CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 705

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp3705L705LL1523LsynCtaTta845082390.975034832-4834
ORF1ab/nsp3705L705LL1523LsynctActT84501210.01431954832-4834
ORF1ab/nsp3705L705LL1523LsynctActG8450780.009230774832-4834
ORF1ab/nsp3705L705LL1523LsynctActC8450110.001301784832-4834
ORF1ab/nsp3705L705LL1523LsynCtATtG845010.0001183434832-4834
ORF1ab/nsp3705L705IL1523InonsynCtaAta13213214832-4834
ORF1ab/nsp3705L705delL1523deldelCTA---787814832-4834
ORF1ab/nsp3705L705PL1523PnonsyncTacCa56550.9821434832-4834
ORF1ab/nsp3705L705PL1523PnonsyncTAcCG5610.01785714832-4834
ORF1ab/nsp3705L705QL1523QnonsyncTacAa980.8888894832-4834
ORF1ab/nsp3705L705QL1523QnonsyncTAcAG910.1111114832-4834
ORF1ab/nsp3705L705del1L1523del1delctAct-750.7142864832-4834
ORF1ab/nsp3705L705del1L1523del1delCta-ta710.1428574832-4834
ORF1ab/nsp3705L705del1L1523del1delcTac-a710.1428574832-4834
ORF1ab/nsp3705L705VL1523VnonsynCtaGta5514832-4834
ORF1ab/nsp3705L705RL1523RnonsyncTacGa4414832-4834
ORF1ab/nsp3705L705del2L1523del2delcTAc--4414832-4834
ORF1ab/nsp3705L705XL1523XnonsynCTaTGa1114832-4834
ORF1ab/nsp3705L705EL1523EnonsynCTaGAa1114832-4834

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta82398450All0.001576
ORF1ab/nsp3705L705LctActT1218450All0.000023
ORF1ab/nsp3705L705LctActG788450All0.000015
ORF1ab/nsp3705L705LctActC118450All0.000002
ORF1ab/nsp3705L705LCtATtG18450All0
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta24222422AY.20.862536
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta10051016B.1.1.70.0009
ORF1ab/nsp3705L705LctActG101016B.1.1.70.000009
ORF1ab/nsp3705L705LctActC11016B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta611613B.1.617.20.002301
ORF1ab/nsp3705L705LctActT1613B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp3705L705LctActG1613B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta535540AY.40.000833
ORF1ab/nsp3705L705LctActG3540AY.40.000005
ORF1ab/nsp3705L705LctActT2540AY.40.000003
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta354363B.1.20.003117
ORF1ab/nsp3705L705LctActT8363B.1.20.00007
ORF1ab/nsp3705L705LctActG1363B.1.20.000009
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta212212Q.10.026781
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta155202AY.440.000943
ORF1ab/nsp3705L705LctActG42202AY.440.000256
ORF1ab/nsp3705L705LctActT5202AY.440.00003
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta192192B.1.5260.004513
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta178178P.10.002804
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta168168AY.250.00101
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta150154AY.430.000665
ORF1ab/nsp3705L705LctActT3154AY.430.000013
ORF1ab/nsp3705L705LctActG1154AY.430.000004
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta150150AY.9.20.005509
ORF1ab/nsp3705L705ICtaAta132132All0.000025
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta126127AY.50.002602
ORF1ab/nsp3705L705LctActG1127AY.50.000021
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta121121AY.1170.010227
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta9595AY.1030.00059
ORF1ab/nsp3705L705ICtaAta9595B.1.1.70.000085
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta9292B.1.4290.002165
ORF1ab/nsp3705L705LctActT7880AY.140.006865
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta280AY.140.000176
ORF1ab/nsp3705L705delCTA---7878All0.000015
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta6876B.10.000623
ORF1ab/nsp3705L705LctActG576B.10.000046
ORF1ab/nsp3705L705LctActT276B.10.000018
ORF1ab/nsp3705L705LctActC176B.10.000009
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta6969D.20.005178
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta6164B.1.10.001107
ORF1ab/nsp3705L705LctActC164B.1.10.000018
ORF1ab/nsp3705L705LctActG164B.1.10.000018
ORF1ab/nsp3705L705LCtATtG164B.1.10.000018
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta6062C.370.006964
ORF1ab/nsp3705L705LctActT262C.370.000232
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta6060B.1.1.2140.003327
ORF1ab/nsp3705L705PcTacCa5556All0.000011
ORF1ab/nsp3705L705PcTAcCG156All0
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta5454P.1.140.002581
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta4951B.1.3510.001457
ORF1ab/nsp3705L705LctActT151B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp3705L705LctActG151B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta4444AY.1020.001167
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta4141Q.20.025153
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta3639AY.30.000358
ORF1ab/nsp3705L705LctActT339AY.30.00003
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta3939B.1.1390.028592
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta3232B.1.1.2840.003437
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta3131V.21
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta2930B.1.1770.000382
ORF1ab/nsp3705L705LctActG130B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta3030B.1.177.600.006553
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta2929B.1.1600.000904
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta2727B.1.2580.001797
ORF1ab/nsp3705L705delCTA---2424B.1.1.70.000021
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta2323AY.60.000946
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta2222AY.390.000544
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta2121AY.710.009976
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta2121B.1.1.5190.000834
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta2020AY.1190.000706
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta2020AY.260.000566
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta2020B.1.1.4190.148148
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta1919AY.450.002312
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta1919AY.620.008279
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta1717AY.290.000268
ORF1ab/nsp3705L705PcTacCa1717AY.39.10.000673
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta1315AY.470.000404
ORF1ab/nsp3705L705LctActG115AY.470.000031
ORF1ab/nsp3705L705LctActT115AY.470.000031
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta1515B.1.1.280.004669
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta1515B.1.4270.000757
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta1515B.1.5960.001307
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta1414AY.4.20.000304
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta1214AY.980.000948
ORF1ab/nsp3705L705LctActG214AY.980.000158
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta1314B.1.177.70.002143
ORF1ab/nsp3705L705LctActG114B.1.177.70.000165
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta1313AY.370.004109
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta1313B.1.1.500.008826
