CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 801

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp3801Y801YY1619YsyntaTtaC77177115120-5122
ORF1ab/nsp3801Y801NY1619NnonsynTatAat838315120-5122
ORF1ab/nsp3801Y801delY1619deldelTAT---686815120-5122
ORF1ab/nsp3801Y801FY1619FnonsyntAttTt454515120-5122
ORF1ab/nsp3801Y801XY1619XnonsyntaTtaA1480.5714295120-5122
ORF1ab/nsp3801Y801XY1619XnonsyntaTtaG1450.3571435120-5122
ORF1ab/nsp3801Y801XY1619XnonsyntATtGA1410.07142865120-5122
ORF1ab/nsp3801Y801CY1619CnonsyntAttGt1180.7272735120-5122
ORF1ab/nsp3801Y801CY1619CnonsyntATtGC1130.2727275120-5122
ORF1ab/nsp3801Y801HY1619HnonsynTatCat101015120-5122
ORF1ab/nsp3801Y801del2Y1619del2delTAt--t3315120-5122
ORF1ab/nsp3801Y801LY1619LnonsyntATtTA3315120-5122
ORF1ab/nsp3801Y801SY1619SnonsyntAttCt1115120-5122
ORF1ab/nsp3801Y801DY1619DnonsynTatGat1115120-5122
ORF1ab/nsp3801Y801del1Y1619del1deltAtt-t1115120-5122
ORF1ab/nsp3801Y801EY1619EnonsynTaTGaA1115120-5122

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp3801Y801YtaTtaC771771All0.000147
ORF1ab/nsp3801Y801YtaTtaC513513B.1.5870.973435
ORF1ab/nsp3801Y801NTatAat8383All0.000016
ORF1ab/nsp3801Y801YtaTtaC7373B.1.1.70.000065
ORF1ab/nsp3801Y801delTAT---6868All0.000013
ORF1ab/nsp3801Y801FtAttTt4545All0.000009
ORF1ab/nsp3801Y801YtaTtaC3737B.1.1600.001154
ORF1ab/nsp3801Y801YtaTtaC2323AY.590.012182
ORF1ab/nsp3801Y801YtaTtaC1919B.10.000174
ORF1ab/nsp3801Y801NTatAat1818A.2.40.060606
ORF1ab/nsp3801Y801YtaTtaC1717B.1.177.810.003218
ORF1ab/nsp3801Y801NTatAat1515B.10.000137
ORF1ab/nsp3801Y801delTAT---1515B.10.000137
ORF1ab/nsp3801Y801delTAT---1515B.1.1.70.000013
ORF1ab/nsp3801Y801XtaTtaA814All0.000002
ORF1ab/nsp3801Y801XtaTtaG514All0.000001
ORF1ab/nsp3801Y801XtATtGA114All0
ORF1ab/nsp3801Y801YtaTtaC1414P.1.20.016185
ORF1ab/nsp3801Y801YtaTtaC1313AY.40.00002
ORF1ab/nsp3801Y801CtAttGt811All0.000002
ORF1ab/nsp3801Y801CtATtGC311All0.000001
ORF1ab/nsp3801Y801YtaTtaC1111AY.260.000311
ORF1ab/nsp3801Y801HTatCat1010All0.000002
ORF1ab/nsp3801Y801YtaTtaC88AY.250.000048
ORF1ab/nsp3801Y801YtaTtaC66AY.270.000388
ORF1ab/nsp3801Y801FtAttTt66B.1.1600.000187
ORF1ab/nsp3801Y801FtAttTt66B.1.1770.000079
ORF1ab/nsp3801Y801NTatAat55B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp3801Y801NTatAat55B.1.617.20.000019
ORF1ab/nsp3801Y801XtaTtaA440.222222
ORF1ab/nsp3801Y801YtaTtaC44AY.330.000267
ORF1ab/nsp3801Y801YtaTtaC44AY.440.000024
ORF1ab/nsp3801Y801YtaTtaC44B.1.5950.001044
ORF1ab/nsp3801Y801del2TAt--t33All0.000001
ORF1ab/nsp3801Y801LtATtTA33All0.000001
ORF1ab/nsp3801Y801YtaTtaC33AY.1030.000019
ORF1ab/nsp3801Y801delTAT---33AY.430.000013
ORF1ab/nsp3801Y801FtAttTt33B.1.10.000054
ORF1ab/nsp3801Y801FtAttTt33B.1.177.230.009709
ORF1ab/nsp3801Y801YtaTtaC33B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp3801Y801FtAttTt220.111111
ORF1ab/nsp3801Y801delTAT---220.111111
ORF1ab/nsp3801Y801LtATtTA220.111111
ORF1ab/nsp3801Y801NTatAat22A.20.001324
ORF1ab/nsp3801Y801NTatAat22AY.160.000759
ORF1ab/nsp3801Y801delTAT---22AY.250.000012
ORF1ab/nsp3801Y801NTatAat22AY.390.000049
ORF1ab/nsp3801Y801NTatAat22AY.40.000003
ORF1ab/nsp3801Y801FtAttTt22AY.420.00008
ORF1ab/nsp3801Y801NTatAat22AY.430.000009
ORF1ab/nsp3801Y801CtAttGt22B.10.000018
ORF1ab/nsp3801Y801YtaTtaC22B.1.1.2140.000111
