CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp4 : CodonNum = 217

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp4	217	D217N	D2980N	nonsyn	Gat	Aat	19905	19903	0.9999	9203-9205
ORF1ab/nsp4	217	D217N	D2980N	nonsyn	GaT	AaC	19905	2	0.000100477	9203-9205
ORF1ab/nsp4	217	D217G	D2980G	nonsyn	gAt	gGt	10055	10053	0.999801	9203-9205
ORF1ab/nsp4	217	D217G	D2980G	nonsyn	gAT	gGC	10055	1	0.000099453	9203-9205
ORF1ab/nsp4	217	D217G	D2980G	nonsyn	gAT	gGA	10055	1	0.000099453	9203-9205
ORF1ab/nsp4	217	D217A	D2980A	nonsyn	gAt	gCt	864	862	0.997685	9203-9205
ORF1ab/nsp4	217	D217A	D2980A	nonsyn	gAT	gCG	864	1	0.00115741	9203-9205
ORF1ab/nsp4	217	D217A	D2980A	nonsyn	gAT	gCC	864	1	0.00115741	9203-9205
ORF1ab/nsp4	217	D217D	D2980D	syn	gaT	gaC	643	643	1	9203-9205
ORF1ab/nsp4	217	D217H	D2980H	nonsyn	Gat	Cat	539	539	1	9203-9205
ORF1ab/nsp4	217	D217Y	D2980Y	nonsyn	Gat	Tat	231	231	1	9203-9205
ORF1ab/nsp4	217	D217E	D2980E	nonsyn	gaT	gaG	54	43	0.796296	9203-9205
ORF1ab/nsp4	217	D217E	D2980E	nonsyn	gaT	gaA	54	11	0.203704	9203-9205
ORF1ab/nsp4	217	D217del	D2980del	del	GAT	---	46	46	1	9203-9205
ORF1ab/nsp4	217	D217V	D2980V	nonsyn	gAt	gTt	22	22	1	9203-9205
ORF1ab/nsp4	217	D217del1	D2980del1	del	gaT	ga-	7	3	0.428571	9203-9205
ORF1ab/nsp4	217	D217del1	D2980del1	del	Gat	-at	7	2	0.285714	9203-9205
ORF1ab/nsp4	217	D217del1	D2980del1	del	gAt	g-t	7	1	0.142857	9203-9205
ORF1ab/nsp4	217	D217del1	D2980del1	del	GAt	-Gt	7	1	0.142857	9203-9205
ORF1ab/nsp4	217	D217C	D2980C	nonsyn	GAt	TGt	3	3	1	9203-9205
ORF1ab/nsp4	217	D217S	D2980S	nonsyn	GAt	AGt	3	3	1	9203-9205
ORF1ab/nsp4	217	D217L	D2980L	nonsyn	GAt	CTt	3	3	1	9203-9205
ORF1ab/nsp4	217	D217del2	D2980del2	del	gAT	g--	2	2	1	9203-9205
ORF1ab/nsp4	217	D217X	D2980X	nonsyn	GAT	TGA	2	1	0.5	9203-9205
ORF1ab/nsp4	217	D217X	D2980X	nonsyn	GaT	TaA	2	1	0.5	9203-9205
ORF1ab/nsp4	217	D217P	D2980P	nonsyn	GAt	CCt	2	1	0.5	9203-9205
ORF1ab/nsp4	217	D217P	D2980P	nonsyn	GAT	CCG	2	1	0.5	9203-9205
ORF1ab/nsp4	217	D217T	D2980T	nonsyn	GAt	ACt	2	1	0.5	9203-9205
ORF1ab/nsp4	217	D217T	D2980T	nonsyn	GAT	ACC	2	1	0.5	9203-9205
ORF1ab/nsp4	217	D217I	D2980I	nonsyn	GAt	ATt	1	1	1	9203-9205
ORF1ab/nsp4	217	D217Q	D2980Q	nonsyn	GaT	CaG	1	1	1	9203-9205

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	19903	19905	All	0.003807
ORF1ab/nsp4	217	D217N	GaT	AaC	2	19905	All	0
ORF1ab/nsp4	217	D217G	gAt	gGt	10053	10055	All	0.001923
ORF1ab/nsp4	217	D217G	gAT	gGC	1	10055	All	0
ORF1ab/nsp4	217	D217G	gAT	gGA	1	10055	All	0
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	8927	8927	B.1.617.2	0.033614
ORF1ab/nsp4	217	D217G	gAt	gGt	6817	6817	B.1.234	0.899459
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	4171	4171	AY.35	0.972034
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	1760	1760	AY.48	0.818605
