CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp4 : CodonNum = 17

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp417F17LF2780LnonsynTtcCtc45068449800.9980478603-8605
ORF1ab/nsp417F17LF2780LnonsynTtCCtT45068440.0009763028603-8605
ORF1ab/nsp417F17LF2780LnonsynttCttA45068390.0008653598603-8605
ORF1ab/nsp417F17LF2780LnonsynttCttG4506840.00008875488603-8605
ORF1ab/nsp417F17LF2780LnonsynTtCCtA4506810.00002218878603-8605
ORF1ab/nsp417F17SF2780SnonsyntTctCc289228850.997588603-8605
ORF1ab/nsp417F17SF2780SnonsynTTcAGc289250.001728918603-8605
ORF1ab/nsp417F17SF2780SnonsyntTCtCT289210.0003457818603-8605
ORF1ab/nsp417F17SF2780SnonsynTTCAGT289210.0003457818603-8605
ORF1ab/nsp417F17FF2780FsynttCttT1954195418603-8605
ORF1ab/nsp417F17delF2780deldelTTC---17317318603-8605
ORF1ab/nsp417F17IF2780InonsynTtcAtc39310.7948728603-8605
ORF1ab/nsp417F17IF2780InonsynTtCAtA3950.1282058603-8605
ORF1ab/nsp417F17IF2780InonsynTtCAtT3930.07692318603-8605
ORF1ab/nsp417F17CF2780CnonsyntTctGc22210.9545458603-8605
ORF1ab/nsp417F17CF2780CnonsyntTCtGT2210.04545458603-8605
ORF1ab/nsp417F17YF2780YnonsyntTctAc12100.8333338603-8605
ORF1ab/nsp417F17YF2780YnonsyntTCtAT1220.1666678603-8605
ORF1ab/nsp417F17VF2780VnonsynTtcGtc1180.7272738603-8605
ORF1ab/nsp417F17VF2780VnonsynTtCGtT1110.09090918603-8605
ORF1ab/nsp417F17VF2780VnonsynTtCGtA1110.09090918603-8605
ORF1ab/nsp417F17VF2780VnonsynTtCGtG1110.09090918603-8605
ORF1ab/nsp417F17NF2780NnonsynTTCAAT420.58603-8605
ORF1ab/nsp417F17NF2780NnonsynTTcAAc420.58603-8605
ORF1ab/nsp417F17del1F2780del1delTtC-tN310.3333338603-8605
ORF1ab/nsp417F17del1F2780del1delTtc-tc310.3333338603-8605
ORF1ab/nsp417F17del1F2780del1delttCtt-310.3333338603-8605
ORF1ab/nsp417F17del2F2780del2delTTC--N210.58603-8605
ORF1ab/nsp417F17del2F2780del2delTTc--c210.58603-8605
ORF1ab/nsp417F17TF2780TnonsynTTCACA210.58603-8605
ORF1ab/nsp417F17TF2780TnonsynTTCACT210.58603-8605
ORF1ab/nsp417F17DF2780DnonsynTTcGAc210.58603-8605
ORF1ab/nsp417F17DF2780DnonsynTTCGAT210.58603-8605
ORF1ab/nsp417F17KF2780KnonsynTTCAAA1118603-8605
ORF1ab/nsp417F17EF2780EnonsynTTCGAA1118603-8605
ORF1ab/nsp417F17PF2780PnonsynTTcCCc1118603-8605
ORF1ab/nsp417F17HF2780HnonsynTTcCAc1118603-8605
ORF1ab/nsp417F17XF2780XnonsyntTCtAA1118603-8605

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp417F17LTtcCtc4498045068All0.008603
ORF1ab/nsp417F17LTtCCtT4445068All0.000008
ORF1ab/nsp417F17LttCttA3945068All0.000007
ORF1ab/nsp417F17LttCttG445068All0.000001
ORF1ab/nsp417F17LTtCCtA145068All0
ORF1ab/nsp417F17LTtcCtc4425944299B.1.1.70.039622
ORF1ab/nsp417F17LTtCCtT3944299B.1.1.70.000035
