CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp4 : CodonNum = 32

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp4	32	V32V	V2795V	syn	gtC	gtT	1211	1055	0.871181	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32V	V2795V	syn	gtC	gtA	1211	146	0.120562	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32V	V2795V	syn	gtC	gtG	1211	10	0.00825764	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32I	V2795I	nonsyn	Gtc	Atc	910	612	0.672527	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32I	V2795I	nonsyn	GtC	AtA	910	186	0.204396	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32I	V2795I	nonsyn	GtC	AtT	910	112	0.123077	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32K	V2795K	nonsyn	GTC	AAA	196	183	0.933673	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32K	V2795K	nonsyn	GTC	AAG	196	13	0.0663265	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32A	V2795A	nonsyn	gTc	gCc	190	190	1	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32L	V2795L	nonsyn	GtC	TtA	158	119	0.753165	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32L	V2795L	nonsyn	GtC	CtA	158	14	0.0886076	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32L	V2795L	nonsyn	GtC	TtG	158	8	0.0506329	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32L	V2795L	nonsyn	Gtc	Ctc	158	7	0.0443038	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32L	V2795L	nonsyn	GtC	CtG	158	7	0.0443038	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32L	V2795L	nonsyn	GtC	CtT	158	3	0.0189873	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32N	V2795N	nonsyn	GTC	AAT	147	117	0.795918	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32N	V2795N	nonsyn	GTc	AAc	147	30	0.204082	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32F	V2795F	nonsyn	GtC	TtT	140	101	0.721429	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32F	V2795F	nonsyn	Gtc	Ttc	140	39	0.278571	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32X	V2795X	nonsyn	GTC	TAA	133	125	0.93985	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32X	V2795X	nonsyn	GTC	TAG	133	8	0.0601504	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32Y	V2795Y	nonsyn	GTC	TAT	112	104	0.928571	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32Y	V2795Y	nonsyn	GTc	TAc	112	8	0.0714286	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32del	V2795del	del	GTC	---	106	106	1	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32E	V2795E	nonsyn	gTC	gAA	37	36	0.972973	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32E	V2795E	nonsyn	gTC	gAG	37	1	0.027027	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32G	V2795G	nonsyn	gTc	gGc	36	34	0.944444	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32G	V2795G	nonsyn	gTC	gGA	36	2	0.0555556	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32D	V2795D	nonsyn	gTc	gAc	34	21	0.617647	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32D	V2795D	nonsyn	gTC	gAT	34	13	0.382353	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32Q	V2795Q	nonsyn	GTC	CAA	24	20	0.833333	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32Q	V2795Q	nonsyn	GTC	CAG	24	4	0.166667	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32M	V2795M	nonsyn	GtC	AtG	17	17	1	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32H	V2795H	nonsyn	GTC	CAT	8	6	0.75	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32H	V2795H	nonsyn	GTc	CAc	8	2	0.25	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32del1	V2795del1	del	GTC	-NN	5	2	0.4	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32del1	V2795del1	del	gtC	gt-	5	2	0.4	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32del1	V2795del1	del	Gtc	-tc	5	1	0.2	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32S	V2795S	nonsyn	GTC	AGT	4	1	0.25	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32S	V2795S	nonsyn	GTc	TCc	4	1	0.25	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32S	V2795S	nonsyn	GTC	TCA	