CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : Mut = I1672I

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	I2490I	syn	atC	atT	12925	12898	0.997911	7733-7735
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	I2490I	syn	atC	atA	12925	27	0.00208897	7733-7735

Details of the mutation I1672I within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	12898	12925	All	0.002467
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atA	27	12925	All	0.000005
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	3627	3632	B.1.1.7	0.003247
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atA	5	3632	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1048	1054	B.1.617.2	0.003946
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atA	6	1054	B.1.617.2	0.000023
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	830	830	AY.4	0.001292
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	509	509	AY.103	0.00316
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	418	419	AY.3	0.004158
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atA	1	419	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	410	410	B.1.438.1	0.043977
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	379	379	AY.102	0.010049
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	291	291	AY.3.1	0.02481
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	286	286	B.1	0.00262
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	270	273	B.1.1.318	0.081473
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atA	3	273	B.1.1.318	0.000905
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	267	267	AY.15	0.593333
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	252	252	B.1.621	0.022307
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	206	206	AY.43	0.000913
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	202	202	AY.5	0.004171
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	189	189	B.1.160	0.005894
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	166	166	AY.25	0.000998
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	151	151	AY.39.1	0.005982
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	143	143	B.1.2	0.001259
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	139	140	B.1.351	0.004132
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atA	1	140	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	135	135	AY.44	0.000822
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	129	129	B.1.243	0.008976
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	106	107	AY.39	0.002619
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atA	1	107	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	106	106	B.1.497	0.033365
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	97	97	B.1.596	0.008452
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	93	93	P.1	0.001465
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	91	92	B.1.429	0.002141
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atA	1	92	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	91	91	AY.119	0.003213
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	90	90	B.1.240	0.019401
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	82	82	AY.26	0.002321
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	82	82	B.1.628	0.028894
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	79	79	AY.13	0.012717
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	79	79	AY.57	0.051837
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	79	79	B.1.526	0.001857
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	69	69	B.1.1	0.001252
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	65	65	B.1.177	0.000856
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	64	64	AY.6	0.002632
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	42	42	B.1.1.519	0.001668
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	40	40	AY.117	0.003381
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	38	38	B.1.427	0.001919
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	35	36	AY.75	0.001961
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atA	1	36	AY.75	0.000056
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	35	35	AY.20	0.00136
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	31	31	B.1.367	0.024564
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	30	30	B.1.1.120	1
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	29	29	AY.33	0.001937
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	29	29	B.1.1.416	0.026244
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	27	27	AY.23	0.001883
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	27	27	B.1.1.222	0.005508
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	27	27	B.1.258.6	0.529412
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	24	24	AY.46.6	0.001733
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	22	22	AY.118	0.001378
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	22	22	AY.120	0.000818
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	22	22	AY.29	0.000347
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	22	22	AY.4.2	0.000477
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	22	22	AY.4.3	0.018519
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	22	22	B.1.221	0.001563
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	21	21	B.1.36	0.003064
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	19	19	AY.105	0.012219
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	19	19	AY.42	0.000764
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	18	18	AY.100	0.000828
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	18	18	B.1.617.1	0.002321
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	17	17	AY.61	0.001781
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	16	16	AY.19	0.018244
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	16	16	B.1.1.434	0.005577
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	15	15	B.1.575	0.004551
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	14	14	AY.34	0.001358
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	12	14	C.37	0.001393
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atA	2	14	C.37	0.000232
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	13	13	AY.120.1	0.004173
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	13	13	AY.47	0.000404
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	13	13	B.1.258	0.000865
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	13	13	B.1.637	0.00095
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	12	12	AY.45	0.00146
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	12	12	AY.46.4	0.001974
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	12	12	B.40	0.004372
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	11	11	AY.113	0.001566
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	11	11	AY.53	0.003163
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	11	11	AY.9.2	0.000404
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	11	11	D.2	0.000825
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	10	10	AY.70	0.002085
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	10	10	B.1.1.291	0.007424
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	10	10	P.1.14	0.000478
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	9	9	AY.73	0.005988
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	9	9	AY.98	0.000711
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	9	9	AY.98.1	0.000436
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	9	9	AY.99.2	0.000829
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	9	9	B	0.00115
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	9	9	B.1.1.214	0.000499
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	9	9	B.1.1.63	0.003472
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	9	9	B.1.177.62	0.010727
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	9	9	B.1.400	0.003861
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	9	9	P.1.1	0.002859
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	9	9	P.1.15	0.002091
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	8	8	B.1.1.279	0.008969
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	8	8	B.1.177.57	0.002248
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	8	8	B.1.346	0.010485
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	8	8	B.1.36.1	0.009122
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	8	8	P.2	0.001493
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	7	7	AY.121	0.000947
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	7	7	AY.54	0.000667