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	1745	1745	C.36.3	0.98979
ORF1ab/nsp4	217	D217A	gAt	gCt	862	864	All	0.000165
ORF1ab/nsp4	217	D217A	gAT	gCG	1	864	All	0
ORF1ab/nsp4	217	D217A	gAT	gCC	1	864	All	0
ORF1ab/nsp4	217	D217D	gaT	gaC	643	643	All	0.000123
ORF1ab/nsp4	217	D217G	gAt	gGt	642	642	B.1.214.2	0.384892
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	604	605	P.3	0.963317
ORF1ab/nsp4	217	D217N	GaT	AaC	1	605	P.3	0.001595
ORF1ab/nsp4	217	D217G	gAt	gGt	593	593	A.27	0.981788
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	587	587	AY.16.1	0.275846
ORF1ab/nsp4	217	D217H	Gat	Cat	539	539	All	0.000103
ORF1ab/nsp4	217	D217H	Gat	Cat	518	518	P.1	0.008161
ORF1ab/nsp4	217	D217G	gAt	gGt	438	438	B.1	0.004012
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	327	327	C.36.3.1	0.888587
ORF1ab/nsp4	217	D217G	gAt	gGt	325	325	AY.47	0.010109
ORF1ab/nsp4	217	D217A	gAt	gCt	289	289	B.1.1.7	0.000259
ORF1ab/nsp4	217	D217G	gAt	gGt	263	263	B.1.1.7	0.000235
ORF1ab/nsp4	217	D217Y	Gat	Tat	231	231	All	0.000044
ORF1ab/nsp4	217	D217A	gAt	gCt	214	214	B.1.1.159	1
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	204	204	AY.44	0.001242
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	174	174	AY.13	0.02801
ORF1ab/nsp4	217	D217G	gAt	gGt	146	146	B.1.2	0.001286
ORF1ab/nsp4	217	D217Y	Gat	Tat	132	132	B.1.177.16	0.087708
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	127	127	AY.108	0.140022
ORF1ab/nsp4	217	D217G	gAt	gGt	118	118	B.1.258	0.007853
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	112	112	AY.23	0.007812
ORF1ab/nsp4	217	D217D	gaT	gaC	107	107	B.1.1.7	0.000096
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	104	104	B.1.1.7	0.000093
ORF1ab/nsp4	217	D217A	gAt	gCt	93	93	B.1.351	0.002765
ORF1ab/nsp4	217	D217A	gAt	gCt	83	83	AY.44	0.000505
ORF1ab/nsp4	217	D217D	gaT	gaC	83	83	B.1.177.57	0.023321
ORF1ab/nsp4	217	D217G	gAt	gGt	66	66	B.1.243	0.004593
ORF1ab/nsp4	217	D217D	gaT	gaC	65	65	B.1.1.130	1
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	60	60	AY.59	0.03178
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	59	59	B.1	0.00054
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	58	58	AY.92	0.016662
ORF1ab/nsp4	217	D217G	gAt	gGt	56	56	AY.103	0.000348
ORF1ab/nsp4	217	D217E	gaT	gaG	43	54	All	0.000008
ORF1ab/nsp4	217	D217E	gaT	gaA	11	54	All	0.000002
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	50	50	AY.68	0.013687
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	50	50	AY.98	0.00395
ORF1ab/nsp4	217	D217del	GAT	---	46	46	All	0.000009
ORF1ab/nsp4	217	D217D	gaT	gaC	46	46	AY.119	0.001624
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	46	46	B.1.2	0.000405
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	45	45	B.1.429	0.001059
