CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp4 : CodonNum = 180

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp4180V180FV2943FnonsynGttTtt1162116219092-9094
ORF1ab/nsp4180V180IV2943InonsynGttAtt5235210.9961769092-9094
ORF1ab/nsp4180V180IV2943InonsynGtTAtA52320.003824099092-9094
ORF1ab/nsp4180V180VV2943VsyngtTgtC2401580.6583339092-9094
ORF1ab/nsp4180V180VV2943VsyngtTgtG240480.29092-9094
ORF1ab/nsp4180V180VV2943VsyngtTgtA240340.1416679092-9094
ORF1ab/nsp4180V180AV2943AnonsyngTtgCt1211120.925629092-9094
ORF1ab/nsp4180V180AV2943AnonsyngTTgCG12140.03305789092-9094
ORF1ab/nsp4180V180AV2943AnonsyngTTgCC12130.02479349092-9094
ORF1ab/nsp4180V180AV2943AnonsyngTTgCA12120.01652899092-9094
ORF1ab/nsp4180V180delV2943deldelGTT---575719092-9094
ORF1ab/nsp4180V180LV2943LnonsynGttCtt20120.69092-9094
ORF1ab/nsp4180V180LV2943LnonsynGtTCtG2040.29092-9094
ORF1ab/nsp4180V180LV2943LnonsynGtTCtA2020.19092-9094
ORF1ab/nsp4180V180LV2943LnonsynGtTCtC2020.19092-9094
ORF1ab/nsp4180V180PV2943PnonsynGTtCCt1340.3076929092-9094
ORF1ab/nsp4180V180PV2943PnonsynGTTCCG1340.3076929092-9094
ORF1ab/nsp4180V180PV2943PnonsynGTTCCC1330.2307699092-9094
ORF1ab/nsp4180V180PV2943PnonsynGTTCCA1320.1538469092-9094
ORF1ab/nsp4180V180TV2943TnonsynGTTACA620.3333339092-9094
ORF1ab/nsp4180V180TV2943TnonsynGTTACG620.3333339092-9094
ORF1ab/nsp4180V180TV2943TnonsynGTtACt620.3333339092-9094
ORF1ab/nsp4180V180del1V2943del1delGtt-tt4419092-9094
ORF1ab/nsp4180V180EV2943EnonsyngTTgAG420.59092-9094
ORF1ab/nsp4180V180EV2943EnonsyngTTgAA420.59092-9094
ORF1ab/nsp4180V180QV2943QnonsynGTTCAG420.59092-9094
ORF1ab/nsp4180V180QV2943QnonsynGTTCAA420.59092-9094
ORF1ab/nsp4180V180KV2943KnonsynGTTAAG420.59092-9094
ORF1ab/nsp4180V180KV2943KnonsynGTTAAA420.59092-9094
ORF1ab/nsp4180V180DV2943DnonsyngTtgAt3319092-9094
ORF1ab/nsp4180V180MV2943MnonsynGtTAtG2219092-9094
ORF1ab/nsp4180V180HV2943HnonsynGTtCAt2219092-9094
ORF1ab/nsp4180V180NV2943NnonsynGTtAAt2219092-9094
ORF1ab/nsp4180V180GV2943GnonsyngTtgGt1119092-9094
ORF1ab/nsp4180V180YV2943YnonsynGTtTAt1119092-9094

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp4180V180FGttTtt11621162All0.000222
ORF1ab/nsp4180V180FGttTtt959959AY.330.06404
ORF1ab/nsp4180V180IGttAtt521523All0.0001
ORF1ab/nsp4180V180IGtTAtA2523All0
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtC158240All0.00003
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtG48240All0.000009
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtA34240All0.000007
ORF1ab/nsp4180V180IGttAtt170170B.1.36.280.977011
ORF1ab/nsp4180V180AgTtgCt112121All0.000021
ORF1ab/nsp4180V180AgTTgCG4121All0.000001
ORF1ab/nsp4180V180AgTTgCC3121All0.000001
ORF1ab/nsp4180V180AgTTgCA2121All0
ORF1ab/nsp4180V180IGttAtt8888AY.40.000137
ORF1ab/nsp4180V180FGttTtt8181AY.40.000126
ORF1ab/nsp4180V180delGTT---5757All0.000011
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtC4444AY.1030.000273
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtC4242AY.330.002805
ORF1ab/nsp4180V180IGttAtt3535B.1.617.20.000132
ORF1ab/nsp4180V180IGttAtt3434B.1.1.70.00003
ORF1ab/nsp4180V180AgTtgCt3132B.1.1.70.000028
ORF1ab/nsp4180V180AgTTgCC132B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp4180V180AgTtgCt3131AY.440.000189
ORF1ab/nsp4180V180IGttAtt2323B.1.10.000417
ORF1ab/nsp4180V180FGttTtt2222B.1.5250.00249
ORF1ab/nsp4180V180LGttCtt1220All0.000002
ORF1ab/nsp4180V180LGtTCtG420All0.000001
ORF1ab/nsp4180V180LGtTCtC220All0
ORF1ab/nsp4180V180LGtTCtA220All0
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtG2020B.1.438.10.002145
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtG618B.1.1.70.000005
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtC618B.1.1.70.000005
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtA618B.1.1.70.000005
ORF1ab/nsp4180V180delGTT---1717B.1.1.70.000015
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtC1616B.1.1.2840.001718
ORF1ab/nsp4180V180FGttTtt1414B.1.617.20.000053
ORF1ab/nsp4180V180PGTTCCG413All0.000001
