CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : Mut = L744L

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp3744L744LL1562LsynTtgCtg3822640.6910994949-4951
ORF1ab/nsp3744L744LL1562LsynttGttA3821150.3010474949-4951
ORF1ab/nsp3744L744LL1562LsynTtGCtT38230.00785344949-4951

Details of the mutation L744L within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg264382All0.00005
ORF1ab/nsp3744L744LttGttA115382All0.000022
ORF1ab/nsp3744L744LTtGCtT3382All0.000001
ORF1ab/nsp3744L744LttGttA57110B.1.1.70.000051
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg53110B.1.1.70.000047
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg5656B.150.982456
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg5353AY.60.00218
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg4040AY.440.000243
ORF1ab/nsp3744L744LttGttA1717B.1.2430.001183
ORF1ab/nsp3744L744LttGttA815B.10.000073
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg715B.10.000064
ORF1ab/nsp3744L744LttGttA812P.10.000126
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg412P.10.000063
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg99AY.4.20.000195
ORF1ab/nsp3744L744LttGttA49B.1.10.000073
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg49B.1.10.000073
ORF1ab/nsp3744L744LTtGCtT19B.1.10.000018
ORF1ab/nsp3744L744LttGttA45AY.40.000006
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg15AY.40.000002
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg55B.1.617.20.000019
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg44B.1.1600.000125
ORF1ab/nsp3744L744LttGttA34B.1.1770.00004
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg14B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg44B.1.2100.008529
ORF1ab/nsp3744L744LTtGCtT230.111111
ORF1ab/nsp3744L744LttGttA130.055556
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg33B.1.2340.000396
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg22A.10.000564
ORF1ab/nsp3744L744LttGttA12AY.430.000004
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg12AY.430.000004
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg22AY.610.00021
ORF1ab/nsp3744L744LttGttA22B.1.177.530.004785
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg12B.1.20.000009
ORF1ab/nsp3744L744LttGttA12B.1.20.000009
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg11AY.1170.000085
ORF1ab/nsp3744L744LttGttA11AY.120.2.10.000498
ORF1ab/nsp3744L744LttGttA11AY.200.000039
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg11AY.230.00007
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg11AY.30.00001
ORF1ab/nsp3744L744LttGttA11AY.4.2.10.000149
ORF1ab/nsp3744L744LttGttA11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp3744L744LttGttA11AY.420.00004
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg11AY.46.40.000165
ORF1ab/nsp3744L744LttGttA11AY.680.000274
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg11AY.980.000079
ORF1ab/nsp3744L744LttGttA11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg11B.1.1.1280.007092
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg11B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg11B.1.177.560.000668
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg11B.1.177.860.000183
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg11B.1.3110.000275
ORF1ab/nsp3744L744LttGttA11B.1.3240.001605
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg11B.1.4150.014286
ORF1ab/nsp3744L744LttGttA11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg11D.20.000075
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg11Q.30.000145