ORF1ab/nsp417F17LTtCCtA144299B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp417F17StTctCc28852892All0.000552
ORF1ab/nsp417F17STTcAGc52892All0.000001
ORF1ab/nsp417F17STTCAGT12892All0
ORF1ab/nsp417F17StTCtCT12892All0
ORF1ab/nsp417F17StTctCc26142615AY.40.004068
ORF1ab/nsp417F17StTCtCT12615AY.40.000002
ORF1ab/nsp417F17FttCttT19541954All0.000374
ORF1ab/nsp417F17FttCttT404404B.1.1.70.000362
ORF1ab/nsp417F17LTtcCtc392397Q.80.064644
ORF1ab/nsp417F17LTtCCtT5397Q.80.000825
ORF1ab/nsp417F17FttCttT259259B.1.617.20.000975
ORF1ab/nsp417F17FttCttT182182A.290.968085
ORF1ab/nsp417F17delTTC---173173All0.000033
ORF1ab/nsp417F17FttCttT138138AY.40.000215
ORF1ab/nsp417F17StTctCc9292B.1.1.70.000082
ORF1ab/nsp417F17FttCttT8888B.1.36.20.946237
ORF1ab/nsp417F17FttCttT8686AY.350.020042
ORF1ab/nsp417F17LTtcCtc7883AY.440.000475
ORF1ab/nsp417F17LttCttA583AY.440.00003
ORF1ab/nsp417F17FttCttT7575B.1.20.00066
ORF1ab/nsp417F17delTTC---6363B.1.1.70.000056
ORF1ab/nsp417F17FttCttT6262B.1.1600.001934
ORF1ab/nsp417F17LTtcCtc4748B.1.10.000853
ORF1ab/nsp417F17LttCttA148B.1.10.000018
ORF1ab/nsp417F17FttCttT4747B.1.2980.099366
ORF1ab/nsp417F17LTtcCtc3843B.10.000348
ORF1ab/nsp417F17LttCttA343B.10.000027
ORF1ab/nsp417F17LttCttG243B.10.000018
ORF1ab/nsp417F17ITtcAtc3139All0.000006
ORF1ab/nsp417F17ITtCAtA539All0.000001
ORF1ab/nsp417F17ITtCAtT339All0.000001
ORF1ab/nsp417F17FttCttT3838P.10.000599
ORF1ab/nsp417F17LTtcCtc3535AY.9.10.00293
ORF1ab/nsp417F17FttCttT3434AY.440.000207
ORF1ab/nsp417F17FttCttT3232AY.430.000142
ORF1ab/nsp417F17FttCttT3030AY.1030.000186
ORF1ab/nsp417F17FttCttT2929B.1.1.5190.001152
ORF1ab/nsp417F17StTctCc2628AY.430.000115
ORF1ab/nsp417F17STTcAGc228AY.430.000009
ORF1ab/nsp417F17StTctCc2626B.1.617.20.000098
ORF1ab/nsp417F17CtTctGc2122All0.000004
ORF1ab/nsp417F17CtTCtGT122All0
ORF1ab/nsp417F17StTctCc2222AY.50.000454
ORF1ab/nsp417F17LTtcCtc2222AY.9.20.000808
ORF1ab/nsp417F17FttCttT2121AY.99.20.001935
ORF1ab/nsp417F17FttCttT2020AY.1010.009809
ORF1ab/nsp417F17FttCttT2020AY.360.002964
ORF1ab/nsp417F17FttCttT2020AY.460.002082
ORF1ab/nsp417F17StTctCc2020B.1.10.000363
ORF1ab/nsp417F17FttCttT1919AY.250.000114
ORF1ab/nsp417F17FttCttT1717B.10.000156
ORF1ab/nsp417F17FttCttT1616AY.1170.001352
ORF1ab/nsp417F17ITtcAtc1616AY.440.000097
ORF1ab/nsp417F17StTctCc1515AY.420.000603
ORF1ab/nsp417F17FttCttT1515B.1.2430.001044
ORF1ab/nsp417F17FttCttT1414AY.420.000563
ORF1ab/nsp417F17FttCttT1414B.1.1.5230.021875
ORF1ab/nsp417F17FttCttT1313AD.20.002847
ORF1ab/nsp417F17YtTctAc1012All0.000002
ORF1ab/nsp417F17YtTCtAT212All0
ORF1ab/nsp417F17FttCttT1212AY.16.10.005639
