CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 744

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp3744L744SL1562SnonsyntTGtCA4412930.6643994949-4951
ORF1ab/nsp3744L744SL1562SnonsyntTgtCg4411480.3356014949-4951
ORF1ab/nsp3744L744LL1562LsynTtgCtg3822640.6910994949-4951
ORF1ab/nsp3744L744LL1562LsynttGttA3821150.3010474949-4951
ORF1ab/nsp3744L744LL1562LsynTtGCtT38230.00785344949-4951
ORF1ab/nsp3744L744FL1562FnonsynttGttT116770.6637934949-4951
ORF1ab/nsp3744L744FL1562FnonsynttGttC116390.3362074949-4951
ORF1ab/nsp3744L744delL1562deldelTTG---525214949-4951
ORF1ab/nsp3744L744ML1562MnonsynTtgAtg252514949-4951
ORF1ab/nsp3744L744VL1562VnonsynTtgGtg20190.954949-4951
ORF1ab/nsp3744L744VL1562VnonsynTtGGtT2010.054949-4951
ORF1ab/nsp3744L744KL1562KnonsynTTgAAg8814949-4951
ORF1ab/nsp3744L744XL1562XnonsyntTgtAg640.6666674949-4951
ORF1ab/nsp3744L744XL1562XnonsyntTGtAA610.1666674949-4951
ORF1ab/nsp3744L744XL1562XnonsyntTGtGA610.1666674949-4951
ORF1ab/nsp3744L744WL1562WnonsyntTgtGg4414949-4951
ORF1ab/nsp3744L744CL1562CnonsyntTGtGT3314949-4951
ORF1ab/nsp3744L744del2L1562del2delTTg--g320.6666674949-4951
ORF1ab/nsp3744L744del2L1562del2deltTGt--310.3333334949-4951
ORF1ab/nsp3744L744del1L1562del1delttGtt-1114949-4951
ORF1ab/nsp3744L744PL1562PnonsynTTgCCg1114949-4951
ORF1ab/nsp3744L744QL1562QnonsynTTGCAA1114949-4951
ORF1ab/nsp3744L744TL1562TnonsynTTGACA1114949-4951

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp3744L744StTGtCA293441All0.000056
ORF1ab/nsp3744L744StTgtCg148441All0.000028
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg264382All0.00005
ORF1ab/nsp3744L744LttGttA115382All0.000022
ORF1ab/nsp3744L744LTtGCtT3382All0.000001
ORF1ab/nsp3744L744StTGtCA277298B.10.002537
ORF1ab/nsp3744L744StTgtCg21298B.10.000192
ORF1ab/nsp3744L744FttGttT77116All0.000015
ORF1ab/nsp3744L744FttGttC39116All0.000007
ORF1ab/nsp3744L744LttGttA57110B.1.1.70.000051
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg53110B.1.1.70.000047
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg5656B.150.982456
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg5353AY.60.00218
ORF1ab/nsp3744L744delTTG---5252All0.00001
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg4040AY.440.000243
ORF1ab/nsp3744L744StTgtCg3134B.1.1.70.000028
ORF1ab/nsp3744L744StTGtCA334B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp3744L744MTtgAtg2525All0.000005
ORF1ab/nsp3744L744delTTG---2424B.1.1.70.000021
ORF1ab/nsp3744L744StTgtCg2323R.10.00207
ORF1ab/nsp3744L744FttGttT1822B.1.1.70.000016
ORF1ab/nsp3744L744FttGttC422B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp3744L744VTtgGtg1920All0.000004
ORF1ab/nsp3744L744VTtGGtT120All0
ORF1ab/nsp3744L744FttGttC1719B.10.000156
ORF1ab/nsp3744L744FttGttT219B.10.000018
ORF1ab/nsp3744L744LttGttA1717B.1.2430.001183
ORF1ab/nsp3744L744LttGttA815B.10.000073
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg715B.10.000064
ORF1ab/nsp3744L744MTtgAtg1515B.1.3510.000446
ORF1ab/nsp3744L744StTgtCg1212B.1.2210.000852
ORF1ab/nsp3744L744FttGttT1112B.1.617.20.000041
ORF1ab/nsp3744L744FttGttC112B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp3744L744LttGttA812P.10.000126
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg412P.10.000063
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg99AY.4.20.000195
ORF1ab/nsp3744L744LttGttA49B.1.10.000073
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg49B.1.10.000073
ORF1ab/nsp3744L744LTtGCtT19B.1.10.000018
ORF1ab/nsp3744L744KTTgAAg88All0.000002
ORF1ab/nsp3744L744FttGttT57AY.40.000008
ORF1ab/nsp3744L744FttGttC27AY.40.000003
ORF1ab/nsp3744L744XtTgtAg46All0.000001
ORF1ab/nsp3744L744XtTGtAA16All0
ORF1ab/nsp3744L744XtTGtGA16All0
ORF1ab/nsp3744L744FttGttC46AY.460.000416
ORF1ab/nsp3744L744FttGttT26AY.460.000208
ORF1ab/nsp3744L744StTgtCg66B.1.1.2220.001224
