CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp4 : CodonNum = 199

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp4	199	I199I	I2962I	syn	atT	atC	1944	1257	0.646605	9149-9151
ORF1ab/nsp4	199	I199I	I2962I	syn	atT	atA	1944	687	0.353395	9149-9151
ORF1ab/nsp4	199	I199del	I2962del	del	ATT	---	60	60	1	9149-9151
ORF1ab/nsp4	199	I199V	I2962V	nonsyn	Att	Gtt	46	46	1	9149-9151
ORF1ab/nsp4	199	I199T	I2962T	nonsyn	aTt	aCt	10	9	0.9	9149-9151
ORF1ab/nsp4	199	I199T	I2962T	nonsyn	aTT	aCC	10	1	0.1	9149-9151
ORF1ab/nsp4	199	I199M	I2962M	nonsyn	atT	atG	8	8	1	9149-9151
ORF1ab/nsp4	199	I199F	I2962F	nonsyn	Att	Ttt	5	5	1	9149-9151
ORF1ab/nsp4	199	I199S	I2962S	nonsyn	aTt	aGt	5	4	0.8	9149-9151
ORF1ab/nsp4	199	I199S	I2962S	nonsyn	ATT	TCA	5	1	0.2	9149-9151
ORF1ab/nsp4	199	I199N	I2962N	nonsyn	aTt	aAt	4	4	1	9149-9151
ORF1ab/nsp4	199	I199Y	I2962Y	nonsyn	ATt	TAt	3	3	1	9149-9151
ORF1ab/nsp4	199	I199L	I2962L	nonsyn	Att	Ctt	2	2	1	9149-9151
ORF1ab/nsp4	199	I199H	I2962H	nonsyn	ATt	CAt	1	1	1	9149-9151
ORF1ab/nsp4	199	I199del1	I2962del1	del	Att	-tt	1	1	1	9149-9151

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	1257	1944	All	0.00024
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atA	687	1944	All	0.000131
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	892	892	B.1.1.153	0.976999
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atA	615	615	B.1.177.58	0.818908
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	72	102	B.1.1.7	0.000064
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atA	30	102	B.1.1.7	0.000027
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	88	88	B.1.1.192	0.203233
ORF1ab/nsp4	199	I199del	ATT	---	60	60	All	0.000011
ORF1ab/nsp4	199	I199V	Att	Gtt	46	46	All	0.000009
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	44	46	B.1.1	0.000798
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atA	2	46	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	12	24	B.1	0.00011
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atA	12	24	B.1	0.00011
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	20	20	AY.39	0.000494
ORF1ab/nsp4	199	I199del	ATT	---	19	19	B.1.1.7	0.000017
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	8	14	AY.4	0.000012
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atA	6	14	AY.4	0.000009
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	11	11	P.1	0.000173
ORF1ab/nsp4	199	I199T	aTt	aCt	9	10	All	0.000002
ORF1ab/nsp4	199	I199T	aTT	aCC	1	10	All	0
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	10	10	B.1.474	0.019011
ORF1ab/nsp4	199	I199V	Att	Gtt	9	9	AY.3	0.00009
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	9	9	B.1.2	0.000079
ORF1ab/nsp4	199	I199M	atT	atG	8	8	All	0.000002
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	8	8	B.1.234	0.001056
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	7	7	B.1.1.519	0.000278
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atA	4	7	B.1.177	0.000053
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	3	7	B.1.177	0.00004
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	5	7	B.1.617.2	0.000019
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atA	2	7	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	7	7	B.1.637	0.000512
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atA	6	6	A.28	0.015873
ORF1ab/nsp4	199	I199V	Att	Gtt	6	6	AY.44	0.000037
ORF1ab/nsp4	199	I199F	Att	Ttt	5	5	All	0.000001
ORF1ab/nsp4	199	I199S	aTt	aGt	4	5	All	0.000001
ORF1ab/nsp4	199	I199S	ATT	TCA	1	5	All	0
ORF1ab/nsp4	199	I199V	Att	Gtt	5	5	AY.4	0.000008
ORF1ab/nsp4	199	I199del	ATT	---	5	5	AY.4.5	0.000537
ORF1ab/nsp4	199	I199M	atT	atG	5	5	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp4	199	I199N	aTt	aAt	4	4	All	0.000001
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	4	4	AY.101	0.001962
