CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp4 : CodonNum = 308

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp4308F308YF3071YnonsyntTttAt5476547619476-9478
ORF1ab/nsp4308F308delF3071deldelTTT---24224219476-9478
ORF1ab/nsp4308F308LF3071LnonsynTttCtt76550.7236849476-9478
ORF1ab/nsp4308F308LF3071LnonsynttTttG76130.1710539476-9478
ORF1ab/nsp4308F308LF3071LnonsynttTttA7670.09210539476-9478
ORF1ab/nsp4308F308LF3071LnonsynTtTCtC7610.01315799476-9478
ORF1ab/nsp4308F308FF3071FsynttTttC444419476-9478
ORF1ab/nsp4308F308TF3071TnonsynTTtACt151519476-9478
ORF1ab/nsp4308F308VF3071VnonsynTttGtt141419476-9478
ORF1ab/nsp4308F308IF3071InonsynTttAtt13120.9230779476-9478
ORF1ab/nsp4308F308IF3071InonsynTtTAtA1310.07692319476-9478
ORF1ab/nsp4308F308SF3071SnonsyntTttCt111119476-9478
ORF1ab/nsp4308F308del1F3071del1delTtt-tt1090.99476-9478
ORF1ab/nsp4308F308del1F3071del1delttTtt-1010.19476-9478
ORF1ab/nsp4308F308CF3071CnonsyntTttGt8819476-9478
ORF1ab/nsp4308F308del2F3071del2deltTTt--530.69476-9478
ORF1ab/nsp4308F308del2F3071del2delTTt--t520.49476-9478
ORF1ab/nsp4308F308GF3071GnonsynTTtGGt2219476-9478
ORF1ab/nsp4308F308PF3071PnonsynTTtCCt1119476-9478
ORF1ab/nsp4308F308NF3071NnonsynTTtAAt1119476-9478

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp4308F308YtTttAt54765476All0.001047
ORF1ab/nsp4308F308YtTttAt19341934A.2.50.96507
ORF1ab/nsp4308F308YtTttAt14751475A.20.976175
ORF1ab/nsp4308F308YtTttAt623623A.2.5.20.97956
ORF1ab/nsp4308F308YtTttAt586586A.2.20.989865
ORF1ab/nsp4308F308YtTttAt295295A.2.40.993266
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---242242All0.000046
ORF1ab/nsp4308F308YtTttAt207207A.2.5.10.995192
ORF1ab/nsp4308F308YtTttAt205205A.2.30.971564
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---132132B.1.1.70.000118
ORF1ab/nsp4308F308YtTttAt9090A.2.5.30.927835
ORF1ab/nsp4308F308LTttCtt5576All0.000011
ORF1ab/nsp4308F308LttTttG1376All0.000002
ORF1ab/nsp4308F308LttTttA776All0.000001
ORF1ab/nsp4308F308LTtTCtC176All0
ORF1ab/nsp4308F308FttTttC4444All0.000008
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---2323B.1.1770.000303
ORF1ab/nsp4308F308FttTttC1919B.1.1.70.000017
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---1818AY.40.000028
ORF1ab/nsp4308F308TTTtACt1515All0.000003
ORF1ab/nsp4308F308VTttGtt1414All0.000003
ORF1ab/nsp4308F308YtTttAt1414B0.001789
ORF1ab/nsp4308F308ITttAtt1213All0.000002
ORF1ab/nsp4308F308ITtTAtA113All0
ORF1ab/nsp4308F308LTttCtt1313B.1.1.70.000012
ORF1ab/nsp4308F308StTttCt1111All0.000002
ORF1ab/nsp4308F308del1Ttt-tt910All0.000002
ORF1ab/nsp4308F308del1ttTtt-110All0
ORF1ab/nsp4308F308CtTttGt88All0.000002
ORF1ab/nsp4308F308LTttCtt66AY.250.000036
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---66AY.4.50.000645
ORF1ab/nsp4308F308YtTttAt66B.10.000055
ORF1ab/nsp4308F308YtTttAt55A0.001935
ORF1ab/nsp4308F308del2tTTt--35All0.000001
ORF1ab/nsp4308F308del2TTt--t25All0
ORF1ab/nsp4308F308FttTttC55AY.250.00003
ORF1ab/nsp4308F308LTttCtt45B.10.000037
ORF1ab/nsp4308F308LttTttG15B.10.000009
ORF1ab/nsp4308F308YtTttAt55B.1.10.000091
ORF1ab/nsp4308F308YtTttAt44AY.250.000024
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---44AY.430.000018
ORF1ab/nsp4308F308del1Ttt-tt34B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp4308F308del1ttTtt-14B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---44B.1.617.20.000015
ORF1ab/nsp4308F308FttTttC33AY.1030.000019
ORF1ab/nsp4308F308LttTttA33AY.700.000626
ORF1ab/nsp4308F308FttTttC33AY.740.000347
ORF1ab/nsp4308F308LTttCtt23B.1.10.000036
ORF1ab/nsp4308F308LttTttA13B.1.10.000018
ORF1ab/nsp4308F308LTttCtt33B.1.1.330.001263
ORF1ab/nsp4308F308TTTtACt33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp4308F308del2TTt--t23B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp4308F308del2tTTt--13B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp4308F308LTttCtt33B.1.1600.000094
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---33B.1.177.40.000633
ORF1ab/nsp4308F308LTttCtt33B.1.177.440.001557
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---33B.1.177.870.002183
