CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 98

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp398L98LL916LsynTtgCtg16619190.5532813011-3013
ORF1ab/nsp398L98LL916LsynttGttA16617420.4467193011-3013
ORF1ab/nsp398L98FL916FnonsynttGttT67600.8955223011-3013
ORF1ab/nsp398L98FL916FnonsynttGttC6770.1044783011-3013
ORF1ab/nsp398L98delL916deldelTTG---434313011-3013
ORF1ab/nsp398L98VL916VnonsynTtgGtg414113011-3013
ORF1ab/nsp398L98SL916SnonsyntTgtCg111113011-3013
ORF1ab/nsp398L98ML916MnonsynTtgAtg6613011-3013
ORF1ab/nsp398L98WL916WnonsyntTgtGg4413011-3013
ORF1ab/nsp398L98del1L916del1delttGtt-430.753011-3013
ORF1ab/nsp398L98del1L916del1delTtg-tg410.253011-3013
ORF1ab/nsp398L98XL916XnonsyntTGtGA210.53011-3013
ORF1ab/nsp398L98XL916XnonsyntTgtAg210.53011-3013
ORF1ab/nsp398L98del2L916del2delTTg--g1113011-3013
ORF1ab/nsp398L98PL916PnonsynTTgCCg1113011-3013

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp398L98LTtgCtg9191661All0.000176
ORF1ab/nsp398L98LttGttA7421661All0.000142
ORF1ab/nsp398L98LTtgCtg754754B.1.1260.961735
ORF1ab/nsp398L98LttGttA291297B.1.1.70.000261
ORF1ab/nsp398L98LTtgCtg6297B.1.1.70.000005
ORF1ab/nsp398L98LTtgCtg9294B.10.000843
ORF1ab/nsp398L98LttGttA294B.10.000018
ORF1ab/nsp398L98LttGttA8686B.1.5930.934783
ORF1ab/nsp398L98LttGttA8384AY.250.000499
ORF1ab/nsp398L98LTtgCtg184AY.250.000006
ORF1ab/nsp398L98FttGttT6067All0.000011
ORF1ab/nsp398L98FttGttC767All0.000001
ORF1ab/nsp398L98LttGttA5454B.1.177.190.077253
ORF1ab/nsp398L98LttGttA4449AY.40.000068
ORF1ab/nsp398L98LTtgCtg549AY.40.000008
ORF1ab/nsp398L98delTTG---4343All0.000008
ORF1ab/nsp398L98VTtgGtg4141All0.000008
ORF1ab/nsp398L98LttGttA2929B.1.2430.002018
ORF1ab/nsp398L98LTtgCtg1515AY.9.20.000551
ORF1ab/nsp398L98LttGttA914P.10.000142
ORF1ab/nsp398L98LTtgCtg514P.10.000079
ORF1ab/nsp398L98LttGttA1313AY.390.000321
ORF1ab/nsp398L98LttGttA1212AY.290.000189
ORF1ab/nsp398L98StTgtCg1111All0.000002
ORF1ab/nsp398L98LttGttA711AY.30.00007
ORF1ab/nsp398L98LTtgCtg411AY.30.00004
ORF1ab/nsp398L98LttGttA1111AY.320.005857
ORF1ab/nsp398L98VTtgGtg1010AY.430.000044
ORF1ab/nsp398L98LttGttA99AY.39.10.000357
ORF1ab/nsp398L98LttGttA99AY.430.00004
ORF1ab/nsp398L98LttGttA89B.1.617.20.00003
ORF1ab/nsp398L98LTtgCtg19B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp398L98LttGttA99B.1.6370.000658
ORF1ab/nsp398L98FttGttT88AY.440.000049
ORF1ab/nsp398L98FttGttT88B.1.177.570.002248
ORF1ab/nsp398L98LttGttA67AY.120.10.001926
ORF1ab/nsp398L98LTtgCtg17AY.120.10.000321
ORF1ab/nsp398L98FttGttT67B0.000767
ORF1ab/nsp398L98FttGttC17B0.000128
ORF1ab/nsp398L98FttGttT77B.10.000064
ORF1ab/nsp398L98FttGttT67B.1.1.70.000005
ORF1ab/nsp398L98FttGttC17B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp398L98MTtgAtg66All0.000001
ORF1ab/nsp398L98VTtgGtg66AY.1030.000037
ORF1ab/nsp398L98LttGttA56AY.1030.000031
ORF1ab/nsp398L98LTtgCtg16AY.1030.000006
ORF1ab/nsp398L98FttGttT66AY.40.000009
ORF1ab/nsp398L98delTTG---66B.1.1.70.000005
ORF1ab/nsp398L98LTtgCtg36B.1.20.000026
ORF1ab/nsp398L98LttGttA36B.1.20.000026
ORF1ab/nsp398L98LTtgCtg66B.1.2100.012793
ORF1ab/nsp398L98FttGttT66B.1.2580.000399
ORF1ab/nsp398L98LTtgCtg66B.1.3750.004918
ORF1ab/nsp398L98LttGttA55AY.1190.000177
ORF1ab/nsp398L98LttGttA55AY.440.00003
