CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 951 & Codon = atT

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp3	951	M951I	M1769I	nonsyn	atG	atT	3747	3291	0.878303	5570-5572

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	3291	3747	All	0.000629
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	655	655	B.1.404	0.852865
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	402	506	B.1.1.7	0.00036
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	226	251	AY.4	0.000352
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	231	232	P.1	0.003639
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	221	221	B.1.258.2	0.995495
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	164	182	B.1.617.2	0.000618
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	157	162	B.1	0.001438
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	123	123	B.41	0.984
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	100	103	AY.43	0.000443
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	59	103	B.1.1	0.00107
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	85	87	B.1.177	0.001119
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	77	80	AY.120	0.002863
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	45	64	AY.44	0.000274
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	51	51	AY.121	0.006901
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	45	45	AY.5	0.000929
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	36	44	AY.103	0.000224
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	36	39	AY.102	0.000955
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	31	33	AY.25	0.000186
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	17	28	AY.3	0.000169
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	27	27	AY.39.1	0.00107
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	25	25	B.1.2	0.00022
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	24	24	G.1	1
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	19	19	B.1.1.70	0.00648
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	16	16	AY.29	0.000252
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	16	16	B	0.002045
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	15	15	AY.33	0.001002
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	14	15	B.1.351	0.000416
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	14	14	B.1.526	0.000329
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	12	12	AY.99.2	0.001106
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	12	12	B.1.637	0.000877
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	7	10	AY.39	0.000173
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	10	10	B.1.429	0.000235
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	10	10	M.2	0.833333
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	9	9	AY.98	0.000711
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	9	9	B.1.1.214	0.000499
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	8	8	AY.20	0.000311
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	8	8	AY.26	0.000226
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	8	8	B.1.1.306	0.003507
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	8	8	B.1.1.348	0.006369
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	8	8	B.1.240	0.001725
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	8	8	P.1.14	0.000382
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	8	8	P.1.15	0.001859
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	5	7	AY.6	0.000206
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	7	7	B.1.1.304	0.019663
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	7	7	B.1.575	0.002124
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	7	7	P.1.17	0.001132
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	6	6	B.1.1.519	0.000238
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	5	5	A.1	0.001409
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	4	5	AY.119	0.000141
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	5	5	AY.23	0.000349
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	5	5	AY.27	0.000324
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	5	5	AY.45	0.000608
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	5	5	B.1.1.1	0.001633
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	5	5	B.1.160	0.000156
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	4	5	B.1.596	0.000349
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	4	4	AY.4.5	0.00043
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	4	4	AY.42	0.000161
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	4	4	AY.75	0.000224
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	4	4	B.1.239	0.004884
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	4	4	B.1.427	0.000202
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	3	3	AY.1	0.001187
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	3	3	AY.117	0.000254
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	3	3	AY.120.2	0.003856
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	3	3	AY.34	0.000291
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	3	3	AY.52	0.002443
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	3	3	AY.85	0.001282
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	3	3	AY.98.1	0.000145
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	3	3	B.1.1.28	0.000934
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	3	3	B.1.241	0.002435
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	3	3	B.1.36.8	0.003
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	2	3	C.37	0.000232
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	3	3	P.1.12	0.001452
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	2	2	AY.109	0.001479
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	2	2	AY.120.1	0.000642
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	2	2	AY.4.2	0.000043
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	2	2	AY.4.4	0.000818
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	2	2	AY.46.1	0.002053
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	2	2	AY.46.6	0.000144
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	2	2	AY.47	0.000062
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	2	2	AY.7	0.000392
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	2	2	AY.75.1	0.000361
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	2	2	AY.9	0.000135
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	2	B.1.1.294	0.001266
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	2	2	B.1.1.434	0.000697
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	2	2	B.1.146	0.008475
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	2	2	B.1.22	0.002635
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	2	2	B.1.258.17	0.000208
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	2	2	B.1.351.2	0.000605
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	2	2	B.1.36	0.000292
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	2	2	B.1.438.1	0.000215
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	2	2	B.1.554	0.008811
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	2	2	B.1.561	0.000794
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	2	2	B.1.565	0.001621
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	2	2	B.1.595	0.000522
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	2	2	B.1.612	0.005305
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	2	2	B.1.621	0.000177
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	2	2	P.1.10	0.000539
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	A.2.5	0.000499
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	AD.2	0.000219
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	AY.104	0.001984
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	AY.107	0.000466
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	AY.110	0.000113
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	AY.16	0.00038
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	AY.32	0.000532
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	AY.35	0.000233
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	AY.4.3	0.000842
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	AY.46.2	0.000635
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	AY.5.4	0.000277
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	AY.57	0.000656
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	AY.59	0.00053
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	AY.68	0.000274
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	AY.70	0.000209
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	AY.77	0.001127
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	AZ.2	0.000821
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	B.1.1.164	0.005155
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	B.1.1.222	0.000204
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	B.1.1.269	0.001353
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	B.1.1.277	0.000759
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	B.1.1.318	0.000302
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	B.1.1.335	0.012987
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	B.1.1.374	0.002375
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	B.1.1.448	0.002033
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	B.1.1.485	0.016667
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	B.1.1.486	0.001577
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	B.1.139	0.000733
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	B.1.140	0.018868
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	B.1.143	0.021277
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	B.1.157	0.002985
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	B.1.177.81	0.000189
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	B.1.177.83	0.001481
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	B.1.189	0.004292
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	B.1.223	0.002778
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	B.1.234	0.000132
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	B.1.289	0.00266
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	B.1.351.3	0.000876
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	B.1.416	0.001269
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	B.1.428	0.00102
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	B.1.444	0.015873
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	B.1.582	0.000491
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	B.1.590	0.004545
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	B.1.632	0.006711
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	B.1.81	0.021277
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	B.39	0.002331
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	L.3	0.003546
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	P.1.10.1	0.00813
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	P.2	0.000187
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	Q.1	0.000126
ORF1ab/nsp3	951	M951I	atG	atT	1	1	Q.8	0.000165

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.