CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp4 : CodonNum = 329

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp4329L329LL3092LsynctCctT275326320.9560489539-9541
ORF1ab/nsp4329L329LL3092LsynctCctA2753960.0348719539-9541
ORF1ab/nsp4329L329LL3092LsynctCctG2753250.0090819539-9541
ORF1ab/nsp4329L329delL3092deldelCTC---23623619539-9541
ORF1ab/nsp4329L329FL3092FnonsynCtcTtc11411419539-9541
ORF1ab/nsp4329L329IL3092InonsynCtcAtc19170.8947379539-9541
ORF1ab/nsp4329L329IL3092InonsynCtCAtT1920.1052639539-9541
ORF1ab/nsp4329L329PL3092PnonsyncTccCc540.89539-9541
ORF1ab/nsp4329L329PL3092PnonsyncTCcCT510.29539-9541
ORF1ab/nsp4329L329HL3092HnonsyncTccAc4419539-9541
ORF1ab/nsp4329L329del1L3092del1delctCct-2219539-9541
ORF1ab/nsp4329L329CL3092CnonsynCTcTGc2219539-9541
ORF1ab/nsp4329L329RL3092RnonsyncTccGc2219539-9541
ORF1ab/nsp4329L329del2L3092del2delcTCc--2219539-9541
ORF1ab/nsp4329L329AL3092AnonsynCTcGCc1119539-9541
ORF1ab/nsp4329L329VL3092VnonsynCtcGtc1119539-9541
ORF1ab/nsp4329L329SL3092SnonsynCTCTCT1119539-9541
ORF1ab/nsp4329L329QL3092QnonsyncTCcAG1119539-9541

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT26322753All0.000503
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA962753All0.000018
ORF1ab/nsp4329L329LctCctG252753All0.000005
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT784791B.1.1.70.000702
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA6791B.1.1.70.000005
ORF1ab/nsp4329L329LctCctG1791B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT336352AY.440.002045
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA16352AY.440.000097
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---236236All0.000045
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT182182B.1.177.850.98913
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT153153B.1.36.180.064286
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT134140AY.40.000209
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA6140AY.40.000009
ORF1ab/nsp4329L329FCtcTtc114114All0.000022
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---110110B.1.1.70.000098
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT105105B.1.1770.001383
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT101101B.1.1.3800.990196
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT6676B.1.617.20.000249
ORF1ab/nsp4329L329LctCctG776B.1.617.20.000026
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA376B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT7171AY.250.000427
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA3467B.1.4290.0008
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT3367B.1.4290.000776
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT5353AY.470.001649
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT4953B.1.10.000889
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA253B.1.10.000036
ORF1ab/nsp4329L329LctCctG253B.1.10.000036
ORF1ab/nsp4329L329FCtcTtc5353B.1.3510.001576
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT5051AY.1030.00031
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA151AY.1030.000006
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT3943B.10.000357
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA343B.10.000027
ORF1ab/nsp4329L329LctCctG143B.10.000009
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT4141AZ.50.14386
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT3031AY.430.000133
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA131AY.430.000004
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT2727B.1.1.5190.001072
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT2020AY.540.001907
ORF1ab/nsp4329L329ICtcAtc1719All0.000003
ORF1ab/nsp4329L329ICtCAtT219All0
ORF1ab/nsp4329L329FCtcTtc1919B.1.1.70.000017
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT1818AY.1020.000477
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---1717AY.40.000026
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---1717B.1.1770.000224
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT1517B.1.20.000132
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA217B.1.20.000018
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT1616P.20.002986
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT1114AY.390.000272
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA314AY.390.000074
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT1414P.10.000221
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT1313B.1.2210.000923
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT1212AY.750.000672
ORF1ab/nsp4329L329FCtcTtc1212B.1.466.20.004695
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT1111AY.30.000109
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT1111B.1.2180.056701
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT1010AY.300.003957
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT1010P.1.140.000478
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA99AY.1010.004414
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT99AY.1200.000335
ORF1ab/nsp4329L329LctCctG89AY.200.000311
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT19AY.200.000039
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---99AY.4.50.000967
ORF1ab/nsp4329L329FCtcTtc99AY.590.004767
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT99B.1.160.320.038627
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT88AY.50.000165
ORF1ab/nsp4329L329ICtcAtc67B.1.1.70.000005
ORF1ab/nsp4329L329ICtCAtT17B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT77B.1.160.150.034653
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT66AD.20.001314
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT66AY.290.000095
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT66AY.590.003178
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---66B.1.617.20.000023
ORF1ab/nsp4329L329PcTccCc45All0.000001
ORF1ab/nsp4329L329PcTCcCT15All0
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT55AY.1110.000916
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---55AY.250.00003
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---55AY.430.000022
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT55B.1.2340.00066
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT55B.1.2580.000333
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT45B.1.3510.000119
