CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 815

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp3815E815DE1633DnonsyngaGgaT31859318520.999785162-5164
ORF1ab/nsp3815E815DE1633DnonsyngaGgaC3185970.0002197185162-5164
ORF1ab/nsp3815E815EE1633EsyngaGgaA55255215162-5164
ORF1ab/nsp3815E815GE1633GnonsyngAggGg2632610.9923955162-5164
ORF1ab/nsp3815E815GE1633GnonsyngAGgGT26320.007604565162-5164
ORF1ab/nsp3815E815KE1633KnonsynGagAag75720.965162-5164
ORF1ab/nsp3815E815KE1633KnonsynGaGAaA7530.045162-5164
ORF1ab/nsp3815E815delE1633deldelGAG---575715162-5164
ORF1ab/nsp3815E815AE1633AnonsyngAggCg545415162-5164
ORF1ab/nsp3815E815YE1633YnonsynGaGTaT353515162-5164
ORF1ab/nsp3815E815VE1633VnonsyngAggTg282815162-5164
ORF1ab/nsp3815E815XE1633XnonsynGagTag131315162-5164
ORF1ab/nsp3815E815del1E1633del1delgAgg-g830.3755162-5164
ORF1ab/nsp3815E815del1E1633del1delGag-ag830.3755162-5164
ORF1ab/nsp3815E815del1E1633del1delgaGga-820.255162-5164
ORF1ab/nsp3815E815QE1633QnonsynGagCag4415162-5164
ORF1ab/nsp3815E815RE1633RnonsynGAGAGA320.6666675162-5164
ORF1ab/nsp3815E815RE1633RnonsynGAgAGg310.3333335162-5164
ORF1ab/nsp3815E815SE1633SnonsynGAGAGT1115162-5164

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT3185231859All0.006092
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaC731859All0.000001
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT3114131141AY.470.968646
ORF1ab/nsp3815E815EgaGgaA552552All0.000106
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT327327B.1.617.20.001231
ORF1ab/nsp3815E815GgAggGg261263All0.00005
ORF1ab/nsp3815E815GgAGgGT2263All0
ORF1ab/nsp3815E815EgaGgaA252252AY.1110.046154
ORF1ab/nsp3815E815GgAggGg8888B.1.6190.076655
ORF1ab/nsp3815E815KGagAag7275All0.000014
ORF1ab/nsp3815E815KGaGAaA375All0.000001
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT6365B.1.1.70.000056
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaC265B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp3815E815EgaGgaA6363B.1.1.70.000056
ORF1ab/nsp3815E815delGAG---5757All0.000011
ORF1ab/nsp3815E815AgAggCg5454All0.00001
ORF1ab/nsp3815E815EgaGgaA4949R.10.00441
ORF1ab/nsp3815E815YGaGTaT3535All0.000007
ORF1ab/nsp3815E815YGaGTaT3535AY.470.001089
ORF1ab/nsp3815E815GgAggGg3030D.20.002251
ORF1ab/nsp3815E815VgAggTg2828All0.000005
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT2425AY.40.000037
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaC125AY.40.000002
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT2525AY.610.002619
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT2525B.1.1.2220.0051
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT2424AY.430.000106
ORF1ab/nsp3815E815EgaGgaA2323B.1.3510.000684
ORF1ab/nsp3815E815GgAggGg2222AY.1030.000137
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT2222AY.650.011727
ORF1ab/nsp3815E815GgAggGg1919P.10.000299
ORF1ab/nsp3815E815GgAggGg1818AY.40.000028
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT1717AY.30.000169
ORF1ab/nsp3815E815EgaGgaA1515AY.1130.002136
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT1515AY.400.014465
ORF1ab/nsp3815E815XGagTag1313All0.000002
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT1313AY.250.000078
ORF1ab/nsp3815E815KGagAag1313AY.40.00002
ORF1ab/nsp3815E815EgaGgaA1313AY.440.000079
ORF1ab/nsp3815E815EgaGgaA1212AY.40.000019
ORF1ab/nsp3815E815delGAG---1212B.1.1.70.000011
ORF1ab/nsp3815E815GgAggGg1111B.1.1.70.00001
ORF1ab/nsp3815E815KGagAag1011B.1.1.70.000009
ORF1ab/nsp3815E815KGaGAaA111B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp3815E815GgAggGg1010B.1.6210.000885
ORF1ab/nsp3815E815KGagAag1010P.10.000158
ORF1ab/nsp3815E815AgAggCg99AY.430.00004
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT99AY.9.10.000754
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT89B.10.000073
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaC19B.10.000009
ORF1ab/nsp3815E815EgaGgaA99B.1.1.2850.058824
