CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp4 : CodonNum = 105

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp4	105	G105S	G2868S	nonsyn	Ggt	Agt	959	959	1	8867-8869
ORF1ab/nsp4	105	G105G	G2868G	syn	ggT	ggC	502	473	0.942231	8867-8869
ORF1ab/nsp4	105	G105G	G2868G	syn	ggT	ggG	502	24	0.0478088	8867-8869
ORF1ab/nsp4	105	G105G	G2868G	syn	ggT	ggA	502	5	0.00996016	8867-8869
ORF1ab/nsp4	105	G105del	G2868del	del	GGT	---	121	121	1	8867-8869
ORF1ab/nsp4	105	G105C	G2868C	nonsyn	Ggt	Tgt	49	49	1	8867-8869
ORF1ab/nsp4	105	G105D	G2868D	nonsyn	gGt	gAt	43	43	1	8867-8869
ORF1ab/nsp4	105	G105V	G2868V	nonsyn	gGt	gTt	17	17	1	8867-8869
ORF1ab/nsp4	105	G105del1	G2868del1	del	ggT	gg-	12	8	0.666667	8867-8869
ORF1ab/nsp4	105	G105del1	G2868del1	del	Ggt	-gt	12	2	0.166667	8867-8869
ORF1ab/nsp4	105	G105del1	G2868del1	del	GGT	-NN	12	2	0.166667	8867-8869
ORF1ab/nsp4	105	G105R	G2868R	nonsyn	Ggt	Cgt	2	2	1	8867-8869
ORF1ab/nsp4	105	G105W	G2868W	nonsyn	GgT	TgG	1	1	1	8867-8869
ORF1ab/nsp4	105	G105L	G2868L	nonsyn	GGt	CTt	1	1	1	8867-8869
ORF1ab/nsp4	105	G105del2	G2868del2	del	GGt	--t	1	1	1	8867-8869
ORF1ab/nsp4	105	G105A	G2868A	nonsyn	gGt	gCt	1	1	1	8867-8869
ORF1ab/nsp4	105	G105N	G2868N	nonsyn	GGt	AAt	1	1	1	8867-8869

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	959	959	All	0.000183
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	640	640	AY.4	0.000996
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	473	502	All	0.00009
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggG	24	502	All	0.000005
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggA	5	502	All	0.000001
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	121	121	All	0.000023
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	107	107	B.1.1.7	0.000096
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	99	99	AY.103	0.000615
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	62	67	B.1.1.7	0.000056
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggG	5	67	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	62	62	AY.4.2	0.001345
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	52	52	AY.100	0.002392
ORF1ab/nsp4	105	G105C	Ggt	Tgt	49	49	All	0.000009
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	46	47	B.1.617.2	0.000173
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggG	1	47	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	44	44	B.1.1.7	0.000039
ORF1ab/nsp4	105	G105D	gGt	gAt	43	43	All	0.000008
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	30	30	AY.23	0.002092
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	26	26	B.1.617.2	0.000098
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	20	20	AY.43	0.000089
ORF1ab/nsp4	105	G105V	gGt	gTt	17	17	All	0.000003
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	17	17	AY.119	0.0006
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	17	17	AY.26	0.000481
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	17	17	AY.44	0.000103
ORF1ab/nsp4	105	G105C	Ggt	Tgt	16	16	AY.103	0.000099
ORF1ab/nsp4	105	G105del1	ggT	gg-	8	12	All	0.000002
ORF1ab/nsp4	105	G105del1	Ggt	-gt	2	12	All	0
ORF1ab/nsp4	105	G105del1	GGT	-NN	2	12	All	0
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	11	11	AY.43	0.000049
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	11	11	B.1.234	0.001451
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	11	11	B.1.36	0.001605
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	7	10	B.1	0.000064
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggA	2	10	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggG	1	10	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	9	9	AY.25	0.000054
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	9	9	AY.3	0.00009
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	9	9	AY.4	0.000014
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	9	9	B.1.621	0.000797
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	8	8	AY.4	0.000012
ORF1ab/nsp4	105	G105D	gGt	gAt	8	8	AY.4.2	0.000174
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	8	8	B.1.1.222	0.001632
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	8	8	B.1.526	0.000188
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	6	7	AY.43	0.000027
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggG	1	7	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	7	7	B.1.177	0.000092
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	6	6	B.1.1	0.000109
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	5	5	AY.103	0.000031
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	5	5	AY.4.5	0.000537
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	5	5	B.1.2	0.000044
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	5	5	B.1.525	0.000566
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	5	5	B.1.596	0.000436
ORF1ab/nsp4	105	G105D	gGt	gAt	5	5	B.1.617.2	0.000019
ORF1ab/nsp4	105	G105D	gGt	gAt	4	4	AY.103	0.000025
ORF1ab/nsp4	105	G105D	gGt	gAt	4	4	AY.25	0.000024
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	4	4	AY.75	0.000224
ORF1ab/nsp4	105	G105V	gGt	gTt	4	4	B.1	0.000037
ORF1ab/nsp4	105	G105D	gGt	gAt	4	4	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp4	105	G105del1	ggT	gg-	2	4	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp4	105	G105del1	Ggt	-gt	1	4	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp4	105	G105del1	GGT	-NN	1	4	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	4	4	B.1.301	0.023669