4	1	0.25	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32S	V2795S	nonsyn	GTC	TCT	4	1	0.25	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32T	V2795T	nonsyn	GTc	ACc	3	1	0.333333	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32T	V2795T	nonsyn	GTC	ACT	3	1	0.333333	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32P	V2795P	nonsyn	GTC	CCA	3	1	0.333333	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32P	V2795P	nonsyn	GTC	CCT	3	1	0.333333	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32P	V2795P	nonsyn	GTc	CCc	3	1	0.333333	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32T	V2795T	nonsyn	GTC	ACA	3	1	0.333333	8648-8650
ORF1ab/nsp4	32	V32del2	V2795del2	del	gTC	g--	1	1	1	8648-8650

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1055	1211	All	0.000202
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtA	146	1211	All	0.000028
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtG	10	1211	All	0.000002
ORF1ab/nsp4	32	V32I	Gtc	Atc	612	910	All	0.000117
ORF1ab/nsp4	32	V32I	GtC	AtA	186	910	All	0.000036
ORF1ab/nsp4	32	V32I	GtC	AtT	112	910	All	0.000021
ORF1ab/nsp4	32	V32I	Gtc	Atc	451	451	B.1.36.25	0.995585
ORF1ab/nsp4	32	V32I	GtC	AtA	170	325	B.1.1.7	0.000152
ORF1ab/nsp4	32	V32I	GtC	AtT	102	325	B.1.1.7	0.000091
ORF1ab/nsp4	32	V32I	Gtc	Atc	53	325	B.1.1.7	0.000047
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	132	208	B.1.1.7	0.000118
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtA	73	208	B.1.1.7	0.000065
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtG	3	208	B.1.1.7	0.000003
ORF1ab/nsp4	32	V32K	GTC	AAA	183	196	All	0.000035
ORF1ab/nsp4	32	V32K	GTC	AAG	13	196	All	0.000002
ORF1ab/nsp4	32	V32A	gTc	gCc	190	190	All	0.000036
ORF1ab/nsp4	32	V32K	GTC	AAA	165	177	B.1.1.7	0.000148
ORF1ab/nsp4	32	V32K	GTC	AAG	12	177	B.1.1.7	0.000011
ORF1ab/nsp4	32	V32L	GtC	TtA	119	158	All	0.000023
ORF1ab/nsp4	32	V32L	GtC	CtA	14	158	All	0.000003
ORF1ab/nsp4	32	V32L	GtC	TtG	8	158	All	0.000002
ORF1ab/nsp4	32	V32L	Gtc	Ctc	7	158	All	0.000001
ORF1ab/nsp4	32	V32L	GtC	CtG	7	158	All	0.000001
ORF1ab/nsp4	32	V32L	GtC	CtT	3	158	All	0.000001
ORF1ab/nsp4	32	V32N	GTC	AAT	117	147	All	0.000022
ORF1ab/nsp4	32	V32N	GTc	AAc	30	147	All	0.000006
ORF1ab/nsp4	32	V32L	GtC	TtA	109	143	B.1.1.7	0.000098
ORF1ab/nsp4	32	V32L	GtC	CtA	12	143	B.1.1.7	0.000011
ORF1ab/nsp4	32	V32L	GtC	CtG	7	143	B.1.1.7	0.000006
ORF1ab/nsp4	32	V32L	GtC	TtG	7	143	B.1.1.7	0.000006
ORF1ab/nsp4	32	V32L	Gtc	Ctc	5	143	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp4	32	V32L	GtC	CtT	3	143	B.1.1.7	0.000003
ORF1ab/nsp4	32	V32F	GtC	TtT	101	140	All	0.000019
ORF1ab/nsp4	32	V32F	Gtc	Ttc	39	140	All	0.000007
ORF1ab/nsp4	32	V32X	GTC	TAA	125	133	All	0.000024
ORF1ab/nsp4	32	V32X	GTC	TAG	8	133	All	0.000002
ORF1ab/nsp4	32	V32N	GTC	AAT	106	132	B.1.1.7	0.000095
ORF1ab/nsp4	32	V32N	GTc	AAc	26	132	B.1.1.7	0.000023
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	126	131	B.1	0.001154
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtA	5	131	B.1	0.000046
ORF1ab/nsp4	32	V32X	GTC	TAA	115	122	B.1.1.7	0.000103
ORF1ab/nsp4	32	V32X	GTC	TAG	7	122	B.1.1.7	0.000006
ORF1ab/nsp4	32	V32Y	GTC	TAT	104	112	All	0.00002
ORF1ab/nsp4	32	V32Y	GTc	TAc	8	112	All	0.000002
ORF1ab/nsp4	32	V32F	GtC	TtT	92	108	B.1.1.7	0.000082
ORF1ab/nsp4	32	V32F	Gtc	Ttc	16	108	B.1.1.7	0.000014
ORF1ab/nsp4	32	V32del	GTC	---	106	106	All	0.00002
ORF1ab/nsp4	32	V32Y	GTC	TAT	95	100	B.1.1.7	0.000085
ORF1ab/nsp4	32	V32Y	GTc	TAc	5	100	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	76	78	B.1.617.2	0.000286
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtA	2	78	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	77	77	B.1.160	0.002401
ORF1ab/nsp4	32	V32A	gTc	gCc	76	76	AY.109	0.056213
ORF1ab/nsp4	32	V32del	GTC	---	50	50	B.1.1.7	0.000045
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	48	48	B.1.1.101	0.48
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	25	40	AY.25	0.00015