ORF1ab/nsp3801Y801HTatCat22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp3801Y801CtAttGt12B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp3801Y801CtATtGC12B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp3801Y801FtAttTt22B.1.160.140.004237
ORF1ab/nsp3801Y801FtAttTt22B.1.160.320.008584
ORF1ab/nsp3801Y801NTatAat22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp3801Y801FtAttTt22B.1.177.440.001038
ORF1ab/nsp3801Y801XtaTtaG12B.1.20.000009
ORF1ab/nsp3801Y801XtaTtaA12B.1.20.000009
ORF1ab/nsp3801Y801FtAttTt22B.1.2580.000133
ORF1ab/nsp3801Y801delTAT---22B.1.360.000292
ORF1ab/nsp3801Y801NTatAat22B.1.36.80.002
ORF1ab/nsp3801Y801delTAT---22B.1.617.10.000258
ORF1ab/nsp3801Y801del2TAt--t22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp3801Y801delTAT---22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp3801Y801NTatAat22B.1.6370.000146
ORF1ab/nsp3801Y801YtaTtaC22P.10.000032
ORF1ab/nsp3801Y801DTatGat11A0.000387
ORF1ab/nsp3801Y801delTAT---11A.2.20.001689
ORF1ab/nsp3801Y801NTatAat11A.30.002096
ORF1ab/nsp3801Y801delTAT---11AH.30.003802
ORF1ab/nsp3801Y801ETaTGaA11All0
ORF1ab/nsp3801Y801del1tAtt-t11All0
ORF1ab/nsp3801Y801DTatGat11All0
ORF1ab/nsp3801Y801StAttCt11All0
ORF1ab/nsp3801Y801YtaTtaC11AM.40.003571
ORF1ab/nsp3801Y801NTatAat11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp3801Y801NTatAat11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp3801Y801NTatAat11AY.1160.000287
ORF1ab/nsp3801Y801NTatAat11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp3801Y801CtAttGt11AY.250.000006
ORF1ab/nsp3801Y801FtAttTt11AY.260.000028
ORF1ab/nsp3801Y801HTatCat11AY.270.000065
ORF1ab/nsp3801Y801YtaTtaC11AY.30.00001
ORF1ab/nsp3801Y801YtaTtaC11AY.360.000148
ORF1ab/nsp3801Y801CtAttGt11AY.40.000002
ORF1ab/nsp3801Y801HTatCat11AY.40.000002
ORF1ab/nsp3801Y801delTAT---11AY.40.000002
ORF1ab/nsp3801Y801delTAT---11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp3801Y801YtaTtaC11AY.420.00004
ORF1ab/nsp3801Y801NTatAat11AY.420.00004
ORF1ab/nsp3801Y801XtaTtaG11AY.430.000004
ORF1ab/nsp3801Y801HTatCat11AY.440.000006
ORF1ab/nsp3801Y801CtAttGt11AY.440.000006
ORF1ab/nsp3801Y801LtATtTA11AY.440.000006
ORF1ab/nsp3801Y801HTatCat11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp3801Y801delTAT---11AY.7.20.000559
ORF1ab/nsp3801Y801YtaTtaC11AY.740.000116
ORF1ab/nsp3801Y801delTAT---11AY.750.000056
ORF1ab/nsp3801Y801CtATtGC11AY.790.001211
ORF1ab/nsp3801Y801YtaTtaC11AY.920.000287
ORF1ab/nsp3801Y801YtaTtaC11AY.980.000079
ORF1ab/nsp3801Y801NTatAat11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp3801Y801HTatCat11B0.000128
ORF1ab/nsp3801Y801XtaTtaG11B.10.000009
ORF1ab/nsp3801Y801del2TAt--t11B.10.000009
ORF1ab/nsp3801Y801HTatCat11B.10.000009
ORF1ab/nsp3801Y801YtaTtaC11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp3801Y801NTatAat11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp3801Y801delTAT---11B.1.1.1420.017544
ORF1ab/nsp3801Y801FtAttTt11B.1.1.2630.001558
ORF1ab/nsp3801Y801delTAT---11B.1.1.3150.008475
ORF1ab/nsp3801Y801FtAttTt11B.1.1.370.000193
ORF1ab/nsp3801Y801delTAT---11B.1.1.390.00051
ORF1ab/nsp3801Y801FtAttTt11B.1.1.390.00051
ORF1ab/nsp3801Y801CtAttGt11B.1.1.4110.014706
ORF1ab/nsp3801Y801XtATtGA11B.1.1.4110.014706