ORF1ab/nsp398L98delTTG---440.222222
ORF1ab/nsp398L98WtTgtGg44All0.000001
ORF1ab/nsp398L98del1ttGtt-34All0.000001
ORF1ab/nsp398L98del1Ttg-tg14All0
ORF1ab/nsp398L98delTTG---44B.10.000037
ORF1ab/nsp398L98FttGttT34B.1.10.000054
ORF1ab/nsp398L98FttGttC14B.1.10.000018
ORF1ab/nsp398L98VTtgGtg44B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp398L98VTtgGtg44B.1.20.000035
ORF1ab/nsp398L98VTtgGtg33AY.1170.000254
ORF1ab/nsp398L98FttGttT33AY.30.00003
ORF1ab/nsp398L98StTgtCg33AY.440.000018
ORF1ab/nsp398L98LttGttA33AY.50.000062
ORF1ab/nsp398L98LTtgCtg23AY.90.000135
ORF1ab/nsp398L98LttGttA13AY.90.000068
ORF1ab/nsp398L98delTTG---33B.1.1.330.001263
ORF1ab/nsp398L98LttGttA33C.160.003181
ORF1ab/nsp398L98XtTGtGA12All0
ORF1ab/nsp398L98XtTgtAg12All0
ORF1ab/nsp398L98VTtgGtg22AY.1000.000092
ORF1ab/nsp398L98LttGttA22AY.1020.000053
ORF1ab/nsp398L98LTtgCtg22AY.230.000139
ORF1ab/nsp398L98LTtgCtg12AY.29.10.000221
ORF1ab/nsp398L98LttGttA12AY.29.10.000221
ORF1ab/nsp398L98VTtgGtg22AY.40.000003
ORF1ab/nsp398L98delTTG---22AY.430.000009
ORF1ab/nsp398L98LttGttA22AY.470.000062
ORF1ab/nsp398L98LttGttA12AY.99.20.000092
ORF1ab/nsp398L98LTtgCtg12AY.99.20.000092
ORF1ab/nsp398L98LttGttA22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp398L98delTTG---22B.1.1.3480.001592
ORF1ab/nsp398L98LttGttA22B.1.1.5210.010695
ORF1ab/nsp398L98LttGttA22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp398L98MTtgAtg22B.1.36.90.006431
ORF1ab/nsp398L98LTtgCtg22B.1.5960.000174
ORF1ab/nsp398L98delTTG---22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp398L98del1Ttg-tg12B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp398L98del1ttGtt-12B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp398L98VTtgGtg22C.370.000232
ORF1ab/nsp398L98delTTG---22N.60.014184
ORF1ab/nsp398L98delTTG---22P.10.000032
ORF1ab/nsp398L98LTtgCtg12P.1.140.000048
ORF1ab/nsp398L98LttGttA12P.1.140.000048
ORF1ab/nsp398L98LttGttA11A.210.00277
ORF1ab/nsp398L98LttGttA11A.30.002096
ORF1ab/nsp398L98del2TTg--g11All0
ORF1ab/nsp398L98PTTgCCg11All0
ORF1ab/nsp398L98delTTG---11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp398L98FttGttC11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp398L98LTtgCtg11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp398L98VTtgGtg11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp398L98StTgtCg11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp398L98LttGttA11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp398L98LTtgCtg11AY.120.000316
ORF1ab/nsp398L98LttGttA11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp398L98LttGttA11AY.160.00038
ORF1ab/nsp398L98LTtgCtg11AY.200.000039
ORF1ab/nsp398L98delTTG---11AY.250.000006
ORF1ab/nsp398L98LttGttA11AY.260.000028
ORF1ab/nsp398L98FttGttC11AY.260.000028
ORF1ab/nsp398L98delTTG---11AY.30.00001
ORF1ab/nsp398L98LttGttA11AY.34.10.00051
ORF1ab/nsp398L98StTgtCg11AY.390.000025
ORF1ab/nsp398L98FttGttT11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp398L98VTtgGtg11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp398L98delTTG---11AY.420.00004
ORF1ab/nsp398L98FttGttT11AY.430.000004
ORF1ab/nsp398L98del2TTg--g11AY.430.000004
ORF1ab/nsp398L98XtTGtGA11AY.440.000006
ORF1ab/nsp398L98LttGttA11AY.450.000122
