CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp4 : CodonNum = 314

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp4314V314VV3077VsyngtAgtG6235970.9582669494-9496
ORF1ab/nsp4314V314VV3077VsyngtAgtT623200.03210279494-9496
ORF1ab/nsp4314V314VV3077VsyngtAgtC62360.009630829494-9496
ORF1ab/nsp4314V314IV3077InonsynGtaAta4134120.9975799494-9496
ORF1ab/nsp4314V314IV3077InonsynGtAAtT41310.002421319494-9496
ORF1ab/nsp4314V314delV3077deldelGTA---26426419494-9496
ORF1ab/nsp4314V314AV3077AnonsyngTagCa17417419494-9496
ORF1ab/nsp4314V314LV3077LnonsynGtaTta22190.8636369494-9496
ORF1ab/nsp4314V314LV3077LnonsynGtaCta2230.1363649494-9496
ORF1ab/nsp4314V314GV3077GnonsyngTagGa870.8759494-9496
ORF1ab/nsp4314V314GV3077GnonsyngTAgGT810.1259494-9496
ORF1ab/nsp4314V314EV3077EnonsyngTagAa7719494-9496
ORF1ab/nsp4314V314del1V3077del1delgtAgt-420.59494-9496
ORF1ab/nsp4314V314del1V3077del1delGta-ta410.259494-9496
ORF1ab/nsp4314V314del1V3077del1delGTa-Ca410.259494-9496
ORF1ab/nsp4314V314XV3077XnonsynGTaTGa320.6666679494-9496
ORF1ab/nsp4314V314del2V3077del2delgTAg--320.6666679494-9496
ORF1ab/nsp4314V314del2V3077del2delGTa--a310.3333339494-9496
ORF1ab/nsp4314V314XV3077XnonsynGTaTAa310.3333339494-9496
ORF1ab/nsp4314V314DV3077DnonsyngTAgAT2219494-9496
ORF1ab/nsp4314V314FV3077FnonsynGtATtT2219494-9496
ORF1ab/nsp4314V314QV3077QnonsynGTaCAa210.59494-9496
ORF1ab/nsp4314V314QV3077QnonsynGTACAG210.59494-9496
ORF1ab/nsp4314V314TV3077TnonsynGTaACa1119494-9496
ORF1ab/nsp4314V314SV3077SnonsynGTAAGT1119494-9496
ORF1ab/nsp4314V314YV3077YnonsynGTATAT1119494-9496
ORF1ab/nsp4314V314RV3077RnonsynGTaAGa1119494-9496
ORF1ab/nsp4314V314CV3077CnonsynGTATGT1119494-9496
ORF1ab/nsp4314V314KV3077KnonsynGTaAAa1119494-9496

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG597623All0.000114
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtT20623All0.000004
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtC6623All0.000001
ORF1ab/nsp4314V314IGtaAta412413All0.000079
ORF1ab/nsp4314V314IGtAAtT1413All0
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG382382AY.390.00944
ORF1ab/nsp4314V314IGtaAta284284AY.1030.001763
ORF1ab/nsp4314V314delGTA---264264All0.00005
ORF1ab/nsp4314V314AgTagCa174174All0.000033
ORF1ab/nsp4314V314delGTA---132132B.1.1.70.000118
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG3838B.1.6210.003364
ORF1ab/nsp4314V314IGtaAta3232B.1.221.30.026667
ORF1ab/nsp4314V314AgTagCa3131AY.250.000186
ORF1ab/nsp4314V314AgTagCa2525B.1.617.20.000094
ORF1ab/nsp4314V314IGtaAta2424B.1.1.70.000021
ORF1ab/nsp4314V314LGtaTta1922All0.000004
ORF1ab/nsp4314V314LGtaCta322All0.000001
ORF1ab/nsp4314V314AgTagCa2222B.1.1.70.00002
ORF1ab/nsp4314V314delGTA---2222B.1.1770.00029
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG2122B.1.617.20.000079
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtT122B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG2020B.1.258.170.002079
ORF1ab/nsp4314V314delGTA---1919AY.40.00003
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG1119B.1.1.70.00001
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtT619B.1.1.70.000005
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtC219B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG1316AY.40.00002
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtT316AY.40.000005
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG1515B.1.177.291
ORF1ab/nsp4314V314IGtaAta1111AY.390.000272
ORF1ab/nsp4314V314AgTagCa1010AY.1030.000062
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG1010AY.440.000061
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG99AY.1020.000239
ORF1ab/nsp4314V314GgTagGa78All0.000001
ORF1ab/nsp4314V314GgTAgGT18All0
ORF1ab/nsp4314V314delGTA---88AY.4.50.00086
ORF1ab/nsp4314V314IGtaAta88B.1.20.00007
ORF1ab/nsp4314V314EgTagAa77All0.000001
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG77AY.250.000042
ORF1ab/nsp4314V314IGtaAta77AY.250.000042
ORF1ab/nsp4314V314IGtaAta77AY.750.000392
