CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp4 : CodonNum = 292 & Codon = atT

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp4	292	I292I	I3055I	syn	atC	atT	24036	23986	0.99792	9428-9430

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	23986	24036	All	0.004588
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	6040	6044	B.1.1.7	0.005407
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	4152	4152	AY.4	0.006462
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	959	959	B.1.389	0.960922
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	721	725	B.1.617.2	0.002715
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	609	609	B.1.1.523	0.951562
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	600	600	B.1.1.189	0.907716
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	576	580	B.1.2	0.005072
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	566	566	B.1.400	0.242814
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	543	543	AY.43	0.002406
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	511	514	B.1	0.004681
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	438	438	B.1.177	0.005767
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	342	342	B.1.526	0.008039
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	339	339	AY.103	0.002105
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	322	337	B.1.1	0.005841
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	278	278	B.1.429	0.006541
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	263	263	AY.3	0.002616
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	257	257	B.1.160	0.008015
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	214	214	B.1.1.429	0.986175
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	211	211	B.1.1.222	0.043044
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	206	206	AY.25	0.001239
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	206	206	P.1	0.003245
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	198	198	AY.46	0.020608
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	195	195	B.1.427	0.009847
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	188	188	B.1.416.1	0.29375
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	182	185	AY.44	0.001108
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	176	177	AY.102	0.004666
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	140	140	AY.39	0.00346
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	139	139	AY.23	0.009695
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	123	123	B.1.1.236	0.848276
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	119	119	AY.33	0.007947
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	117	117	AY.4.2	0.002538
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	104	104	AY.119	0.003672
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	92	92	AY.29	0.001451
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	89	89	B.1.36	0.012985
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	79	82	B.1.351	0.002348
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	80	80	B.1.596	0.006971
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	75	75	AY.46.4	0.012338
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	73	73	B.1.521	0.363184
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	71	71	B.1.1.519	0.002819
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	69	70	AY.5	0.001425
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	69	69	AY.20	0.002682
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	65	67	AY.26	0.00184
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	66	66	AY.47	0.002053
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	58	58	B.1.617.1	0.00748
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	56	56	B.1.177.48	0.175
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	55	55	AY.120	0.002045
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	55	55	B.1.258	0.00366
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	53	53	AY.61	0.005553
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	52	52	B.1.243	0.003618
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	50	50	AY.74	0.005782
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	46	46	L.3	0.163121
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	45	45	B.1.460	0.803571
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	45	45	XA	1
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	41	41	B.1.509	0.035498
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	40	40	B.1.595	0.010438
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	39	39	AL.1	0.506494
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	38	38	P.1.14	0.001816
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	37	37	B.1.126	0.047194
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	36	36	AY.94	0.015936
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	35	35	B.1.234	0.004618
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	35	35	B.1.396	0.0247
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	34	34	B.1.1.420	0.034205
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	34	34	C.37	0.003946
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	33	33	AY.113	0.004699
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	33	33	AY.42	0.001328
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	33	33	Q.8	0.005442
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	32	32	B.1.258.17	0.003327
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	31	31	AY.53	0.008913
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	29	29	AY.100	0.001334
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	29	29	B.1.177.4	0.006121
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	29	29	B.1.258.3	0.048576
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	29	29	P.1.10	0.007815
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	27	27	B.1.1.318	0.008147
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	27	27	B.1.221	0.001918
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	25	25	AY.118	0.001566
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	25	25	AY.45	0.003042
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	25	25	B.1.111	0.029377
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	25	25	B.1.438.1	0.002682
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	23	23	AY.9.2	0.000845
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	23	23	B.1.1.369	0.010263
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	22	22	AY.3.1	0.001876
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	22	22	B.1.517	0.009394
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	21	21	AY.121	0.002842
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	21	21	B.1.1.316	0.019426
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	20	20	B.1.1.141	0.040241
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	20	20	P.1.17	0.003235
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	20	20	R.1	0.0018
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	19	19	D.2	0.001426
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	18	18	AY.39.1	0.000713
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	18	18	AY.6	0.00074
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	18	18	B	0.002301
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	18	18	B.1.1.282	0.209302
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	18	18	B.1.240	0.00388
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	18	18	P.1.1	0.005718
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	17	17	A	0.006579
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	17	17	P.1.15	0.00395
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	17	17	P.1.7	0.005428
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	16	16	AY.116.1	0.004983
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	16	16	B.1.1.277	0.01214
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	16	16	B.1.1.348	0.012739
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	16	16	B.1.1.70	0.005457
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	16	16	B.1.621	0.001416
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	15	15	AY.99.2	0.001382
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	14	14	AY.75	0.000784
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	14	14	B.1.1.1	0.004574
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	14	14	B.1.160.22	0.094595
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	14	14	B.1.565	0.011345
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	14	14	B.3	0.011628
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	13	13	AY.5.3	0.004386
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	13	13	AY.69	0.002427
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	13	13	AY.9	0.000879
