CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 873

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp3873N873NN1691NsynaaTaaC1976197615336-5338
ORF1ab/nsp3873N873SN1691SnonsynaAtaGt21521515336-5338
ORF1ab/nsp3873N873DN1691DnonsynAatGat17917915336-5338
ORF1ab/nsp3873N873KN1691KnonsynaaTaaG75400.5333335336-5338
ORF1ab/nsp3873N873KN1691KnonsynaaTaaA75350.4666675336-5338
ORF1ab/nsp3873N873YN1691YnonsynAatTat626215336-5338
ORF1ab/nsp3873N873delN1691deldelAAT---535315336-5338
ORF1ab/nsp3873N873TN1691TnonsynaAtaCt424215336-5338
ORF1ab/nsp3873N873IN1691InonsynaAtaTt7715336-5338
ORF1ab/nsp3873N873AN1691AnonsynAAtGCt2215336-5338
ORF1ab/nsp3873N873HN1691HnonsynAatCat2215336-5338
ORF1ab/nsp3873N873del2N1691del2delaATa--210.55336-5338
ORF1ab/nsp3873N873del2N1691del2delAAt--t210.55336-5338
ORF1ab/nsp3873N873del1N1691del1delAaTGa-210.55336-5338
ORF1ab/nsp3873N873del1N1691del1delaaTaa-210.55336-5338
ORF1ab/nsp3873N873GN1691GnonsynAAtGGt1115336-5338

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC19761976All0.000378
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC648648AY.39.10.025669
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC470470B.1.1.70.000421
ORF1ab/nsp3873N873SaAtaGt215215All0.000041
ORF1ab/nsp3873N873DAatGat179179All0.000034
ORF1ab/nsp3873N873DAatGat139139AY.290.002193
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC9797B.1.20.000854
ORF1ab/nsp3873N873KaaTaaG4075All0.000008
ORF1ab/nsp3873N873KaaTaaA3575All0.000007
ORF1ab/nsp3873N873SaAtaGt6969AY.1030.000428
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC6868AY.40.000106
ORF1ab/nsp3873N873YAatTat6262All0.000012
ORF1ab/nsp3873N873YAatTat5656B.1.1.5190.002224
ORF1ab/nsp3873N873delAAT---5353All0.00001
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC4444AY.440.000268
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC4444B.10.000403
ORF1ab/nsp3873N873TaAtaCt4242All0.000008
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC4141AY.250.000247
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC3939B.1.617.20.000147
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC3838P.10.000599
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC3636AY.1030.000224
ORF1ab/nsp3873N873SaAtaGt3030AY.40.000047
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC2727Q.10.003411
ORF1ab/nsp3873N873SaAtaGt2222AY.200.000855
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC2222B.1.2580.001464
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC2020B.1.10.000363
ORF1ab/nsp3873N873delAAT---1919B.1.1.70.000017
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC1818B.1.177.600.003932
ORF1ab/nsp3873N873SaAtaGt1717B.1.1.10.005554
ORF1ab/nsp3873N873TaAtaCt1717B.1.1770.000224
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC1616AY.430.000071
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC1616B.1.1.2630.024922
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC1515AY.1060.005023
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC1313AY.120.004109
ORF1ab/nsp3873N873KaaTaaA1213B.1.1.70.000011
ORF1ab/nsp3873N873KaaTaaG113B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC1313B.1.1770.000171
ORF1ab/nsp3873N873TaAtaCt1212AY.250.000072
ORF1ab/nsp3873N873SaAtaGt1111AY.250.000066
ORF1ab/nsp3873N873SaAtaGt1111B.1.20.000097
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC1111B.1.5820.005397
ORF1ab/nsp3873N873KaaTaaG810AY.40.000012
ORF1ab/nsp3873N873KaaTaaA210AY.40.000003
ORF1ab/nsp3873N873SaAtaGt1010AY.510.009091
ORF1ab/nsp3873N873SaAtaGt1010B.1.1.70.000009
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC1010B.1.2430.000696
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC1010B.1.4290.000235
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC99AY.200.00035
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC99B.1.5960.000784
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC88AY.540.000763
ORF1ab/nsp3873N873DAatGat88B.10.000073
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC88B.1.1.3060.003507
ORF1ab/nsp3873N873TaAtaCt88B.1.177.70.001319
ORF1ab/nsp3873N873IaAtaTt77All0.000001
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC77AY.160.002658
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC77AY.390.000173
ORF1ab/nsp3873N873SaAtaGt77B.1.1.2240.1
ORF1ab/nsp3873N873KaaTaaA77B.1.3110.001922