ORF1ab/nsp4314V314LGtaTta77AY.9.20.000257
ORF1ab/nsp4314V314AgTagCa77P.10.00011
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG66AY.340.000582
ORF1ab/nsp4314V314AgTagCa66AY.40.000009
ORF1ab/nsp4314V314AgTagCa66AY.4.2.10.000894
ORF1ab/nsp4314V314AgTagCa66B.1.1770.000079
ORF1ab/nsp4314V314IGtaAta55AY.230.000349
ORF1ab/nsp4314V314IGtaAta55AY.40.000008
ORF1ab/nsp4314V314AgTagCa55B.1.1600.000156
ORF1ab/nsp4314V314delGTA---55B.1.617.20.000019
ORF1ab/nsp4314V314IGtaAta55B.1.617.20.000019
ORF1ab/nsp4314V314del1gtAgt-24All0
ORF1ab/nsp4314V314del1Gta-ta14All0
ORF1ab/nsp4314V314del1GTa-Ca14All0
ORF1ab/nsp4314V314IGtaAta44AY.120.2.10.001993
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG44AY.30.00004
ORF1ab/nsp4314V314LGtaTta34AY.40.000005
ORF1ab/nsp4314V314LGtaCta14AY.40.000002
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG44AY.430.000018
ORF1ab/nsp4314V314delGTA---44AY.430.000018
ORF1ab/nsp4314V314AgTagCa44AY.440.000024
ORF1ab/nsp4314V314AgTagCa44AY.46.40.000658
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG34B0.000383
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtT14B0.000128
ORF1ab/nsp4314V314AgTagCa44B.1.160.260.009685
ORF1ab/nsp4314V314LGtaTta330.166667
ORF1ab/nsp4314V314XGTaTGa230.111111
ORF1ab/nsp4314V314GgTagGa230.111111
ORF1ab/nsp4314V314GgTAgGT130.055556
ORF1ab/nsp4314V314XGTaTAa130.055556
ORF1ab/nsp4314V314del2gTAg--23All0
ORF1ab/nsp4314V314XGTaTGa23All0
ORF1ab/nsp4314V314del2GTa--a13All0
ORF1ab/nsp4314V314XGTaTAa13All0
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG33AY.1000.000138
ORF1ab/nsp4314V314AgTagCa33AY.1020.00008
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG33AY.1030.000019
ORF1ab/nsp4314V314AgTagCa33AY.1210.000406
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG33AY.230.000209
ORF1ab/nsp4314V314AgTagCa33AY.30.00003
ORF1ab/nsp4314V314delGTA---33AY.46.20.001906
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG23B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtC13B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp4314V314delGTA---33B.1.177.40.000633
ORF1ab/nsp4314V314delGTA---33B.1.177.870.002183
ORF1ab/nsp4314V314delGTA---33B.1.20.000026
ORF1ab/nsp4314V314FGtATtT220.111111
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtT220.111111
ORF1ab/nsp4314V314IGtAAtT120.055556
ORF1ab/nsp4314V314IGtaAta120.055556
ORF1ab/nsp4314V314FGtATtT22All0
ORF1ab/nsp4314V314DgTAgAT22All0
ORF1ab/nsp4314V314QGTACAG12All0
ORF1ab/nsp4314V314QGTaCAa12All0
ORF1ab/nsp4314V314AgTagCa22AY.1000.000092
ORF1ab/nsp4314V314delGTA---22AY.1110.000366
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG22AY.1170.000169
ORF1ab/nsp4314V314AgTagCa22AY.1170.000169
ORF1ab/nsp4314V314IGtaAta22AY.1180.000125
ORF1ab/nsp4314V314delGTA---22AY.1200.000074
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG22AY.1210.000271
ORF1ab/nsp4314V314delGTA---22AY.190.002281
ORF1ab/nsp4314V314delGTA---22AY.250.000012
ORF1ab/nsp4314V314delGTA---22AY.260.000057
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG12AY.260.000028
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtC12AY.260.000028
ORF1ab/nsp4314V314AgTagCa22AY.290.000032
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG22AY.3.10.000171
ORF1ab/nsp4314V314del2gTAg--12AY.40.000002
ORF1ab/nsp4314V314del2GTa--a12AY.40.000002
ORF1ab/nsp4314V314AgTagCa22AY.430.000009
ORF1ab/nsp4314V314IGtaAta22AY.430.000009
ORF1ab/nsp4314V314IGtaAta22AY.440.000012
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG22AY.450.000243
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG22AY.470.000062
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtT12AY.50.000021
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG12AY.50.000021
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG22AY.590.001059
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG22AY.60.000082
ORF1ab/nsp4314V314delGTA---22AY.90.000135
ORF1ab/nsp4314V314AgTagCa22AY.9.20.000073
ORF1ab/nsp4314V314LGtaTta22B.10.000018
