CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : Mut = I1117I

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	I1935I	syn	atC	atT	9204	9073	0.985767	6068-6070
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	I1935I	syn	atC	atA	9204	131	0.0142329	6068-6070

Details of the mutation I1117I within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	9073	9204	All	0.001735
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atA	131	9204	All	0.000025
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1463	1531	B.1.1.7	0.00131
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atA	68	1531	B.1.1.7	0.000061
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1125	1125	B.1.367	0.891442
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1090	1092	B.1.2	0.009598
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atA	2	1092	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	585	591	AY.4	0.000911
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atA	6	591	AY.4	0.000009
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	474	483	B.1.617.2	0.001785
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atA	9	483	B.1.617.2	0.000034
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	392	401	AY.44	0.002386
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atA	9	401	AY.44	0.000055
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	270	272	B.1.177	0.003555
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atA	2	272	B.1.177	0.000026
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	241	242	AY.103	0.001496
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atA	1	242	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	233	236	AY.43	0.001032
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atA	3	236	AY.43	0.000013
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	177	177	B.1.258	0.011779
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	171	171	B.1.177.12	0.025941
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	151	151	B.1.429	0.003553
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	138	138	B.1.1.434	0.0481
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	132	136	B.1	0.001209
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atA	4	136	B.1	0.000037
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	127	127	AY.3	0.001263
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	110	110	B.1.1	0.001996
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	88	92	AY.25	0.000529
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atA	4	92	AY.25	0.000024
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	83	87	P.1	0.001308
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atA	4	87	P.1	0.000063
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	85	85	AY.6	0.003496
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	83	84	AY.99.2	0.007649
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atA	1	84	AY.99.2	0.000092
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	79	79	B.1.603	0.840426
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	75	75	B.1.596	0.006535
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	66	66	B.1.602	0.431373
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	62	63	B.1.526	0.001457
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atA	1	63	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	55	55	AY.102	0.001458
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	47	47	AY.5	0.000971
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	45	47	P.1.14	0.002151
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atA	2	47	P.1.14	0.000096
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	40	40	B.1.1.519	0.001588
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	37	37	B.1.466.2	0.014476
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	35	35	AD.2	0.007664
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	34	34	B.1.258.17	0.003535
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	30	32	B.1.160	0.000936
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atA	2	32	B.1.160	0.000062
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	31	31	B.1.177.54	0.018799
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	30	30	AY.46.4	0.004935
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	29	29	B.1.1.189	0.043873
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	27	27	AY.39	0.000667
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	26	26	B.1.243	0.001809
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	26	26	B.1.438.1	0.002789
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	21	22	AY.26	0.000595
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atA	1	22	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	22	22	AY.29	0.000347
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	21	21	B.1.221	0.001492
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	20	20	AY.36	0.002964
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	20	20	B.1.36	0.002918
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	20	20	B.1.619.1	0.012829
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	18	18	A.2	0.011913
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	18	18	AY.4.2	0.00039
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	18	18	AY.84	0.007874
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	17	17	AY.1	0.006727
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	17	17	AY.61	0.001781
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	16	16	AH.3	0.060837
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	16	16	AY.32	0.00852
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	16	16	B.1.1.70	0.005457
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	16	16	B.1.351	0.000476
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	14	14	AY.119	0.000494
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	14	14	AY.46	0.001457
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	13	13	AY.120	0.000483
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	11	13	AY.20	0.000428
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atA	2	13	AY.20	0.000078
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	13	13	B.40	0.004736
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	12	12	AY.100	0.000552
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	12	12	AY.118	0.000752
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	12	12	B.1.1.318	0.003621
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	11	11	B.1.232	0.005911
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	11	11	B.1.427	0.000555
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	11	11	B.1.621	0.000974
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	11	11	C.37	0.001277
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	9	10	AY.23	0.000628
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atA	1	10	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	10	10	AY.42	0.000402
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	10	10	AY.45	0.001217
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	10	10	B	0.001278
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	10	10	B.1.1.208	0.121951
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	10	10	B.1.409	0.007812
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	10	10	B.1.620	0.009461
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	9	9	AY.105	0.005788
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	9	9	AY.113	0.001282
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	9	9	AY.3.1	0.000767
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	9	9	AY.39.1	0.000357
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	9	9	B.1.1.306	0.003946
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	9	9	B.1.128	0.005718
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	9	9	P.2	0.00168
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	8	8	AY.14	0.000704
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	8	8	AY.33	0.000534
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	8	8	AY.9.2	0.000294