ORF1ab/nsp417F17FttCttT1212B.1.1.4200.012072
ORF1ab/nsp417F17delTTC---1212B.1.617.20.000045
ORF1ab/nsp417F17VTtcGtc811All0.000002
ORF1ab/nsp417F17VTtCGtA111All0
ORF1ab/nsp417F17VTtCGtG111All0
ORF1ab/nsp417F17VTtCGtT111All0
ORF1ab/nsp417F17LttCttA711AY.40.000011
ORF1ab/nsp417F17LTtcCtc411AY.40.000006
ORF1ab/nsp417F17LTtcCtc711B.1.2210.000497
ORF1ab/nsp417F17LttCttA411B.1.2210.000284
ORF1ab/nsp417F17FttCttT1111B.1.3510.000327
ORF1ab/nsp417F17StTctCc1111B.1.36.290.005691
ORF1ab/nsp417F17FttCttT1111C.360.010018
ORF1ab/nsp417F17FttCttT1010A0.00387
ORF1ab/nsp417F17delTTC---1010AY.250.00006
ORF1ab/nsp417F17delTTC---1010AY.40.000016
ORF1ab/nsp417F17FttCttT1010B.1.10.000181
ORF1ab/nsp417F17LTtcCtc99AY.1030.000056
ORF1ab/nsp417F17FttCttT99AY.390.000222
ORF1ab/nsp417F17LTtcCtc88B.1.1770.000105
ORF1ab/nsp417F17FttCttT77B0.000895
ORF1ab/nsp417F17FttCttT77Q.10.000884
ORF1ab/nsp417F17FttCttT66AY.340.000582
ORF1ab/nsp417F17StTctCc66B.1.20.000053
ORF1ab/nsp417F17StTctCc66P.10.000095
ORF1ab/nsp417F17ITtcAtc250.111111
ORF1ab/nsp417F17ITtCAtT250.111111
ORF1ab/nsp417F17ITtCAtA150.055556
ORF1ab/nsp417F17delTTC---55AY.1030.000031
ORF1ab/nsp417F17FttCttT55AY.1210.000677
ORF1ab/nsp417F17LTtcCtc55AY.250.00003
ORF1ab/nsp417F17FttCttT55AY.480.002326
ORF1ab/nsp417F17StTctCc55B.1.1.2770.003794
ORF1ab/nsp417F17delTTC---55B.1.1770.000066
ORF1ab/nsp417F17FttCttT55B.1.1770.000066
ORF1ab/nsp417F17FttCttT55B.1.2210.000355
ORF1ab/nsp417F17StTctCc55B.1.3510.000149
ORF1ab/nsp417F17FttCttT55B.1.3620.007704
ORF1ab/nsp417F17FttCttT55B.1.4290.000118
ORF1ab/nsp417F17FttCttT55B.1.5950.001305
ORF1ab/nsp417F17LTtcCtc35B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp417F17LttCttA25B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp417F17LTtcCtc55Q.10.000632
ORF1ab/nsp417F17FttCttT440.222222
ORF1ab/nsp417F17YtTCtAT240.111111
ORF1ab/nsp417F17YtTctAc240.111111
ORF1ab/nsp417F17NTTCAAT240.111111
ORF1ab/nsp417F17NTTcAAc240.111111
ORF1ab/nsp417F17NTTCAAT24All0
ORF1ab/nsp417F17NTTcAAc24All0
ORF1ab/nsp417F17FttCttT44AY.230.000279
ORF1ab/nsp417F17delTTC---44AY.4.50.00043
ORF1ab/nsp417F17FttCttT44AY.5.40.001107
ORF1ab/nsp417F17FttCttT44AY.610.000419
ORF1ab/nsp417F17FttCttT44AY.98.10.000194
ORF1ab/nsp417F17delTTC---44B.10.000037
ORF1ab/nsp417F17LTtcCtc44B.1.1.1570.003653
ORF1ab/nsp417F17delTTC---44B.1.20.000035
ORF1ab/nsp417F17FttCttT44B.1.2340.000528
ORF1ab/nsp417F17FttCttT44B.1.6210.000354
ORF1ab/nsp417F17LTtcCtc44Q.50.067797
ORF1ab/nsp417F17VTtCGtT130.055556
ORF1ab/nsp417F17VTtCGtA130.055556
ORF1ab/nsp417F17VTtcGtc130.055556