ORF1ab/nsp3815E815AgAggCg99B.1.617.20.000034
ORF1ab/nsp3815E815del1gAgg-g38All0.000001
ORF1ab/nsp3815E815del1Gag-ag38All0.000001
ORF1ab/nsp3815E815del1gaGga-28All0
ORF1ab/nsp3815E815EgaGgaA88AY.1030.00005
ORF1ab/nsp3815E815KGagAag88AY.1030.00005
ORF1ab/nsp3815E815AgAggCg88AY.30.00008
ORF1ab/nsp3815E815GgAggGg88AY.540.000763
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT88AY.75.10.001442
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT77AY.1090.005178
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT77AY.120.20.008997
ORF1ab/nsp3815E815EgaGgaA77AY.390.000173
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT77AY.540.000667
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT77B0.000895
ORF1ab/nsp3815E815EgaGgaA77B.10.000064
ORF1ab/nsp3815E815delGAG---77B.10.000064
ORF1ab/nsp3815E815EgaGgaA77B.1.1.2140.000388
ORF1ab/nsp3815E815VgAggTg77B.1.1770.000092
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT77B.1.36.80.007
ORF1ab/nsp3815E815EgaGgaA77P.10.00011
ORF1ab/nsp3815E815EgaGgaA66AY.330.000401
ORF1ab/nsp3815E815AgAggCg66AY.40.000009
ORF1ab/nsp3815E815XGagTag66B.10.000055
ORF1ab/nsp3815E815GgAggGg66B.1.617.20.000023
ORF1ab/nsp3815E815EgaGgaA66B.1.617.20.000023
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT55AY.260.000142
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT55AY.300.001979
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT55AY.620.002179
ORF1ab/nsp3815E815EgaGgaA55B.1.10.000091
ORF1ab/nsp3815E815EgaGgaA55B.1.1.1320.074627
ORF1ab/nsp3815E815VgAggTg55B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT55B.1.1770.000066
ORF1ab/nsp3815E815KGagAag55B.1.177.830.007407
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT55B.1.20.000044
ORF1ab/nsp3815E815VgAggTg55B.1.617.20.000019
ORF1ab/nsp3815E815delGAG---440.222222
ORF1ab/nsp3815E815QGagCag44All0.000001
ORF1ab/nsp3815E815GgAggGg44AY.1020.000106
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT44AY.1030.000025
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT44AY.130.000644
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT44AY.4.20.000087
ORF1ab/nsp3815E815EgaGgaA44AY.430.000018
ORF1ab/nsp3815E815KGagAag34AY.430.000013
ORF1ab/nsp3815E815KGaGAaA14AY.430.000004
ORF1ab/nsp3815E815KGagAag44AY.440.000024
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT44AY.440.000024
ORF1ab/nsp3815E815EgaGgaA44AY.9.20.000147
ORF1ab/nsp3815E815GgAggGg44B.1.20.000035
ORF1ab/nsp3815E815EgaGgaA44B.1.4270.000202
ORF1ab/nsp3815E815RGAGAGA23All0
ORF1ab/nsp3815E815RGAgAGg13All0
ORF1ab/nsp3815E815AgAggCg33AY.1020.00008
ORF1ab/nsp3815E815AgAggCg33AY.1190.000106
ORF1ab/nsp3815E815GgAggGg33AY.250.000018
ORF1ab/nsp3815E815VgAggTg33AY.390.000074
ORF1ab/nsp3815E815delGAG---33AY.430.000013
ORF1ab/nsp3815E815GgAggGg23AY.440.000012
ORF1ab/nsp3815E815GgAGgGT13AY.440.000006
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT33AY.450.000365
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT33AY.750.000168
ORF1ab/nsp3815E815AgAggCg33AY.920.000862
ORF1ab/nsp3815E815KGagAag33B.1.1770.00004
ORF1ab/nsp3815E815delGAG---33B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp3815E815AgAggCg33B.1.6370.000219
ORF1ab/nsp3815E815XGagTag220.111111
ORF1ab/nsp3815E815del1gAgg-g220.111111
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT22AY.100.00106
ORF1ab/nsp3815E815GgAggGg22AY.1000.000092
ORF1ab/nsp3815E815EgaGgaA22AY.1020.000053
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT22AY.1140.000462
ORF1ab/nsp3815E815EgaGgaA22AY.1190.000071
ORF1ab/nsp3815E815GgAggGg22AY.200.000078
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT22AY.230.000139
ORF1ab/nsp3815E815EgaGgaA22AY.250.000012
ORF1ab/nsp3815E815GgAggGg22AY.30.00002
ORF1ab/nsp3815E815GgAggGg22AY.330.000134
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT22AY.330.000134
ORF1ab/nsp3815E815EgaGgaA22AY.39.10.000079
ORF1ab/nsp3815E815VgAggTg22AY.40.000003
ORF1ab/nsp3815E815delGAG---22AY.40.000003