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	8	8	B.1.582	0.003925
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	8	8	B.1.617.1	0.001032
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	8	8	C.26	0.058824
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	8	8	P.1.17	0.001294
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	7	7	AY.46.2	0.004447
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	7	7	Q.8	0.001154
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	6	6	AY.46.5	0.00119
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	6	6	AY.59	0.003178
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	6	6	AY.95	0.004566
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	6	6	AY.98	0.000474
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	6	6	AY.98.1	0.000291
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	6	6	B.1.1.27	0.033898
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	6	6	B.1.1.33	0.002525
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	6	6	B.1.177.21	0.000459
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	6	6	B.1.177.44	0.003114
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	6	6	B.1.240	0.001293
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	6	6	B.1.609	0.002876
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	6	6	B.1.628	0.002114
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	6	6	D.2	0.00045
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	6	6	P.1.10	0.001617
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	6	6	Q.1	0.000758
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	4	5		0.222222
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atA	1	5		0.055556
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	5	5	AY.47	0.000156
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	5	5	AY.69	0.000933
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	3	5	AY.7.1	0.000338
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atA	2	5	AY.7.1	0.000225
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	5	5	AY.86	0.004149
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	5	5	AY.9	0.000338
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	5	5	B.1.1.284	0.000537
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	5	5	B.1.1.50	0.003394
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	5	5	B.1.1.63	0.001929
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	5	5	B.1.329	0.003038
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	5	5	B.1.36.8	0.005
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	5	5	B.1.612	0.013263
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	4	4	A	0.001548
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	4	4	AY.107	0.001864
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	4	4	AY.117	0.000338
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	4	4	AY.27	0.000259
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	4	4	AY.75.1	0.000721
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	4	4	B.1.1.28	0.001245
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	4	4	B.1.1.317	0.001647
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	4	4	B.1.177.60	0.000874
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	4	4	B.1.177.82	0.001909
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	4	4	B.1.234	0.000528
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	4	4	B.1.36.36	0.002408
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	4	4	B.1.499	0.004202
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	3	4	B.1.575	0.00091
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atA	1	4	B.1.575	0.000303
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	4	4	C.35	0.003096
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	4	4	R.1	0.00036
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	3	3	AY.111	0.000549
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	3	3	AY.120.1	0.000963
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	3	3	AY.120.2.1	0.001495
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	3	3	AY.34	0.000291
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	3	3	AY.4.1	0.002212
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	3	3	AY.5.2	0.007389
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	3	3	AY.54	0.000286
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	3	3	AY.74	0.000347
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	3	3	AY.75	0.000168
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	3	3	AY.8	0.001818
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	3	3	AY.94	0.001328
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	3	3	B.1.1.216	0.002671
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	3	3	B.1.1.294	0.003797
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	3	3	B.1.1.372	0.002066
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	3	3	B.1.1.389	0.018182
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	3	3	B.1.177.86	0.00055
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	3	3	B.1.362	0.004622
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	3	3	B.1.400	0.001287
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	3	3	B.1.416.1	0.004687
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	3	3	B.1.453	0.009709
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	3	3	B.1.470	0.004213
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	3	3	B.1.565	0.002431
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	3	3	C.11	0.031915
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	3	3	P.1.6	0.005837
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	2	2	AE.8	0.000978
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	2	2	AY.106	0.00067
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	2	2	AY.110	0.000225
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	2	2	AY.16.1	0.00094
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	2	2	AY.24	0.000862
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	2	2	AY.4.4	0.000818
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	2	2	AY.4.5	0.000215
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	2	2	AY.46.6	0.000144
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	2	2	AY.49	0.00639
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	2	2	AY.55	0.001835
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	2	2	AY.56	0.00321
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atA	1	2	AY.7	0.000196
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	2	AY.7	0.000196
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	2	2	AY.87	0.001665
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	2	2	AY.92	0.000575
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	2	2	AY.97	0.003401
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	2	2	B.1.1.135	0.00939
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	2	2	B.1.1.153	0.002191
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	2	2	B.1.1.232	0.00363
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	2	2	B.1.1.325	0.051282
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	2	2	B.1.1.337	0.007194
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	2	2	B.1.177.73	0.001133
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	2	2	B.1.177.81	0.000379
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	2	2	B.1.258.11	0.000793
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	2	2	B.1.311	0.000549
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	2	2	B.1.351.2	0.000605
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	2	2	B.1.36.19	0.018519
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	2	2	B.1.476	0.2
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	2	2	B.1.525	0.000226
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	2	2	B.1.546	0.007407
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	2	2	B.1.568	0.002222
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	2	2	B.1.595	0.000522
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	2	2	P.1.15	0.000465
