CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | A859V | nonsyn | gCc | gTc | 8811 | 8804 | 0.999206 | 2840-2842 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | A859V | nonsyn | gCC | gTT | 8811 | 7 | 0.000794461 | 2840-2842 |
Details of the mutation A41V within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 8804 | 8811 | All | 0.001684 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCC | gTT | 7 | 8811 | All | 0.000001 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 2614 | 2614 | B.1.1.7 | 0.00234 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1675 | 1680 | C.36.3 | 0.950085 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCC | gTT | 5 | 1680 | C.36.3 | 0.002836 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1672 | 1672 | P.1.10 | 0.450552 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 560 | 560 | C.36 | 0.510018 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 360 | 360 | AY.29 | 0.005679 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 306 | 306 | C.36.3.1 | 0.831522 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 189 | 189 | AY.4 | 0.000294 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 127 | 127 | B.1.617.2 | 0.000478 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 81 | 81 | P.1.10.1 | 0.658537 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 75 | 75 | AY.47 | 0.002333 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 66 | 66 | P.1 | 0.00104 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 59 | 59 | AY.3 | 0.000587 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 51 | 51 | B.1.2 | 0.000449 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 49 | 49 | AY.39 | 0.001211 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 47 | 47 | AY.102 | 0.001246 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 47 | 47 | AY.13 | 0.007566 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 45 | 45 | B.1.243 | 0.003131 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 43 | 43 | B.1.1.333 | 0.046286 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 42 | 42 | AY.25 | 0.000253 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 37 | 37 | B.1 | 0.000339 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 29 | 29 | B.1.1 | 0.000526 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 29 | 29 | B.1.160.25 | 0.322222 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 29 | 29 | B.1.526 | 0.000682 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 25 | 25 | AY.44 | 0.000152 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 23 | 23 | B.1.93 | 0.021475 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 21 | 21 | B.1.160 | 0.000655 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 20 | 20 | AY.43 | 0.000089 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 19 | 19 | B.1.621 | 0.001682 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 18 | 18 | AY.75 | 0.001008 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 18 | 18 | B.1.221 | 0.001279 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 18 | 18 | B.1.351 | 0.000535 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 14 | 14 | AY.103 | 0.000087 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 14 | 14 | B.1.351.5 | 0.008393 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 13 | 13 | B.1.429 | 0.000306 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 12 | 12 | B.1.177 | 0.000158 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 11 | 11 | B.1.525 | 0.001245 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 10 | 10 | AY.4.2 | 0.000217 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 10 | 10 | B.1.36.8 | 0.01 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 10 | 10 | C.37 | 0.001161 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 9 | 9 | AY.5 | 0.000186 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 9 | 9 | AY.61 | 0.000943 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 9 | 9 | B.1.1.316 | 0.008326 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 8 | 8 | AY.26 | 0.000226 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 8 | 8 | Q.8 | 0.001319 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 7 | 7 | AY.9.1 | 0.000586 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 7 | 7 | B.1.177.81 | 0.001325 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 7 | 7 | B.1.596 | 0.00061 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 7 | 7 | B.1.617.1 | 0.000903 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 6 | 6 | B.1.1.519 | 0.000238 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 6 | 6 | B.1.177.52 | 0.010545 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 6 | 6 | B.1.311 | 0.001647 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 6 | 6 | P.1.14 | 0.000287 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 5 | 5 | AY.120 | 0.000186 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 5 | 5 | AY.20 | 0.000194 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 5 | 5 | AY.29.1 | 0.001103 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 5 | 5 | AY.45 | 0.000608 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 5 | 5 | AY.62 | 0.002179 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 5 | 5 | AY.84 | 0.002187 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 5 | 5 | B.1.1.214 | 0.000277 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 5 | 5 | B.1.23 | 0.030303 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 5 | 5 | B.1.36.16 | 0.007123 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 4 | 4 | A.2.5 | 0.001996 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 4 | 4 | AY.120.1 | 0.001284 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 4 | 4 | AY.3.1 | 0.000341 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 4 | 4 | AY.56 | 0.006421 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 4 | 4 | B.1.214.2 | 0.002398 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 4 | 4 | B.1.565 | 0.003241 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 4 | 4 | B.1.78 | 0.034188 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 4 | 4 | C.17 | 0.222222 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 3 | 3 | AD.2 | 0.000657 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 3 | 3 | AY.100 | 0.000138 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 3 | 3 | AY.46 | 0.000312 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 3 | 3 | B | 0.000383 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 3 | 3 | B.1.1.294 | 0.003797 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 3 | 3 | B.1.1.303 | 0.008287 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 3 | 3 | B.1.177.60 | 0.000655 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 3 | 3 | B.1.234 | 0.000396 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 