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA15B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT55B.1.5640.002129
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT55B.1.5960.000436
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT55Q.80.000825
ORF1ab/nsp4329L329HcTccAc44All0.000001
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT44AY.1180.000251
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT44AY.230.000279
ORF1ab/nsp4329L329FCtcTtc44B.10.000037
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT44B.1.1.1860.013746
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---44B.1.20.000035
ORF1ab/nsp4329L329LctCctG44B.1.3290.00243
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT33AY.1000.000138
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT23AY.1060.00067
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA13AY.1060.000335
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT23AY.700.000417
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA13AY.700.000209
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT33AY.9.20.00011
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT33B0.000383
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT33B.1.177.120.000455
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---33B.1.177.40.000633
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT33B.1.177.790.007026
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---33B.1.177.870.002183
ORF1ab/nsp4329L329FCtcTtc33B.1.20.000026
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT33B.1.360.000438
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA12A0.000387
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT12A0.000387
ORF1ab/nsp4329L329CCTcTGc22All0
ORF1ab/nsp4329L329del2cTCc--22All0
ORF1ab/nsp4329L329RcTccGc22All0
ORF1ab/nsp4329L329del1ctCct-22All0
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT22AY.1140.000462
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT22AY.1190.000071
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT22AY.140.000176
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT22AY.240.000862
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---22AY.260.000057
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT22AY.260.000057
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT22AY.380.000999
ORF1ab/nsp4329L329FCtcTtc22AY.40.000003
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT22AY.4.20.000043
ORF1ab/nsp4329L329ICtcAtc12AY.440.000006
ORF1ab/nsp4329L329ICtCAtT12AY.440.000006
ORF1ab/nsp4329L329LctCctG12AY.460.000104
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA12AY.460.000104
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT22AY.46.60.000144
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT22AY.610.00021
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT22AY.680.000547
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---22AY.90.000135
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT22AY.98.10.000097
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT22AY.990.002099
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---22B.1.1.3110.000716
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT22B.1.1.3180.000604
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA12B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT12B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---22B.1.177.160.001329
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT22B.1.177.210.000153
ORF1ab/nsp4329L329CCTcTGc22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA22B.1.258.40.006897
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT22B.1.4270.000101
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT22B.1.466.20.000782
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT22B.1.6090.000959
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT22B.1.6320.013423
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT22D.20.00015
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT22Q.30.00029
ORF1ab/nsp4329L329PcTccCc11A0.000387
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11A0.000387
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11A.2.20.001689
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11AD.20.000219
ORF1ab/nsp4329L329VCtcGtc11All0
ORF1ab/nsp4329L329ACTcGCc11All0
ORF1ab/nsp4329L329QcTCcAG11All0
ORF1ab/nsp4329L329SCTCTCT11All0
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11AU.10.001266
ORF1ab/nsp4329L329HcTccAc11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11AY.1050.000643
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11AY.1070.000466
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11AY.1090.00074
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11AY.1110.000183
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp4329L329PcTccCc11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11AY.190.00114
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11AY.23.10.000417
ORF1ab/nsp4329L329FCtcTtc11AY.250.000006
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11AY.29.10.000221
ORF1ab/nsp4329L329LctCctG11AY.320.000532
ORF1ab/nsp4329L329ICtcAtc11AY.360.000148
ORF1ab/nsp4329L329del1ctCct-11AY.40.000002
ORF1ab/nsp4329L329ICtcAtc11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp4329L329ICtcAtc11AY.430.000004
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11AY.440.000006
ORF1ab/nsp4329L329FCtcTtc11AY.440.000006
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11AY.450.000122
ORF1ab/nsp4329L329FCtcTtc11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp4329L329ICtcAtc11AY.480.000465
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11AY.580.000907
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11AY.60.000041
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11AY.600.000938
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11AY.780.001541
ORF1ab/nsp4329L329FCtcTtc11AY.790.001211
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11AY.820.001357
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11AY.880.000884
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11AY.920.000287
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11AY.950.000761
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11AY.990.001049
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11AY.99.10.001553
ORF1ab/nsp4329L329HcTccAc11B.10.000009