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtA	15	40	AY.25	0.00009
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	35	39	B.1.2	0.000308
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtA	4	39	B.1.2	0.000035
ORF1ab/nsp4	32	V32E	gTC	gAA	36	37	All	0.000007
ORF1ab/nsp4	32	V32E	gTC	gAG	1	37	All	0
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	37	37	B.1.177	0.000487
ORF1ab/nsp4	32	V32G	gTc	gGc	34	36	All	0.000007
ORF1ab/nsp4	32	V32G	gTC	gGA	2	36	All	0
ORF1ab/nsp4	32	V32D	gTc	gAc	21	34	All	0.000004
ORF1ab/nsp4	32	V32D	gTC	gAT	13	34	All	0.000002
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	27	33	AY.4	0.000042
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtA	6	33	AY.4	0.000009
ORF1ab/nsp4	32	V32E	gTC	gAA	32	33	B.1.1.7	0.000029
ORF1ab/nsp4	32	V32E	gTC	gAG	1	33	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp4	32	V32D	gTc	gAc	19	32	B.1.1.7	0.000017
ORF1ab/nsp4	32	V32D	gTC	gAT	13	32	B.1.1.7	0.000012
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	26	26	B.1.1.37	0.005014
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	22	25	P.1	0.000347
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtA	3	25	P.1	0.000047
ORF1ab/nsp4	32	V32Q	GTC	CAA	20	24	All	0.000004
ORF1ab/nsp4	32	V32Q	GTC	CAG	4	24	All	0.000001
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	22	23	AY.103	0.000137
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtA	1	23	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp4	32	V32A	gTc	gCc	22	22	AY.4	0.000034
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	22	22	AY.44	0.000134
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	22	22	D.2	0.001651
ORF1ab/nsp4	32	V32Q	GTC	CAA	17	21	B.1.1.7	0.000015
ORF1ab/nsp4	32	V32Q	GTC	CAG	4	21	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	21	21	B.1.601	0.636364
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtA	20	20	B.1.36.29	0.010347
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	18	19	AY.43	0.00008
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtA	1	19	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	19	19	AY.84	0.008311
ORF1ab/nsp4	32	V32M	GtC	AtG	17	17	All	0.000003
ORF1ab/nsp4	32	V32A	gTc	gCc	17	17	B.1.617.2	0.000064
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	15	16	B.1.1	0.000272
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtA	1	16	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp4	32	V32M	GtC	AtG	16	16	B.1.1.7	0.000014
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	15	15	AY.9	0.001014
ORF1ab/nsp4	32	V32I	Gtc	Atc	15	15	B.1.36	0.002189
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	14	14	P.1.15	0.003253
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	13	13	AY.3	0.000129
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	13	13	B.1.177.10	0.011414
ORF1ab/nsp4	32	V32I	Gtc	Atc	12	13	B.1.2	0.000106
ORF1ab/nsp4	32	V32I	GtC	AtA	1	13	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp4	32	V32A	gTc	gCc	12	12	AY.102	0.000318
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	12	12	B.1.243	0.000835
ORF1ab/nsp4	32	V32I	GtC	AtA	6	12	P.1	0.000095
ORF1ab/nsp4	32	V32I	GtC	AtT	5	12	P.1	0.000079
ORF1ab/nsp4	32	V32I	Gtc	Atc	1	12	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	11	11	AY.23	0.000767
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	11	11	AY.39	0.000272
ORF1ab/nsp4	32	V32A	gTc	gCc	11	11	B.1	0.000101
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	11	11	B.1.1.299	0.134146
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	11	11	B.1.637	0.000804
ORF1ab/nsp4	32	V32G	gTc	gGc	10	10	B.1.1.7	0.000009
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	9	9	AY.113	0.001282
ORF1ab/nsp4	32	V32I	Gtc	Atc	6	9	B.1	0.000055
ORF1ab/nsp4	32	V32I	GtC	AtA	2	9	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp4	32	V32I	GtC	AtT	1	9	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp4	32	V32H	GTC	CAT	6	8	All	0.000001
ORF1ab/nsp4	32	V32H	GTc	CAc	2	8	All	0
