CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp4 : CodonNum = 307 & Codon = gTt

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp4307A307VA3070VnonsyngCtgTt9044904419473-9475

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt90449044All0.00173
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22462246AY.40.003496
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt17331733AY.1010.849926
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt600600AY.440.003652
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt565565B.1.617.20.002127
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt341341AY.30.003392
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt266266AY.1030.001652
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt256256B.1.20.002254
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt249249AY.250.001498
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt211211AY.430.000935
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt202202AY.390.004992
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt130130B.1.1770.001712
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt120120B.10.001099
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt115115AY.1190.00406
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt114114B.1.1.70.000102
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt109109B.1.10.001977
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt101101AY.200.003925
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt9797AY.330.006477
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt7676B.1.1600.00237
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt6969AY.99.20.006359
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt6161AY.1020.001617
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt6161AY.4.20.001323
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt5353AY.1140.012249
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt5151AY.1000.002346
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt5151AY.60.002098
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt5050AY.750.002801
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt4949AY.290.000773
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt4242B.1.1.10.013721
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt2929AY.1180.001817
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt2929B.1.1.330.012205
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt2626B.1.1.5190.001032
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt2424B.1.2210.001705
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt2323B.1.5750.006978
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt2222AY.50.000454
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt2222B.1.2340.002903
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt2121AY.120.10.006742
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt2020B.1.2430.001392
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt1919AY.420.000764
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt1919B.1.5960.001656
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt1919W.40.025676
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt1818D.20.001351
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt1717AY.1060.005693
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt1717AY.4.50.001827
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt1717P.10.000268
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt1515AY.1170.001268
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt1414AY.46.60.001011
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt1414B0.001789
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt1414B.1.2580.000932
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt1313B.1.1670.101562
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt1212AY.230.000837
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt1212AY.3.10.001023
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt1212B.1.4290.000282
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt1111AY.1200.000409
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt1111AY.450.001339
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt1111AY.98.10.000533
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt1010AY.260.000283
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt1010AY.39.10.000396
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt1010B.1.4970.003148
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt99AY.1210.001218
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt99B.1.1.280.002801
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt99B.1.1.4340.003137
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt88B.1.177.210.000612
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt88B.1.360.001167
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt88B.400.002914
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt77AY.1100.000789
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt77AY.460.000729
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt77AY.610.000733
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt77AY.980.000553
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt77B.1.4860.777778
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt66AY.29.10.001323
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt66AY.340.000582
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt66AY.350.001398
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt66B.1.177.320.008097
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt66B.1.177.730.003398
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt66B.1.177.770.004357
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt66B.1.5610.002382
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt66B.1.6230.003219
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt55AY.120.00158
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt55AY.740.000578
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt55AY.910.003652
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt55B.1.1.2220.00102
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt55B.1.1.250.002843
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt55B.1.1.4320.006329
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt55B.1.4270.000252
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt55B.1.6210.000443
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt44AY.1110.000733
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt44AY.320.00213
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt44AY.620.001743
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt44AY.850.001709
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt44AY.9.20.000147
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt44AY.960.008299
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt44B.1.1.2840.00043
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt44B.1.1.3690.001785
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt44B.1.1.3850.017857
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt44B.1.1.5210.02139
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt44B.1.2010.022727
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt44B.1.438.10.000429
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt44B.1.5770.002749
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt44B.1.840.083333
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt33AY.20.001068
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt33AY.4.2.10.000447
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt33AY.480.001395
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt33AY.540.000286
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt33AY.590.001589
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt33AY.680.000821
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt33AY.75.10.000541
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt33AY.840.001312
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt33AY.90.000203
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt33B.1.1.1530.003286
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt33B.1.1.3820.107143
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt33B.1.1.80.010753
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt33B.1.130.007126
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt33B.1.177.40.000633
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt33B.1.36.80.003
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt33B.1.4000.001287
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt33B.1.5090.002597
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt33B.1.5260.000071
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt33B.1.5880.00273
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt33B.1.5950.000783
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt33P.1.40.00293
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt33R.10.00027
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22A0.000774
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22AY.10.000791
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22AY.270.000129
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22AY.360.000296
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22AY.46.40.000329
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22AY.470.000062
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22AY.5.30.000675
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22AY.560.00321
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22AY.7.10.000225
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22B.1.1.1170.019417
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22B.1.1.1780.083333
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22B.1.1.2770.001517
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22B.1.1.2860.005797
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22B.1.1.3110.000716
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22B.1.1.3180.000604
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22B.1.1.630.000772
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22B.1.110.10.2
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22B.1.160.160.001859
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22B.1.160.90.014388
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22B.1.177.380.020833