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC77B.1.3110.001922
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC77B.1.4860.777778
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC66AY.1000.000276
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC66AY.1020.000159
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC66B.1.1.250.003411
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC66B.1.1.5190.000238
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC66B.1.1600.000187
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC66B.1.36.350.015625
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC66B.1.4040.007812
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC66B.1.4740.011407
ORF1ab/nsp3873N873SaAtaGt66B.1.617.20.000023
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC55AY.330.000334
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC55B.1.3510.000149
ORF1ab/nsp3873N873KaaTaaG55B.1.5260.000118
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC55B.400.001821
ORF1ab/nsp3873N873KaaTaaA55R.10.00045
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC44AY.30.00004
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC44AY.300.001583
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC44AY.470.000124
ORF1ab/nsp3873N873KaaTaaG44B.1.10.000073
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC44B.1.1.2770.003035
ORF1ab/nsp3873N873DAatGat44B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp3873N873KaaTaaG44B.1.177.120.000607
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC44B.1.370.058824
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC44B.1.5970.018519
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC44P.1.140.000191
ORF1ab/nsp3873N873KaaTaaG33AY.1190.000106
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC33AY.1190.000106
ORF1ab/nsp3873N873DAatGat33AY.250.000018
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC33AY.420.000121
ORF1ab/nsp3873N873delAAT---33AY.430.000013
ORF1ab/nsp3873N873SaAtaGt33AY.440.000018
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC33AY.98.10.000145
ORF1ab/nsp3873N873delAAT---33B.10.000027
ORF1ab/nsp3873N873KaaTaaA33B.10.000027
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC33B.1.1.3480.002389
ORF1ab/nsp3873N873YAatTat33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC33B.1.2210.000213
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC33B.1.5260.000071
ORF1ab/nsp3873N873KaaTaaG33B.1.617.10.000387
ORF1ab/nsp3873N873DAatGat33B.1.6210.000266
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC33C.370.000348
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC33P.1.170.000485
ORF1ab/nsp3873N873AAAtGCt220.111111
ORF1ab/nsp3873N873HAatCat22All0
ORF1ab/nsp3873N873AAAtGCt22All0
ORF1ab/nsp3873N873del2AAt--t12All0
ORF1ab/nsp3873N873del1aaTaa-12All0
ORF1ab/nsp3873N873del1AaTGa-12All0
ORF1ab/nsp3873N873del2aATa--12All0
ORF1ab/nsp3873N873DAatGat22AY.1170.000169
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC22AY.140.000176
ORF1ab/nsp3873N873SaAtaGt22AY.260.000057
ORF1ab/nsp3873N873SaAtaGt22AY.390.000049
ORF1ab/nsp3873N873delAAT---22AY.40.000003
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC22AY.4.40.000818
ORF1ab/nsp3873N873KaaTaaG22AY.440.000012
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC22AY.450.000243
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC22AY.50.000041
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC22AY.610.00021
ORF1ab/nsp3873N873DAatGat22AY.690.000373
ORF1ab/nsp3873N873DAatGat22AY.750.000112
ORF1ab/nsp3873N873SaAtaGt22AY.750.000112
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC22AY.750.000112
ORF1ab/nsp3873N873KaaTaaG22AY.90.000135
ORF1ab/nsp3873N873DAatGat22AY.9.20.000073
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC22AY.980.000158
ORF1ab/nsp3873N873DAatGat22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC22B.1.1.3370.007194
ORF1ab/nsp3873N873KaaTaaA12B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp3873N873KaaTaaG12B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC22B.1.177.120.000303
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC22B.1.3490.00143
ORF1ab/nsp3873N873delAAT---22B.1.360.000292
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC22B.1.36.290.001035