ORF1ab/nsp4314V314delGTA---22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp4314V314IGtaAta22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp4314V314QGTACAG12B.1.10.000018
ORF1ab/nsp4314V314QGTaCAa12B.1.10.000018
ORF1ab/nsp4314V314delGTA---22B.1.1.3110.000716
ORF1ab/nsp4314V314delGTA---22B.1.1.3120.003824
ORF1ab/nsp4314V314LGtaTta22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp4314V314EgTagAa22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp4314V314delGTA---22B.1.177.160.001329
ORF1ab/nsp4314V314delGTA---22B.1.177.180.00232
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG22B.1.2210.000142
ORF1ab/nsp4314V314AgTagCa22B.1.2580.000133
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtT12B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG12B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG22B.1.4290.000047
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG22B.1.6370.000146
ORF1ab/nsp4314V314YGTATAT110.055556
ORF1ab/nsp4314V314DgTAgAT110.055556
ORF1ab/nsp4314V314EgTagAa110.055556
ORF1ab/nsp4314V314SGTAAGT110.055556
ORF1ab/nsp4314V314CGTATGT110.055556
ORF1ab/nsp4314V314RGTaAGa110.055556
ORF1ab/nsp4314V314EgTagAa11AD.20.000219
ORF1ab/nsp4314V314delGTA---11AD.20.000219
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG11AE.80.000489
ORF1ab/nsp4314V314KGTaAAa11All0
ORF1ab/nsp4314V314YGTATAT11All0
ORF1ab/nsp4314V314RGTaAGa11All0
ORF1ab/nsp4314V314TGTaACa11All0
ORF1ab/nsp4314V314SGTAAGT11All0
ORF1ab/nsp4314V314CGTATGT11All0
ORF1ab/nsp4314V314AgTagCa11AY.10.000396
ORF1ab/nsp4314V314IGtaAta11AY.1010.00049
ORF1ab/nsp4314V314GgTagGa11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp4314V314AgTagCa11AY.210.001898
ORF1ab/nsp4314V314LGtaCta11AY.240.000431
ORF1ab/nsp4314V314DgTAgAT11AY.250.000006
ORF1ab/nsp4314V314IGtaAta11AY.260.000028
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG11AY.290.000016
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG11AY.34.10.00051
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp4314V314AgTagCa11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp4314V314GgTagGa11AY.40.000002
ORF1ab/nsp4314V314TGTaACa11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp4314V314delGTA---11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtC11AY.4.2.10.000149
ORF1ab/nsp4314V314delGTA---11AY.420.00004
ORF1ab/nsp4314V314AgTagCa11AY.420.00004
ORF1ab/nsp4314V314IGtaAta11AY.420.00004
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG11AY.420.00004
ORF1ab/nsp4314V314del1gtAgt-11AY.430.000004
ORF1ab/nsp4314V314delGTA---11AY.440.000006
ORF1ab/nsp4314V314del1GTa-Ca11AY.440.000006
ORF1ab/nsp4314V314EgTagAa11AY.440.000006
ORF1ab/nsp4314V314IGtaAta11AY.460.000104
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtC11AY.46.50.000198
ORF1ab/nsp4314V314AgTagCa11AY.490.003195
ORF1ab/nsp4314V314IGtaAta11AY.50.000021
ORF1ab/nsp4314V314delGTA---11AY.5.30.000337
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG11AY.5.30.000337
ORF1ab/nsp4314V314delGTA---11AY.60.000041
ORF1ab/nsp4314V314AgTagCa11AY.60.000041
ORF1ab/nsp4314V314delGTA---11AY.600.000938
ORF1ab/nsp4314V314del2gTAg--11AY.670.000464
ORF1ab/nsp4314V314AgTagCa11AY.70.000196
ORF1ab/nsp4314V314delGTA---11AY.720.001361
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG11AY.740.000116
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG11AY.750.000056
ORF1ab/nsp4314V314delGTA---11AY.780.001541
ORF1ab/nsp4314V314AgTagCa11AY.840.000437
ORF1ab/nsp4314V314IGtaAta11AY.980.000079
ORF1ab/nsp4314V314delGTA---11AY.990.001049
ORF1ab/nsp4314V314delGTA---11AY.99.10.001553
ORF1ab/nsp4314V314IGtaAta11AY.99.20.000092
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtG11AZ.10.000867
ORF1ab/nsp4314V314AgTagCa11B0.000128
ORF1ab/nsp4314V314KGTaAAa11B.10.000009
ORF1ab/nsp4314V314IGtaAta11B.10.000009
ORF1ab/nsp4314V314delGTA---11B.10.000009
ORF1ab/nsp4314V314GgTagGa11B.10.000009
ORF1ab/nsp4314V314VgtAgtT11B.1.10.000018
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.