ORF1ab/nsp4308F308YtTttAt33B.1.2390.003663
ORF1ab/nsp4308F308LTttCtt23B.1.3510.000059
ORF1ab/nsp4308F308LttTttG13B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp4308F308TTTtACt33B.1.5250.000339
ORF1ab/nsp4308F308ITttAtt23B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp4308F308LttTttG23B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp4308F308LTttCtt13B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp4308F308ITtTAtA13B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp4308F308GTTtGGt22All0
ORF1ab/nsp4308F308CtTttGt22AY.1000.000092
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---22AY.1110.000366
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---22AY.1200.000074
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---22AY.190.002281
ORF1ab/nsp4308F308FttTttC22AY.30.00002
ORF1ab/nsp4308F308TTTtACt22AY.430.000009
ORF1ab/nsp4308F308ITttAtt22AY.430.000009
ORF1ab/nsp4308F308StTttCt22AY.430.000009
ORF1ab/nsp4308F308FttTttC22AY.440.000012
ORF1ab/nsp4308F308LttTttG22AY.440.000012
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---22AY.46.20.001271
ORF1ab/nsp4308F308YtTttAt22AY.7.10.000225
ORF1ab/nsp4308F308TTTtACt22AY.840.000875
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---22AY.90.000135
ORF1ab/nsp4308F308del1Ttt-tt22B.10.000018
ORF1ab/nsp4308F308VTttGtt22B.10.000018
ORF1ab/nsp4308F308VTttGtt22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---22B.1.1.3110.000716
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---22B.1.1.3120.003824
ORF1ab/nsp4308F308LttTttG22B.1.1.630.000772
ORF1ab/nsp4308F308StTttCt22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp4308F308YtTttAt22B.1.1570.00597
ORF1ab/nsp4308F308LTttCtt22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---22B.1.177.160.001329
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---22B.1.177.180.00232
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp4308F308FttTttC22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp4308F308LTttCtt22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp4308F308LTttCtt12B.1.258.170.000104
ORF1ab/nsp4308F308LttTttA12B.1.258.170.000104
ORF1ab/nsp4308F308StTttCt22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp4308F308YtTttAt110.055556
ORF1ab/nsp4308F308YtTttAt11A.30.002096
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---11AD.20.000219
ORF1ab/nsp4308F308NTTtAAt11All0
ORF1ab/nsp4308F308PTTtCCt11All0
ORF1ab/nsp4308F308CtTttGt11AY.10.000396
ORF1ab/nsp4308F308ITttAtt11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp4308F308YtTttAt11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp4308F308VTttGtt11AY.1110.000183
ORF1ab/nsp4308F308VTttGtt11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp4308F308LTttCtt11AY.160.00038
ORF1ab/nsp4308F308LTttCtt11AY.230.00007
ORF1ab/nsp4308F308TTTtACt11AY.230.00007
ORF1ab/nsp4308F308del1Ttt-tt11AY.250.000006
ORF1ab/nsp4308F308del2tTTt--11AY.260.000028
ORF1ab/nsp4308F308FttTttC11AY.270.000065
ORF1ab/nsp4308F308ITttAtt11AY.330.000067
ORF1ab/nsp4308F308StTttCt11AY.330.000067
ORF1ab/nsp4308F308TTTtACt11AY.330.000067
ORF1ab/nsp4308F308TTTtACt11AY.340.000097
ORF1ab/nsp4308F308LTttCtt11AY.340.000097
ORF1ab/nsp4308F308ITttAtt11AY.340.000097
ORF1ab/nsp4308F308StTttCt11AY.340.000097
ORF1ab/nsp4308F308StTttCt11AY.40.000002
ORF1ab/nsp4308F308VTttGtt11AY.40.000002
ORF1ab/nsp4308F308LTttCtt11AY.40.000002
ORF1ab/nsp4308F308TTTtACt11AY.420.00004
ORF1ab/nsp4308F308VTttGtt11AY.430.000004
ORF1ab/nsp4308F308LttTttG11AY.430.000004
ORF1ab/nsp4308F308del2tTTt--11AY.440.000006
ORF1ab/nsp4308F308YtTttAt11AY.440.000006
ORF1ab/nsp4308F308YtTttAt11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp4308F308FttTttC11AY.470.000031
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---11AY.520.000814
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---11AY.60.000041
ORF1ab/nsp4308F308FttTttC11AY.60.000041
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---11AY.600.000938
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---11AY.720.001361