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	2	2	P.7	0.008734
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atA	1	1	A.1	0.000282
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	A.2.5	0.000499
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	A.21	0.00277
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	AU.3	0.00211
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	AY.10	0.00053
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	AY.101	0.00049
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	AY.116	0.000287
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	AY.121	0.000135
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	AY.13	0.000161
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	AY.21	0.001898
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	AY.29.1	0.000221
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	AY.30	0.000396
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	AY.34.1	0.00051
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	AY.37	0.000316
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	AY.38	0.000499
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	AY.39.2	0.001541
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	AY.4.2.1	0.000149
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	AY.40	0.000964
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	AY.46.1	0.001027
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	AY.46.3	0.000934
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	AY.48	0.000465
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	AY.50	0.000799
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	AY.53	0.000288
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	AY.62	0.000436
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	AY.73	0.000665
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	AY.9.1	0.000084
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	AZ.3	0.00152
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.1.117	0.009709
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.1.122	0.045455
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.1.137	0.0125
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.1.181	0.004545
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.1.198	0.001468
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.1.265	0.003155
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.1.277	0.000759
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.1.280	0.003086
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.1.285	0.006536
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.1.305	0.003861
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.1.315	0.008475
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.1.329	0.003846
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.1.37	0.000193
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.1.398	0.003226
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.1.418	0.022727
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.1.432	0.001266
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.1.48	0.002874
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.1.487	0.005587
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.1.51	0.001718
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.1.526	0.003546
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.111	0.001175
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.147	0.000756
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.157	0.002985
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.160.7	0.002079
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.160.8	0.001289
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.166	0.008475
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.177.15	0.000631
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.177.18	0.00116
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.177.23	0.003236
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.177.56	0.000668
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.177.6	0.000977
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atA	1	1	B.1.177.65	0.000665
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.177.77	0.000726
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.177.79	0.002342
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.177.83	0.001481
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.201	0.005682
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.206	0.000816
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.222	0.001692
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.239	0.001221
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.265	0.001271
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.320	0.001245
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.332	0.003497
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.336	0.002439
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.340	0.004292
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.346	0.001311
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.351.5	0.0006
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.36.22	0.001208
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.36.26	0.002857
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.36.29	0.000517
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.36.31	0.001751
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.36.35	0.002604
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.369	0.000285
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.396	0.000706
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atA	1	1	B.1.416	0.001269
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.425	0.002994
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.426	0.001009
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.432	0.011236
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.433	0.003195
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.456	0.003268
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.462	0.007246
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.509	0.000866
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.538	0.008065
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.551	0.00129
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.574	0.002151
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.577	0.000687
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.585	0.027778
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.587	0.001898
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.588	0.00091
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.596.1	0.009346
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.597	0.00463
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.599	0.00365
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atA	1	1	B.1.623	0.000536
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.633	0.041667
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.1.637	0.000073
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.3	0.000831
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.3.1	0.001658
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.4	0.002208
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.4.6	0.016667
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	B.52	0.010101
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	C.1	0.002392
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	C.16	0.00106
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	C.36	0.000911
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	C.36.3	0.000567
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	C.36.3.1	0.002717
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	N.5	0.001767
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	P.1.16	0.000374
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	P.1.2	0.001156
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	Q.3	0.000145
ORF1ab/nsp3	1117	I1117I	atC	atT	1	1	Q.4	0.000455

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.