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	13	13	B.1.1.214	0.000721
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	13	13	B.1.177.58	0.01731
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	13	13	B.1.561	0.005161
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	13	13	W.4	0.017568
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	12	12	AY.116	0.003441
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	12	12	AY.46.6	0.000866
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	12	12	AY.98.1	0.000581
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	12	12	B.1.1.28	0.003735
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	12	12	B.1.525	0.001358
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	12	12	B.1.637	0.000877
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	9	11	A.2.5	0.004491
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	11	11	AY.30	0.004353
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	11	11	AY.35	0.002564
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	11	11	B.1.177.12	0.001669
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	11	11	B.1.439	0.065089
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	11	11	B.1.628	0.003876
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	11	11	C.36	0.010018
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	9	10	AY.10	0.004769
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	10	10	AY.54	0.000953
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	10	10	B.1.1.115	0.089286
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	10	10	B.1.1.286	0.028986
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	10	10	B.1.13	0.023753
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	10	10	B.1.177.8	0.007524
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	10	10	B.1.36.17	0.004941
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	10	10	B.1.36.29	0.005173
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	10	10	B.1.466.2	0.003912
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	10	10	P.2	0.001866
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	9	9	B.1.177.21	0.000688
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	9	9	B.1.177.69	0.013353
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	9	9	B.1.391	0.010147
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	9	9	B.1.482	0.75
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	9	9	B.40	0.003279
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	9	9	Q.1	0.001137
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	8	8	AY.16.1	0.003759
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	8	8	AY.29.1	0.001764
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	8	8	AY.4.5	0.00086
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	8	8	AY.63	0.003095
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	8	8	AY.9.1	0.00067
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	8	8	B.1.1.284	0.000859
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	8	8	B.1.1.291	0.005939
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	8	8	B.1.1.306	0.003507
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	8	8	B.1.160.16	0.007435
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	8	8	B.1.36.18	0.003361
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	8	8	B.1.369	0.002282
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	8	8	B.1.409	0.00625
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	7	7	AY.24	0.003017
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	7	7	AY.34.1	0.00357
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	7	7	AY.4.3	0.005892
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	7	7	B.1.1.37	0.00135
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	7	7	B.1.1.397	0.015766
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	6	6	A.21	0.01662
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	6	6	AY.105	0.003859
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	5	6	AY.16	0.001898
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	6	6	AY.34	0.000582
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	6	6	AY.7	0.001176
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	6	6	B.1.1.207	0.007092
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	6	6	B.1.1.216	0.005343
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	6	6	B.1.1.326	0.010563
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	6	6	B.1.1.39	0.003058
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	6	6	B.1.1.432	0.007595
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	6	6	B.1.1.442	0.111111
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	6	6	B.1.1.521	0.032086
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	6	6	B.1.131	0.052632
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	6	6	B.1.160.32	0.025751
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	6	6	B.1.177.53	0.014354
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	6	6	B.1.177.57	0.001686
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	6	6	B.1.177.81	0.001136
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	5	6	B.1.351.2	0.001513
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	6	6	B.1.367	0.004754
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	6	6	B.1.609	0.002876
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	6	6	C.36.3	0.003403
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	6	6	P.4	0.022814
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	6	6	Q.4	0.002729
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	5	A.1	0.000564
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	5	5	AD.2	0.001095
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	5	5	AY.110	0.000563
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	5	5	AY.40	0.004822
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	5	5	AY.46.2	0.003177
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	5	5	AY.46.5	0.000992
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	5	5	AY.5.4	0.001384
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	5	5	AY.64	0.002976
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	5	5	AY.7.1	0.000564
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	5	5	AY.79	0.006053
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	5	5	AY.84	0.002187
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	5	5	AY.85	0.002136
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	5	5	AY.98	0.000395
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	5	5	B.1.1.301	0.005896
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	5	5	B.1.1.409	0.014164
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	5	5	B.1.1.63	0.001929
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	5	5	B.1.1.89	0.030303
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	5	5	B.1.177.10	0.00439
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	5	5	B.1.177.32	0.006748
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	5	5	B.1.177.44	0.002595
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	5	5	B.1.177.86	0.000917
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	5	5	B.1.311	0.001373
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	5	5	B.1.351.3	0.004382
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	5	5	B.1.36.27	0.003817
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	5	5	B.1.639	0.108696
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	5	5	P.1.2	0.00578
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	5	5	Q.2	0.003067
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	4	4	AM.4	0.014286
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	4	4	AY.111	0.000733
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	4	4	AY.117	0.000338
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	4	4	AY.120.1	0.001284
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	4	4	AY.13	0.000644
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	4	4	AY.14	0.000352
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	4	4	AY.55	0.00367
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	4	4	AY.68	0.001095
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	4	4	AY.70	0.000834
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	4	4	AY.91	0.002922
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	4	4	AY.92	0.001149
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	4	4	AY.99	0.004197
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	4	4	B.1.1.170	0.004988
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	4	4	B.1.1.317	0.001647
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	4	4	B.1.1.33	0.001684
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	4	4	B.1.177.18	0.00464
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	4	4	B.1.177.7	0.000659
