CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp4 : CodonNum = 335

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp4335Y335YY3098YsyntaCtaT572935729319557-9559
ORF1ab/nsp4335Y335delY3098deldelTAC---36336319557-9559
ORF1ab/nsp4335Y335HY3098HnonsynTacCac454519557-9559
ORF1ab/nsp4335Y335FY3098FnonsyntActTc28240.8571439557-9559
ORF1ab/nsp4335Y335FY3098FnonsyntACtTT2840.1428579557-9559
ORF1ab/nsp4335Y335del1Y3098del1deltaCta-940.4444449557-9559
ORF1ab/nsp4335Y335del1Y3098del1delTac-ac940.4444449557-9559
ORF1ab/nsp4335Y335del1Y3098del1deltAct-c910.1111119557-9559
ORF1ab/nsp4335Y335CY3098CnonsyntActGc860.759557-9559
ORF1ab/nsp4335Y335CY3098CnonsyntACtGT820.259557-9559
ORF1ab/nsp4335Y335XY3098XnonsyntaCtaA640.6666679557-9559
ORF1ab/nsp4335Y335XY3098XnonsyntaCtaG620.3333339557-9559
ORF1ab/nsp4335Y335LY3098LnonsyntACtTA430.759557-9559
ORF1ab/nsp4335Y335LY3098LnonsynTACCTT410.259557-9559
ORF1ab/nsp4335Y335del2Y3098del2delTAc--c3319557-9559
ORF1ab/nsp4335Y335KY3098KnonsynTaCAaG3319557-9559
ORF1ab/nsp4335Y335SY3098SnonsyntActCc2219557-9559
ORF1ab/nsp4335Y335DY3098DnonsynTacGac2219557-9559
ORF1ab/nsp4335Y335NY3098NnonsynTaCAaT210.59557-9559
ORF1ab/nsp4335Y335NY3098NnonsynTacAac210.59557-9559
ORF1ab/nsp4335Y335QY3098QnonsynTaCCaG1119557-9559

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT5729357293All0.010958
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT2524325243B.1.617.20.09505
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT2116521165AY.1000.97373
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT19371937AY.1010.949975
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT15231523B.1.1.70.001363
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT826826AY.40.001286
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT482482AY.440.002934
ORF1ab/nsp4335Y335delTAC---363363All0.000069
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT363363AY.1020.009625
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT287287AY.1170.024256
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT263263AY.430.001165
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT258258AY.250.001552
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT258258AY.390.006376
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT233233AY.1030.001447
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT174174AY.50.003593
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT163163AY.370.051517
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT153153AY.980.012086
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT142142P.10.002237
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT125125B.10.001145
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT122122AY.840.053368
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT115115B.1.20.001013
ORF1ab/nsp4335Y335delTAC---113113B.1.1.70.000101
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT109109AY.860.090456
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT9797AY.920.027866
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT8585AY.1180.005325
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT8383AY.1130.011818
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT8383B.1.6370.006065
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT8181AY.1160.023229
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT8181AY.420.003259
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT8080B.1.617.10.010317
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT6666AY.30.000656
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT6060B.1.1770.00079
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT6060B.1.4270.00303
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT5959AY.1110.010806
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT5757AY.200.002215
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT5757B.1.10.001034
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT5555B.1.2340.007257
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT5050AY.5.30.016869
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT4747B.1.1.2220.009588
ORF1ab/nsp4335Y335HTacCac4545All0.000009
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT4242B.1.177.150.026498
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT4141B.1.1600.001279
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT4040AY.1060.013396
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT4040B.1.1.2140.002218
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT3939AY.690.00728
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT3838AY.460.003955
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT3838B.1.1.2280.115854
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT3838B.1.1.3110.01361
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT3838B.1.5260.000893
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT3737AY.990.038825
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT3737B.1.1.2840.003974
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT3636AY.130.005795
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT3636AY.260.001019
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT3636AY.290.000568
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT3535AY.900.023956
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT3434AY.98.10.001647
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT3232B0.00409
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT3131AY.1190.001095
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT3030B.1.2580.001996
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT2929AY.1200.001078
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT2929AY.790.035109
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT2929B.1.4290.000682
ORF1ab/nsp4335Y335FtActTc2428All0.000005
ORF1ab/nsp4335Y335FtACtTT428All0.000001
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT2828AY.230.001953
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT2626AY.190.029647
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT2626AY.780.040062
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT2525B.1.1.3180.007544
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT2525B.1.1.5190.000993
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT2424AY.360.003557
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT2424B.1.1.2510.190476
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT2424B.1.5950.006263
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT2323AY.4.20.000499
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT2323AY.450.002799
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT2323B.1.1.3160.021277
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT2222AD.20.004817
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT2222AY.930.006008
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT2121AY.770.023675
ORF1ab/nsp4335Y335delTAC---2121B.1.1.280.006536
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT2121C.160.022269
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT2020AY.1100.002254
ORF1ab/nsp4335Y335delTAC---2020B.1.10.000363
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT2020B.1.3990.038685