ORF1ab/nsp4	32	V32F	Gtc	Ttc	8	8	AY.4	0.000012
ORF1ab/nsp4	32	V32A	gTc	gCc	8	8	B.1.1.318	0.002414
ORF1ab/nsp4	32	V32H	GTC	CAT	6	8	B.1.1.7	0.000005
ORF1ab/nsp4	32	V32H	GTc	CAc	2	8	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp4	32	V32I	Gtc	Atc	7	7	AY.4	0.000011
ORF1ab/nsp4	32	V32I	Gtc	Atc	7	7	AY.7.2	0.003915
ORF1ab/nsp4	32	V32del	GTC	---	7	7	B.1.177	0.000092
ORF1ab/nsp4	32	V32I	Gtc	Atc	7	7	B.1.456	0.022876
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtA	5	6	AY.6	0.000206
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	6	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp4	32	V32del	GTC	---	6	6	B.1	0.000055
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	6	6	B.1.621	0.000531
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	6	6	B.1.621.1	0.003035
ORF1ab/nsp4	32	V32K	GTC	AAA	6	6	P.1	0.000095
ORF1ab/nsp4	32	V32L	GtC	TtA	6	6	P.1	0.000095
ORF1ab/nsp4	32	V32X	GTC	TAA	6	6	P.1	0.000095
ORF1ab/nsp4	32	V32Y	GTC	TAT	5	6	P.1	0.000079
ORF1ab/nsp4	32	V32N	GTC	AAT	5	6	P.1	0.000079
ORF1ab/nsp4	32	V32F	GtC	TtT	5	6	P.1	0.000079
ORF1ab/nsp4	32	V32F	Gtc	Ttc	1	6	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp4	32	V32Y	GTc	TAc	1	6	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp4	32	V32N	GTc	AAc	1	6	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	6	6	Q.2	0.003681
ORF1ab/nsp4	32	V32del1	GTC	-NN	2	5	All	0
ORF1ab/nsp4	32	V32del1	gtC	gt-	2	5	All	0
ORF1ab/nsp4	32	V32del1	Gtc	-tc	1	5	All	0
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	5	5	AY.102	0.000133
ORF1ab/nsp4	32	V32I	Gtc	Atc	5	5	AY.4.2	0.000108
ORF1ab/nsp4	32	V32G	gTc	gGc	5	5	AY.6	0.000206
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	5	5	AY.75	0.00028
ORF1ab/nsp4	32	V32I	Gtc	Atc	2	5	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp4	32	V32I	GtC	AtA	2	5	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp4	32	V32I	GtC	AtT	1	5	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	5	5	B.1.1.446	0.384615
ORF1ab/nsp4	32	V32A	gTc	gCc	5	5	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp4	32	V32S	GTC	TCA	1	4	All	0
ORF1ab/nsp4	32	V32S	GTc	TCc	1	4	All	0
ORF1ab/nsp4	32	V32S	GTC	AGT	1	4	All	0
ORF1ab/nsp4	32	V32S	GTC	TCT	1	4	All	0
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtA	2	4	AY.20	0.000078
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	2	4	AY.20	0.000078
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	3	4	AY.26	0.000085
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtA	1	4	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp4	32	V32I	Gtc	Atc	4	4	AY.29	0.000063
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	4	4	AY.45	0.000487
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	4	4	AY.47	0.000124
ORF1ab/nsp4	32	V32I	Gtc	Atc	4	4	B.1.351	0.000119
ORF1ab/nsp4	32	V32A	gTc	gCc	4	4	B.1.428	0.004082
ORF1ab/nsp4	32	V32I	GtC	AtA	2	4	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp4	32	V32I	GtC	AtT	1	4	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp4	32	V32I	Gtc	Atc	1	4	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	4	4	B.1.628	0.001409
ORF1ab/nsp4	32	V32I	Gtc	Atc	3	3	AD.2	0.000657
ORF1ab/nsp4	32	V32T	GTc	ACc	1	3	All	0
ORF1ab/nsp4	32	V32T	GTC	ACT	1	3	All	0
ORF1ab/nsp4	32	V32P	GTC	CCA	1	3	All	0
ORF1ab/nsp4	32	V32T	GTC	ACA	1	3	All	0
ORF1ab/nsp4	32	V32P	GTc	CCc	1	3	All	0
ORF1ab/nsp4	32	V32P	GTC	CCT	1	3	All	0
ORF1ab/nsp4	32	V32G	gTc	gGc	3	3	AY.103	0.000019
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	2	3	AY.117	0.000169
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtG	1	3	AY.117	0.000085
ORF1ab/nsp4	32	V32I	Gtc	Atc	1	3	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp4	32	V32I	GtC	AtA	1	3	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp4	32	V32I	GtC	AtT	1	3	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtG	3	3	AY.29	0.000047
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtG	3	3	AY.29.1	0.000662
ORF1ab/nsp4	32	V32A	gTc	gCc	3	3	AY.3	0.00003
