CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 84

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp384M84VM902VnonsynAtgGtg276827620.9978322969-2971
ORF1ab/nsp384M84VM902VnonsynAtGGtA276840.001445092969-2971
ORF1ab/nsp384M84VM902VnonsynAtGGtT276820.0007225432969-2971
ORF1ab/nsp384M84IM902InonsynatGatT2381470.6176472969-2971
ORF1ab/nsp384M84IM902InonsynatGatA238880.3697482969-2971
ORF1ab/nsp384M84IM902InonsynatGatC23830.0126052969-2971
ORF1ab/nsp384M84TM902TnonsynaTgaCg1141110.9736842969-2971
ORF1ab/nsp384M84TM902TnonsynaTGaCA11430.02631582969-2971
ORF1ab/nsp384M84delM902deldelATG---434312969-2971
ORF1ab/nsp384M84LM902LnonsynAtgTtg22150.6818182969-2971
ORF1ab/nsp384M84LM902LnonsynAtgCtg2270.3181822969-2971
ORF1ab/nsp384M84KM902KnonsynaTgaAg131312969-2971
ORF1ab/nsp384M84AM902AnonsynATGGCC630.52969-2971
ORF1ab/nsp384M84del1M902del1delatGat-630.52969-2971
ORF1ab/nsp384M84del1M902del1delaTga-g630.52969-2971
ORF1ab/nsp384M84AM902AnonsynATGGCT610.1666672969-2971
ORF1ab/nsp384M84AM902AnonsynATgGCg610.1666672969-2971
ORF1ab/nsp384M84AM902AnonsynATGGCA610.1666672969-2971
ORF1ab/nsp384M84RM902RnonsynaTgaGg4412969-2971
ORF1ab/nsp384M84GM902GnonsynATGGGC420.52969-2971
ORF1ab/nsp384M84GM902GnonsynATgGGg410.252969-2971
ORF1ab/nsp384M84GM902GnonsynATGGGT410.252969-2971
ORF1ab/nsp384M84DM902DnonsynATGGAT210.52969-2971
ORF1ab/nsp384M84DM902DnonsynATGGAC210.52969-2971
ORF1ab/nsp384M84del2M902del2delaTGa--1112969-2971
ORF1ab/nsp384M84CM902CnonsynATGTGT1112969-2971
ORF1ab/nsp384M84EM902EnonsynATgGAg1112969-2971

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg27622768All0.000528
ORF1ab/nsp384M84VAtGGtA42768All0.000001
ORF1ab/nsp384M84VAtGGtT22768All0
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg588588B.1.1.5230.91875
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg487487AY.50.010056
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg265265AY.240.114224
ORF1ab/nsp384M84IatGatT147238All0.000028
ORF1ab/nsp384M84IatGatA88238All0.000017
ORF1ab/nsp384M84IatGatC3238All0.000001
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg171171B.1.5900.777273
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg138139B.1.1.70.000124
ORF1ab/nsp384M84VAtGGtA1139B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp384M84TaTgaCg111114All0.000021
ORF1ab/nsp384M84TaTGaCA3114All0.000001
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg108108AY.440.000657
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg7979B.1.360.011526
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg7373AY.60.003002
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg6868B.10.000623
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg6868B.1.617.20.000256
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg5353AY.430.000235
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg4747AY.40.000073
ORF1ab/nsp384M84delATG---4343All0.000008
ORF1ab/nsp384M84TaTgaCg4242B.1.1.70.000038
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg4141B.1.2430.002853
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg4141P.10.000646
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg3636AY.1030.000224
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg3636B.1.10.000653
ORF1ab/nsp384M84IatGatT3234AY.40.00005
ORF1ab/nsp384M84IatGatA234AY.40.000003
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg3131AY.34.10.015808
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg3030B.1.1.3540.131579
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg2828AY.30.000278
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg2828B.1.1770.000369
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg2727AY.110.036145
ORF1ab/nsp384M84IatGatT2626AY.1020.000689
ORF1ab/nsp384M84IatGatT2023B.1.617.20.000075
ORF1ab/nsp384M84IatGatA223B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp384M84IatGatC123B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp384M84LAtgTtg1522All0.000003
ORF1ab/nsp384M84LAtgCtg722All0.000001
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg1921B.1.20.000167
ORF1ab/nsp384M84VAtGGtA121B.1.20.000009
ORF1ab/nsp384M84VAtGGtT121B.1.20.000009
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg2020AY.250.00012
ORF1ab/nsp384M84IatGatT2020AY.9.20.000735
ORF1ab/nsp384M84TaTgaCg1616AY.200.000622
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg1414AY.1200.000521
ORF1ab/nsp384M84IatGatA1414B.1.1600.000437
ORF1ab/nsp384M84KaTgaAg1313All0.000002
ORF1ab/nsp384M84TaTgaCg1212AY.40.000019