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT1919AY.330.001269
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT1919AY.410.005585
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT1919AY.550.017431
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT1919AY.880.016799
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT1919C.370.002205
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT1818B.1.160.150.089109
ORF1ab/nsp4335Y335delTAC---1818B.1.1770.000237
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT1717AY.1050.010932
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT1717AY.620.007407
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT1717AY.950.012938
ORF1ab/nsp4335Y335delTAC---1616AY.40.000025
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT1616AY.670.007428
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT1616AY.7.10.001803
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT1616B.1.3510.000476
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT1616B.1.5170.006832
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT1515AY.1080.016538
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT1515AY.470.000467
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT1515B.1.36.190.138889
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT1515Q.10.001895
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT1414AY.39.10.000555
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT1414AY.810.027888
ORF1ab/nsp4335Y335delTAC---1414B.1.617.20.000053
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT1313AY.350.00303
ORF1ab/nsp4335Y335delTAC---1212AY.250.000072
ORF1ab/nsp4335Y335delTAC---1212AY.4.50.00129
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT1212AY.46.20.007624
ORF1ab/nsp4335Y335FtActTc912B.10.000082
ORF1ab/nsp4335Y335FtACtTT312B.10.000027
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT1212B.1.36.160.017094
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT1212Q.80.001979
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT1111AY.1040.021825
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT1111AY.1140.002542
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT1111AY.480.005116
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT1111AY.5.40.003044
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT1111AY.610.001153
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT1111AY.850.004699
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT1111B.1.177.830.016296
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT1111P.20.002053
ORF1ab/nsp4335Y335HTacCac1010AY.1110.001832
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT1010AY.160.003797
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT1010AY.210.018975
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT1010AY.320.005325
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT1010B.1.1.3690.004462
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT1010B.1.3690.002852
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT1010B.1.5750.003034
ORF1ab/nsp4335Y335del1Tac-ac49All0.000001
ORF1ab/nsp4335Y335del1taCta-49All0.000001
ORF1ab/nsp4335Y335del1tAct-c19All0
ORF1ab/nsp4335Y335delTAC---99AY.1030.000056
ORF1ab/nsp4335Y335delTAC---99AY.430.00004
ORF1ab/nsp4335Y335delTAC---99AY.440.000055
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT99AY.540.000858
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT99B.1.1.3040.025281
ORF1ab/nsp4335Y335delTAC---99B.1.1.330.003788
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT99B.1.1.4340.003137
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT99B.1.2210.000639
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT99B.1.2430.000626
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT99B.1.2650.011436
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT99R.10.00081
ORF1ab/nsp4335Y335CtActGc68All0.000001
ORF1ab/nsp4335Y335CtACtGT28All0
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT88B.1.1.500.005431
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT88B.1.466.20.00313
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT77AY.1090.005178
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT77AY.116.10.00218
ORF1ab/nsp4335Y335delTAC---77AY.30.00007
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT77AY.34.10.00357
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT77AY.4.50.000752
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT77AY.590.003708
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT77AY.830.012069
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT77AY.870.005828
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT77B.1.177.120.001062
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT77B.1.2790.003595
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT77B.1.3780.047945
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT77P.1.120.003388
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT77P.1.150.001626
ORF1ab/nsp4335Y335XtaCtaA46All0.000001
ORF1ab/nsp4335Y335XtaCtaG26All0
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT66AY.1070.002796
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT66AY.340.000582
ORF1ab/nsp4335Y335delTAC---66AY.390.000148
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT66AY.46.60.000433
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT66AY.730.003992
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT66AY.90.000406
ORF1ab/nsp4335Y335HTacCac66AY.980.000474
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT66B.1.1.2050.022305
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT66B.1.1.2160.005343
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT66B.1.1.3890.036364
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT66B.1.177.600.001311
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT66B.1.258.170.000624
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT66B.1.6210.000531
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT66B.1.6280.002114
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT66P.1.140.000287
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT55AY.46.10.005133
ORF1ab/nsp4335Y335delTAC---55AY.470.000156
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT55AY.60.000206
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT55AY.750.00028
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT55AY.9.20.000184
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT55AY.910.003652
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT55B.1.1.1860.017182
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT55B.1.177.40.001055
ORF1ab/nsp4335Y335delTAC---55B.1.20.000044
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT55B.1.3110.001373
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT55B.1.5250.000566
ORF1ab/nsp4335Y335HTacCac55B.1.617.20.000019
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT55B.1.6260.028571
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT44A.2.50.001996
ORF1ab/nsp4335Y335LtACtTA34All0.000001
ORF1ab/nsp4335Y335LTACCTT14All0
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT44AY.120.2.10.001993
ORF1ab/nsp4335Y335YtaCtaT44AY.1210.000541
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