ORF1ab/nsp4	199	I199Y	ATt	TAt	3	3		0.166667
ORF1ab/nsp4	199	I199N	aTt	aAt	3	3		0.166667
ORF1ab/nsp4	199	I199Y	ATt	TAt	3	3	All	0.000001
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atA	3	3	AY.103	0.000019
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atA	2	3	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	1	3	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp4	199	I199del	ATT	---	3	3	AY.43	0.000013
ORF1ab/nsp4	199	I199del	ATT	---	3	3	B.1.177	0.00004
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	3	3	B.1.351	0.000089
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	3	3	B.1.429	0.000071
ORF1ab/nsp4	199	I199del	ATT	---	3	3	B.1.617.2	0.000011
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	3	3	R.1	0.00027
ORF1ab/nsp4	199	I199L	Att	Ctt	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp4	199	I199V	Att	Gtt	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp4	199	I199L	Att	Ctt	2	2	All	0
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	2	2	AY.102	0.000053
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	2	2	AY.120.1	0.000642
ORF1ab/nsp4	199	I199V	Att	Gtt	2	2	AY.25	0.000012
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	1	2	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atA	1	2	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp4	199	I199V	Att	Gtt	2	2	AY.29	0.000032
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	2	2	AY.29	0.000032
ORF1ab/nsp4	199	I199M	atT	atG	2	2	AY.4	0.000003
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	2	2	AY.46	0.000208
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	2	2	AY.47	0.000062
ORF1ab/nsp4	199	I199F	Att	Ttt	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp4	199	I199T	aTt	aCt	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp4	199	I199V	Att	Gtt	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp4	199	I199V	Att	Gtt	2	2	B.1.177	0.000026
ORF1ab/nsp4	199	I199del	ATT	---	2	2	B.1.177.4	0.000422
ORF1ab/nsp4	199	I199V	Att	Gtt	2	2	B.1.221	0.000142
ORF1ab/nsp4	199	I199T	aTt	aCt	2	2	B.1.236	0.004107
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	2	2	B.1.243	0.000139
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	2	2	B.1.526	0.000047
ORF1ab/nsp4	199	I199V	Att	Gtt	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	2	2	B.1.620	0.001892
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	2	2	P.1.14	0.000096
ORF1ab/nsp4	199	I199F	Att	Ttt	1	1		0.055556
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	1	1	AA.1	0.007246
ORF1ab/nsp4	199	I199H	ATt	CAt	1	1	All	0
ORF1ab/nsp4	199	I199del1	Att	-tt	1	1	All	0
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp4	199	I199V	Att	Gtt	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp4	199	I199T	aTt	aCt	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp4	199	I199V	Att	Gtt	1	1	AY.113	0.000142
ORF1ab/nsp4	199	I199V	Att	Gtt	1	1	AY.118	0.000063
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp4	199	I199del	ATT	---	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp4	199	I199V	Att	Gtt	1	1	AY.120.1	0.000321
ORF1ab/nsp4	199	I199V	Att	Gtt	1	1	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp4	199	I199del	ATT	---	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp4	199	I199del	ATT	---	1	1	AY.33	0.000067
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp4	199	I199del	ATT	---	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp4	199	I199T	aTt	aCt	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atA	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp4	199	I199V	Att	Gtt	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp4	199	I199V	Att	Gtt	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp4	199	I199S	aTt	aGt	1	1	AY.69	0.000187
ORF1ab/nsp4	199	I199del	ATT	---	1	1	AY.78	0.001541
ORF1ab/nsp4	199	I199H	ATt	CAt	1	1	AY.85	0.000427