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	4	4	B.1.350	0.01173
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	4	4	B.1.36.10	0.019139
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	4	4	B.1.361	0.005155
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	4	4	B.1.588	0.00364
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	4	4	B.1.612	0.01061
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	4	4	C.1.2	0.017021
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	4	4	W.3	0.021053
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	3	3	A.2	0.001985
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	3	3	AY.108	0.003308
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	3	3	AY.27	0.000194
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	3	3	AY.38	0.001498
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	3	3	AY.4.2.1	0.000447
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	3	3	AY.77	0.003382
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	3	3	AY.95	0.002283
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	3	3	B.1.1.128	0.021277
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	3	3	B.1.1.133	0.025424
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	3	3	B.1.1.165	0.046154
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	3	3	B.1.1.25	0.001706
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	3	3	B.1.1.263	0.004673
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	3	3	B.1.1.309	0.017544
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	3	3	B.1.1.464	0.004418
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	3	3	B.1.1.52	0.036585
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	3	3	B.1.1.526	0.010638
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	3	3	B.1.128	0.001906
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	3	3	B.1.139	0.002199
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	3	3	B.1.177.35	0.002073
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	3	3	B.1.177.52	0.005272
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	3	3	B.1.177.60	0.000655
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	3	3	B.1.235	0.007557
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	3	3	B.1.239	0.003663
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	3	3	B.1.241	0.002435
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	3	3	B.1.258.2	0.013514
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	3	3	B.1.265	0.003812
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	3	3	B.1.338	0.025862
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	3	3	B.1.408	0.01107
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	3	B.1.416	0.002538
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	3	3	B.1.497	0.000944
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	3	3	B.1.551	0.003871
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	3	3	B.1.577	0.002062
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	3	3	B.1.621.1	0.001517
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	3	3	C.14	0.012987
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	3	3	C.2	0.048387
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	3	3	C.35	0.002322
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	3	3	P.6	0.009434
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	A.2.5.2	0.003145
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	A.23.1	0.001408
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	AW.1	0.006098
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	AY.11	0.002677
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	AY.12	0.000632
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	AY.23.1	0.000835
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	AY.32	0.001065
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	AY.36	0.000296
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	AY.37	0.000632
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	AY.46.3	0.001867
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	AY.51	0.001818
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	AY.59	0.001059
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	AY.65	0.001066
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	AY.73	0.001331
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	AY.75.1	0.000361
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	AY.82	0.002714
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	AY.88	0.001768
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.1.10	0.00223
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.1.159	0.009346
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.1.208	0.02439
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.1.220	0.003717
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.1.227	0.008696
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.1.261	0.017241
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.1.269	0.002706
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.1.305	0.007722
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.1.311	0.000716
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.1.312	0.003824
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.1.362	0.011236
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.1.372	0.001377
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.1.385	0.008929
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.1.398	0.006452
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.1.486	0.003155
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.1.54	0.006042
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.110.3	0.001437
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.177.11	0.003396
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.177.15	0.001262
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.177.17	0.001642
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.177.23	0.006472
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.177.38	0.020833
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.177.46	0.001837
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.177.75	0.002081
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.177.87	0.001456
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.236	0.004107
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.279	0.001027
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.329	0.001215
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.340	0.008584
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.36.1	0.002281
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.36.21	0.00432
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.39	0.007812
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.468	0.011429
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.499	0.002101
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.503	0.004975
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.511	0.068966
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.564	0.000852
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.575	0.000607
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.576	0.001813
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.581	0.018868
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.618	0.008065
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.623	0.001073
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.627	0.00404
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.631	0.006734
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	B.23	0.005848
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	C.8	0.008929
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	N.5	0.003534
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	2	2	S.1	0.009901
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	AA.4	0.009091
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	AF.1	0.037037
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	AM.3	0.033333
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	AP.1	0.001502
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.101	0.00049
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.104	0.001984
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.106	0.000335
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.107	0.000466
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.109	0.00074
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.114	0.000231
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.120.2	0.001285
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.21	0.001898
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.28	0.00189
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.4.4	0.000409
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.41	0.000294
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.48	0.000465