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	7	7	AY.9	0.000473
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	7	7	B.1.1.216	0.006233
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	7	7	B.1.1.317	0.002882
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	7	7	B.1.177.86	0.001284
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	7	7	B.1.409	0.005469
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	6	6	AY.116	0.001721
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	6	6	AY.14	0.000528
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	6	6	AY.16.1	0.00282
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	6	6	AY.46	0.000624
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	6	6	AY.67	0.002786
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	6	6	AY.69	0.00112
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	6	6	B.1.1.133	0.050847
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	6	6	B.1.1.348	0.004777
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	6	6	B.1.177.40	0.030928
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	6	6	B.1.258.17	0.000624
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	6	6	B.1.36.35	0.015625
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	6	6	B.1.525	0.000679
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	6	6	C.16	0.006363
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	6	6	P.3	0.009569
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	6	6	Q.1	0.000758
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	5	5	AY.110	0.000563
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	5	5	AY.34.1	0.00255
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	5	5	AY.55	0.004587
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	5	5	AY.63	0.001934
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	5	5	B.1.1.306	0.002192
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	5	5	B.1.588	0.00455
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	5	5	Q.8	0.000825
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	4	4	AY.2	0.001425
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	4	4	AY.27	0.000259
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	4	4	AY.38	0.001997
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	4	4	AY.4.2.1	0.000596
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	4	4	AY.77	0.00451
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	4	4	AY.92	0.001149
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	4	4	B.1.110.3	0.002874
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	4	4	B.1.177.7	0.000659
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	4	4	B.1.210	0.008529
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	4	4	B.1.239	0.004884
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	4	4	B.1.351.2	0.00121
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	4	4	B.1.36.29	0.002069
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	4	4	B.1.36.36	0.002408
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	4	4	B.1.369	0.001141
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	4	4	B.1.466.2	0.001565
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	4	4	B.1.569	0.057971
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	4	4	B.1.619.1	0.002566
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	3	4	B.6.6	0.002667
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atA	1	4	B.6.6	0.000889
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	4	4	Q.3	0.00058
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	4	4	R.1	0.00036
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	3	3	A.2	0.001985
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	3	3	AY.106	0.001005
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	3	3	AY.16	0.001139
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	3	3	AY.24	0.001293
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	3	3	AY.7.1	0.000338
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	3	3	AY.74	0.000347
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	3	3	AY.84	0.001312
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	3	3	AY.85	0.001282
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	3	3	AY.91	0.002191
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	3	3	AY.93	0.000819
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	3	3	AY.99	0.003148
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	3	3	AZ.2	0.002463
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	3	3	B.1.1.141	0.006036
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atA	2	3	B.1.1.372	0.001377
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	3	B.1.1.372	0.000689
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	3	3	B.1.1.466	0.026087
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	3	3	B.1.177.26	0.020979
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	3	3	B.1.177.33	0.004934
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	3	3	B.1.199	0.012397
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	3	3	B.1.214	0.010989
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	3	3	B.1.234	0.000396
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	3	3	B.1.258.11	0.001189
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	3	3	B.1.305	0.006452
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	3	3	B.1.36.18	0.001261
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	3	3	B.1.36.8	0.003
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	3	3	B.1.362	0.004622
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	3	3	B.1.478	0.035294
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	3	3	B.1.577	0.002062
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	3	3	B.1.609	0.001438
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	3	3	B.1.9.4	0.018405
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	A	0.000774
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	AD.2	0.000438
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	AY.10	0.00106
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	AY.108	0.002205
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	AY.114	0.000462
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	AY.116.1	0.000623
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	AY.30	0.000791
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	AY.36	0.000296
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	AY.37	0.000632
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	AY.39.2	0.003082
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	AY.40	0.001929
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	AY.59	0.001059
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	AY.71	0.00095
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	AY.75.1	0.000361
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	AY.79	0.002421
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	B.1.1.265	0.006309
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	B.1.1.277	0.001517
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	B.1.1.311	0.000716
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	B.1.1.369	0.000892
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	B.1.1.528	0.009615
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	B.1.1.70	0.000682
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	B.1.160.18	0.014599
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	B.1.177.10	0.001756
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	B.1.177.21	0.000153
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	B.1.177.44	0.001038
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	B.1.177.73	0.001133
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	B.1.177.82	0.000955
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	B.1.258.14	0.001961
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	B.1.311	0.000549
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	B.1.329	0.001215
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	B.1.396	0.001411
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	B.1.404	0.002604
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	B.1.428	0.002041
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	B.1.473	0.038462
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	B.1.503	0.004975
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	B.1.517	0.000854
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	B.1.521	0.00995
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	B.1.590	0.009091