ORF1ab/nsp4	32	V32del	GTC	---	3	3	AY.4	0.000005
ORF1ab/nsp4	32	V32del	GTC	---	3	3	AY.4.5	0.000322
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	3	3	AY.42	0.000121
ORF1ab/nsp4	32	V32F	Gtc	Ttc	3	3	AY.43	0.000013
ORF1ab/nsp4	32	V32A	gTc	gCc	3	3	AY.44	0.000018
ORF1ab/nsp4	32	V32I	Gtc	Atc	3	3	AY.44	0.000018
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	3	3	AY.5	0.000062
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	3	3	AY.67	0.001393
ORF1ab/nsp4	32	V32I	Gtc	Atc	3	3	AY.9.1	0.000251
ORF1ab/nsp4	32	V32del	GTC	---	3	3	B.1.1	0.000054
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	3	3	B.1.1.33	0.001263
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	3	3	B.1.1.519	0.000119
ORF1ab/nsp4	32	V32T	GTC	ACA	1	3	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp4	32	V32S	GTC	TCT	1	3	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp4	32	V32S	GTc	TCc	1	3	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp4	32	V32S	GTC	TCA	1	3	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp4	32	V32P	GTC	CCT	1	3	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp4	32	V32P	GTc	CCc	1	3	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp4	32	V32P	GTC	CCA	1	3	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp4	32	V32T	GTc	ACc	1	3	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp4	32	V32T	GTC	ACT	1	3	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp4	32	V32A	gTc	gCc	3	3	B.1.177	0.00004
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	3	3	B.1.221.3	0.0025
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	3	3	B.1.351	0.000089
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	3	3	B.1.427	0.000151
ORF1ab/nsp4	32	V32A	gTc	gCc	3	3	B.1.429	0.000071
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	3	3	B.1.582	0.001472
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	3	3	B.1.596	0.000261
ORF1ab/nsp4	32	V32del	GTC	---	3	3	B.1.617.2	0.000011
ORF1ab/nsp4	32	V32K	GTC	AAA	2	3	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp4	32	V32K	GTC	AAG	1	3	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp4	32	V32del	GTC	---	3	3	B.1.621	0.000266
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	3	3	P.1.14	0.000143
ORF1ab/nsp4	32	V32E	gTC	gAA	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp4	32	V32del	GTC	---	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtA	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp4	32	V32G	gTC	gGA	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp4	32	V32Y	GTc	TAc	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp4	32	V32I	Gtc	Atc	2	2	AY.102	0.000053
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	2	2	AY.12	0.000632
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	2	2	AY.16.1	0.00094
ORF1ab/nsp4	32	V32A	gTc	gCc	2	2	AY.25	0.000012
ORF1ab/nsp4	32	V32A	gTc	gCc	2	2	AY.39	0.000049
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	2	2	AY.39.1	0.000079
ORF1ab/nsp4	32	V32G	gTc	gGc	2	2	AY.4	0.000003
ORF1ab/nsp4	32	V32G	gTc	gGc	2	2	AY.4.2	0.000043
ORF1ab/nsp4	32	V32del	GTC	---	2	2	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	2	2	AY.68	0.000547
ORF1ab/nsp4	32	V32I	Gtc	Atc	2	2	AY.9.2	0.000073
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	2	2	AY.9.2	0.000073
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	2	2	B	0.000256
ORF1ab/nsp4	32	V32K	GTC	AAA	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp4	32	V32K	GTC	AAA	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp4	32	V32N	GTC	AAT	1	2	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp4	32	V32N	GTc	AAc	1	2	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	2	2	B.1.1.301	0.002358
ORF1ab/nsp4	32	V32del	GTC	---	2	2	B.1.1.315	0.016949
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	2	2	B.1.1.348	0.001592
ORF1ab/nsp4	32	V32I	Gtc	Atc	2	2	B.1.1.519	0.000079