ORF1ab/nsp417F17del1TtC-tN13All0
ORF1ab/nsp417F17del1ttCtt-13All0
ORF1ab/nsp417F17del1Ttc-tc13All0
ORF1ab/nsp417F17FttCttT33AY.1000.000138
ORF1ab/nsp417F17FttCttT33AY.1020.00008
ORF1ab/nsp417F17FttCttT33AY.1080.003308
ORF1ab/nsp417F17StTctCc33AY.230.000209
ORF1ab/nsp417F17FttCttT33AY.290.000047
ORF1ab/nsp417F17FttCttT33AY.4.20.000065
ORF1ab/nsp417F17ITtcAtc33AY.430.000013
ORF1ab/nsp417F17LTtcCtc23AY.430.000009
ORF1ab/nsp417F17LttCttA13AY.430.000004
ORF1ab/nsp417F17FttCttT33AY.470.000093
ORF1ab/nsp417F17delTTC---33AY.50.000062
ORF1ab/nsp417F17VTtcGtc23B.10.000018
ORF1ab/nsp417F17VTtCGtG13B.10.000009
ORF1ab/nsp417F17delTTC---33B.1.10.000054
ORF1ab/nsp417F17CtTctGc33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp417F17FttCttT33B.1.1110.003525
ORF1ab/nsp417F17FttCttT33B.1.160.280.008772
ORF1ab/nsp417F17LTtcCtc33B.1.177.730.001699
ORF1ab/nsp417F17CtTctGc33B.1.20.000026
ORF1ab/nsp417F17LTtcCtc33B.1.438.10.000322
ORF1ab/nsp417F17FttCttT33B.1.5170.001281
ORF1ab/nsp417F17FttCttT33B.1.5260.000071
ORF1ab/nsp417F17LTtcCtc33B.1.5260.000071
ORF1ab/nsp417F17YtTctAc33B.1.6230.001609
ORF1ab/nsp417F17FttCttT33D.20.000225
ORF1ab/nsp417F17LTtcCtc33Q.40.001364
ORF1ab/nsp417F17LTtcCtc33Q.60.019868
ORF1ab/nsp417F17delTTC---220.111111
ORF1ab/nsp417F17STTcAGc120.055556
ORF1ab/nsp417F17DTTcGAc120.055556
ORF1ab/nsp417F17CtTctGc120.055556
ORF1ab/nsp417F17CtTCtGT120.055556
ORF1ab/nsp417F17STTCAGT120.055556
ORF1ab/nsp417F17DTTCGAT120.055556
ORF1ab/nsp417F17del2TTc--c12All0
ORF1ab/nsp417F17DTTcGAc12All0
ORF1ab/nsp417F17del2TTC--N12All0
ORF1ab/nsp417F17DTTCGAT12All0
ORF1ab/nsp417F17TTTCACT12All0
ORF1ab/nsp417F17TTTCACA12All0
ORF1ab/nsp417F17delTTC---22AY.1200.000074
ORF1ab/nsp417F17LttCttA22AY.130.000322
ORF1ab/nsp417F17FttCttT22AY.130.000322
ORF1ab/nsp417F17LTtcCtc12AY.230.00007
ORF1ab/nsp417F17LttCttA12AY.230.00007
ORF1ab/nsp417F17FttCttT22AY.270.000129
ORF1ab/nsp417F17delTTC---22AY.290.000032
ORF1ab/nsp417F17FttCttT22AY.30.00002
ORF1ab/nsp417F17CtTctGc22AY.30.00002
ORF1ab/nsp417F17StTctCc22AY.390.000049
ORF1ab/nsp417F17LttCttA12AY.390.000025
ORF1ab/nsp417F17LttCttG12AY.390.000025
ORF1ab/nsp417F17delTTC---22AY.430.000009
ORF1ab/nsp417F17FttCttT22AY.50.000041
ORF1ab/nsp417F17StTctCc22AY.750.000112
ORF1ab/nsp417F17StTctCc22AY.90.000135
ORF1ab/nsp417F17delTTC---22B.1.1.3060.000877
ORF1ab/nsp417F17FttCttT22B.1.1.3060.000877
ORF1ab/nsp417F17FttCttT22B.1.1.3180.000604
ORF1ab/nsp417F17StTctCc22B.1.1.370.000386
ORF1ab/nsp417F17LTtcCtc22B.1.1.5190.000079
ORF1ab/nsp417F17StTctCc22B.1.1600.000062
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