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg1212C.370.001393
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg1111AY.1020.000292
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg1010AY.1000.00046
ORF1ab/nsp384M84LAtgTtg1010P.10.000158
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg99AY.1100.001014
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg99AY.120.10.002889
ORF1ab/nsp384M84IatGatT89AY.390.000198
ORF1ab/nsp384M84IatGatA19AY.390.000025
ORF1ab/nsp384M84TaTgaCg99AY.430.00004
ORF1ab/nsp384M84IatGatT89AY.440.000049
ORF1ab/nsp384M84IatGatA19AY.440.000006
ORF1ab/nsp384M84IatGatA99B.1.20.000079
ORF1ab/nsp384M84IatGatA89B.1.2580.000532
ORF1ab/nsp384M84IatGatC19B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg99B.1.5600.041667
ORF1ab/nsp384M84IatGatA58B.10.000046
ORF1ab/nsp384M84IatGatT38B.10.000027
ORF1ab/nsp384M84TaTgaCg78B.1.20.000062
ORF1ab/nsp384M84TaTGaCA18B.1.20.000009
ORF1ab/nsp384M84TaTgaCg77AY.30.00007
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg77AY.390.000173
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg77AY.740.00081
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg77AY.9.10.000586
ORF1ab/nsp384M84delATG---77B.1.1.70.000006
ORF1ab/nsp384M84IatGatA77B.1.2430.000487
ORF1ab/nsp384M84AATGGCC36All0.000001
ORF1ab/nsp384M84del1aTga-g36All0.000001
ORF1ab/nsp384M84del1atGat-36All0.000001
ORF1ab/nsp384M84AATGGCT16All0
ORF1ab/nsp384M84AATGGCA16All0
ORF1ab/nsp384M84AATgGCg16All0
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg66B.1.1.3110.002149
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg66B.1.6230.003219
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg55AY.1060.001674
ORF1ab/nsp384M84IatGatT35AY.430.000013
ORF1ab/nsp384M84IatGatA25AY.430.000009
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg55AY.5.40.001384
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg55B.1.1.10.001633
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg55B.1.1.330.002104
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg55B.1.1310.04386
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg55C.160.005302
ORF1ab/nsp384M84TaTGaCA240.111111
ORF1ab/nsp384M84TaTgaCg240.111111
ORF1ab/nsp384M84RaTgaGg44All0.000001
ORF1ab/nsp384M84GATGGGC24All0
ORF1ab/nsp384M84GATgGGg14All0
ORF1ab/nsp384M84GATGGGT14All0
ORF1ab/nsp384M84IatGatA34AY.1190.000106
ORF1ab/nsp384M84IatGatT14AY.1190.000035
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg44AY.230.000279
ORF1ab/nsp384M84IatGatT44AY.250.000024
ORF1ab/nsp384M84TaTgaCg44AY.440.000024
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg44B.1.1.280.001245
ORF1ab/nsp384M84KaTgaAg44B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg44B.1.1080.023256
ORF1ab/nsp384M84IatGatT44B.1.258.170.000416
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg44B.1.5260.000094
ORF1ab/nsp384M84delATG---44B.1.617.20.000015
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg44R.10.00036
ORF1ab/nsp384M84LAtgTtg230.111111
ORF1ab/nsp384M84LAtgCtg130.055556
ORF1ab/nsp384M84IatGatA23AY.1000.000092
ORF1ab/nsp384M84IatGatT13AY.1000.000046
ORF1ab/nsp384M84KaTgaAg33AY.1030.000019
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg33AY.1140.000693
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg33AY.1170.000254
ORF1ab/nsp384M84IatGatA33AY.160.001139
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg33AY.16.10.00141
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg23AY.260.000057
ORF1ab/nsp384M84VAtGGtT13AY.260.000028
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg33AY.470.000093
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg33AY.610.000314
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg33AY.750.000168
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg33AY.860.00249
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg33AY.9.20.00011
ORF1ab/nsp384M84delATG---33B.10.000027
ORF1ab/nsp384M84GATgGGg13B.1.10.000018
ORF1ab/nsp384M84AATgGCg13B.1.10.000018
ORF1ab/nsp384M84AATGGCT13B.1.10.000018
ORF1ab/nsp384M84AATGGCC13B.1.10.000018
ORF1ab/nsp384M84GATGGGC13B.1.10.000018
ORF1ab/nsp384M84GATGGGT13B.1.10.000018
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg33B.1.1.2160.002671
ORF1ab/nsp384M84delATG---33B.1.1.330.001263
ORF1ab/nsp384M84IatGatA33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg33B.1.2980.006342
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg33B.1.3510.000089