ORF1ab/nsp4	32	V32A	gTc	gCc	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp4	32	V32del	GTC	---	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp4	32	V32K	GTC	AAA	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp4	32	V32N	GTC	AAT	1	2	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp4	32	V32N	GTc	AAc	1	2	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp4	32	V32I	Gtc	Atc	2	2	B.1.240	0.000431
ORF1ab/nsp4	32	V32F	Gtc	Ttc	2	2	B.1.351	0.000059
ORF1ab/nsp4	32	V32I	Gtc	Atc	2	2	B.1.36.39	0.004435
ORF1ab/nsp4	32	V32I	Gtc	Atc	2	2	B.1.36.8	0.002
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	2	2	B.1.416	0.002538
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	2	2	B.1.429	0.000047
ORF1ab/nsp4	32	V32G	gTc	gGc	2	2	B.1.429	0.000047
ORF1ab/nsp4	32	V32A	gTc	gCc	2	2	B.1.466.2	0.000782
ORF1ab/nsp4	32	V32I	Gtc	Atc	2	2	B.1.526	0.000047
ORF1ab/nsp4	32	V32I	GtC	AtT	1	2	B.1.576	0.000907
ORF1ab/nsp4	32	V32I	GtC	AtA	1	2	B.1.576	0.000907
ORF1ab/nsp4	32	V32G	gTc	gGc	2	2	B.1.609	0.000959
ORF1ab/nsp4	32	V32L	GtC	TtA	1	2	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp4	32	V32X	GTC	TAG	1	2	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp4	32	V32N	GTc	AAc	1	2	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp4	32	V32L	GtC	TtG	1	2	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp4	32	V32X	GTC	TAA	1	2	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp4	32	V32N	GTC	AAT	1	2	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp4	32	V32del1	gtC	gt-	2	2	B.1.627	0.00404
ORF1ab/nsp4	32	V32G	gTc	gGc	2	2	P.1.14	0.000096
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	2	2	P.1.17	0.000324
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	A.1	0.000282
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	A.2	0.000662
ORF1ab/nsp4	32	V32del	GTC	---	1	1	A.2.4	0.003367
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	AD.2	0.000219
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	AE.8	0.000489
ORF1ab/nsp4	32	V32del2	gTC	g--	1	1	All	0
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	AP.1	0.001502
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	AV.1	0.005051
ORF1ab/nsp4	32	V32I	Gtc	Atc	1	1	AY.1	0.000396
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp4	32	V32A	gTc	gCc	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp4	32	V32A	gTc	gCc	1	1	AY.113	0.000142
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	AY.116.1	0.000311
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtA	1	1	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp4	32	V32A	gTc	gCc	1	1	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	AY.16	0.00038
ORF1ab/nsp4	32	V32A	gTc	gCc	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp4	32	V32A	gTc	gCc	1	1	AY.23.1	0.000417
ORF1ab/nsp4	32	V32L	GtC	TtA	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp4	32	V32del1	GTC	-NN	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp4	32	V32X	GTC	TAA	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp4	32	V32K	GTC	AAA	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp4	32	V32del2	gTC	g--	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp4	32	V32del	GTC	---	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp4	32	V32N	GTC	AAT	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp4	32	V32Y	GTC	TAT	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp4	32	V32F	GtC	TtT	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp4	32	V32I	Gtc	Atc	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	AY.27	0.000065
ORF1ab/nsp4	32	V32G	gTc	gGc	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp4	32	V32F	Gtc	Ttc	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp4	32	V32G	gTc	gGc	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp4	32	V32I	Gtc	Atc	1	1	AY.34	0.000097
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	AY.34.1	0.00051
ORF1ab/nsp4	32	V32I	Gtc	Atc	1	1	AY.35	0.000233
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	AY.4.2.1	0.000149
