CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : Mut = M84V

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp384M84VM902VnonsynAtgGtg276827620.9978322969-2971
ORF1ab/nsp384M84VM902VnonsynAtGGtA276840.001445092969-2971
ORF1ab/nsp384M84VM902VnonsynAtGGtT276820.0007225432969-2971

Details of the mutation M84V within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg27622768All0.000528
ORF1ab/nsp384M84VAtGGtA42768All0.000001
ORF1ab/nsp384M84VAtGGtT22768All0
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg588588B.1.1.5230.91875
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg487487AY.50.010056
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg265265AY.240.114224
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg171171B.1.5900.777273
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg138139B.1.1.70.000124
ORF1ab/nsp384M84VAtGGtA1139B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg108108AY.440.000657
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg7979B.1.360.011526
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg7373AY.60.003002
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg6868B.10.000623
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg6868B.1.617.20.000256
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg5353AY.430.000235
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg4747AY.40.000073
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg4141B.1.2430.002853
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg4141P.10.000646
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg3636AY.1030.000224
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg3636B.1.10.000653
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg3131AY.34.10.015808
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg3030B.1.1.3540.131579
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg2828AY.30.000278
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg2828B.1.1770.000369
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg2727AY.110.036145
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg1921B.1.20.000167
ORF1ab/nsp384M84VAtGGtA121B.1.20.000009
ORF1ab/nsp384M84VAtGGtT121B.1.20.000009
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg2020AY.250.00012
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg1414AY.1200.000521
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg1212C.370.001393
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg1111AY.1020.000292
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg1010AY.1000.00046
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg99AY.1100.001014
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg99AY.120.10.002889
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg99B.1.5600.041667
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg77AY.390.000173
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg77AY.740.00081
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg77AY.9.10.000586
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg66B.1.1.3110.002149
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg66B.1.6230.003219
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg55AY.1060.001674
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg55AY.5.40.001384
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg55B.1.1.10.001633
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg55B.1.1.330.002104
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg55B.1.1310.04386
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg55C.160.005302
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg44AY.230.000279
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg44B.1.1.280.001245
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg44B.1.1080.023256
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg44B.1.5260.000094
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg44R.10.00036
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg33AY.1140.000693
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg33AY.1170.000254
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg33AY.16.10.00141
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg23AY.260.000057
ORF1ab/nsp384M84VAtGGtT13AY.260.000028
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg33AY.470.000093
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg33AY.610.000314
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg33AY.750.000168
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg33AY.860.00249
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg33AY.9.20.00011
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg33B.1.1.2160.002671
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg33B.1.2980.006342
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg33B.1.3510.000089
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg33B.1.5950.000783
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg33B.1.6270.006061
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg22A.30.004193
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg22AY.1180.000125
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg22AY.200.000078
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg22AY.330.000134
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg22AY.46.60.000144
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg22AY.540.000191
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg22AY.620.000871
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg22AY.920.000575
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg22AZ.10.001735
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg22B.1.1.4160.00181
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg22B.1.1600.000062
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg22B.1.177.80.001505
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg22B.1.2580.000133
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg22B.1.258.30.00335
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg22B.1.438.10.000215
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg22B.1.5960.000174
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg22C.37.10.005236
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11A.20.000662
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AE.80.000489
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AY.1070.000466
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AY.120.20.001285
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AY.130.000161
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AY.140.000088
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AY.290.000016
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AY.29.10.000221
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AY.410.000294
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AY.420.00004
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AY.460.000104
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AY.46.50.000198
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AY.670.000464
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp384M84VAtGGtA11AY.790.001211
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AY.840.000437
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AY.850.000427
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AY.930.000273
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AY.970.001701
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AY.980.000079
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AY.99.20.000092
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B0.000128
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.1.1610.003534
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.1.2140.000055
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.1.2220.000204
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.1.2940.001266
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.1.3720.000689
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.1.390.00051
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.1.480.002874
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.177.440.000519
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.177.510.004566
ORF1ab/nsp384M84VAtGGtA11B.1.177.730.000566
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.177.880.012346
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.1890.004292
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.1990.004132
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.2400.000216
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.3750.00082
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.3960.000706
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.4160.001269
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.5250.000113
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.5800.004065
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.5820.000491
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.6090.000479
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.6180.004032
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11P.1.140.000048
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11Q.80.000165

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.