ORF1ab/nsp3744L744StTgtCg46B.1.20.000035
ORF1ab/nsp3744L744StTGtCA26B.1.20.000018
ORF1ab/nsp3744L744FttGttT55AY.1030.000031
ORF1ab/nsp3744L744StTgtCg55AY.30.00005
ORF1ab/nsp3744L744LttGttA45AY.40.000006
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg15AY.40.000002
ORF1ab/nsp3744L744VTtgGtg55AY.430.000022
ORF1ab/nsp3744L744StTgtCg55B.1.617.20.000019
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg55B.1.617.20.000019
ORF1ab/nsp3744L744StTgtCg55P.20.000933
ORF1ab/nsp3744L744WtTgtGg44All0.000001
ORF1ab/nsp3744L744StTgtCg44AY.1020.000106
ORF1ab/nsp3744L744StTgtCg44AY.4.20.000087
ORF1ab/nsp3744L744StTgtCg44AY.700.000834
ORF1ab/nsp3744L744FttGttT44AY.940.001771
ORF1ab/nsp3744L744VTtgGtg44B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg44B.1.1600.000125
ORF1ab/nsp3744L744delTTG---44B.1.1770.000053
ORF1ab/nsp3744L744LttGttA34B.1.1770.00004
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg14B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg44B.1.2100.008529
ORF1ab/nsp3744L744StTgtCg44B.1.4290.000094
ORF1ab/nsp3744L744FttGttT44B.1.6210.000354
ORF1ab/nsp3744L744StTGtCA44B.1.9.50.022727
ORF1ab/nsp3744L744LTtGCtT230.111111
ORF1ab/nsp3744L744LttGttA130.055556
ORF1ab/nsp3744L744CtTGtGT33All0.000001
ORF1ab/nsp3744L744del2TTg--g23All0
ORF1ab/nsp3744L744del2tTGt--13All0
ORF1ab/nsp3744L744FttGttT33AY.1020.00008
ORF1ab/nsp3744L744StTgtCg33AY.250.000018
ORF1ab/nsp3744L744StTgtCg23AY.40.000003
ORF1ab/nsp3744L744StTGtCA13AY.40.000002
ORF1ab/nsp3744L744FttGttT33AY.430.000013
ORF1ab/nsp3744L744FttGttC23B.1.20.000018
ORF1ab/nsp3744L744FttGttT13B.1.20.000009
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg33B.1.2340.000396
ORF1ab/nsp3744L744MTtgAtg33P.10.000047
ORF1ab/nsp3744L744XtTgtAg120.055556
ORF1ab/nsp3744L744XtTGtAA120.055556
ORF1ab/nsp3744L744delTTG---22A0.000774
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg22A.10.000564
ORF1ab/nsp3744L744StTgtCg22A.2.50.000998
ORF1ab/nsp3744L744StTgtCg22AY.1030.000012
ORF1ab/nsp3744L744FttGttT22AY.250.000012
ORF1ab/nsp3744L744delTTG---22AY.40.000003
ORF1ab/nsp3744L744FttGttC22AY.4.50.000215
ORF1ab/nsp3744L744KTTgAAg22AY.430.000009
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg12AY.430.000004
ORF1ab/nsp3744L744LttGttA12AY.430.000004
ORF1ab/nsp3744L744StTgtCg22AY.540.000191
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg22AY.610.00021
ORF1ab/nsp3744L744VTtgGtg12AY.940.000443
ORF1ab/nsp3744L744VTtGGtT12AY.940.000443
ORF1ab/nsp3744L744VTtgGtg22B.10.000018
ORF1ab/nsp3744L744LttGttA22B.1.177.530.004785
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg12B.1.20.000009
ORF1ab/nsp3744L744LttGttA12B.1.20.000009
ORF1ab/nsp3744L744delTTG---22B.1.360.000292
ORF1ab/nsp3744L744FttGttC22B.1.5960.000174
ORF1ab/nsp3744L744FttGttT110.055556
ORF1ab/nsp3744L744StTGtCA11A.20.000662
ORF1ab/nsp3744L744delTTG---11A.2.20.001689
ORF1ab/nsp3744L744del1ttGtt-11All0
ORF1ab/nsp3744L744TTTGACA11All0
ORF1ab/nsp3744L744QTTGCAA11All0
ORF1ab/nsp3744L744PTTgCCg11All0
ORF1ab/nsp3744L744WtTgtGg11AY.100.00053
ORF1ab/nsp3744L744CtTGtGT11AY.100.00053
ORF1ab/nsp3744L744FttGttT11AY.100.00053
ORF1ab/nsp3744L744VTtgGtg11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp3744L744StTgtCg11AY.1080.001103
ORF1ab/nsp3744L744XtTgtAg11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp3744L744StTGtCA11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp3744L744KTTgAAg11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp3744L744MTtgAtg11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg11AY.1170.000085
ORF1ab/nsp3744L744FttGttT11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp3744L744VTtgGtg11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp3744L744FttGttT11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp3744L744LttGttA11AY.120.2.10.000498