ORF1ab/nsp4	32	V32del	GTC	---	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp4	32	V32I	Gtc	Atc	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp4	32	V32F	Gtc	Ttc	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp4	32	V32del	GTC	---	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp4	32	V32I	Gtc	Atc	1	1	AY.46.5	0.000198
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	AY.54	0.000095
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	AY.55	0.000917
ORF1ab/nsp4	32	V32A	gTc	gCc	1	1	AY.59	0.00053
ORF1ab/nsp4	32	V32del	GTC	---	1	1	AY.60	0.000938
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	AY.69	0.000187
ORF1ab/nsp4	32	V32G	gTc	gGc	1	1	AY.75	0.000056
ORF1ab/nsp4	32	V32A	gTc	gCc	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	AY.80	0.001129
ORF1ab/nsp4	32	V32del	GTC	---	1	1	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp4	32	V32I	Gtc	Atc	1	1	AY.9.2.1	0.001976
ORF1ab/nsp4	32	V32G	gTc	gGc	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp4	32	V32A	gTc	gCc	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp4	32	V32Q	GTC	CAA	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp4	32	V32del1	Gtc	-tc	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp4	32	V32F	Gtc	Ttc	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp4	32	V32L	GtC	CtA	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp4	32	V32N	GTC	AAT	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp4	32	V32F	GtC	TtT	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp4	32	V32Y	GTC	TAT	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp4	32	V32D	gTc	gAc	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp4	32	V32E	gTC	gAA	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp4	32	V32X	GTC	TAA	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp4	32	V32L	GtC	TtA	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF1ab/nsp4	32	V32A	gTc	gCc	1	1	B.1.1.161	0.003534
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	B.1.1.174	0.003378
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	B.1.1.192	0.002309
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	B.1.1.194	0.00495
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	B.1.1.218	0.007692
ORF1ab/nsp4	32	V32A	gTc	gCc	1	1	B.1.1.222	0.000204
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	B.1.1.25	0.000569
ORF1ab/nsp4	32	V32A	gTc	gCc	1	1	B.1.1.28	0.000311
ORF1ab/nsp4	32	V32del	GTC	---	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp4	32	V32del	GTC	---	1	1	B.1.1.311	0.000358
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	B.1.1.316	0.000925
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	B.1.1.318	0.000302
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	B.1.1.349	0.010309
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	B.1.1.368	0.003086
ORF1ab/nsp4	32	V32I	Gtc	Atc	1	1	B.1.1.369	0.000446
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	B.1.1.369	0.000446
ORF1ab/nsp4	32	V32F	Gtc	Ttc	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp4	32	V32del	GTC	---	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	B.1.1.413	0.006897
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	B.1.1.44	0.00241
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	B.1.1.507	0.008696
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	B.1.1.516	0.066667
ORF1ab/nsp4	32	V32F	Gtc	Ttc	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp4	32	V32F	Gtc	Ttc	1	1	B.1.1.52	0.012195
ORF1ab/nsp4	32	V32del	GTC	---	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	B.1.1.95	0.019608
ORF1ab/nsp4	32	V32del	GTC	---	1	1	B.1.140	0.018868
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	B.1.146	0.004237
ORF1ab/nsp4	32	V32F	Gtc	Ttc	1	1	B.1.157	0.002985
ORF1ab/nsp4	32	V32del	GTC	---	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp4	32	V32L	Gtc	Ctc	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp4	32	V32del1	GTC	-NN	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp4	32	V32F	Gtc	Ttc	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp4	32	V32I	Gtc	Atc	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp4	32	V32del	GTC	---	1	1	B.1.177.11	0.001698