ORF1ab/nsp4	199	I199S	ATT	TCA	1	1	AY.85	0.000427
ORF1ab/nsp4	199	I199del	ATT	---	1	1	AY.95	0.000761
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp4	199	I199del	ATT	---	1	1	AY.99	0.001049
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp4	199	I199del	ATT	---	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp4	199	I199del	ATT	---	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp4	199	I199V	Att	Gtt	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atA	1	1	B.1.1.14	0.017241
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	1	1	B.1.1.222	0.000204
ORF1ab/nsp4	199	I199V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.222	0.000204
ORF1ab/nsp4	199	I199del	ATT	---	1	1	B.1.1.25	0.000569
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	1	1	B.1.1.28	0.000311
ORF1ab/nsp4	199	I199del	ATT	---	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	1	1	B.1.1.372	0.000689
ORF1ab/nsp4	199	I199del	ATT	---	1	1	B.1.1.39	0.00051
ORF1ab/nsp4	199	I199del	ATT	---	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	1	1	B.1.1.523	0.001563
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	1	1	B.1.1.56	0.017857
ORF1ab/nsp4	199	I199N	aTt	aAt	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp4	199	I199F	Att	Ttt	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	1	1	B.1.147	0.000756
ORF1ab/nsp4	199	I199del	ATT	---	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp4	199	I199del	ATT	---	1	1	B.1.161	0.017241
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	1	1	B.1.177.16	0.000664
ORF1ab/nsp4	199	I199del	ATT	---	1	1	B.1.177.18	0.00116
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF1ab/nsp4	199	I199del	ATT	---	1	1	B.1.177.63	0.002703
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	1	1	B.1.177.86	0.000183
ORF1ab/nsp4	199	I199del	ATT	---	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	1	1	B.1.214.2	0.0006
ORF1ab/nsp4	199	I199F	Att	Ttt	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	1	1	B.1.240	0.000216
ORF1ab/nsp4	199	I199del	ATT	---	1	1	B.1.242	0.018868
ORF1ab/nsp4	199	I199del1	Att	-tt	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atA	1	1	B.1.258.16	0.001637
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	1	1	B.1.311	0.000275
ORF1ab/nsp4	199	I199V	Att	Gtt	1	1	B.1.36.1	0.00114
ORF1ab/nsp4	199	I199del	ATT	---	1	1	B.1.36.18	0.00042
ORF1ab/nsp4	199	I199del	ATT	---	1	1	B.1.367	0.000792
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	1	1	B.1.404	0.001302
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	1	1	B.1.408	0.00369
ORF1ab/nsp4	199	I199del	ATT	---	1	1	B.1.415	0.014286
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	1	1	B.1.428	0.00102
ORF1ab/nsp4	199	I199S	aTt	aGt	1	1	B.1.456	0.003268
ORF1ab/nsp4	199	I199T	aTt	aCt	1	1	B.1.576	0.000907
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	1	1	B.1.609	0.000479
ORF1ab/nsp4	199	I199S	aTt	aGt	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp4	199	I199T	aTT	aCC	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp4	199	I199V	Att	Gtt	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp4	199	I199del	ATT	---	1	1	B.15	0.017544
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atA	1	1	C.16	0.00106
ORF1ab/nsp4	199	I199S	aTt	aGt	1	1	C.35	0.000774
ORF1ab/nsp4	199	I199del	ATT	---	1	1	C.36.3	0.000567
ORF1ab/nsp4	199	I199T	aTt	aCt	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp4	199	I199T	aTt	aCt	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp4	199	I199M	atT	atG	1	1	P.1.1	0.000318
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	1	1	P.1.1	0.000318
ORF1ab/nsp4	199	I199del	ATT	---	1	1	P.1.10	0.000269
ORF1ab/nsp4	199	I199I	atT	atC	1	1	P.1.12	0.000484
ORF1ab/nsp4	199	I199V	Att	Gtt	1	1	P.1.14	0.000048

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.