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC22B.1.3610.002577
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC22B.1.4990.002101
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC22B.1.5250.000226
ORF1ab/nsp3873N873DAatGat22B.1.5580.009132
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC22B.1.6120.005305
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC22B.1.617.10.000258
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC22D.20.00015
ORF1ab/nsp3873N873KaaTaaA22Q.40.00091
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC22Q.60.013245
ORF1ab/nsp3873N873delAAT---11A0.000387
ORF1ab/nsp3873N873delAAT---11A.2.20.001689
ORF1ab/nsp3873N873delAAT---11AD.20.000219
ORF1ab/nsp3873N873delAAT---11AH.30.003802
ORF1ab/nsp3873N873GAAtGGt11All0
ORF1ab/nsp3873N873DAatGat11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp3873N873KaaTaaG11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC11AY.1080.001103
ORF1ab/nsp3873N873delAAT---11AY.1080.001103
ORF1ab/nsp3873N873DAatGat11AY.1100.000113
ORF1ab/nsp3873N873SaAtaGt11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp3873N873DAatGat11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp3873N873delAAT---11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC11AY.130.000161
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC11AY.230.00007
ORF1ab/nsp3873N873TaAtaCt11AY.230.00007
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC11AY.260.000028
ORF1ab/nsp3873N873IaAtaTt11AY.270.000065
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC11AY.290.000016
ORF1ab/nsp3873N873DAatGat11AY.29.10.000221
ORF1ab/nsp3873N873delAAT---11AY.30.00001
ORF1ab/nsp3873N873KaaTaaG11AY.30.00001
ORF1ab/nsp3873N873del2AAt--t11AY.390.000025
ORF1ab/nsp3873N873DAatGat11AY.40.000002
ORF1ab/nsp3873N873KaaTaaA11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp3873N873DAatGat11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp3873N873delAAT---11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp3873N873SaAtaGt11AY.430.000004
ORF1ab/nsp3873N873HAatCat11AY.440.000006
ORF1ab/nsp3873N873DAatGat11AY.440.000006
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp3873N873TaAtaCt11AY.470.000031
ORF1ab/nsp3873N873DAatGat11AY.50.000021
ORF1ab/nsp3873N873SaAtaGt11AY.50.000021
ORF1ab/nsp3873N873SaAtaGt11AY.5.30.000337
ORF1ab/nsp3873N873IaAtaTt11AY.540.000095
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC11AY.590.00053
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC11AY.620.000436
ORF1ab/nsp3873N873delAAT---11AY.660.00107
ORF1ab/nsp3873N873delAAT---11AY.670.000464
ORF1ab/nsp3873N873delAAT---11AY.750.000056
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC11AY.760.004831
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC11AY.770.001127
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC11AY.830.001724
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC11AY.850.000427
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC11AY.890.004902
ORF1ab/nsp3873N873SaAtaGt11AY.980.000079
ORF1ab/nsp3873N873delAAT---11AY.990.001049
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC11AY.990.001049
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC11B0.000128
ORF1ab/nsp3873N873delAAT---11B0.000128
ORF1ab/nsp3873N873IaAtaTt11B.10.000009
ORF1ab/nsp3873N873TaAtaCt11B.10.000009
ORF1ab/nsp3873N873delAAT---11B.1.1.1420.017544
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC11B.1.1.1640.005155
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC11B.1.1.2220.000204
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC11B.1.1.2270.004348
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC11B.1.1.2650.003155
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC11B.1.1.330.000421
ORF1ab/nsp3873N873SaAtaGt11B.1.1.330.000421
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC11B.1.1.3760.005952
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC11B.1.1.3770.001381
ORF1ab/nsp3873N873NaaTaaC11B.1.1.390.00051
ORF1ab/nsp3873N873KaaTaaA11B.1.1.390.00051
ORF1ab/nsp3873N873del1aaTaa-11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp3873N873del2aATa--11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp3873N873IaAtaTt11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp3873N873KaaTaaG11B.1.1390.000733
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