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF1ab/nsp4	32	V32I	Gtc	Atc	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	B.1.177.53	0.002392
ORF1ab/nsp4	32	V32del	GTC	---	1	1	B.1.177.62	0.001192
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	B.1.177.63	0.002703
ORF1ab/nsp4	32	V32del	GTC	---	1	1	B.1.177.63	0.002703
ORF1ab/nsp4	32	V32del	GTC	---	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	B.1.177.77	0.000726
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	B.1.177.79	0.002342
ORF1ab/nsp4	32	V32del	GTC	---	1	1	B.1.177.83	0.001481
ORF1ab/nsp4	32	V32G	gTc	gGc	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp4	32	V32Q	GTC	CAA	1	1	B.1.234	0.000132
ORF1ab/nsp4	32	V32I	Gtc	Atc	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp4	32	V32I	Gtc	Atc	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	B.1.258.17	0.000104
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtA	1	1	B.1.351.3	0.000876
ORF1ab/nsp4	32	V32L	Gtc	Ctc	1	1	B.1.36.1	0.00114
ORF1ab/nsp4	32	V32del	GTC	---	1	1	B.1.36.18	0.00042
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	B.1.36.37	0.002778
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	B.1.361	0.001289
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	B.1.399	0.001934
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	B.1.400	0.000429
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	B.1.409	0.000781
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtA	1	1	B.1.425	0.002994
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtA	1	1	B.1.456	0.003268
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	B.1.462	0.007246
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	B.1.525	0.000113
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp4	32	V32A	gTc	gCc	1	1	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	B.1.561	0.000397
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	B.1.564	0.000426
ORF1ab/nsp4	32	V32I	GtC	AtA	1	1	B.1.574	0.002151
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	B.1.575.1	0.002439
ORF1ab/nsp4	32	V32Y	GTC	TAT	1	1	B.1.576	0.000907
ORF1ab/nsp4	32	V32X	GTC	TAA	1	1	B.1.576	0.000907
ORF1ab/nsp4	32	V32K	GTC	AAA	1	1	B.1.576	0.000907
ORF1ab/nsp4	32	V32L	GtC	TtA	1	1	B.1.576	0.000907
ORF1ab/nsp4	32	V32N	GTC	AAT	1	1	B.1.576	0.000907
ORF1ab/nsp4	32	V32F	GtC	TtT	1	1	B.1.576	0.000907
ORF1ab/nsp4	32	V32L	GtC	CtA	1	1	B.1.577	0.000687
ORF1ab/nsp4	32	V32Q	GTC	CAA	1	1	B.1.577	0.000687
ORF1ab/nsp4	32	V32K	GTC	AAA	1	1	B.1.577	0.000687
ORF1ab/nsp4	32	V32del	GTC	---	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp4	32	V32K	GTC	AAA	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	B.1.609	0.000479
ORF1ab/nsp4	32	V32E	gTC	gAA	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp4	32	V32Y	GTC	TAT	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp4	32	V32D	gTc	gAc	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp4	32	V32M	GtC	AtG	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp4	32	V32G	gTc	gGc	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp4	32	V32F	GtC	TtT	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	B.1.97	0.025641
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	B.58	0.010204
ORF1ab/nsp4	32	V32S	GTC	AGT	1	1	C.35	0.000774
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	N.5	0.001767
ORF1ab/nsp4	32	V32A	gTc	gCc	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtT	1	1	P.1.10	0.000269
ORF1ab/nsp4	32	V32F	Gtc	Ttc	1	1	P.1.14	0.000048
ORF1ab/nsp4	32	V32I	Gtc	Atc	1	1	P.2	0.000187
ORF1ab/nsp4	32	V32V	gtC	gtA	1	1	Q.1	0.000126
ORF1ab/nsp4	32	V32A	gTc	gCc	1	1	Q.3	0.000145
ORF1ab/nsp4	32	V32A	gTc	gCc	1	1	R.1	0.00009
ORF1ab/nsp4	32	V32del	GTC	---	1	1	U.3	0.003861

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.