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22B.1.177.600.000437
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22B.1.177.650.001331
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22B.1.177.810.000379
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22B.1.177.860.000367
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22B.1.2060.001631
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22B.1.2400.000431
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22B.1.2500.028986
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22B.1.258.160.003273
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22B.1.2800.014286
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22B.1.30.005236
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22B.1.3320.006993
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22B.1.3510.000059
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22B.1.3620.003082
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22B.1.3910.002255
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22B.1.4090.001563
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22B.1.5550.044444
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22B.1.6090.000959
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22B.1.617.10.000258
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22B.100.016529
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22B.3.10.003317
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22B.40.004415
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22C.370.000232
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22P.20.000373
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt22Q.10.000253
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt110.055556
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11A.10.000282
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11A.2.5.20.001572
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11A.30.002096
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11AW.10.003049
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11AY.1070.000466
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11AY.1160.000287
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11AY.120.2.10.000498
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11AY.130.000161
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11AY.160.00038
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11AY.34.10.00051
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11AY.4.30.000842
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11AY.410.000294
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11AY.46.10.001027
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11AY.46.30.000934
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11AY.5.40.000277
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11AY.550.000917
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11AY.690.000187
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11AY.700.000209
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11AY.810.001992
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11AY.920.000287
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11AY.990.001049
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11AY.99.10.001553
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.1.100.001115
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.1.1010.01
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.1.1690.018182
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.1.1800.010753
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.1.1980.001468
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.1.2070.001182
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.1.2080.012195
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.1.2140.000055
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.1.2210.010101
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.1.2400.004695
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.1.2540.011236
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.1.2630.001558
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.1.2650.003155
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.1.2660.012195
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.1.2690.001353
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.1.2910.000742
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.1.3040.002809
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.1.3050.003861
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.1.3170.000412
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.1.370.000193
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.1.390.00051
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.1.410.006329
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.1.4190.007407
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.1.4400.011765
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.1.4470.035714
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.1.4580.041667
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.1.550.012987
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.1.580.005376
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.1030.019231
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.1080.005814
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.110.30.000718
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.120.008
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.1390.000733
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.1590.012195
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.160.220.006757
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.160.280.002924
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.160.310.008065
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.160.70.002079
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.177.160.000664
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.177.170.000821
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.177.30.007634
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.177.50.001242
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.177.540.000606
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.177.570.000281
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.177.680.015152
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.177.750.001041
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.177.790.002342
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.177.80.000752
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.177.830.001481
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.177.90.001332
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.1820.007246
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.1920.009259
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.2100.002132
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.2110.025
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.214.20.0006
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.2200.01087
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.221.20.004016
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.2220.001692
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.2370.004975
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.2410.000812
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.2510.021739
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.2540.025
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.258.110.000396
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.258.140.00098
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.258.170.000104
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.258.240.010753
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.2650.001271
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.3010.005917
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.3550.011111
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.36.170.000494
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.36.220.001208
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.36.270.000763
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.36.360.000602
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.36.380.001642
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.3610.001289
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.3670.000792
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.3690.000285
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.3710.001122
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.3750.00082
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.3780.006849
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.3980.002976
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.4080.00369
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.4590.004082
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.4700.001404
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.4730.019231
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.5230.002451
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.5270.003704
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.5490.007194
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.5540.004405
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.5580.004566
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.5600.00463
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.5640.000426
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.5670.003333
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.5740.002151
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.575.10.002439
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.6050.005952
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.6070.052632
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.1.970.025641
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.110.005128
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.30.000831
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.380.02381
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.520.010101
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11B.6.60.000889
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11C.10.002392
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11P.1.140.000048
ORF1ab/nsp4307A307VgCtgTt11P.1.60.001946

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.