000031
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt119119AY.440.000724
ORF1ab/nsp4344V344GgTtgGt107107All0.00002
ORF1ab/nsp4344V344GgTtgGt9393B.1.5910.989362
ORF1ab/nsp4344V344delGTT---8686B.1.1.70.000077
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt8383AY.40.000129
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt6363B.1.1.5190.002502
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt4747AY.440.000286
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt4747AY.690.008774
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt4646B.1.1.70.000041
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC3746B.1.1.70.000033
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtA746B.1.1.70.000006
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtG246B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt3939B.1.1.70.000035
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt3939B.1.617.20.000147
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt3737B.1.20.000326
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtG3135AY.40.000048
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC435AY.40.000006
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt3030B.1.20.000264
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt2323B.1.10.000417
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtG2222AY.4.50.002365
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt2121B.1.177.40.004432
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt1717B.1.1.70.000015
ORF1ab/nsp4344V344delGTT---1717B.1.1770.000224
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt1616AY.1030.000099
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC1314AY.390.000321
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtA114AY.390.000025
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC1414AY.440.000085
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt1313AY.40.00002
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt1212AY.250.000072
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt1212AY.60.000494
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt1111AY.430.000049
ORF1ab/nsp4344V344delGTT---1010AY.40.000016
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt1010AY.420.000402
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt99AY.1030.000056
ORF1ab/nsp4344V344LGttCtt78All0.000001
ORF1ab/nsp4344V344del1gTtg-t48All0.000001
ORF1ab/nsp4344V344del1Gtt-tt38All0.000001
ORF1ab/nsp4344V344del1gtTgt-18All0
ORF1ab/nsp4344V344LGtTTtG18All0
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt88AY.1050.005145
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt88AY.470.000249
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt88B.1.617.20.00003
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt88P.10.000126
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt88P.10.000126
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt88P.1.120.003872
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt77AD.20.001533
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt77AU.20.016949
ORF1ab/nsp4344V344delGTT---77AY.4.50.000752
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt77B.1.1.2160.006233
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt66AY.230.000418
ORF1ab/nsp4344V344delGTT---66AY.430.000027
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt66B.10.000055
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt66B.10.000055
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt66B.1.1.3170.00247
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtA56B.1.1600.000156
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC16B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt66B.1.617.20.000023
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt55AY.1020.000133
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt55AY.1210.000677
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt55AY.200.000194
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt55AY.30.00005
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt55AY.40.000008
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC35AY.430.000013
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtA25AY.430.000009
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtG55AY.90.000338
ORF1ab/nsp4344V344GgTtgGt55B.10.000046
ORF1ab/nsp4344V344GgTtgGt55B.1.5950.001305
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt55Q.80.000825
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtA440.222222
ORF1ab/nsp4344V344del1gTtg-t440.222222
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt44AY.290.000063
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt44AY.470.000124
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtG44AY.80.002424
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt44B.1.10.000073
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC24B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtA24B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp4344V344SGTtAGt33All0.000001
ORF1ab/nsp4344V344del2GTt--t23All0
ORF1ab/nsp4344V344del2gTTg--13All0
ORF1ab/nsp4344V344LGttCtt33AY.1030.000019
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt33AY.1050.001929
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt33AY.1170.000254
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt33AY.1190.000106
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt33AY.430.000013
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt33AY.46.40.000494
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC33AY.60.000123
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtA23B.1.10.000036
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC13B.1.10.000018
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC33B.1.177.150.001893
ORF1ab/nsp4344V344delGTT---33B.1.177.40.000633
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtG23B.1.20.000018
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC13B.1.20.000009
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt33B.1.3980.008929
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt33B.1.4270.000151
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt33B.1.4290.000071
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt33B.1.5750.00091
ORF1ab/nsp4344V344delGTT---33B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC33P.1.17.10.002625
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt22AY.1160.000574
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC22AY.1180.000125
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtG22AY.1200.000074
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt22AY.200.000078
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt22AY.250.000012
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt22AY.390.000049
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt22AY.4.20.000043
ORF1ab/nsp4344V344delGTT---22AY.440.000012
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt22AY.450.000243
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt22AY.50.000041
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtG22AY.580.001815
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt22AY.700.000417
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt22AY.90.000135
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC12AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtA12AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC22AY.99.20.000184
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC12B.10.000009
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtA12B.10.000009
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt22B.1.1.1130.013986
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt22B.1.1.5190.000079
ORF1ab/nsp4344V344del1Gtt-tt22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp4344V344LGttCtt12B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp4344V344LGtTTtG12B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtA22B.1.1570.00597
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp4344V344delGTT---22B.1.177.170.001642
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtA22B.1.177.230.006472
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt22B.1.177.40.000422
ORF1ab/nsp4344V344delGTT---22B.1.177.870.001456
ORF1ab/nsp4344V344GgTtgGt22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp4344V344delGTT---22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtA22B.1.2580.000133
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt22B.1.3510.000059
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt22B.1.3510.000059
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt22B.1.36.290.001035
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt22B.1.4990.002101
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtG12B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC12B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt22B.1.6190.001742
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtA12D.20.000075
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtG12D.20.000075
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt22P.10.000032
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt110.055556
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt11A.270.001656
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt11A.30.002096
ORF1ab/nsp4344V344delGTT---11AD.20.000219
ORF1ab/nsp4344V344TGTTACC11All0
ORF1ab/nsp4344V344DgTtgAt11All0
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC11AT.10.005128
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt11AY.1040.001984
ORF1ab/nsp4344V344delGTT---11AY.1110.000183
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt11AY.116.10.000311
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt11AY.120.000316
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt11AY.140.000088
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt11AY.160.00038
ORF1ab/nsp4344V344delGTT---11AY.190.00114
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt11AY.200.000039
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC11AY.200.000039
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC11AY.230.00007
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt11AY.23.10.000417
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt11AY.250.000006
ORF1ab/nsp4344V344del2GTt--t11AY.260.000028
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt11AY.300.000396
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt11AY.350.000233
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp4344V344GgTtgGt11AY.40.000002
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC11AY.4.2.10.000149
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt11AY.400.000964
ORF1ab/nsp4344V344del1Gtt-tt11AY.440.000006
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt11AY.440.000006
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt11AY.460.000104
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt11AY.460.000104
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt11AY.460.000104
ORF1ab/nsp4344V344delGTT---11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt11AY.46.40.000165
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt11AY.470.000031
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt11AY.50.000021
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt11AY.50.000021
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt11AY.5.30.000337
ORF1ab/nsp4344V344delGTT---11AY.60.000041
ORF1ab/nsp4344V344delGTT---11AY.600.000938
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt11AY.620.000436
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt11AY.640.000595
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt11AY.650.000533
ORF1ab/nsp4344V344delGTT---11AY.680.000274
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt11AY.700.000209
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt11AY.730.000665
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtG11AY.870.000833
ORF1ab/nsp4344V344delGTT---11AY.90.000068
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt11AY.930.000273
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt11AY.930.000273
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC11AY.990.001049
ORF1ab/nsp4344V344TGTTACC11AY.990.001049
ORF1ab/nsp4344V344delGTT---11AY.99.10.001553
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt11AY.99.20.000092
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt11AY.99.20.000092
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.