CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp4 : CodonNum = 344

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp4344V344IV3107InonsynGttAtt51851819584-9586
ORF1ab/nsp4344V344FV3107FnonsynGttTtt30230219584-9586
ORF1ab/nsp4344V344VV3107VsyngtTgtC2231080.4843059584-9586
ORF1ab/nsp4344V344VV3107VsyngtTgtG223750.3363239584-9586
ORF1ab/nsp4344V344VV3107VsyngtTgtA223400.1793729584-9586
ORF1ab/nsp4344V344AV3107AnonsyngTtgCt16316319584-9586
ORF1ab/nsp4344V344delV3107deldelGTT---16116119584-9586
ORF1ab/nsp4344V344GV3107GnonsyngTtgGt10710719584-9586
ORF1ab/nsp4344V344LV3107LnonsynGttCtt870.8759584-9586
ORF1ab/nsp4344V344del1V3107del1delgTtg-t840.59584-9586
ORF1ab/nsp4344V344del1V3107del1delGtt-tt830.3759584-9586
ORF1ab/nsp4344V344LV3107LnonsynGtTTtG810.1259584-9586
ORF1ab/nsp4344V344del1V3107del1delgtTgt-810.1259584-9586
ORF1ab/nsp4344V344SV3107SnonsynGTtAGt3319584-9586
ORF1ab/nsp4344V344del2V3107del2delGTt--t320.6666679584-9586
ORF1ab/nsp4344V344del2V3107del2delgTTg--310.3333339584-9586
ORF1ab/nsp4344V344DV3107DnonsyngTtgAt1119584-9586
ORF1ab/nsp4344V344TV3107TnonsynGTTACC1119584-9586

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt518518All0.000099
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt302302All0.000058
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC108223All0.000021
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtG75223All0.000014
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtA40223All0.000008
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt163163All0.000031
ORF1ab/nsp4344V344delGTT---161161All0.000031
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt119119AY.440.000724
ORF1ab/nsp4344V344GgTtgGt107107All0.00002
ORF1ab/nsp4344V344GgTtgGt9393B.1.5910.989362
ORF1ab/nsp4344V344delGTT---8686B.1.1.70.000077
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt8383AY.40.000129
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt6363B.1.1.5190.002502
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt4747AY.440.000286
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt4747AY.690.008774
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt4646B.1.1.70.000041
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC3746B.1.1.70.000033
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtA746B.1.1.70.000006
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtG246B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt3939B.1.1.70.000035
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt3939B.1.617.20.000147
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt3737B.1.20.000326
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtG3135AY.40.000048
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC435AY.40.000006
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt3030B.1.20.000264
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt2323B.1.10.000417
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtG2222AY.4.50.002365
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt2121B.1.177.40.004432
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt1717B.1.1.70.000015
ORF1ab/nsp4344V344delGTT---1717B.1.1770.000224
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt1616AY.1030.000099
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC1314AY.390.000321
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtA114AY.390.000025
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC1414AY.440.000085
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt1313AY.40.00002
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt1212AY.250.000072
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt1212AY.60.000494
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt1111AY.430.000049
ORF1ab/nsp4344V344delGTT---1010AY.40.000016
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt1010AY.420.000402
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt99AY.1030.000056
ORF1ab/nsp4344V344LGttCtt78All0.000001
ORF1ab/nsp4344V344del1gTtg-t48All0.000001
ORF1ab/nsp4344V344del1Gtt-tt38All0.000001
ORF1ab/nsp4344V344del1gtTgt-18All0
ORF1ab/nsp4344V344LGtTTtG18All0
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt88AY.1050.005145
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt88AY.470.000249
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt88B.1.617.20.00003
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt88P.10.000126
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt88P.10.000126
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt88P.1.120.003872
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt77AD.20.001533
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt77AU.20.016949
ORF1ab/nsp4344V344delGTT---77AY.4.50.000752
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt77B.1.1.2160.006233
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt66AY.230.000418
ORF1ab/nsp4344V344delGTT---66AY.430.000027
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt66B.10.000055
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt66B.10.000055
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt66B.1.1.3170.00247
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtA56B.1.1600.000156
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC16B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt66B.1.617.20.000023
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt55AY.1020.000133
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt55AY.1210.000677
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt55AY.200.000194
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt55AY.30.00005
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt55AY.40.000008
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC35AY.430.000013
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtA25AY.430.000009
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtG55AY.90.000338
ORF1ab/nsp4344V344GgTtgGt55B.10.000046
ORF1ab/nsp4344V344GgTtgGt55B.1.5950.001305
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt55Q.80.000825
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtA440.222222
ORF1ab/nsp4344V344del1gTtg-t440.222222
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt44AY.290.000063
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt44AY.470.000124
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtG44AY.80.002424
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt44B.1.10.000073
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC24B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtA24B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp4344V344SGTtAGt33All0.000001
ORF1ab/nsp4344V344del2GTt--t23All0
ORF1ab/nsp4344V344del2gTTg--13All0
ORF1ab/nsp4344V344LGttCtt33AY.1030.000019
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt33AY.1050.001929
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt33AY.1170.000254
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt33AY.1190.000106