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	4	4	Q.1	0.000505
ORF1ab/nsp4	105	G105C	Ggt	Tgt	3	3	AY.102	0.00008
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	2	3	AY.23	0.000139
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggG	1	3	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp4	105	G105C	Ggt	Tgt	3	3	AY.39	0.000074
ORF1ab/nsp4	105	G105D	gGt	gAt	3	3	AY.4	0.000005
ORF1ab/nsp4	105	G105V	gGt	gTt	3	3	AY.4	0.000005
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	3	3	AY.61	0.000314
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	3	3	AY.9	0.000203
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	3	3	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp4	105	G105C	Ggt	Tgt	3	3	B.1.1.7	0.000003
ORF1ab/nsp4	105	G105V	gGt	gTt	3	3	B.1.1.7	0.000003
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	3	3	B.1.177.21	0.000229
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	3	3	B.1.2	0.000026
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	3	3	B.1.258	0.0002
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	3	3	B.1.408	0.01107
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggA	1	3	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggG	1	3	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	1	3	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	3	3	B.1.456	0.009804
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	3	3	B.1.488	0.6
ORF1ab/nsp4	105	G105C	Ggt	Tgt	3	3	B.1.617.2	0.000011
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggG	2	3	D.2	0.00015
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	1	3	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp4	105	G105C	Ggt	Tgt	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	2	2	A.2	0.001324
ORF1ab/nsp4	105	G105R	Ggt	Cgt	2	2	All	0
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	2	2	AY.100	0.000092
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	2	2	AY.117	0.000169
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	2	2	AY.25	0.000012
ORF1ab/nsp4	105	G105C	Ggt	Tgt	2	2	AY.29	0.000032
ORF1ab/nsp4	105	G105D	gGt	gAt	2	2	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	2	2	AY.36	0.000296
ORF1ab/nsp4	105	G105C	Ggt	Tgt	2	2	AY.4	0.000003
ORF1ab/nsp4	105	G105C	Ggt	Tgt	2	2	AY.4.5	0.000215
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	2	2	AY.42	0.00008
ORF1ab/nsp4	105	G105C	Ggt	Tgt	2	2	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	2	2	AY.5	0.000041
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggG	2	2	AY.54	0.000191
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	2	2	AY.7.1	0.000225
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	2	2	AY.9.2	0.000073
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	2	2	AY.99.2	0.000184
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp4	105	G105del1	ggT	gg-	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	2	2	B.1.1.519	0.000079
ORF1ab/nsp4	105	G105R	Ggt	Cgt	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp4	105	G105C	Ggt	Tgt	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	2	2	B.1.311	0.000549
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	2	2	B.1.336	0.004878
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	2	2	B.1.36.17	0.000988
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	2	2	B.1.369	0.00057
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	2	2	B.1.637	0.000146
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	2	2	C.37	0.000232
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	2	2	P.1.14	0.000096
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	2	2	W.3	0.010526
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggG	1	1		0.055556
ORF1ab/nsp4	105	G105W	GgT	TgG	1	1		0.055556
ORF1ab/nsp4	105	G105V	gGt	gTt	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggG	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	1	1	A.2	0.000662
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	1	1	A.2	0.000662
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggG	1	1	A.2.2	0.001689
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	1	1	A.3	0.002096
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	1	1	AD.2	0.000219
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	1	1	AH.3	0.003802
ORF1ab/nsp4	105	G105A	gGt	gCt	1	1	All	0
ORF1ab/nsp4	105	G105L	GGt	CTt	1	1	All	0
ORF1ab/nsp4	105	G105W	GgT	TgG	1	1	All	0
ORF1ab/nsp4	105	G105del2	GGt	--t	1	1	All	0
ORF1ab/nsp4	105	G105N	GGt	AAt	1	1	All	0
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	1	1	AY.111	0.000183
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	1	1	AY.116	0.000287
ORF1ab/nsp4	105	G105D	gGt	gAt	1	1	AY.116.1	0.000311
ORF1ab/nsp4	105	G105D	gGt	gAt	1	1	AY.118	0.000063
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp4	105	G105del1	ggT	gg-	1	1	AY.120.1	0.000321
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	1	1	AY.14	0.000088
ORF1ab/nsp4	105	G105D	gGt	gAt	1	1	AY.14	0.000088
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	1	1	AY.19	0.00114
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	1	1	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggG	1	1	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp4	105	G105D	gGt	gAt	1	1	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp4	105	G105D	gGt	gAt	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp4	105	G105C	Ggt	Tgt	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp4	105	G105V	gGt	gTt	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp4	105	G105D	gGt	gAt	1	1	AY.33	0.000067
