CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : Mut = S126L

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp3	126	S126L	S944L	nonsyn	tCa	tTa	26047	26041	0.99977	3095-3097
ORF1ab/nsp3	126	S126L	S944L	nonsyn	tCA	tTG	26047	6	0.000230353	3095-3097

Details of the mutation S126L within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	26041	26047	All	0.004981
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCA	tTG	6	26047	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	4437	4437	B.1.1.7	0.003972
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	2302	2302	B.1.466.2	0.900626
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	1969	1969	AY.4	0.003065
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	1442	1443	AY.103	0.008953
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCA	tTG	1	1443	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	1029	1029	AY.43	0.004559
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	803	803	B.1.617.2	0.003024
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	713	713	AY.39.1	0.028244
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	662	662	AP.1	0.993994
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	648	648	AY.44	0.003944
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	575	575	AY.4.2	0.012471
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	464	465	B.1.160	0.014471
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCA	tTG	1	465	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	457	457	B.1.258	0.030412
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	456	456	AU.3	0.962025
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	441	442	B.1.2	0.003883
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCA	tTG	1	442	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	405	405	AU.2	0.98063
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	404	404	B.1	0.0037
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	359	359	AY.3	0.003571
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	351	351	B.1.177	0.004622
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	346	346	AY.27	0.022393
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	318	318	R.1	0.028623
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	282	282	AY.120	0.010484
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	270	270	B.1.1	0.004898
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	233	233	AY.36	0.034534
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	221	221	AY.25	0.001329
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	208	208	B.1.429	0.004894
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	208	208	B.1.526	0.004889
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	195	195	AY.5	0.004027
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	193	193	P.1	0.003041
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	177	177	B.1.1.272	0.921875
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	137	137	AY.46	0.014259
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	133	133	AY.39	0.003287
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	131	131	B.1.1.413	0.903448
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	125	125	B.1.351	0.003716
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	123	123	B.1.463	0.991935
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	109	109	AY.29	0.001719
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	103	103	AY.26	0.002916
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	95	95	C.37	0.011026
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	94	94	AY.100	0.004325
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	91	91	B.1.427	0.004595
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	89	89	AY.23	0.006208
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	89	89	B.1.36	0.012985
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	85	85	B.1.243	0.005915
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	83	83	B.31	0.309701
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	82	82	AY.102	0.002174
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	78	78	B.1.621	0.006904
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	72	72	B.1.377	0.328767
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	71	71	B.1.234	0.009368
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	70	70	P.1.14	0.003346
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	64	64	B.1.1.526	0.22695
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	64	64	B.1.621.1	0.032372
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	62	63	B.1.221	0.004404
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCA	tTG	1	63	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	62	62	AY.20	0.00241
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	56	56	AY.63	0.021663
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	53	53	AY.9.1	0.004437
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	53	53	B.1.1.44	0.127711
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	53	53	Q.3	0.007687
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	50	50	AY.119	0.001765
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	50	50	AY.34	0.004848
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	50	50	AY.98	0.00395
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	50	50	B.1.177.19	0.071531
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	49	49	AY.47	0.001524
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	47	47	AY.118	0.002944
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	45	45	B.1.1.222	0.00918
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	45	45	B.1.36.29	0.02328
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	45	45	Q.1	0.005685
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	44	44	B.1.1.351	0.122905
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	44	44	B.1.1.411	0.647059
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	43	43	AY.33	0.002871
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	43	43	B.1.1.214	0.002385
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	42	42	AY.7	0.008232
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	42	42	B.1.1.519	0.001668
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	41	41	AY.54	0.003909
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	38	38	P.1.1	0.012071
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	37	37	AY.6	0.001522
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	36	36	AY.117	0.003043
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	35	35	B.1.596	0.00305
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	34	34	B.1.258.17	0.003535
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	33	33	AY.121	0.004465
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	33	33	B.1.1.311	0.011819
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	31	31	C.2.1	0.206667
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	30	30	AY.42	0.001207
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	30	30	B.1.177.60	0.006553
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	29	29	AY.9.2	0.001065
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	29	29	B.1.1.397	0.065315
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	28	28	B.1.1.217	0.101818
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	25	25	AY.46.6	0.001805
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	25	25	B.1.128	0.015883
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	24	24	B.1.311	0.00659
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	23	23	B.1.1.157	0.021005
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	23	23	D.2	0.001726
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	22	22	AY.61	0.002305
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	21	21	AY.113	0.00299
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	21	21	AY.30	0.00831
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	21	21	AY.7.1	0.002367
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	21	21	B.1.1.317	0.008646
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	21	21	B.1.595	0.00548
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	20	20	AY.75	0.00112
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	20	20	AY.98.1	0.000969
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	20	20	B.1.1.28	0.006225
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	20	20	B.1.617.1	0.002579
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	20	20	B.40	0.007286
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	19	19	B.1.177.7	0.003132
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	19	19	B.1.561	0.007543
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	18	18	A.2.5	0.008982
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	18	18	AY.104	0.035714
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	18	18	AY.4.5	0.001935
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	18	18	B.1.462	0.130435
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	17	17	AY.116	0.004875
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	17	17	AY.14	0.001496
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	17	17	AY.74	0.001966
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	17	17	B.1.139	0.012463
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	17	17	B.1.637	0.001242
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	17	17	P.1.10	0.004581
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	16	16	AY.3.1	0.001364
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	16	16	B.1.177.11	0.027165
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	16	16	C.16	0.016967
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	15	15	AY.45	0.001825
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	15	15	B.1.177.4	0.003166
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	14	14	AY.69	0.002613
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	14	14	B.1.1.70	0.004775
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	14	14	B.1.497	0.004407
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	13	13	A	0.005031
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	13	13	AY.99.2	0.001198
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	13	13	B.1.177.21	0.000994
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	12	13	B.1.36.8	0.012
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCA	tTG	1	13	B.1.36.8	0.001
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	13	13	B.1.396	0.009174
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	13	13	B.1.409	0.010156
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	13	13	B.1.474	0.024715
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	13	13	B.1.558	0.059361
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	13	13	B.1.575	0.003944
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	13	13	P.1.16	0.004863
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	13	13	P.1.17	0.002103
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	12	12	AY.29.1	0.002646
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	12	12	AY.32	0.00639
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	12	12	AY.4.4	0.00491
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	12	12	B	0.001534
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	12	12	B.1.1.284	0.001289
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	12	12	B.1.438.1	0.001287
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	12	12	B.1.609	0.005753
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	12	12	C.35	0.009288
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	11	11	AY.75.1	0.001983
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	11	11	B.1.1.271	0.611111
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	11	11	B.1.1.50	0.007468
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	11	11	B.1.177.81	0.002083
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	11	11	B.1.177.86	0.002018
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	11	11	B.1.240	0.002371
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	11	11	P.1.7	0.003512
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	11	11	Q.8	0.001814
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	10	10	AY.13	0.00161
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	10	10	B.1.1.428	0.09434
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	10	10	B.1.1.434	0.003486
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	10	10	B.1.459	0.040816
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	9	9	AY.62	0.003922
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	9	9	B.1.1.192	0.020785
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	9	9	B.1.1.318	0.002716
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	9	9	P.2	0.00168
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	8	8	B.1.1.189	0.012103
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	8	8	B.1.1.216	0.007124
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	8	8	B.1.147	0.006047
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	8	8	B.1.177.46	0.007346
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	8	8	B.1.177.62	0.009535
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	8	8	B.1.36.36	0.004816
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	8	8	B.1.369	0.002282
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.