ORF1ab/nsp3815E815GgAggGg22AY.430.000009
ORF1ab/nsp3815E815RGAgAGg12AY.430.000004
ORF1ab/nsp3815E815RGAGAGA12AY.430.000004
ORF1ab/nsp3815E815del1Gag-ag22AY.440.000012
ORF1ab/nsp3815E815GgAggGg22AY.50.000041
ORF1ab/nsp3815E815EgaGgaA22AY.50.000041
ORF1ab/nsp3815E815KGagAag22AY.50.000041
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT22AY.530.000575
ORF1ab/nsp3815E815EgaGgaA22AY.690.000373
ORF1ab/nsp3815E815GgAggGg22AY.980.000158
ORF1ab/nsp3815E815EgaGgaA22B0.000256
ORF1ab/nsp3815E815XGagTag22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT22B.1.1.3980.006452
ORF1ab/nsp3815E815EgaGgaA22B.1.1.5190.000079
ORF1ab/nsp3815E815QGagCag22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp3815E815AgAggCg22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp3815E815delGAG---22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp3815E815EgaGgaA22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp3815E815delGAG---22B.1.360.000292
ORF1ab/nsp3815E815EgaGgaA22P.40.007605
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT22Q.10.000253
ORF1ab/nsp3815E815delGAG---11A.2.20.001689
ORF1ab/nsp3815E815QGagCag11A.90.045455
ORF1ab/nsp3815E815delGAG---11AH.30.003802
ORF1ab/nsp3815E815SGAGAGT11All0
ORF1ab/nsp3815E815EgaGgaA11AY.10.000396
ORF1ab/nsp3815E815VgAggTg11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT11AY.116.10.000311
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT11AY.1170.000085
ORF1ab/nsp3815E815EgaGgaA11AY.1170.000085
ORF1ab/nsp3815E815AgAggCg11AY.1170.000085
ORF1ab/nsp3815E815GgAggGg11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp3815E815KGagAag11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp3815E815GgAggGg11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp3815E815EgaGgaA11AY.120.000316
ORF1ab/nsp3815E815GgAggGg11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp3815E815del1Gag-ag11AY.120.10.000321
ORF1ab/nsp3815E815GgAggGg11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT11AY.16.10.00047
ORF1ab/nsp3815E815EgaGgaA11AY.200.000039
ORF1ab/nsp3815E815KGagAag11AY.200.000039
ORF1ab/nsp3815E815AgAggCg11AY.230.00007
ORF1ab/nsp3815E815EgaGgaA11AY.230.00007
ORF1ab/nsp3815E815AgAggCg11AY.250.000006
ORF1ab/nsp3815E815KGagAag11AY.250.000006
ORF1ab/nsp3815E815delGAG---11AY.250.000006
ORF1ab/nsp3815E815GgAggGg11AY.260.000028
ORF1ab/nsp3815E815KGagAag11AY.260.000028
ORF1ab/nsp3815E815EgaGgaA11AY.30.00001
ORF1ab/nsp3815E815KGagAag11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT11AY.34.10.00051
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT11AY.350.000233
ORF1ab/nsp3815E815AgAggCg11AY.4.2.10.000149
ORF1ab/nsp3815E815delGAG---11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT11AY.420.00004
ORF1ab/nsp3815E815GgAggGg11AY.420.00004
ORF1ab/nsp3815E815AgAggCg11AY.440.000006
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp3815E815GgAggGg11AY.46.50.000198
ORF1ab/nsp3815E815VgAggTg11AY.470.000031
ORF1ab/nsp3815E815GgAggGg11AY.5.30.000337
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT11AY.5.40.000277
ORF1ab/nsp3815E815EgaGgaA11AY.5.40.000277
ORF1ab/nsp3815E815GgAggGg11AY.570.000656
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT11AY.590.00053
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaC11AY.60.000041
ORF1ab/nsp3815E815EgaGgaA11AY.60.000041
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT11AY.670.000464
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT11AY.680.000274
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT11AY.710.000475
ORF1ab/nsp3815E815delGAG---11AY.750.000056
ORF1ab/nsp3815E815EgaGgaA11AY.750.000056
ORF1ab/nsp3815E815del1gAgg-g11AY.790.001211
ORF1ab/nsp3815E815AgAggCg11AY.840.000437
ORF1ab/nsp3815E815GgAggGg11AY.840.000437
ORF1ab/nsp3815E815EgaGgaA11AY.860.00083
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT11AY.90.000068
ORF1ab/nsp3815E815DgaGgaT11AY.9.20.000037
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.