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt33AY.430.000013
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt33AY.46.40.000494
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC33AY.60.000123
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtA23B.1.10.000036
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC13B.1.10.000018
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC33B.1.177.150.001893
ORF1ab/nsp4344V344delGTT---33B.1.177.40.000633
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtG23B.1.20.000018
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC13B.1.20.000009
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt33B.1.3980.008929
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt33B.1.4270.000151
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt33B.1.4290.000071
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt33B.1.5750.00091
ORF1ab/nsp4344V344delGTT---33B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC33P.1.17.10.002625
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt22AY.1160.000574
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC22AY.1180.000125
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtG22AY.1200.000074
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt22AY.200.000078
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt22AY.250.000012
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt22AY.390.000049
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt22AY.4.20.000043
ORF1ab/nsp4344V344delGTT---22AY.440.000012
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt22AY.450.000243
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt22AY.50.000041
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtG22AY.580.001815
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt22AY.700.000417
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt22AY.90.000135
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC12AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtA12AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC22AY.99.20.000184
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC12B.10.000009
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtA12B.10.000009
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt22B.1.1.1130.013986
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt22B.1.1.5190.000079
ORF1ab/nsp4344V344del1Gtt-tt22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp4344V344LGttCtt12B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp4344V344LGtTTtG12B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtA22B.1.1570.00597
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp4344V344delGTT---22B.1.177.170.001642
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtA22B.1.177.230.006472
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt22B.1.177.40.000422
ORF1ab/nsp4344V344delGTT---22B.1.177.870.001456
ORF1ab/nsp4344V344GgTtgGt22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp4344V344delGTT---22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtA22B.1.2580.000133
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt22B.1.3510.000059
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt22B.1.3510.000059
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt22B.1.36.290.001035
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt22B.1.4990.002101
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtG12B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC12B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt22B.1.6190.001742
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtA12D.20.000075
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtG12D.20.000075
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt22P.10.000032
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt110.055556
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt11A.270.001656
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt11A.30.002096
ORF1ab/nsp4344V344delGTT---11AD.20.000219
ORF1ab/nsp4344V344TGTTACC11All0
ORF1ab/nsp4344V344DgTtgAt11All0
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC11AT.10.005128
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt11AY.1040.001984
ORF1ab/nsp4344V344delGTT---11AY.1110.000183
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt11AY.116.10.000311
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt11AY.120.000316
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt11AY.140.000088
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt11AY.160.00038
ORF1ab/nsp4344V344delGTT---11AY.190.00114
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt11AY.200.000039
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC11AY.200.000039
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC11AY.230.00007
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt11AY.23.10.000417
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt11AY.250.000006
ORF1ab/nsp4344V344del2GTt--t11AY.260.000028
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt11AY.300.000396
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt11AY.350.000233
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp4344V344GgTtgGt11AY.40.000002
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC11AY.4.2.10.000149
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt11AY.400.000964
ORF1ab/nsp4344V344del1Gtt-tt11AY.440.000006
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt11AY.440.000006
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt11AY.460.000104
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt11AY.460.000104
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt11AY.460.000104
ORF1ab/nsp4344V344delGTT---11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt11AY.46.40.000165
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt11AY.470.000031
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt11AY.50.000021
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt11AY.50.000021
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt11AY.5.30.000337
ORF1ab/nsp4344V344delGTT---11AY.60.000041
ORF1ab/nsp4344V344delGTT---11AY.600.000938
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt11AY.620.000436
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt11AY.640.000595
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt11AY.650.000533
ORF1ab/nsp4344V344delGTT---11AY.680.000274
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt11AY.700.000209
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt11AY.730.000665
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtG11AY.870.000833
ORF1ab/nsp4344V344delGTT---11AY.90.000068
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp4344V344IGttAtt11AY.930.000273
ORF1ab/nsp4344V344AgTtgCt11AY.930.000273
ORF1ab/nsp4344V344VgtTgtC11AY.990.001049
ORF1ab/nsp4344V344TGTTACC11AY.990.001049
ORF1ab/nsp4344V344delGTT---11AY.99.10.001553
ORF1ab/nsp4344V344FGttTtt11AY.99.20.000092
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