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta1212AY.10.004749
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta1212AY.1200.000446
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta1212AY.460.001249
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta1011AY.230.000697
ORF1ab/nsp3705L705LctActT111AY.230.00007
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta1111AY.75.10.001983
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta1010AY.29.10.002205
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta910AY.360.001334
ORF1ab/nsp3705L705LctActT110AY.360.000148
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta1010B.1.2430.000696
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta1010P.1.100.002695
ORF1ab/nsp3705L705QcTacAa89All0.000002
ORF1ab/nsp3705L705QcTAcAG19All0
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta99AY.200.00035
ORF1ab/nsp3705L705PcTacCa99AY.40.000014
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta99B.1.1.700.00307
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta89B.1.360.001167
ORF1ab/nsp3705L705LctActC19B.1.360.000146
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta88AY.1000.000368
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta88AY.610.000838
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta88B.1.2130.119403
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta88B.1.3110.002197
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta88B.1.5250.000905
ORF1ab/nsp3705L705PcTacCa88B.1.617.20.00003
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta88B.1.6370.000585
ORF1ab/nsp3705L705del1ctAct-57All0.000001
ORF1ab/nsp3705L705del1Cta-ta17All0
ORF1ab/nsp3705L705del1cTac-a17All0
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta77AY.590.003708
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta77AY.750.000392
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta77AY.9.10.000586
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta77B.1.1.3590.194444
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta77B.1.2340.000924
ORF1ab/nsp3705L705LctActC77B.1.4160.008883
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta77R.10.00063
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta66AY.1100.000676
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta66AY.1180.000376
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta66AY.340.000582
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta66AY.39.10.000238
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta66AY.99.20.000553
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta66B.1.1.2220.001224
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta66B.1.1.3160.00555
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta66B.1.5750.00182
ORF1ab/nsp3705L705ICtaAta66B.1.617.20.000023
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta66Q.80.000989
ORF1ab/nsp3705L705VCtaGta55All0.000001
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta55AY.3.10.000426
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta35AY.330.0002
ORF1ab/nsp3705L705LctActT25AY.330.000134
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta55AY.790.006053
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta55AY.920.001436
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta55AY.98.10.000242
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta55B.1.1.630.001929
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta55B.1.3610.006443
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta55B.1.438.10.000536
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta55B.1.5770.003436
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta240.111111
ORF1ab/nsp3705L705LctActG240.111111
ORF1ab/nsp3705L705RcTacGa44All0.000001
ORF1ab/nsp3705L705del2cTAc--44All0.000001
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta44AY.100.00212
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta44AY.120.001264
ORF1ab/nsp3705L705PcTacCa44AY.200.000155
ORF1ab/nsp3705L705ICtaAta44AY.40.000006
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta24AY.4.50.000215
ORF1ab/nsp3705L705LctActG24AY.4.50.000215
ORF1ab/nsp3705L705PcTacCa34AY.430.000013
ORF1ab/nsp3705L705PcTAcCG14AY.430.000004
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta44AY.570.002625
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta44AY.650.002132
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta24AY.860.00166
ORF1ab/nsp3705L705LctActT24AY.860.00166
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta44AY.90.00027
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta44B.1.1.330.001684
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta44B.1.1460.016949
ORF1ab/nsp3705L705delCTA---44B.1.1770.000053
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta44B.1.177.810.000757
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta44B.1.3460.005242
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta44B.1.4000.001716
ORF1ab/nsp3705L705LctActT44N.30.023256
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta44P.1.120.001936
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta33AA.60.048387
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta33AY.1210.000406
ORF1ab/nsp3705L705VCtaGta33AY.40.000005
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta33AY.420.000121
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta33AY.46.40.000494
ORF1ab/nsp3705L705LctActT23AY.46.60.000144
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta13AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta33AY.5.40.00083
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta33AY.520.002443
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta33AY.730.001996
ORF1ab/nsp3705L705ICtaAta33AY.75.10.000541
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta33AY.850.001282
ORF1ab/nsp3705L705delCTA---33B.10.000027
ORF1ab/nsp3705L705ICtaAta33B.1.10.000054
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta33B.1.1.250.001706
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta33B.1.1.3110.001074
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta33B.1.1.3220.026316
ORF1ab/nsp3705L705ICtaAta33B.1.1.3680.009259
ORF1ab/nsp3705L705del1ctAct-23B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp3705L705del1Cta-ta13B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta33B.1.177.420.002683
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta33B.1.2400.000647
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta33B.1.36.170.001482
ORF1ab/nsp3705L705PcTacCa33B.1.5260.000071
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta33P.1.170.000485
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta33Q.40.001364
ORF1ab/nsp3705L705delCTA---220.111111
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta22A.2.5.30.020619
ORF1ab/nsp3705L705LCtaTta22AY.1060.00067
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