ORF1ab/nsp4329L329PcTccCc11B.10.000009
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11B.10.000009
ORF1ab/nsp4329L329ICtcAtc11B.10.000009
ORF1ab/nsp4329L329FCtcTtc11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp4329L329VCtcGtc11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp4329L329del2cTCc--11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11B.1.1.1390.022727
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.1.1590.004673
ORF1ab/nsp4329L329RcTccGc11B.1.1.1940.00495
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.1.2070.001182
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.1.2160.00089
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.1.2220.000204
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.1.2410.00207
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.1.250.000569
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.1.2840.000107
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.1.3060.000438
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11B.1.1.3120.001912
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11B.1.1.3610.045455
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11B.1.1.4200.001006
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.1.4640.001473
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11B.1.1.700.000341
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.160.140.002119
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11B.1.160.230.004831
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11B.1.160.70.002079
ORF1ab/nsp4329L329FCtcTtc11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11B.1.177.170.000821
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11B.1.177.190.001431
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11B.1.177.20.004545
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.177.350.000691
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.177.40.000211
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.177.430.001477
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11B.1.177.50.001242
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11B.1.177.540.000606
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11B.1.177.570.000281
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11B.1.177.580.001332
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11B.1.177.690.001484
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11B.1.177.760.002494
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.177.810.000189
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.177.820.000477
ORF1ab/nsp4329L329PcTccCc11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.2060.000816
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.214.20.0006
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.2360.002053
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.2400.000216
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.2430.00007
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11B.1.258.100.011364
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.258.170.000104
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.258.30.001675
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.3240.001605
ORF1ab/nsp4329L329HcTccAc11B.1.3380.008621
ORF1ab/nsp4329L329ICtcAtc11B.1.360.000146
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.36.170.000494
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11B.1.36.180.00042
ORF1ab/nsp4329L329HcTccAc11B.1.36.80.001
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.3610.001289
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.3690.000285
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11B.1.3890.001002
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11B.1.4150.014286
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.4680.005714
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.5000.052632
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.5170.000427
ORF1ab/nsp4329L329FCtcTtc11B.1.5240.001406
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11B.1.5250.000113
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.5250.000113
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp4329L329ICtcAtc11B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp4329L329FCtcTtc11B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.5610.000397
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.5650.00081
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.5750.000303
ORF1ab/nsp4329L329FCtcTtc11B.1.5800.004065
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.5810.009434
ORF1ab/nsp4329L329FCtcTtc11B.1.5820.000491
ORF1ab/nsp4329L329ICtcAtc11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.5970.00463
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.6030.010638
ORF1ab/nsp4329L329ICtcAtc11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp4329L329del1ctCct-11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp4329L329QcTCcAG11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp4329L329PcTCcCT11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp4329L329del2cTCc--11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp4329L329ACTcGCc11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp4329L329FCtcTtc11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp4329L329SCTCTCT11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.1.6250.002353
ORF1ab/nsp4329L329ICtcAtc11B.1.780.008547
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA11B.1.9.40.006135
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11B.150.017544
ORF1ab/nsp4329L329RcTccGc11B.4.40.018868
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11B.400.000364
ORF1ab/nsp4329L329LctCctA11B.60.00091
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11C.140.004329
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11C.170.055556
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11C.350.000774
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11C.360.000911
ORF1ab/nsp4329L329FCtcTtc11P.10.000016
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11P.1.100.000269
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11P.20.000187
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11Q.10.000126
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11Q.20.000613
ORF1ab/nsp4329L329LctCctT11Q.70.001111
ORF1ab/nsp4329L329delCTC---11U.30.003861