CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : Mut = Q1884H

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	Q2702H	nonsyn	caG	caT	8454	8436	0.997871	8369-8371
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	Q2702H	nonsyn	caG	caC	8454	18	0.00212917	8369-8371

Details of the mutation Q1884H within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	8436	8454	All	0.001613
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caC	18	8454	All	0.000003
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	3143	3143	B.1.1.214	0.174301
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1855	1855	B.1	0.016991
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	990	994	B.1.389	0.991984
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caC	4	994	B.1.389	0.004008
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	877	880	B.1.1.7	0.000785
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caC	3	880	B.1.1.7	0.000003
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	182	182	AY.4	0.000283
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	151	151	B.1.617.2	0.000569
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	106	106	AY.103	0.000658
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	100	100	B.1.1.101	1
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	82	82	B.1.159	1
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	68	69	AY.43	0.000301
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caC	1	69	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	66	66	B.1.282	0.985075
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	53	53	B.1.1	0.000961
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	48	48	AY.54	0.004577
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	38	38	B.1.281	0.826087
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	35	35	AY.3	0.000348
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	32	32	AY.102	0.000848
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	31	31	AY.42	0.001247
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	29	29	B.1.240	0.006251
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	25	25	B.1.369	0.007131
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	22	24	B.1.637	0.001608
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caC	2	24	B.1.637	0.000146
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	23	23	B.1.160	0.000717
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	19	20	B.1.2	0.000167
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caC	1	20	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	20	20	P.1	0.000315
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	19	19	B.1.1.25	0.010802
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	19	19	B.1.177	0.00025
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	18	18	AY.44	0.00011
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	16	16	AY.25	0.000096
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	11	13	B.1.526	0.000259
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caC	2	13	B.1.526	0.000047
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	12	12	B.1.311	0.003295
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	11	11	AY.62	0.004793
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	11	11	B	0.001406
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	11	11	B.1.429	0.000259
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	8	9	B.1.525	0.000905
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caC	1	9	B.1.525	0.000113
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	6	7	AY.23	0.000418
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caC	1	7	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	7	7	AY.33	0.000467
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	7	7	AY.39	0.000173
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	7	7	B.1.128	0.004447
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	7	7	B.1.475	1
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	6	6	AY.118	0.000376
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	6	6	AY.119	0.000212
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	6	6	AY.47	0.000187
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	6	6	B.1.160.32	0.025751
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	6	6	B.1.476	0.6
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	5	5	B.1.1.174	0.016892
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	5	5	B.1.596	0.000436
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	4	4	AY.100	0.000184
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	4	4	AY.117	0.000338
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	4	4	AY.120	0.000149
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	4	4	AY.20	0.000155
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	4	4	AY.29	0.000063
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	4	4	AY.36	0.000593
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	4	4	AY.38	0.001997
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	4	4	AY.58	0.00363
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	4	4	AY.9.2	0.000147
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	4	4	B.1.241	0.003247
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	4	4	B.1.36.29	0.002069
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	4	4	B.1.436	0.004115
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	3	3	AY.111	0.000549
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	3	3	AY.121	0.000406
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	3	3	AY.14	0.000264
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	3	3	AY.39.1	0.000119
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	3	3	AY.64	0.001786
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	3	3	AY.97	0.005102
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	3	3	B.1.1.220	0.005576
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	3	3	B.1.1.306	0.001315
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	3	3	B.1.1.63	0.001157
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	3	3	B.1.13	0.007126
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	3	3	B.1.320	0.003736
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	2	3	B.1.351	0.000059
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caC	1	3	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	3	3	B.1.411	0.011111
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	3	3	B.1.595	0.000783
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	3	3	C.35	0.002322
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	3	3	C.4	0.03
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	3	3	R.1	0.00027
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	3	3	U.3	0.011583
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	2	2	AY.23.1	0.000835
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	2	2	AY.26	0.000057
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	2	2	AY.41	0.000588
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	2	2	AY.45	0.000243
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	2	2	AY.46.5	0.000397
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	2	2	AY.61	0.00021
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	2	2	AY.68	0.000547
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	2	2	AY.75	0.000112
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	2	2	AY.75.1	0.000361
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	2	2	AY.84	0.000875
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	2	2	AY.9	0.000135
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	2	2	AY.9.2.1	0.003953
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	2	2	AY.98	0.000158
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	2	2	B.1.1.33	0.000842
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	2	2	B.1.1.462	0.017241
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	2	2	B.1.1.519	0.000079
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	2	2	B.1.105	0.019231
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	2	2	B.1.110.3	0.001437
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	2	2	B.1.177.56	0.001335
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	2	2	B.1.177.7	0.00033
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	2	2	B.1.177.82	0.000955
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	2	2	B.1.36.7	0.008
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	2	2	B.1.362	0.003082
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	2	2	B.1.524	0.002813
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	2	2	B.1.623	0.001073
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	2	2	D.2	0.00015
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	2	2	P.1.14	0.000096
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	2	2	P.1.7	0.000639
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	2	2	P.2	0.000373
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	2	2	Q.8	0.00033
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caC	1	1	A.2.2	0.001689
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	A.2.5	0.000499
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	A.2.5.2	0.001572
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	A.27	0.001656
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	AY.110	0.000113
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	AY.113	0.000142
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	AY.16	0.00038
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	AY.2	0.000356
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	AY.34	0.000097
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	AY.35	0.000233
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	AY.5.2	0.002463
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	AY.59	0.00053
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	AY.66	0.00107
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	AY.83	0.001724
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	AY.88	0.000884
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	AY.90	0.000684
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	AY.96	0.002075
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	AY.99	0.001049
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.1.192	0.002309
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.1.194	0.00495
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.1.222	0.000204
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.1.227	0.004348
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.1.269	0.001353
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caC	1	1	B.1.1.369	0.000446
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.1.39	0.00051
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.1.413	0.006897
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.1.432	0.001266
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.1.47	0.005348
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.104	0.00369
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.126	0.001276
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.160.16	0.000929
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.160.26	0.002421
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.177.60	0.000218
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.22	0.001318
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.232	0.000537
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.276	0.016949
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.293	0.0125
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.316	0.111111
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.329	0.000608
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.346	0.001311
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.350	0.002933
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.36.16	0.001425
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.400	0.000429
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.470	0.001404
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.497	0.000315
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.509	0.000866
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.517	0.000427
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.520	0.021739
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.540	0.009709
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.544	0.006024
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.576	0.000907
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.590	0.004545
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.591	0.010638
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.621.1	0.000506
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.625	0.002353
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.628	0.000352
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.8	0.001972
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.1.91	0.002075
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.45	0.003831
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	B.60	0.015873
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	P.1.15	0.000232
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	P.1.2	0.001156
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	Q.1	0.000126
ORF1ab/nsp3	1884	Q1884H	caG	caT	1	1	Q.4	0.000455

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.