ORF1ab/nsp3744L744FttGttT11AY.200.000039
ORF1ab/nsp3744L744LttGttA11AY.200.000039
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg11AY.230.00007
ORF1ab/nsp3744L744StTgtCg11AY.230.00007
ORF1ab/nsp3744L744CtTGtGT11AY.250.000006
ORF1ab/nsp3744L744FttGttT11AY.260.000028
ORF1ab/nsp3744L744StTgtCg11AY.280.00189
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg11AY.30.00001
ORF1ab/nsp3744L744delTTG---11AY.30.00001
ORF1ab/nsp3744L744VTtgGtg11AY.330.000067
ORF1ab/nsp3744L744FttGttT11AY.360.000148
ORF1ab/nsp3744L744FttGttT11AY.390.000025
ORF1ab/nsp3744L744FttGttT11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp3744L744VTtgGtg11AY.40.000002
ORF1ab/nsp3744L744VTtgGtg11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp3744L744WtTgtGg11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp3744L744LttGttA11AY.4.2.10.000149
ORF1ab/nsp3744L744LttGttA11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp3744L744StTgtCg11AY.410.000294
ORF1ab/nsp3744L744LttGttA11AY.420.00004
ORF1ab/nsp3744L744MTtgAtg11AY.430.000004
ORF1ab/nsp3744L744delTTG---11AY.430.000004
ORF1ab/nsp3744L744del1ttGtt-11AY.440.000006
ORF1ab/nsp3744L744FttGttC11AY.440.000006
ORF1ab/nsp3744L744StTgtCg11AY.440.000006
ORF1ab/nsp3744L744delTTG---11AY.440.000006
ORF1ab/nsp3744L744del2TTg--g11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg11AY.46.40.000165
ORF1ab/nsp3744L744FttGttT11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp3744L744FttGttT11AY.610.000105
ORF1ab/nsp3744L744delTTG---11AY.670.000464
ORF1ab/nsp3744L744LttGttA11AY.680.000274
ORF1ab/nsp3744L744del2tTGt--11AY.790.001211
ORF1ab/nsp3744L744MTtgAtg11AY.840.000437
ORF1ab/nsp3744L744KTTgAAg11AY.840.000437
ORF1ab/nsp3744L744KTTgAAg11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp3744L744VTtgGtg11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp3744L744MTtgAtg11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp3744L744XtTgtAg11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg11AY.980.000079
ORF1ab/nsp3744L744LttGttA11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp3744L744XtTgtAg11AY.990.001049
ORF1ab/nsp3744L744MTtgAtg11AY.990.001049
ORF1ab/nsp3744L744KTTgAAg11AY.990.001049
ORF1ab/nsp3744L744WtTgtGg11B0.000128
ORF1ab/nsp3744L744MTtgAtg11B.10.000009
ORF1ab/nsp3744L744XtTGtGA11B.10.000009
ORF1ab/nsp3744L744CtTGtGT11B.10.000009
ORF1ab/nsp3744L744FttGttT11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp3744L744StTgtCg11B.1.1.10.000327
ORF1ab/nsp3744L744FttGttC11B.1.1.10.000327
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg11B.1.1.1280.007092
ORF1ab/nsp3744L744delTTG---11B.1.1.1390.022727
ORF1ab/nsp3744L744delTTG---11B.1.1.1420.017544
ORF1ab/nsp3744L744StTgtCg11B.1.1.2140.000055
ORF1ab/nsp3744L744FttGttT11B.1.1.2220.000204
ORF1ab/nsp3744L744FttGttT11B.1.1.2580.003257
ORF1ab/nsp3744L744PTTgCCg11B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg11B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp3744L744VTtgGtg11B.1.1.630.000386
ORF1ab/nsp3744L744del2TTg--g11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp3744L744QTTGCAA11B.1.1490.003425
ORF1ab/nsp3744L744delTTG---11B.1.1570.002985
ORF1ab/nsp3744L744delTTG---11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp3744L744FttGttC11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp3744L744delTTG---11B.1.177.540.000606
ORF1ab/nsp3744L744FttGttC11B.1.177.540.000606
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg11B.1.177.560.000668
ORF1ab/nsp3744L744delTTG---11B.1.177.630.002703
ORF1ab/nsp3744L744StTGtCA11B.1.177.730.000566
ORF1ab/nsp3744L744LTtgCtg11B.1.177.860.000183
ORF1ab/nsp3744L744delTTG---11B.1.177.870.000728
ORF1ab/nsp3744L744KTTgAAg11B.1.2100.002132
ORF1ab/nsp3744L744FttGttT11B.1.2210.000071
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