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.5.2	0.002463
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.52	0.000814
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.62	0.000436
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.67	0.000464
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.71	0.000475
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.8	0.000606
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.93	0.000273
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	AZ.4	0.003356
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.13	0.035714
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.135	0.004695
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.138	0.006061
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.148	0.008772
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.157	0.000913
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.161	0.003534
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.176	0.000439
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.194	0.00495
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.231	0.003096
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.243	0.004082
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.26	0.005236
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.266	0.012195
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.289	0.002083
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.294	0.001266
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.299	0.012195
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.304	0.002809
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.308	0.011765
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.31	0.066667
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.353	0.020833
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.356	0.008547
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.365	0.005587
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.403	0.025641
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.419	0.007407
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.428	0.009434
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.44	0.00241
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.448	0.002033
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.461	0.012048
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.507	0.008696
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.51	0.001718
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.514	0.038462
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.74	0.00431
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.104	0.00369
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.127	0.002198
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.140	0.018868
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.147	0.000756
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.157	0.002985
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.160.14	0.002119
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.160.26	0.002421
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.160.30	0.002976
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.164	0.014925
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.177.16	0.000664
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.177.24	0.001295
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.177.54	0.000606
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.177.56	0.000668
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.177.6	0.000977
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.177.62	0.001192
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.177.77	0.000726
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.177.80	0.001912
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.177.82	0.000477
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.177.83	0.001481
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.177.9	0.001332
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.189	0.004292
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.206	0.000816
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.212	0.016667
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.214	0.003663
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.221.1	0.002907
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.222	0.001692
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.223	0.002778
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.23	0.006061
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.258.20	0.015873
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.258.9	0.005
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.260	0.003344
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.306	0.005714
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.313	0.006579
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.315	0.006061
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.320	0.001245
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.349	0.000715
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.356	0.001727
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.36.16	0.001425
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.36.36	0.000602
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.36.37	0.002778
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.36.8	0.001
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.36.9	0.003215
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.375	0.00082
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.378	0.006849
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.388	0.090909
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.397	0.004854
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.398	0.002976
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.411	0.003704
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.429.1	0.012048
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.441	0.009615
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.448	0.002625
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.459	0.004082
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.462	0.007246
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.470	0.001404
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.471	0.002732
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.474	0.001901
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.492	0.007042
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.501	0.007353
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.516	0.001957
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.542	0.03125
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.546	0.003704
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.554	0.004405
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.555	0.022222
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.558	0.004566
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.560	0.00463
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.567	0.003333
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.580	0.004065
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.590	0.004545
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.600	0.005848
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.603	0.010638
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.619	0.000871
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.8	0.001972
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.88.1	0.004808
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.9.4	0.006135
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.3.1	0.001658
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.4	0.002208
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.4.5	0.011905
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.45	0.003831
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.6.6	0.000889
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	B.6.8	0.008264
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	C.1	0.002392
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	C.16	0.00106
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	C.2.1	0.006667
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	C.22	0.071429
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	C.26	0.007353
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	N.4	0.004255
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	P.1.11	0.010204
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	P.1.12	0.000484
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	P.1.16	0.000374
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	P.1.6	0.001946
ORF1ab/nsp4	292	I292I	atC	atT	1	1	Q.3	0.000145

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.