ORF1ab/nsp4	217	D217D	gaT	gaC	44	44	B.1.351	0.001308
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	40	40	AY.66	0.042781
ORF1ab/nsp4	217	D217G	gAt	gGt	40	40	B.1.596	0.003486
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	39	39	AY.54	0.003719
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	35	35	AY.19	0.039909
ORF1ab/nsp4	217	D217G	gAt	gGt	34	34	B.1.1	0.000617
ORF1ab/nsp4	217	D217G	gAt	gGt	34	34	B.1.221	0.002415
ORF1ab/nsp4	217	D217D	gaT	gaC	34	34	B.1.617.2	0.000128
ORF1ab/nsp4	217	D217D	gaT	gaC	31	31	AY.25	0.000186
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	30	30	B.1.427	0.001515
ORF1ab/nsp4	217	D217D	gaT	gaC	29	29	AY.9.2	0.001065
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	29	29	C.36	0.026412
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	28	28	AY.37	0.00885
ORF1ab/nsp4	217	D217D	gaT	gaC	27	27	B.1.2	0.000238
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	26	26	AY.52	0.021173
ORF1ab/nsp4	217	D217Y	Gat	Tat	24	24	B.1.1.7	0.000021
ORF1ab/nsp4	217	D217G	gAt	gGt	24	24	B.1.177	0.000316
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	23	23	AY.103	0.000143
ORF1ab/nsp4	217	D217V	gAt	gTt	22	22	All	0.000004
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	20	20	AY.5.4	0.005534
ORF1ab/nsp4	217	D217G	gAt	gGt	19	19	A	0.007353
ORF1ab/nsp4	217	D217D	gaT	gaC	19	19	AY.4	0.00003
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	19	19	AY.43	0.000084
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	18	18	AY.116	0.005162
ORF1ab/nsp4	217	D217A	gAt	gCt	18	18	AY.4	0.000028
ORF1ab/nsp4	217	D217G	gAt	gGt	18	18	AY.43	0.00008
ORF1ab/nsp4	217	D217G	gAt	gGt	18	18	B.1.617.2	0.000068
ORF1ab/nsp4	217	D217D	gaT	gaC	16	16	B.1.1	0.00029
ORF1ab/nsp4	217	D217A	gAt	gCt	16	16	B.1.617.2	0.00006
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	15	15	AY.4	0.000023
ORF1ab/nsp4	217	D217G	gAt	gGt	15	15	B	0.001917
ORF1ab/nsp4	217	D217del	GAT	---	15	15	B.1.1.7	0.000013
ORF1ab/nsp4	217	D217A	gAt	gCt	15	15	B.1.2	0.000132
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	14	14	AY.15	0.031111
ORF1ab/nsp4	217	D217G	gAt	gGt	14	14	B.1.206	0.011419
ORF1ab/nsp4	217	D217A	gAt	gCt	14	14	P.1	0.000221
ORF1ab/nsp4	217	D217G	gAt	gGt	13	13	AY.3	0.000129
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	12	12	AY.47	0.000373
ORF1ab/nsp4	217	D217Y	Gat	Tat	12	12	B.1.1.316	0.011101
ORF1ab/nsp4	217	D217A	gAt	gCt	12	12	B.1.1.406	0.077922
ORF1ab/nsp4	217	D217A	gAt	gCt	12	12	B.1.177	0.000158
ORF1ab/nsp4	217	D217G	gAt	gGt	12	12	B.1.210	0.025586
ORF1ab/nsp4	217	D217G	gAt	gGt	12	12	B.1.517	0.005124
ORF1ab/nsp4	217	D217D	gaT	gaC	11	11	B.1	0.000101
ORF1ab/nsp4	217	D217A	gAt	gCt	10	11	B.1	0.000092