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	1	1	AY.33	0.000067
ORF1ab/nsp4	105	G105D	gGt	gAt	1	1	AY.38	0.000499
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp4	105	G105V	gGt	gTt	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	1	1	AY.4.2.1	0.000149
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggG	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp4	105	G105del1	ggT	gg-	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp4	105	G105D	gGt	gAt	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp4	105	G105D	gGt	gAt	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp4	105	G105del1	ggT	gg-	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	1	1	AY.54	0.000095
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	1	1	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	1	1	AY.60	0.000938
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	1	1	AY.65	0.000533
ORF1ab/nsp4	105	G105del1	ggT	gg-	1	1	AY.67	0.000464
ORF1ab/nsp4	105	G105C	Ggt	Tgt	1	1	AY.7.1	0.000113
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	1	1	AY.72	0.001361
ORF1ab/nsp4	105	G105D	gGt	gAt	1	1	AY.73	0.000665
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	1	1	AY.74	0.000116
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	1	1	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	1	1	AY.98	0.000079
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ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	1	1	AY.99.1	0.001553
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	1	1	AY.99.1	0.001553
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF1ab/nsp4	105	G105C	Ggt	Tgt	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF1ab/nsp4	105	G105C	Ggt	Tgt	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp4	105	G105D	gGt	gAt	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp4	105	G105L	GGt	CTt	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp4	105	G105C	Ggt	Tgt	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	1	1	B.1.1.25	0.000569
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	1	1	B.1.1.311	0.000358
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	1	1	B.1.1.315	0.008475
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp4	105	G105del2	GGt	--t	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF1ab/nsp4	105	G105del1	GGT	-NN	1	1	B.1.140	0.018868
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggG	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	1	1	B.1.160.23	0.004831
ORF1ab/nsp4	105	G105V	gGt	gTt	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp4	105	G105del1	Ggt	-gt	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	1	1	B.1.177.16	0.000664
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	1	1	B.1.177.19	0.001431
ORF1ab/nsp4	105	G105V	gGt	gTt	1	1	B.1.177.44	0.000519
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	1	1	B.1.177.55	0.002331
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	1	1	B.1.177.57	0.000281
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	1	1	B.1.177.62	0.001192
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	1	1	B.1.177.63	0.002703
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	1	1	B.1.177.69	0.001484
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggA	1	1	B.1.177.76	0.002494
ORF1ab/nsp4	105	G105D	gGt	gAt	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp4	105	G105V	gGt	gTt	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggG	1	1	B.1.206	0.000816
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	1	1	B.1.221.1	0.002907
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	1	1	B.1.258.11	0.000396
ORF1ab/nsp4	105	G105C	Ggt	Tgt	1	1	B.1.301	0.005917
ORF1ab/nsp4	105	G105V	gGt	gTt	1	1	B.1.321	0.034483
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggA	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	1	1	B.1.351.2	0.000303
ORF1ab/nsp4	105	G105C	Ggt	Tgt	1	1	B.1.369	0.000285
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	1	1	B.1.396	0.000706
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	1	1	B.1.400	0.000429
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	1	1	B.1.450	0.011364
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ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggG	1	1	B.1.497	0.000315
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	1	1	B.1.497	0.000315
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	1	1	B.1.503	0.002488
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	1	1	B.1.521	0.004975
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggC	1	1	B.1.537	0.02
ORF1ab/nsp4	105	G105G	ggT	ggG	1	1	B.1.551	0.00129
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	1	1	B.1.595	0.000261
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp4	105	G105C	Ggt	Tgt	1	1	B.1.623	0.000536
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	1	1	B.15	0.017544
ORF1ab/nsp4	105	G105N	GGt	AAt	1	1	C.35	0.000774
ORF1ab/nsp4	105	G105A	gGt	gCt	1	1	C.37	0.000116
ORF1ab/nsp4	105	G105C	Ggt	Tgt	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp4	105	G105D	gGt	gAt	1	1	P.1	0.000016
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ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	1	1	P.1.15	0.000232
ORF1ab/nsp4	105	G105S	Ggt	Agt	1	1	P.1.2	0.001156
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ORF1ab/nsp4	105	G105del	GGT	---	1	1	U.3	0.003861

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.