ORF1ab/nsp398L98delTTG---11AY.460.000104
ORF1ab/nsp398L98StTgtCg11AY.46.10.001027
ORF1ab/nsp398L98WtTgtGg11AY.470.000031
ORF1ab/nsp398L98LTtgCtg11AY.5.40.000277
ORF1ab/nsp398L98VTtgGtg11AY.60.000041
ORF1ab/nsp398L98LTtgCtg11AY.690.000187
ORF1ab/nsp398L98StTgtCg11AY.740.000116
ORF1ab/nsp398L98LttGttA11AY.750.000056
ORF1ab/nsp398L98VTtgGtg11AY.790.001211
ORF1ab/nsp398L98FttGttC11AY.850.000427
ORF1ab/nsp398L98StTgtCg11AY.860.00083
ORF1ab/nsp398L98PTTgCCg11AY.990.001049
ORF1ab/nsp398L98VTtgGtg11B.10.000009
ORF1ab/nsp398L98XtTgtAg11B.10.000009
ORF1ab/nsp398L98StTgtCg11B.10.000009
ORF1ab/nsp398L98delTTG---11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp398L98VTtgGtg11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp398L98LttGttA11B.1.1.2340.012048
ORF1ab/nsp398L98LttGttA11B.1.1.2410.00207
ORF1ab/nsp398L98LttGttA11B.1.1.2740.005051
ORF1ab/nsp398L98FttGttT11B.1.1.280.000311
ORF1ab/nsp398L98FttGttT11B.1.1.2890.002083
ORF1ab/nsp398L98FttGttC11B.1.1.2940.001266
ORF1ab/nsp398L98LttGttA11B.1.1.3510.002793
ORF1ab/nsp398L98LTtgCtg11B.1.1.390.00051
ORF1ab/nsp398L98MTtgAtg11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp398L98del1ttGtt-11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp398L98StTgtCg11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp398L98delTTG---11B.1.1.700.000341
ORF1ab/nsp398L98WtTgtGg11B.1.1470.000756
ORF1ab/nsp398L98delTTG---11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp398L98StTgtCg11B.1.177.230.003236
ORF1ab/nsp398L98delTTG---11B.1.177.540.000606
ORF1ab/nsp398L98LttGttA11B.1.177.810.000189
ORF1ab/nsp398L98delTTG---11B.1.177.860.000183
ORF1ab/nsp398L98WtTgtGg11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp398L98delTTG---11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp398L98MTtgAtg11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp398L98del1ttGtt-11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp398L98LTtgCtg11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp398L98LTtgCtg11B.1.2340.000132
ORF1ab/nsp398L98VTtgGtg11B.1.2430.00007
ORF1ab/nsp398L98delTTG---11B.1.3490.000715
ORF1ab/nsp398L98LttGttA11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp398L98FttGttT11B.1.3690.000285
ORF1ab/nsp398L98LttGttA11B.1.3770.004566
ORF1ab/nsp398L98LttGttA11B.1.3890.001002
ORF1ab/nsp398L98LttGttA11B.1.4160.001269
ORF1ab/nsp398L98delTTG---11B.1.416.10.001563
ORF1ab/nsp398L98delTTG---11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp398L98LttGttA11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp398L98LTtgCtg11B.1.4450.011765
ORF1ab/nsp398L98LttGttA11B.1.4700.001404
ORF1ab/nsp398L98FttGttT11B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp398L98MTtgAtg11B.1.5460.003704
ORF1ab/nsp398L98delTTG---11B.1.5610.000397
ORF1ab/nsp398L98delTTG---11B.1.5770.000687
ORF1ab/nsp398L98LTtgCtg11B.1.5820.000491
ORF1ab/nsp398L98LttGttA11B.1.5950.000261
ORF1ab/nsp398L98MTtgAtg11B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp398L98LttGttA11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp398L98VTtgGtg11C.37.10.002618
ORF1ab/nsp398L98FttGttT11P.10.000016
ORF1ab/nsp398L98WtTgtGg11P.1.150.000232

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.