ORF1ab/nsp4	217	D217A	gAT	gCG	1	11	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp4	217	D217E	gaT	gaG	11	11	B.1.1	0.0002
ORF1ab/nsp4	217	D217G	gAt	gGt	11	11	B.1.214	0.040293
ORF1ab/nsp4	217	D217D	gaT	gaC	11	11	B.1.236	0.022587
ORF1ab/nsp4	217	D217G	gAt	gGt	11	11	B.1.429	0.000259
ORF1ab/nsp4	217	D217G	gAt	gGt	11	11	B.1.639	0.23913
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	11	11	P.1	0.000173
ORF1ab/nsp4	217	D217D	gaT	gaC	10	10	AY.3	0.000099
ORF1ab/nsp4	217	D217D	gaT	gaC	10	10	AY.43	0.000044
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	10	10	B.1.1	0.000181
ORF1ab/nsp4	217	D217G	gAt	gGt	10	10	B.1.1.10	0.011148
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	10	10	B.1.1.222	0.00204
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	9	9	AY.121	0.001218
ORF1ab/nsp4	217	D217G	gAt	gGt	9	9	AY.4	0.000014
ORF1ab/nsp4	217	D217G	gAt	gGt	9	9	AY.44	0.000055
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	9	9	AY.55	0.008257
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	9	9	AY.90	0.00616
ORF1ab/nsp4	217	D217G	gAt	gGt	9	9	B.1.36.29	0.004656
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	9	9	B.1.564	0.003833
ORF1ab/nsp4	217	D217G	gAt	gGt	9	9	P.1	0.000142
ORF1ab/nsp4	217	D217A	gAt	gCt	8	8	AY.102	0.000212
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	8	8	AY.24	0.003448
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	8	8	AY.25	0.000048
ORF1ab/nsp4	217	D217G	gAt	gGt	8	8	AY.29	0.000126
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	8	8	AY.77	0.009019
ORF1ab/nsp4	217	D217G	gAt	gGt	8	8	B.1.1.1	0.002614
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	8	8	B.1.1.63	0.003086
ORF1ab/nsp4	217	D217Y	Gat	Tat	8	8	B.1.177	0.000105
ORF1ab/nsp4	217	D217D	gaT	gaC	8	8	B.1.177	0.000105
ORF1ab/nsp4	217	D217del1	gaT	ga-	3	7	All	0.000001
ORF1ab/nsp4	217	D217del1	Gat	-at	2	7	All	0
ORF1ab/nsp4	217	D217del1	gAt	g-t	1	7	All	0
ORF1ab/nsp4	217	D217del1	GAt	-Gt	1	7	All	0
ORF1ab/nsp4	217	D217G	gAt	gGt	7	7	AY.4.2	0.000152
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	7	7	AY.62	0.00305
ORF1ab/nsp4	217	D217D	gaT	gaC	7	7	AY.75	0.000392
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	7	7	AY.75	0.000392
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	7	7	AY.87	0.005828
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	7	7	AY.98.1	0.000339
ORF1ab/nsp4	217	D217A	gAt	gCt	7	7	B.1.1	0.000127
ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	7	7	B.1.1.294	0.008861
ORF1ab/nsp4	217	D217A	gAt	gCt	7	7	B.1.160	0.000218
ORF1ab/nsp4	217	D217A	gAt	gCt	7	7	B.1.214.2	0.004197
ORF1ab/nsp4	217	D217D	gaT	gaC	7	7	B.1.258.17	0.000728
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ORF1ab/nsp4	217	D217N	Gat	Aat	1	1	Q.8	0.000165

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.