ORF1ab/nsp4180V180PGTtCCt413All0.000001
ORF1ab/nsp4180V180PGTTCCC313All0.000001
ORF1ab/nsp4180V180PGTTCCA213All0
ORF1ab/nsp4180V180IGttAtt1313B.1.1.3480.01035
ORF1ab/nsp4180V180FGttTtt1313B.1.20.000114
ORF1ab/nsp4180V180AgTtgCt4120.222222
ORF1ab/nsp4180V180PGTTCCG4120.222222
ORF1ab/nsp4180V180LGttCtt4120.222222
ORF1ab/nsp4180V180PGTtCCt4120.222222
ORF1ab/nsp4180V180LGtTCtG4120.222222
ORF1ab/nsp4180V180AgTTgCG4120.222222
ORF1ab/nsp4180V180PGTTCCC2120.111111
ORF1ab/nsp4180V180LGtTCtC2120.111111
ORF1ab/nsp4180V180AgTTgCC2120.111111
ORF1ab/nsp4180V180LGtTCtA2120.111111
ORF1ab/nsp4180V180AgTTgCA2120.111111
ORF1ab/nsp4180V180PGTTCCA2120.111111
ORF1ab/nsp4180V180IGttAtt1212AY.440.000073
ORF1ab/nsp4180V180AgTtgCt1212B.1.20.000106
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtC711AY.40.000011
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtA411AY.40.000006
ORF1ab/nsp4180V180IGttAtt1111AY.430.000049
ORF1ab/nsp4180V180IGttAtt1010AY.250.00006
ORF1ab/nsp4180V180IGttAtt99AY.30.00009
ORF1ab/nsp4180V180IGttAtt99B.1.1770.000119
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtC79B.1.617.20.000026
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtA29B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtG480.222222
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtA280.111111
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtC280.111111
ORF1ab/nsp4180V180IGttAtt88AY.1030.00005
ORF1ab/nsp4180V180FGttTtt88B.10.000073
ORF1ab/nsp4180V180IGttAtt88B.1.1.1570.007306
ORF1ab/nsp4180V180AgTtgCt88B.1.1.280.00249
ORF1ab/nsp4180V180FGttTtt88B.1.1.70.000007
ORF1ab/nsp4180V180IGttAtt88B.1.360.001167
ORF1ab/nsp4180V180delGTT---77AY.4.50.000752
ORF1ab/nsp4180V180FGttTtt77B.1.10.000127
ORF1ab/nsp4180V180TGTtACt260.111111
ORF1ab/nsp4180V180TGTTACG260.111111
ORF1ab/nsp4180V180TGTTACA260.111111
ORF1ab/nsp4180V180TGTTACG26All0
ORF1ab/nsp4180V180TGTtACt26All0
ORF1ab/nsp4180V180TGTTACA26All0
ORF1ab/nsp4180V180IGttAtt66AY.390.000148
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtA46AY.430.000018
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtC26AY.430.000009
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtC66AY.46.30.005602
ORF1ab/nsp4180V180IGttAtt55AY.1000.00023
ORF1ab/nsp4180V180IGttAtt55AY.1140.001156
ORF1ab/nsp4180V180IGttAtt55AY.1190.000177
ORF1ab/nsp4180V180FGttTtt55AY.250.00003
ORF1ab/nsp4180V180AgTtgCt55AY.260.000142
ORF1ab/nsp4180V180FGttTtt55AY.390.000124
ORF1ab/nsp4180V180AgTtgCt55AY.40.000008
ORF1ab/nsp4180V180IGttAtt55B.1.4290.000118
ORF1ab/nsp4180V180IGttAtt240.111111
ORF1ab/nsp4180V180KGTTAAA240.111111
ORF1ab/nsp4180V180KGTTAAG240.111111
ORF1ab/nsp4180V180EgTTgAA240.111111
ORF1ab/nsp4180V180EgTTgAG240.111111
ORF1ab/nsp4180V180IGtTAtA240.111111
ORF1ab/nsp4180V180QGTTCAA240.111111
ORF1ab/nsp4180V180QGTTCAG240.111111
ORF1ab/nsp4180V180del1Gtt-tt44All0.000001
ORF1ab/nsp4180V180KGTTAAA24All0
ORF1ab/nsp4180V180EgTTgAG24All0
ORF1ab/nsp4180V180QGTTCAA24All0
ORF1ab/nsp4180V180KGTTAAG24All0
ORF1ab/nsp4180V180QGTTCAG24All0
ORF1ab/nsp4180V180EgTTgAA24All0
ORF1ab/nsp4180V180IGttAtt44AY.340.000388
ORF1ab/nsp4180V180delGTT---44AY.430.000018
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtC44AY.980.000316
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtG24B.1.10.000036
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtA14B.1.10.000018
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtC14B.1.10.000018
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtG44B.1.160.90.028777
ORF1ab/nsp4180V180delGTT---44B.1.1770.000053
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtA34B.1.5260.000071
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtC14B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtC24P.10.000032
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtA24P.10.000032
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtC33A.10.000846
ORF1ab/nsp4180V180DgTtgAt33All0.000001
ORF1ab/nsp4180V180FGttTtt33AY.1030.000019