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg33B.1.5950.000783
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg33B.1.6270.006061
ORF1ab/nsp384M84delATG---220.111111
ORF1ab/nsp384M84AATGGCC220.111111
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg22A.30.004193
ORF1ab/nsp384M84DATGGAC12All0
ORF1ab/nsp384M84DATGGAT12All0
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg22AY.1180.000125
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg22AY.200.000078
ORF1ab/nsp384M84IatGatA22AY.260.000057
ORF1ab/nsp384M84KaTgaAg22AY.260.000057
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg22AY.330.000134
ORF1ab/nsp384M84delATG---22AY.430.000009
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg22AY.46.60.000144
ORF1ab/nsp384M84IatGatA22AY.46.60.000144
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg22AY.540.000191
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg22AY.620.000871
ORF1ab/nsp384M84IatGatA22AY.880.001768
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg22AY.920.000575
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg22AZ.10.001735
ORF1ab/nsp384M84delATG---22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp384M84DATGGAT12B.1.10.000018
ORF1ab/nsp384M84DATGGAC12B.1.10.000018
ORF1ab/nsp384M84IatGatA22B.1.1.3110.000716
ORF1ab/nsp384M84delATG---22B.1.1.3480.001592
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg22B.1.1.4160.00181
ORF1ab/nsp384M84RaTgaGg22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp384M84TaTgaCg22B.1.1470.001512
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg22B.1.1600.000062
ORF1ab/nsp384M84delATG---22B.1.177.540.001213
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg22B.1.177.80.001505
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg22B.1.2580.000133
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg22B.1.258.30.00335
ORF1ab/nsp384M84LAtgCtg12B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp384M84LAtgTtg12B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp384M84TaTgaCg22B.1.4290.000047
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg22B.1.438.10.000215
ORF1ab/nsp384M84IatGatA22B.1.466.20.000782
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg22B.1.5960.000174
ORF1ab/nsp384M84IatGatA22B.1.617.10.000258
ORF1ab/nsp384M84del1atGat-22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp384M84del1aTga-g22B.1.6270.00404
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg22C.37.10.005236
ORF1ab/nsp384M84IatGatA12D.20.000075
ORF1ab/nsp384M84IatGatT12D.20.000075
ORF1ab/nsp384M84delATG---22N.60.014184
ORF1ab/nsp384M84delATG---22P.10.000032
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11A.20.000662
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AE.80.000489
ORF1ab/nsp384M84CATGTGT11All0
ORF1ab/nsp384M84del2aTGa--11All0
ORF1ab/nsp384M84EATgGAg11All0
ORF1ab/nsp384M84delATG---11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp384M84IatGatA11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp384M84RaTgaGg11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AY.1070.000466
ORF1ab/nsp384M84IatGatT11AY.1110.000183
ORF1ab/nsp384M84IatGatT11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AY.120.20.001285
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AY.130.000161
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AY.140.000088
ORF1ab/nsp384M84IatGatA11AY.16.10.00047
ORF1ab/nsp384M84IatGatA11AY.200.000039
ORF1ab/nsp384M84delATG---11AY.250.000006
ORF1ab/nsp384M84KaTgaAg11AY.250.000006
ORF1ab/nsp384M84IatGatA11AY.290.000016
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AY.290.000016
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AY.29.10.000221
ORF1ab/nsp384M84AATGGCA11AY.30.00001
ORF1ab/nsp384M84IatGatA11AY.30.00001
ORF1ab/nsp384M84TaTgaCg11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp384M84TaTgaCg11AY.340.000097
ORF1ab/nsp384M84LAtgCtg11AY.40.000002
ORF1ab/nsp384M84KaTgaAg11AY.40.000002
ORF1ab/nsp384M84KaTgaAg11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp384M84IatGatT11AY.400.000964
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AY.410.000294
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AY.420.00004
ORF1ab/nsp384M84delATG---11AY.420.00004
ORF1ab/nsp384M84LAtgCtg11AY.430.000004
ORF1ab/nsp384M84delATG---11AY.460.000104
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AY.460.000104
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AY.46.50.000198
ORF1ab/nsp384M84IatGatT11AY.50.000021