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	B.1.621.1	0.001012
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	B.43	0.028571
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	C.35	0.001548
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	P.1.12	0.000968
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	P.1.7	0.000639
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	2	2	P.7	0.008734
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	A.2.4	0.003367
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atA	1	1	A.2.5	0.000499
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	A.23.1	0.000704
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	AN.1	0.02
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	AW.1	0.003049
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	AY.1	0.000396
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	AY.111	0.000183
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	AY.115	0.005208
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	AY.28	0.00189
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	AY.29.1	0.000221
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	AY.32	0.000532
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	AY.35	0.000233
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	AY.41	0.000294
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	AY.46.2	0.000635
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	AY.46.5	0.000198
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	AY.5.4	0.000277
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	AY.56	0.001605
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	AY.58	0.000907
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	AY.60	0.000938
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	AY.65	0.000533
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	AY.7	0.000196
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	AY.72	0.001361
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	AY.9.1	0.000084
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	AY.90	0.000684
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	AY.97	0.001701
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	AY.99.1	0.001553
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.1.123	0.017857
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.1.153	0.001095
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.1.157	0.000913
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.1.161	0.003534
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.1.170	0.001247
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.1.186	0.003436
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.1.194	0.00495
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.1.196	0.005714
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.1.198	0.001468
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.1.220	0.001859
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.1.226	0.005814
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.1.28	0.000311
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.1.300	0.010753
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.1.303	0.002762
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.1.326	0.001761
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.1.359	0.027778
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.1.371	0.010417
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.1.388	0.045455
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.1.39	0.00051
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atA	1	1	B.1.1.398	0.003226
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.1.411	0.014706
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.1.5	0.008333
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.1.525	0.005464
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.1.58	0.005376
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.1.71	0.006061
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.1.99	0.02381
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.110	0.004525
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.111	0.001175
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.113	0.015625
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.160.14	0.002119
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.160.16	0.000929
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.160.7	0.002079
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.177.12	0.000152
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.177.15	0.000631
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.177.23	0.003236
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.177.43	0.001477
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.177.52	0.001757
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.177.55	0.002331
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.177.56	0.000668
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.177.58	0.001332
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.177.61	0.043478
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.177.70	0.005917
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.177.81	0.000189
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.177.87	0.000728
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.177.9	0.001332
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.187	0.033333
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.214.2	0.0006
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.232	0.000537
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.236	0.002053
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.258.3	0.001675
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.258.4	0.003448
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.260	0.003344
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.3	0.002618
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.320	0.001245
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.349	0.000715
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.350	0.002933
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.351.3	0.000876
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.36.38	0.001642
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.389	0.001002
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.395	0.007042
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.398	0.002976
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.399	0.001934
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.406	0.006061
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.416	0.001269
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.428.2	0.033333
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.437	0.020833
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.452	0.013699
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.470	0.001404
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.524	0.001406
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.551	0.00129
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.561	0.000397
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.564.1	0.001577
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.576	0.000907
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.587	0.001898
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.595	0.000261
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.610	0.003546
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.1.93	0.000934
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.23	0.002924
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.3	0.000831
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.4	0.002208
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	B.6	0.00091
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atA	1	1	C.18	0.002591
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	C.2	0.016129
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	C.3	0.007634
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	C.36	0.000911
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	C.9	0.030303
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	N.5	0.001767
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	P.1.10	0.000269
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	P.1.10.1	0.00813
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	P.1.17	0.000162
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	P.1.4	0.000977
ORF1ab/nsp3	1672	I1672I	atC	atT	1	1	W.4	0.001351

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.