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtG33AY.160.001139
ORF1ab/nsp4180V180IGttAtt33AY.4.20.000065
ORF1ab/nsp4180V180IGttAtt33B.10.000027
ORF1ab/nsp4180V180IGttAtt33B.1.1.3170.001235
ORF1ab/nsp4180V180FGttTtt33D.20.000225
ORF1ab/nsp4180V180AgTtgCt33Q.20.00184
ORF1ab/nsp4180V180NGTtAAt220.111111
ORF1ab/nsp4180V180DgTtgAt220.111111
ORF1ab/nsp4180V180MGtTAtG220.111111
ORF1ab/nsp4180V180HGTtCAt220.111111
ORF1ab/nsp4180V180NGTtAAt22All0
ORF1ab/nsp4180V180MGtTAtG22All0
ORF1ab/nsp4180V180HGTtCAt22All0
ORF1ab/nsp4180V180IGttAtt22AY.1020.000053
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtC22AY.1160.000574
ORF1ab/nsp4180V180FGttTtt22AY.1190.000071
ORF1ab/nsp4180V180LGttCtt22AY.240.000862
ORF1ab/nsp4180V180IGttAtt22AY.260.000057
ORF1ab/nsp4180V180AgTtgCt22AY.290.000032
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtC12AY.290.000016
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtA12AY.290.000016
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtC22AY.39.10.000079
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtG22AY.46.50.000397
ORF1ab/nsp4180V180IGttAtt22AY.50.000041
ORF1ab/nsp4180V180IGttAtt22AY.9.20.000073
ORF1ab/nsp4180V180delGTT---22B.1.177.180.00232
ORF1ab/nsp4180V180IGttAtt22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtA12B.1.20.000009
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtC12B.1.20.000009
ORF1ab/nsp4180V180FGttTtt22B.1.2580.000133
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtA12B.1.4270.00005
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtG12B.1.4270.00005
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtG12B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtA12B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp4180V180IGttAtt22B.1.4990.002101
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtA22B.1.5750.000607
ORF1ab/nsp4180V180delGTT---22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp4180V180AgTtgCt22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp4180V180IGttAtt22B.1.6210.000177
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtG22P.1.100.000539
ORF1ab/nsp4180V180FGttTtt22P.1.140.000096
ORF1ab/nsp4180V180AgTtgCt11A0.000387
ORF1ab/nsp4180V180FGttTtt11A.10.000282
ORF1ab/nsp4180V180GgTtgGt11All0
ORF1ab/nsp4180V180YGTtTAt11All0
ORF1ab/nsp4180V180FGttTtt11AU.20.002421
ORF1ab/nsp4180V180LGttCtt11AY.100.00053
ORF1ab/nsp4180V180FGttTtt11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp4180V180FGttTtt11AY.1170.000085
ORF1ab/nsp4180V180IGttAtt11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtC11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp4180V180FGttTtt11AY.120.000316
ORF1ab/nsp4180V180delGTT---11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp4180V180FGttTtt11AY.120.20.001285
ORF1ab/nsp4180V180IGttAtt11AY.160.00038
ORF1ab/nsp4180V180IGttAtt11AY.200.000039
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtC11AY.250.000006
ORF1ab/nsp4180V180FGttTtt11AY.270.000065
ORF1ab/nsp4180V180YGTtTAt11AY.30.00001
ORF1ab/nsp4180V180IGttAtt11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp4180V180delGTT---11AY.330.000067
ORF1ab/nsp4180V180IGttAtt11AY.360.000148
ORF1ab/nsp4180V180FGttTtt11AY.370.000316
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtC11AY.390.000025
ORF1ab/nsp4180V180IGttAtt11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp4180V180FGttTtt11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp4180V180delGTT---11AY.40.000002
ORF1ab/nsp4180V180AgTtgCt11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp4180V180AgTtgCt11AY.430.000004
ORF1ab/nsp4180V180del1Gtt-tt11AY.430.000004
ORF1ab/nsp4180V180FGttTtt11AY.440.000006
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtC11AY.440.000006
ORF1ab/nsp4180V180VgtTgtC11AY.450.000122
ORF1ab/nsp4180V180FGttTtt11AY.46.40.000165
ORF1ab/nsp4180V180IGttAtt11AY.46.40.000165
ORF1ab/nsp4180V180AgTtgCt11AY.50.000021
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