ORF1ab/nsp384M84IatGatA11AY.530.000288
ORF1ab/nsp384M84IatGatC11AY.650.000533
ORF1ab/nsp384M84RaTgaGg11AY.670.000464
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AY.670.000464
ORF1ab/nsp384M84LAtgCtg11AY.720.001361
ORF1ab/nsp384M84IatGatT11AY.740.000116
ORF1ab/nsp384M84IatGatT11AY.750.000056
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp384M84VAtGGtA11AY.790.001211
ORF1ab/nsp384M84IatGatT11AY.810.001992
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AY.840.000437
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AY.850.000427
ORF1ab/nsp384M84IatGatA11AY.9.10.000084
ORF1ab/nsp384M84IatGatT11AY.920.000287
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AY.930.000273
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AY.970.001701
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AY.980.000079
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp384M84CATGTGT11AY.990.001049
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11AY.99.20.000092
ORF1ab/nsp384M84delATG---11AZ.20.000821
ORF1ab/nsp384M84IatGatT11B0.000128
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B0.000128
ORF1ab/nsp384M84delATG---11B0.000128
ORF1ab/nsp384M84EATgGAg11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp384M84TaTgaCg11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp384M84LAtgTtg11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.1.1610.003534
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.1.2140.000055
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.1.2220.000204
ORF1ab/nsp384M84IatGatA11B.1.1.280.000311
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.1.2940.001266
ORF1ab/nsp384M84IatGatT11B.1.1.330.000421
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.1.3720.000689
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.1.390.00051
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.1.480.002874
ORF1ab/nsp384M84del1aTga-g11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp384M84IatGatA11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp384M84IatGatT11B.1.1.610.008772
ORF1ab/nsp384M84LAtgTtg11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp384M84TaTgaCg11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp384M84IatGatA11B.1.160.140.002119
ORF1ab/nsp384M84del1atGat-11B.1.177.170.000821
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.177.440.000519
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.177.510.004566
ORF1ab/nsp384M84IatGatT11B.1.177.520.001757
ORF1ab/nsp384M84VAtGGtA11B.1.177.730.000566
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.177.880.012346
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.1890.004292
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.1990.004132
ORF1ab/nsp384M84LAtgCtg11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp384M84delATG---11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.2400.000216
ORF1ab/nsp384M84IatGatA11B.1.2790.000514
ORF1ab/nsp384M84delATG---11B.1.3490.000715
ORF1ab/nsp384M84IatGatT11B.1.351.20.000303
ORF1ab/nsp384M84TaTgaCg11B.1.36.80.001
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.3750.00082
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.3960.000706
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.4160.001269
ORF1ab/nsp384M84GATGGGC11B.1.4160.001269
ORF1ab/nsp384M84delATG---11B.1.416.10.001563
ORF1ab/nsp384M84IatGatT11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp384M84delATG---11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp384M84LAtgCtg11B.1.466.20.000391
ORF1ab/nsp384M84IatGatT11B.1.4700.001404
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.5250.000113
ORF1ab/nsp384M84IatGatA11B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp384M84delATG---11B.1.5610.000397
ORF1ab/nsp384M84IatGatA11B.1.5750.000303
ORF1ab/nsp384M84delATG---11B.1.5770.000687
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.5800.004065
ORF1ab/nsp384M84TaTgaCg11B.1.5820.000491
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.5820.000491
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.6090.000479
ORF1ab/nsp384M84TaTgaCg11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp384M84del2aTGa--11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11B.1.6180.004032
ORF1ab/nsp384M84KaTgaAg11B.1.619.10.000641
ORF1ab/nsp384M84TaTgaCg11P.10.000016
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11P.1.140.000048
ORF1ab/nsp384M84IatGatT11P.1.150.000232
ORF1ab/nsp384M84VAtgGtg11Q.80.000165