ORF1ab/nsp3801Y801YtaTtaC11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp3801Y801delTAT---11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp3801Y801NTatAat11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp3801Y801FtAttTt11B.1.1.580.005376
ORF1ab/nsp3801Y801NTatAat11B.1.1.610.008772
ORF1ab/nsp3801Y801XtaTtaA11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp3801Y801FtAttTt11B.1.1.700.000341
ORF1ab/nsp3801Y801delTAT---11B.1.1400.018868
ORF1ab/nsp3801Y801NTatAat11B.1.160.100.008065
ORF1ab/nsp3801Y801NTatAat11B.1.160.300.002976
ORF1ab/nsp3801Y801delTAT---11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp3801Y801delTAT---11B.1.177.150.000631
ORF1ab/nsp3801Y801FtAttTt11B.1.177.240.001295
ORF1ab/nsp3801Y801FtAttTt11B.1.177.430.001477
ORF1ab/nsp3801Y801delTAT---11B.1.177.620.001192
ORF1ab/nsp3801Y801delTAT---11B.1.177.680.015152
ORF1ab/nsp3801Y801FtAttTt11B.1.177.890.02439
ORF1ab/nsp3801Y801delTAT---11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp3801Y801YtaTtaC11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp3801Y801FtAttTt11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp3801Y801FtAttTt11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp3801Y801XtaTtaA11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp3801Y801NTatAat11B.1.2340.000132
ORF1ab/nsp3801Y801YtaTtaC11B.1.2390.001221
ORF1ab/nsp3801Y801NTatAat11B.1.2430.00007
ORF1ab/nsp3801Y801NTatAat11B.1.258.40.003448
ORF1ab/nsp3801Y801XtaTtaA11B.1.30.002618
ORF1ab/nsp3801Y801delTAT---11B.1.3190.003049
ORF1ab/nsp3801Y801YtaTtaC11B.1.3260.007576
ORF1ab/nsp3801Y801NTatAat11B.1.3490.000715
ORF1ab/nsp3801Y801FtAttTt11B.1.36.350.002604
ORF1ab/nsp3801Y801YtaTtaC11B.1.3670.000792
ORF1ab/nsp3801Y801NTatAat11B.1.3690.000285
ORF1ab/nsp3801Y801HTatCat11B.1.3690.000285
ORF1ab/nsp3801Y801delTAT---11B.1.3750.00082
ORF1ab/nsp3801Y801CtAttGt11B.1.4150.014286
ORF1ab/nsp3801Y801StAttCt11B.1.4160.001269
ORF1ab/nsp3801Y801delTAT---11B.1.416.10.001563
ORF1ab/nsp3801Y801HTatCat11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp3801Y801FtAttTt11B.1.4500.011364
ORF1ab/nsp3801Y801NTatAat11B.1.5300.007143
ORF1ab/nsp3801Y801delTAT---11B.1.5600.00463
ORF1ab/nsp3801Y801YtaTtaC11B.1.5670.003333
ORF1ab/nsp3801Y801delTAT---11B.1.5760.000907
ORF1ab/nsp3801Y801FtAttTt11B.1.5950.000261
ORF1ab/nsp3801Y801YtaTtaC11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp3801Y801NTatAat11B.1.596.10.009346
ORF1ab/nsp3801Y801NTatAat11B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp3801Y801ETaTGaA11B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp3801Y801CtATtGC11B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp3801Y801FtAttTt11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp3801Y801del1tAtt-t11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp3801Y801delTAT---11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp3801Y801delTAT---11B.150.017544
ORF1ab/nsp3801Y801NTatAat11B.30.000831
ORF1ab/nsp3801Y801delTAT---11B.340.013699
ORF1ab/nsp3801Y801XtaTtaG11B.400.000364
ORF1ab/nsp3801Y801NTatAat11C.20.016129
ORF1ab/nsp3801Y801delTAT---11C.370.000116
ORF1ab/nsp3801Y801XtaTtaG11D.20.000075
ORF1ab/nsp3801Y801NTatAat11D.20.000075
ORF1ab/nsp3801Y801NTatAat11P.10.000016