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---11AY.99.10.001553
ORF1ab/nsp4308F308VTttGtt11B0.000128
ORF1ab/nsp4308F308TTTtACt11B0.000128
ORF1ab/nsp4308F308ITttAtt11B.10.000009
ORF1ab/nsp4308F308GTTtGGt11B.10.000009
ORF1ab/nsp4308F308CtTttGt11B.10.000009
ORF1ab/nsp4308F308NTTtAAt11B.10.000009
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp4308F308CtTttGt11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp4308F308ITttAtt11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp4308F308VTttGtt11B.1.1.1640.005155
ORF1ab/nsp4308F308YtTttAt11B.1.1.1760.000439
ORF1ab/nsp4308F308FttTttC11B.1.1.1980.001468
ORF1ab/nsp4308F308LttTttG11B.1.1.2630.001558
ORF1ab/nsp4308F308YtTttAt11B.1.1.2650.003155
ORF1ab/nsp4308F308StTttCt11B.1.1.280.000311
ORF1ab/nsp4308F308YtTttAt11B.1.1.3180.000302
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---11B.1.1.3610.045455
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---11B.1.1.370.000193
ORF1ab/nsp4308F308LttTttG11B.1.1.3720.000689
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---11B.1.1.390.00051
ORF1ab/nsp4308F308YtTttAt11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp4308F308VTttGtt11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp4308F308ITttAtt11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---11B.1.1.700.000341
ORF1ab/nsp4308F308YtTttAt11B.1.1390.000733
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---11B.1.160.230.004831
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---11B.1.160.70.002079
ORF1ab/nsp4308F308YtTttAt11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---11B.1.177.100.000878
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---11B.1.177.110.001698
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---11B.1.177.150.000631
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---11B.1.177.190.001431
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---11B.1.177.20.004545
ORF1ab/nsp4308F308LTttCtt11B.1.177.310.011494
ORF1ab/nsp4308F308CtTttGt11B.1.177.40.000211
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---11B.1.177.540.000606
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---11B.1.177.580.001332
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---11B.1.177.60.000977
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---11B.1.177.690.001484
ORF1ab/nsp4308F308LTttCtt11B.1.177.730.000566
ORF1ab/nsp4308F308VTttGtt11B.1.177.810.000189
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---11B.1.177.90.001332
ORF1ab/nsp4308F308YtTttAt11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp4308F308FttTttC11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp4308F308YtTttAt11B.1.2340.000132
ORF1ab/nsp4308F308LTttCtt11B.1.2430.00007
ORF1ab/nsp4308F308LTttCtt11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp4308F308ITttAtt11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---11B.1.360.000146
ORF1ab/nsp4308F308YtTttAt11B.1.36.100.004785
ORF1ab/nsp4308F308VTttGtt11B.1.36.170.000494
ORF1ab/nsp4308F308delTTT---11B.1.36.180.00042
ORF1ab/nsp4308F308CtTttGt11B.1.3620.001541
ORF1ab/nsp4308F308LTttCtt11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp4308F308ITttAtt11B.1.5250.000113
ORF1ab/nsp4308F308StTttCt11B.1.5250.000113
ORF1ab/nsp4308F308FttTttC11B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp4308F308YtTttAt11B.1.5770.000687
ORF1ab/nsp4308F308LttTttG11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp4308F308del1Ttt-tt11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp4308F308YtTttAt11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp4308F308LTttCtt11B.1.6060.006024
ORF1ab/nsp4308F308GTTtGGt11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp4308F308FttTttC11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp4308F308CtTttGt11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp4308F308del1Ttt-tt11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp4308F308PTTtCCt11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp4308F308LttTttA11B.1.6200.000946
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