3 | 3 | B.1.36.29 | 0.001552 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 3 | 3 | B.1.427 | 0.000151 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 3 | 3 | C.39 | 0.056604 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 3 | 3 | P.1.16 | 0.001122 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCC | gTT | 2 | 2 | 0.111111 | |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 2 | 2 | A.23.1 | 0.001408 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 2 | 2 | AY.116 | 0.000574 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 2 | 2 | AY.119 | 0.000071 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 2 | 2 | AY.14 | 0.000176 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 2 | 2 | AY.23 | 0.000139 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 2 | 2 | AY.4.4 | 0.000818 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 2 | 2 | AY.46.4 | 0.000329 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 2 | 2 | AY.5.4 | 0.000553 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 2 | 2 | AY.65 | 0.001066 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 2 | 2 | B.1.1.1 | 0.000653 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 2 | 2 | B.1.1.318 | 0.000604 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 2 | 2 | B.1.177.65 | 0.001331 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 2 | 2 | B.1.258 | 0.000133 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 2 | 2 | B.1.423 | 0.020408 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 2 | 2 | B.1.428 | 0.002041 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 2 | 2 | B.1.466.2 | 0.000782 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 2 | 2 | B.1.81 | 0.042553 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 2 | 2 | C.4 | 0.02 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 2 | 2 | P.1.1 | 0.000635 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 2 | 2 | P.1.15 | 0.000465 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 2 | 2 | P.2 | 0.000373 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | A | 0.000387 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | AY.1 | 0.000396 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | AY.101 | 0.00049 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | AY.111 | 0.000183 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | AY.113 | 0.000142 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | AY.32 | 0.000532 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | AY.36 | 0.000148 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | AY.38 | 0.000499 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | AY.42 | 0.00004 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | AY.46.2 | 0.000635 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | AY.48 | 0.000465 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | AY.52 | 0.000814 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | AY.54 | 0.000095 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | AY.55 | 0.000917 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | AY.59 | 0.00053 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | AY.67 | 0.000464 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | AY.7.1 | 0.000113 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | AY.75.1 | 0.00018 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | AY.85 | 0.000427 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | AY.9.2.1 | 0.001976 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | AY.98 | 0.000079 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | AY.98.1 | 0.000048 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | AY.99.2 | 0.000092 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | B.1.1.207 | 0.001182 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | B.1.1.216 | 0.00089 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | B.1.1.222 | 0.000204 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | B.1.1.243 | 0.004082 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | B.1.1.25 | 0.000569 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | B.1.1.28 | 0.000311 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | B.1.1.311 | 0.000358 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | B.1.1.33 | 0.000421 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | B.1.1.372 | 0.000689 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | B.1.1.420 | 0.001006 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | B.1.1.425 | 0.045455 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | B.1.1.44 | 0.00241 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | B.1.1.485 | 0.016667 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | B.1.1.63 | 0.000386 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | B.1.177.10 | 0.000878 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | B.1.177.7 | 0.000165 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | B.1.177.8 | 0.000752 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | B.1.222 | 0.001692 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | B.1.258.17 | 0.000104 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | B.1.260 | 0.003344 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | B.1.279 | 0.000514 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | B.1.298 | 0.002114 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | B.1.36 | 0.000146 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | B.1.36.19 | 0.009259 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | B.1.36.22 | 0.001208 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | B.1.36.24 | 0.006173 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | B.1.36.38 | 0.001642 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | B.1.369 | 0.000285 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | B.1.375 | 0.00082 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | B.1.398 | 0.002976 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | B.1.459 | 0.004082 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | B.1.497 | 0.000315 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | B.1.517 | 0.000427 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | B.1.561 | 0.000397 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | B.1.567 | 0.003333 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | B.1.576 | 0.000907 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | B.1.597 | 0.00463 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | B.6.6 | 0.000889 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | C.16 | 0.00106 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | N.3 | 0.005814 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | P.1.12 | 0.000484 |
ORF1ab/nsp3 | 41 | A41V | gCc | gTc | 1 | 1 | Q.4 | 0.000455 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
|